세무서에 사업자등록을 하지 않은 임대주택이 장기임대주택에 해당되는지 여부

청구인은 서울특별시 ○○구 ○동 000번지 소재 ○○아파트 ○동 ○○호, ○동 ○○호, ○동 ○○호, ○동 ○○호, ○동 ○○호(국민주택규모의 5주택)를 1995년 12월부터 1996년도 3월경까지 취득하여 임대사업을 목적으로 1996. 5. 28. △△구청에 임대사업자 등록을 하고 10년 이상 임대하던 중 2006. 6. 30. 서울특별시 ○○구 ○○동 000번지 ○○아파트 ○동 ○○호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도하고 일반세율을 적용하여 양도소득세 13,652,330원을 신고․납부하였다. 처분청은 쟁점주택을 소득세법 시행령 제167조 의 3 제1항 제2호에 규정된 사업자등록 요건을 충족하지 아니한 주택으로 보아 중과세율(60%)을 적용하여 청구인에게 양도소득세 47,915,690원을 2007. 5. 31. 납기로 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007. 8. 9. 이의신청을 거쳐 2008. 1. 4. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 장기임대주택에 대한 양도소득세 등의 감면을 규정하고 있는 조세특례제한법 시행령 97조 제3항 규정의 유권해석 사례(국심 2003서2829, 2003.12.31., 심사양도 2003-3115, 2004.3.8)를 인용하여 동 규정이 훈시적 규정이므로, 첫째, 양도소득세 중과세 배제에 관한 내용을 규정하고 있는 소득세법 시행령 제167조 의 3 제1항 제2호 규정을 양도소득세 감면을 규정하고 있는 조세특례제한법 시행령 제97조 제3항 의 해석례보다 엄격히 해석할 이유가 없고, 둘째, 사업자등록 의무를 지우고 있지 아니하는 소득세법 시행령 제167조 의 3 제1항 제3호의 규정에서도 장기임대주택의 경우에는 중과세 대상에서 제외된다고 되어 있으므로, 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

• 가. 소득세법 시행령 제167조 의 3 제1항 제2호 규정에 의하여 양도소득세 중과세율의 적용이 배제되는 장기임대주택은 소득세법 제168조 에 의한 사업자등록과 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자 등록을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 주택을 말하고, 다만, 2003년 10월 29일 현재 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조각항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 소득세법 제168조 의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 보는 것이므로
• 나. 청구인은 1996년 쟁점주택을 포함한 5주택을 취득하여 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자 등록은 하였으나, 양도일 현재까지 소득세법 제168조 의 규정에 의한 사업자등록을 하지 않은 것으로 국세통합전산망에 의해 확인되므로 1세대 3주택에 대한 60% 중과세율을 적용하여 경정한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 임대주택법에 의한 임대사업자등록을 한 후 세무서에 사업자등록을 하지 않은 쟁점주택이 소득세법 시행령 제167조 의 3 제1항 제2호의 장기임대주택에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. <개정 1998.12.28, 1999.12.28, 2000.12.29, 2001.12.31, 2003.12.30, 2004.12.31, 2005.12.31>

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 <양도소득과세표준> <세율> 4천만원 초과 8천만원 이하 630만원 ＋ 4천만원을 초과하는 금액의 100분의 27 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60 2) 소득세법 시행령 제167조 의 3 【 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위 】

① 법 제104조제1항제2호의3의 규정에서 "대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. <개정 2005.2.19, 2005.5.31, 2005.12.31, 2006.2.9>

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다.

• 가. 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)·군에서 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대한 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
• 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
• 다. 임대주택법에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(동법에 의하여 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택. 이 경우 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택을 말한다.

3. 조세특례제한법 제97조·제97조의2 및 제98조의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택(이하 이 조에서 "감면대상장기임대주택"이라 한다) 4.～10. 생략

② 생략

③ 제1항제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 조세특례제한법 시행령 제97조 의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록 등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다. <개정 2005.2.19> 2) 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여 <개정 2000.12.29>】

① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다. <개정 1999.12.28>

② 부가가치세법의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다. <개정 2006.12.30>

③ 부가가치세법 제5조 의 규정은 이 법에 의하여 사업자등록을 하는 사업자에 대하여 이를 준용한다. <개정 2006.12.30>

④ 항 이하 생략

3. 임대 주택법 제6조 【임대사업자의 등록】

① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다. <개정 1996.12.30, 2000.1.12>

② 제1항의 규정에 의하여 등록한 자는 그 등록한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 시장·군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 건설교통부령이 정하는 경미한 사항의 경우에는 그러하지 아니하다.<개정 2000.1.12>

③ 생략 4) 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 29. 제목개정)

① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2001. 12. 29. 개정)

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택 (1998. 12. 28. 개정)

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택 (1998. 12. 28. 개정)

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다. (2001. 12. 29. 개정)

④ 제1항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정)

• 다. 사실관계

1. 청구인은

2006. 6. 14. 쟁점주택이 소득세법 제167조의3 제1항 제2호 에 규정된 장기임대주택에 해당되는 것으로 보아 장기보유특별공제와 일반세율을 적용한 비거주자 양도소득세 신고납부확인신청을 하고 양도소득세 6,826,160원, 농어촌특별세 1,516,920원, 합계 8,343,080원을 자진납부한 사실과 2006. 6. 30. 비거주자를 이유로 양도소득세 과세표준예정신고서를 제출하면서 양도소득세 5,309,240원을 추가자진납부한 사실이 청구인의 양도소득세 과세표준 예정신고서 및 납부서, 국세통합전산망에 의해 확인된다.

2. 처분청은 일반세율(27%)을 적용하여 신고한 청구인의 양도소득세 과세표준예정신고 내용 중 중과세율(60%)를 적용하여 2007. 5. 21. 이 건 양도소득세 47,915,680원을 경정․고지하였음이 양도소득세 결정결의서와 고지서 사본에 의해 확인되고 2007. 7. 2. 청구인은 동 고지세액 전액을 납부하였음이 국세통합전산망에 의해 확인된다.

3. 청구인은 재외국민등록부등본 상 2005. 11. 30. 등록된 미국인 영주권자로 비거주자이며, 이에 대한 처분청과 청구인 간에 이견이 없음이 2006. 6. 30. 감면을 배제한 추가 자진납부한 과세표준예정신고서를 근거로 미루어 짐작할 수 있다.

4. 행정전산망(G4C)을 이용하여 청구인의 임대주택에 대한 건물 등기부등본, 집합건축물대장(표제부와 전유부)을 열람한 결과 청구인의 최초취득 사실이 확인되고 대한주택공사가 1988년 5월에서 1988년 7월 사이에 사용승인을 받은 아파트로 확인된다. 번호 임대 주택 접수일 원인일 잔 금 청산일 비고 1 상계동 680 주공A ○동 ○○호 96.02.06 95.12.08 96.02.01 쟁점주택 2 상계동 680 주공A ○동 ○○호 95.12.28 95.11.29 3 상계동 680 주공A ○동 ○○호 95.12.28 95.11.21 4 상계동 680 주공A ○동 ○○호 95.12.28 95.11.27 5 상계동 680 주공A ○동 ○○호 96.03.14 96.02.10

5. 청구인은 1996.5.28. ○○구청에 임대 주택법 제6조 의 규정에 의하여 임대사업자로 등록(등록번호 96-00-0)하였고 등록한 임대주택은 쟁점주택을 포함한 5주택임이 청구인이 제시한 임대사업자등록증 사본에 의해 확인되고 임대주택의 취득일부터 양도일까지 청구인이 주로 외국에 거주하였음이 개인별출입국 현황에 의해 확인되므로 1996. 5. 28.이후 양도일(2006.6.30.)까지 계속 임대한 것으로 보인다.

6. 국세청전산자료 확인결과, 청구인은 쟁점주택 임대소득에 대하여 1996년 귀속 종합소득세만을 신고하였을 뿐 세무서에 사업자등록을 하였거나 주택임대소득에 대하여 종합소득세 신고이력이 없다.

7. 임대 주택법 제6조 규정에 의한 임대사업자 등록과 별개로 소득세법 제168조 의 규정에 의한 관할 세무서에 사업자등록을 하지 않은 사실은 청구인의 불복이유서에서 확인되고 이 점에 대하여 다툼이 없다.

• 라. 판 단 1) 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 단서규정에서 2003.10.29. (주택시장안정대책발표일) 현재 임대주택법제6조의 규정에 의한 사업자등록을 하였으나 소득세법 제168조 의 규정에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 임대주택법제6조의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제68조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다고 규정되어 있어 모든 임대사업자에게 경제적 선택의 기회를 부여한 것으로 보여지므로, 소득세법 제168조 규정에 의한 사업자등록 요건을 충족하지 아니하였다면 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하고 장기임대주택으로 보지 않은 것은 타당하다 할 것이다.(국심2007중2389, 2007.10.2 및 서면인터넷방문상담4팀-520, 2006.3.8 외 다수)

2. 더욱이, 소득세법 제168조 의 규정에 의한 사업자등록의 요건을 훈시적 규정이라고 주장하는 해석례인 조세특례제한법 제97조 및 소득세법 제167조의3 제1항 제3호 규정은 세법상 거주자에게 적용되는 것임이 법 조항에 명확히 규정되어 있으므로 비거주자인 청구인에게 이 규정을 달리 해석․적용할 여지가 없는 점을 종합하여 볼 때, 비거주자인 청구인의 쟁점주택을 장기임대주택으로 보지 아니하고 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 보아 중과세율을 적용한 처분청의 당초 과세처분은 잘못을 발견할 수 없다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.