건물 취득가액에서 감가상각비를 차감한 사례

청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 대지 421.3㎡를 청구외 ○○공사로부터 2001.

11. 14.(소유권이전 2002.

10. 11.) 취득한 후 위 지상에 근린생활시설 1,271.32㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 대지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)을 2002.

7.

19. 신축하여 부동산 임대사업을 하다 2003.

5.

30. 쟁점부동산을 청구외 윤○○에 양도하고 토지는 기준시가, 건물은 실거래가액으로 하여 양도소득세를 신고하였다. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 세무조사 과정에서 청구인이 종합소득세 신고시 계상하였던 쟁점건물의 부동산임대사업 감가상각비 21,566,617원(2002년 9,953,823원, 2003년 11,612,794원)을 쟁점건물의 양도소득세 신고시 취득가액에서 공제하지 아니하고 양도소득금액을 산정한 사실을 확인하고 감가상각비를 취득가액에서 공제하여 2007.

8.

1. 청구인에게 2003년 과세연도 양도소득세 11,359,620원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.

10.

18. 이의신청을 거쳐 2008. 3. 4. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 쟁점건물 신축 관련 부가가치세 가산세 5,780,115원은 양도소득세 과세시 쟁점건물 취득가액에 가산되어야 한다. 청구인은 쟁점건물을 신축하면서 공사원도급자인 청구외 나○○의 세금계산서가 아닌 하도급업자의 세금계산서를 받아 2002년 제1기 부가가치세를 신고하였고, 처분청은 동 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 불공제함과 동시에 가산세 5,780,115원(이하 “쟁점가산세”라 한다)을 부과하였다. 하지만 쟁점가산세는 쟁점건물의 신축과 직접 관련된 것이고, 하도급업자로부터 세금계산서를 받게 된 것은 청구인이 아닌 공사원도급자 청구외 나○○의 잘못으로 인한 것으로 청구인은 선의의 피해를 입었다. 따라서 쟁점가산세는 쟁점건물의 취득가액에 가산되어야 한다.
• 나. 청구인은 쟁점건물 임대사업과 관련하여 2003년 과세연도 종합소득세 신고시 2003.

7. 31.을 대차대조표일로 하여 쟁점건물 감가상각비로 11,612,794원을 계상하였으나, 동 금액이 계상되지 않은 상황에서도 청구인의 부동산임대소득은 결손이었다. 따라서 결손인 2003년 과세연도 재무제표에 감가상각비로 계상한 11,612,794원은 종합소득세를 부당하게 감소시키기 위하여 의도적으로 필요경비를 이중으로 계상한 것이 아니므로 2003년 과세연도 감가상각비는 양도소득세 과세시 쟁점건물의 취득가액에서 차감하여서는 안 된다.

• 가. 부가가치세 가산세는 세법에 규정한 의무 불이행에 대한 징벌적 성격으로 부과되는 세금이므로 이를 양도소득 과세시 필요경비로 인정할 수 없다.
• 나. 감가상각비는 결산조정 사항이므로 종합소득세 신고시 이를 필요경비로 계상한 경우 당해 부동산임대소득의 결손 여부와 상관없이 확정되고, 수정신고나 경정청구의 대상이 될 수도 없다. 그리고 부동산임대소득의 결손금은 이후 과세연도에 발생한 부동산임대소득에서 이월공제를 받을 수 있다. 따라서 부동산 임대사업에서 이미 필요경비로 계상한 감가상각비는 소득세법 제97조 제2항 에 따라 양도소득금액 계산시 취득가액에서 차감함이 타당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점건물 신축과 관련된 부가가치세 가산세를 쟁점건물 양도소득세 과세시 취득가액에 가산할 수 있는지 여부와

② 2003년 과세연도 쟁점건물 임대소득이 감가상각비를 계상하지 않았더라도 결손이므로 쟁점건물 양도소득세 과세시 취득가액에서 감가상각비를 차감하지 않는 것이 타당한지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. 제94조제1항제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

② 양도자산 보유기간중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 년도의 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 취득가액을 제1항제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항제1호 가목 본문, 동호 다목, 제7항 또는 제114조제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액

④ (생략)

⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조제1항제1호 가목 단서 및 나목 본문에서 "취득에 소요된 실지거래가액"이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용·화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

② (생략)

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것 (이하 생략) 3) 소득세법 시행령 제89조 【자산의 취득가액등】

① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조·생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산외의 자산은 당해 자산의 취득당시의 재정경제부령이 정하는 시가에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

• 다. 사실관계

1. 청구인은 쟁점부동산을 총매매가액 24억원, 잔금지급일 2003.

5. 30.로 하여 매매하였음이 부동산매매계약서에 나타난다.

2. 청구인은 쟁점부동산 양도에 대한 양도소득세 예정신고시(2003.

7. 31.) 토지는 기준시가, 건물은 실거래가액으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

3. 처분청은 청구인이 쟁점부동산 양도소득세 예정신고시 쟁점건물의 부동산임대사업과 관련된 감가상각비를 쟁점건물 취득가액에서 차감하지 않고 양도소득을 산출하였다 하여 2002년 감가상각비 9,953,823원, 2003년 감가상각비 11,612,794원 합계 21,566,617원을 쟁점건물 취득가액에서 차감하여 이 건 양도소득세를 경정하였음이 결정결의서 및 조사종결보고서에 의하여 확인된다.

4. 청구인이 제출한 쟁점건물 임대사업장의 회계장부에 의하면 쟁점건물의 감가상각비로 2002년 과세연도에 9,953,823원, 2003년 과세연도에 11,612,794원이 계상되었음을 알 수 있다.

5. 처분청은 쟁점건물 임대사업장의 2002년 제1기 부가가치세 매입세액 중 일부를 사실과 다른 매입세금계산서에 의한 공제라 하여 매입세액을 불공제하는 경정을 하면서 가산세 5,780,115원을 부과한 사실이 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인된다.

6. 청구인은 2003년 당시 쟁점건물 임대사업장 외에도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 건물(2002.

6.

10. 부동산임대업 개업, 2004.

3.

31. 폐업)과 ○○시 ○○구 △△동 △△번지 빌딩(1999.

10. 21.개업, 계속사업)을 임대하며 부동산임대 소득을 신고한 사실이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

7. 청구인의 종합소득세 신고자료에 의하여 청구인의 연도별 소득액 및 이월결손금내역을 보면 아래 표1과 같다. 표1 (단위: 원) 과세연도 부동산임대소득 부동산임대소득 이월결손공제 사업소득 등 기타 종합소득 사업소득 이월결손공제 2002 △57,379,774 35,929,924 2003 △31,175,686 45,180,000 2004 28,535,016 28,535,016 △24,472,996 2005 13,704,614 13,704,614 △146,139,261 2006 12,838,702 12,838,702 △41,303,260 2007 20,551,963 31,348,736 51,900,699 청구인은 위 표1과 같이 부동산임대업에서 2002년 과세연도 57,379,774원, 2003년 과세연도 31,175,686원의 결손이 발생한 것으로 신고하였고, 이후 2004년～2007년 과세연도에는 소득이 발생하여 2004년～2006년 과세연도에는 부동산임대업 이월결손금에서 이월결손금공제를 하여 소득세를 신고하였으나, 2007년 과세연도에는 부동산임대소득 20,551,963원을 사업소득 이월결손금과 상계하는 것으로 종합소득세를 신고하였다.

• 라. 판단

1. 쟁점① 관련, 청구인은 쟁점건물 신축 관련 부가가치세 가산세 5,780,115원이 쟁점건물 취득가액에 가산되어야한다고 주장하나, 소득세법시행령 제163조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제89조 제1항 제2호에 의하면 자산의 취득가액을 “자기가 행한 제조·생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액”이라고 규정하고 있고, 가산세는 세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 그 세법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말하는 것(국세기본법 제2조 제4호)으로 이들 의무를 해태하였을 때 그에 대하여 가하여지는 일종의 행정벌적인 성격을 가진 제재라 할 수 있는바, 건물 신축 관련 가산세를 쟁점건물의 취득가액에 가산할 경우 이로 인하여 양도소득세가 감액되고 감액된 세액만큼 행정벌인 제재를 경감해 주는 결과를 초래하게 되므로 쟁점건물 신축 관련 부가가치세 가산세는 쟁점건물의 취득가액에 합산할 수 있는 공과금이나 기타 부대비용의 범위에 포함된 것이라 할 수 없다고 판단된다.

2. 쟁점② 관련, 청구인은 쟁점건물 임대사업과 관련하여 2003년 과세연도에 쟁점건물 감가상각비로 11,612,794원을 계상하였으나, 동 감가상각비를 계상하지 않더라도 부동산임대업 소득이 결손이므로 쟁점건물 양도소득세 과세시 부동산임대업에서 계상하였던 감가상각비를 쟁점건물 취득가액에서 차감하여서는 안 된다고 주장하나, 청구인은 2003년 과세연도 감가상각비 11,612,794원을 종합소득세 신고시 이미 재무제표에 반영하여 필요경비에 산입하였고, 그 결과 부동산임대 소득에서 결손이 발생하였다 할지라도 그 결손금은 이후 과세연도에 발생하는 부동산임대소득에서 공제받을 수 있는 것이며, 기존의 국세청 예규 등에서도 “감가상각비는 결산상 손금으로 계상한 경우에 한하여 손금으로 인정되는 것이므로 과소 계상된 감가상각비를 손금산입하는 경정청구를 할 수 없다(법인46012-2513, 1996.9.17.)”라고 법 해석하고 있고, “감가상각비등 결산조정사항은 수정신고 대상이 아니다(소득46011-3076, 1997.11.29.)”라고 법 해석하고 있는 점에 비추어 볼 때 청구주장은 타당하지 않다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.