8년자경농지 해당여부를 판단함에 있어 장기할부취득한 토지의 취득시기 판단

청구인은 1998.3.21. 농업진흥공사 영산강사업단으로부터 전라남도 무안군 일로읍 구정리 00번지 소재 답 5,000㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)을 금 16,250,000원에 취득하는 ‘매립지등 분양계약’을 체결하면서 계약금 1,630,000원을 계약 당일 지급하고, 나머지 분양대금 14,625,000원은 3년 거치 후 7년간 분할 상환하기로 약정하였다. 청구인은 쟁점토지를 2007.1.18. 양도한 후 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점토지가 8년 자경농지에 해당한다는 사유로 양도소득세 감면신청을 하였으나, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 취득한 시기는 첫회 부불금 납입일인 2003.1.20. 이므로 청구인의 쟁점토지 보유기간이 8년에 미달하여 양도소득세 감면대상인 8년 자경농지로 볼 수 없다고 판단하여 청구인의 감면신청을 부인하고, 2008.1.2. 청구인에게 2007연도 양도소득세 7,618,470원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.1.28. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 쟁점토지의 분양계약일 후 곧바로 쟁점토지를 인도받아 경작을 개시하여 양도일까지 8년이 경과하였으므로 8년 자경의 감면요건을 충족하였음에도 분양대금의 첫회 부불금 납일일이나 소유권 이전 등기일이 나중에 도래하여 토지 보유기간이 8년에 미달한다는 사유로 8년 자경 농지로서의 감면을 배제하는 것은 위법 부당한 것이며, 설령 첫회 부불금의 납입일을 쟁점토지의 취득일로 본다 하더라도 쟁점토지의 경우, 분양계약 체결시 분양 대금의 10%를 선납하였으므로 계약체결일을 첫회 부불금 납입일로 보아 이 날을 쟁점토지의 취득일로 보아야 할 것이다.

청구인이 1998.3.21. 농촌진흥공사 영산강사업단로부터 쟁점 부동산을 분양받으면서 분양대금을 3년거치 7년분할 상환하기로 계약한 것은 장기할부조건 매매에 해당하고, 장기할부조건부 매매의 취득시기 판정기준인 소득세법 시행령 제162조 제1항 3호(1999.12.31. 대통령령 16664호 부칙 제7조3항에 의하여 개정되기 전 종전규정)에 의하여 청구인의 쟁점 부동산의 취득시기를 첫회 부불금 지급일과 소유권 이전등기일 중 빠른 날인 2003.1.20.로 보아 8년 자경농지 감면 신청을 부인한 당초 처분은 정당한 것임

• 가. 쟁 점 장기할부조건으로 취득한 쟁점 농지의 취득시기를 소유권이전등기접수일․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날인 사용수익일로 보아 쟁점농지의 소유 및 자경기간을 계산하여 8년 자경농지로 양도세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 [대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ｢농업기반공사 및 농지관리기금법｣에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일 까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세 대상(비과세․감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역 등” 이라 한다)에 편입되거나 ｢도시개발법｣ 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (이하 생략) 2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 ｢한국농촌공사 및 농지관리기금법｣에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당 하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시․군․구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시․군․구안의 지역

② ～③ (생략)

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년)이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시․광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(｢지방자치법｣ 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도․농복합형태의 시의 읍․면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역 (사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 의한 주거지역․사업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

• 가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역
• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 ｢소득세법 시행령｣ 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. (이하 생략) 3) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 4) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외 하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날(99.12.31. 개정) (이하 생략) 5) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】(1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전)

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외 하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 첫회 부불금의 지급일. 다만, 첫회 부불금의 지급일전에 소유권이전등기 등을 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다. 6) 소득세법 시행령 부칙 제7조 <제16664호, 1999.12.31>

① 이 영 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

③ 제162조 제1항 제3호의 개정규정은 이 영 시행후 최초의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이 도래하는 분부터 적용한다. 다만, 이 영 시행당시 종전의 규정에 의하여 양도 또는 취득의 시기가 도래한 것에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인과 농어촌진흥공사 영산강사업단이 1998.3.21. 체결한 매립지등 분양계약서에는 아래의 약정내용이 기재되어 있다

• 가) 약정내용 중 제2조(대금의 지급): ① “을(000)”은 분양대금의 10%이상(1,630,000원정)을 분배 계약체결과 동시에 선납하여야 하며, 미지급 잔액 (14,625,000원정)에 대하여는 상환약정(3년거치 7년상환)에 따라 매 납부고지일로부터 납부 약정일까지 “갑(농어촌진흥공사 영산강사업단)”에게 지급하여야 한다.
• 나) 제4조(소유권이전등): ① 소유권의 이전은 제2조 제2항의 규정에 의한 잔금을 완납한 때 또는 분양농지를 담보로 제공한 때에 한다. ② 분양농지를 담보로 소유권을 이전할 시는 포괄근저당권을 설정하며 근저당권의 최고금액은 상환잔액의 140%로 한다. ③ 제①,②항에 의한 소유권이전 및 근저당권설정등기는 “을”이 행하고 비용을 부담한다.
• 다) 제5조(매립지 등의 인도): “갑”은 이 계약을 체결과 동시 “을”에게 매립지 등을 인도하여 “을”이 사용수익할 수 있도록 한다.
• 라) 상환약정내용 (단위: 원) 납부약정일 상 환 금 상환원금잔액 비 고 원 금 이 자 계 99.1.20 0 610,830 610,830 14,620,000 거치이자 00.1.20 0 731,000 731,000 14,620,000 거치이자 01.1.20 0 731,000 731,000 14,620,000 거치이자 02.1.20 0 690,940 690,940 14,620,000 거치이자 03.1.20 1,275,300 462,630 1,737,930 13,344,700 04.1.20 1,313,560 400,340 1,713,900 12,031,140 05.1.20 1,352,970 360,930 1,713,900 10,678,170 06.1.20 1,393,560 320,340 1,713,900 9,284,610 07.1.20 1,435,370 278,530 1,713,900 7,849,240 07.2.7 7,849,240 11,610 7,860,850 0 합 계 14,620,000 4,598,150 19,218,150

2. 청구인은 2004.3.18. 농어촌진흥공사로부터 쟁점토지의 소유권을 본인명의로 등기이전하였으며, 동 일자에 농업기반공사 영산강사업단을 채권자로 하여 채권채고액 21,105,000원의 근저당권을 쟁점토지에 설정하였음이 등기부등본에 의하여 확인된다.

3. 청구인의 주민등록초본에 의하면 청구인은 1974.5.26. 전라남도 무안군 일로면 00리 332번지에 전입하여 양도일인 2007.1.18일 현재까지 동일 소재지에 거주하고 있음을 알 수 있다.

4. 무안군 일로읍장이 발행한 농지원부에 의하면, 청구인에 대한 농지원부는 1991.2.12. 최초로 작성되었고, 쟁점토지는 2004.9.7. 농지원부에 등재되어 자경한 것으로 기재되어 있으며, 그 외에도 쟁점토지외 다른 토지를 소유 및 임차하여 자경한 것으로 기재되어 있음이 확인된다.

5. 청구인은 전라남도 여수시 00동 60 00아파트 0-0002 소재 00수산(사업자등록번호 --, 사업주 000)으로부터 근로소득 명목으로 95년 6,464천원, 96년 4,880천원을 지급받았음이 국세청 전산자료에 확인되는 반면, 그 외에 발생되는 소득자료가 없다.

6. 청구인은 쟁점토지의 계약일인 1998.3.21. 쟁점토지를 농업기반공사 영산강사업단으로부터 인도받아 그 날부터 직접 경작을 하였으므로 양도일까지 8년 이상을 소유․자경한 농지로서 양도소득세 감면을 신청한 반면, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경한 사실은 인정하나, 쟁점토지의 취득일을 판단함에 있어서 1999.12.31자로 개정되기 전 소득세법 시행령 제162조 제1항 제3호 의 규정을 적용하여 분양대금의 첫회 부불금을 지급한 2003.1.20.을 쟁점토지의 취득일로 보아야 하므로 청구인이 쟁점토지를 직접 소유한 기간이 8년에 미달하므로 양도소득세 감면대상이 아니라고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. 1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정된 소득세법 시행령 제162조 제1항 제3호 에서는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기접수일․인도일 또는 사용수익일중 빠른 날을 그 자산의 취득시기로 규정하고 있으며, 같은 규정 부칙 제7조 제3항에서 상기 개정규정은 2000.1.1.후 최초의 소유권이전등기접수일․인도일 또는 사용수익일중 빠른 날이 도래하는 분부터 적용하되 2000.1.1. 당시 종전의 규정에 의하여 양도 또는 취득의 시기(첫회 부불금 등)가 도래한 것에 대하여는 종전의 규정을 적용하도록 규정하고 있음을 감안하여 볼 때, 장기할부조건의 경우로서 2000.1.1. 당시 종전의 규정에 의하여 취득시기가 도래하지 않은 쟁점토지의 취득일은 개정된 규정을 적용하여 소유권이전등기 접수일․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날을 적용함이 타당하므로 계약체결과 동시에 쟁점토지를 농업기반공사 영산강사업단으로부터 인도받아 사용수익한 날인 1998.3.21.을 쟁점토지의 취득일로 봄이 타당하다 할 것이고, 종전 규정을 적용하여 첫회 부불금 지급일자인 2003.1.20.을 쟁점토지의 취득일로 보아 청구인의 쟁점토지 보유기간이 8년에 미달한다는 사유로 8년 자경농지 감면신청을 부인한 이 건 처분은 위법하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.