양도소득세 감면대상의 신축주택 해당 여부

청구인은 2006.7.20. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○아파트 ○○○호(전용면적 113.1㎡로서, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 양도하고서, 2006.9.8. 실지거래가액(양도가액 695,000,000원, 취득가액 369,450,280원)에 의한 방법으로 양도소득세 81,143,870원을 신고․납부한 후, 2007.7.11. 동 주택의 양도는 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】규정에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 81,143,870원의 환급과 농어촌특별세 18,031,970원을 납부하는 것으로 한 경정청구를 하였다. 처분청은 2007.9.4. 청구인에게 쟁점아파트의 양도는 위 조세특례제한법 제99조 의 3 규정에 해당하지 않는 것으로 보아 경정청구 거부통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.4. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 당초 청구외 ○○종합건설(주)으로부터 쟁점아파트를 분양(1996.8.23. 계약)받아 분양대금을 불입하던 중 동 법인의 부도로 인하여 분양받은 사람들끼리 조합을 조직하여 추가 건축비 발생분은 조합비로 납부하고 신축(2003.2.27. 사용승인)한 아파트이므로 조세특례제한법 제99조 의 3 규정의 양도소득세 감면대상에 해당하는데도, 처분청이 경정청구를 거부한 것은 부당하

• 다. 3. 처분청 의견 거주자가 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 중도금을 납부하던 중 주택건설업자의 부도로 다른 분양계약자들과 공동으로 건설추진위원회를 구성하여 주택을 신축한 경우 당해 신축주택은 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호 규정의 주택건설업자로부터 취득한 신축주택에 해당하지 아니할 뿐만 아니라(서면5팀-1407, 2007.4.30. 외 다수 같은 뜻임), 일반 분양받아 중도에 건설회사의 부도로 자기들끼리 조합을 구성하여 주택을 신축한 경우 위 예규에서 말하듯이 감면대상 신축주택(제99조의 3의 제1항, 동조 제2항 모두 해당)으로 보지 않는 것이며, 또한 자기건설 신축주택으로서 2002.12.31. 이전에 공사에 착수하고 2003.1.1. 이후 양도한 경우에는 감면이 가능하지만 양도당시 실가가 6억원을 초과하면 감면배제되므로(재경부 재산세제과-414, 2004.3.31. 같은 뜻임), 양도가액이 6억원 이상으로 고가주택인 쟁점아파트에 대하여 조세특례제한법 제99조 의 3 규정의 적용을 배제한 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조 의 3 규정의 신축주택에 해당하는 양도소득세를 감면대상인지 여부
• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이소득세법제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제 외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 개 정)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 2) 조세특례제한법시행령 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. (2000. 12. 29. 신설) 1.주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택 (2005. 2. 19. 개정)

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. (2005. 2. 19. 개정)

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 조합원”이라 함은도시 및 주거환경정비법제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는주택법제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. (2005. 2. 19. 개정) 3) 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】제1항 단서 개정이력

• 가) 2002.12.11. 개정전의 것

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2001. 8. 14. 개정)

• 나) 2002.12.11. 개정된 것

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2002. 12. 11 개정) 부칙 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】(2002. 12. 11 법률 제6762호)

① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 4) 소득세법시행령 제156조 【고가주택의 범위】(2002.12.30. 개정전의 것) 법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다. (1998. 12. 31 개정)

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것 (2002. 10. 1 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 청구인이 2006.9.8. 쟁점아파트의 양도에 대하여 실지거래가액(양도가액 695,000,000원, 취득가액 369,450,280원)에 의한 방법으로 양도소득세 81,143,870원을 신고․납부한 후, 2007.7.11. 쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】규정에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 81,143,870원의 환급과 농어촌특별세 18,031,970원을 납부하는 것으로 한 경정청구를 한데 대하여, 처분청은 2007.9.4.자로예규(서면5팀-1407, 2007.4.30. 서면4팀-1481, 2007.5.4 및 서일46014-11579, 2003.11.6)에 의하면, 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금 및 증도금 일부를 납부하던 중에 부도로 다른 분양계약자들과 공동으로 건설추진위원회를 구성하여 주택을 신축한 경우에는 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호의 규정에 해당하지 않으므로 감면대상 신축주택이 아니라는 뜻으로 환급불가통지한 것으로 나타난다.
• 나) 청구인이 제시하는 1996.8.23.자○○아파트 분양계약서및1998.2.13. 기준의 분양대금 납부내역에 의하면, 청구인은 1996.8.23. 청구외 ○○종합건설(주)로부터 쟁점아파트를 277,782,000원에 분양받는 것으로 계약을 체결하고, 1997.9.26.까지 5회에 걸쳐 138,927,950원(원금기준임)을 납입한 것으로 나타나는데, 청구인은 ○○종합건설(주)이 공사도중 부도로 공사가 중단되었고, 한편 채권은행에서 토지에 대한 경매신청을 하여 청구인 등 수분양자들이○○ 수분양자조합을 결성하여 토지를 분양받아 (주)○○산업에 건축공사도급을 주어 추가 건축비 발생분 91,668,280원을 조합비로 납부하고 완공(2003.2.27. 사용승인)하였다고 한다.
• 다) 쟁점아파트 토지대장에 의하면, 쟁점아파트의 부지는 당초 ○○시 소유인 것을 1996.6.5. ○○종합건설(주)로 이전되었다가, 2000.6.5.○○ 수분양자조합명의로 이전된 것으로 나타난다. 라)○○ 수분양자조합(대표 이○○) 발급의 조합원 아파트 부담금 및 납부내역에 의하면, 청구인은 쟁점아파트의 조합원 총부담금 369,450천원(당초 분양가액보다 91,668천원 더 많음)을 1998.12.1.부터 2003년 2월까지 12차에 걸쳐 납부한 것으로 나타나는데, 1998.12.1. 제1회 출자금은 138,927천원으로 ○○종합건설(주)에 납부한 금액과 일치하는 것으로 나타난다.
• 마) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, ○○ 수분양자조합(이○○ 외 209명)은 부동산신축판매업을 영위하는 것으로 1999.7.5. 사업자등록(개업일 1999.7.1)을 하였다가 2003.7.24. 폐업한 것으로 나타나고, 부가가치세 신고․납부는 2000년 제1기분부터 2003년 제2기분까지 총매출액 22,686백만원으로 환급세액을 차감한 순납부액은 515백만원 정도인 것으로 계산되며(2000년 1기～2001년 2기까지는 매입만 발생함), 청구인은 위 조합에서 발생된 소득 3,344백만원을 사업소득금액으로 하 여 2003년 귀속분 종합소득세를 신고․납부한 것으로 나타난다.
• 바) 쟁점아파트의 집합건축물관리대장에 의하면, 건축주는 ○○ 수분양자조합으로 되어 있고, 공사시공자는 (주)○○산업으로 되어 있으며, 공 사허가일은 1996.9.3. 착공일은 1996.11.1.로, 사용승인일은 2003.2.27.로 되어있
• 다. 사) 쟁점아파트의 등기부 및 청구인의 주민등록초본 등에 의하면, 2003.2.24. ○○ 수분양자조합이 대위등기한 것을 청구인이 2003.5.15.자로 소유권보존등기를 하고, 2006.7.20. 청구외 최○○ 외 1명에게 소유권이전등기(2006.6.11. 매매원인 양도가액 695,000천원)한 것으로 나타나며, 청구인 부부는 2003.5.14～2006.9.14.간 쟁점아파트에 거주한 것으로 나타난다.
• 아) 당심에서 조합 대표 이○○에게 전화 문의한 바, 이○○는 당시의 서류는 조합이 청산되어 폐기하였다고 하면서, ○○종합건설(주)가 부도나서 수분양자들(210명)끼리 조합을 조직하여 부지를 3차 경매시 응찰하여 경락받아 약 3～4개월의 건설업체를 물색하여 (주)○○산업에 건축공사 도급을 주어 약 2년간의 공사로 근린생활시설(1층 상가)과 아파트 238세대를 완공하여 상가와 28세대의 아파트는 (주)○○산업에 공사대금의 대물변제로 주었으며, 조합은 주택조합으로 인가받은 것이 아니고, 임의단체로 ○○구청에 등록한 것이라 한다.
• 자) 당심에서 ○○구청 주택과와 건축과의 현재 실무자들에게 전화문의한 바, 당시 주상복합아파트는 주택건설촉진법의 적용대상이 아니어서 당초 ○○종합건설(주)의 건축허가는 아파트신축 사업승인에 의한 것이 아닌 일반 건축허가에 의한 것이고, ○○ 수분양자조합도 당시 시행된 주택건설촉진법(현 주택법)상 주택조합(지역, 직장, 재건축조합)으로 인가받은 것이 아닌 임의등록 단체이므로 구청에서 조합의 운영 및 해산 등에 관여할 대상이 아니라고 하며, ○○ 수분양자조합이 쟁점아파트를 신축한 것도 당초 ○○종합건설(주)의 건축허가에 의한 것이며, 구청에서는 아파트 분양에 대한 사업승인 등에 대하여 관여할 대상이 아니었다고 한다.

2. 판단

• 가) 우선 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조의3 제1항 규정의 신축주택에 해당하기 위해서는 청구인이 쟁점아파트를 주택건설업자로서 취득하였다면 이에 해당하지 아니하는 것이므로 청구인이 주택건설업자로서 쟁점주택을 취득한 것인지를 보면, 위 법 규정의 주택건설사업자란주택법제9조의 규정에 의한 등록 여부에 불구하고 주택을 건설하여 판매하는 사업을 영위하는 자를 말하는 것으로, 주택건설사업자에 해당하는지의 여부는 당해 주택의 양도가 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지의 여부 등을 고려하여 사회통념에 의거 판단하여야 것(서사-1783, 2005.9.29. 외 다수 같은 뜻임)인 바, 이 건의 경우 비록 당초 아파트를 분양한 ○○종합건설(주)의 부도로 수분양자들이 임의로 조합을 조직하여 부동산신축판매업의 공동사업자 등록을 하였더라도, 청구인등 조합원들은 당초 ○○종합건설(주)로부터 분양받기로 한 아파트를 동 법인의 부도로 부득이 기 납부한 중도금 등의 채권확보가 어려워 자신들이 신축하여 아파트를 취득하기 위한 것으로 보일 뿐 공동으로 주택건설사업을 영위하기 위한 것으로는 볼 수 없고, 또한 거주자가 공동으로 주택을 신축하여 본인들이 거주할 주택을 사용하고 잔여주택을 분양하는 경우 자가사용하는 1주택은 총수입금액 및 필요경비에 산입하지 아니할 뿐만 아니라(서면4팀-1881, 2005.10.17), 공동사업에 참여한 조합원이 자기지분을 조합의 현물자산으로 그대로 반환받는 경우에는 양도로 보지 아니하는 것(재재산-550, 2005.11.10. 같은 뜻임)으로 볼 때, 공사대금으로 대물변제한 상가와 잔여 아파트의 부분에 대하여는 청구인이 부동산신축 공동사업자의 지위에 있다 하더라도 조합원 지분으로 취득한 쟁점아파트는 주택건설업자의 지위로서 취득한 것으로 볼 수 없다 할 것이다.

2. 다음, 위 법조항 제1호 규정의 주택건설업자로부터 취득한 신축주택에 해당하는지를 보면, 청구인이 당초 ○○종합건설(주)로부터 1996.8.23. 분양받은 것으로 신축주택 취득기간(2001.5.23～2003.6.30) 중에 주택건설업자와 계약을 체결한 것이 아닐 뿐만 아니라, 당초 분양한 ○○종합건설(주)의 부도로 청구인을 포함한 수분양자들이 공동으로 임의 조직한 조합이 부지 등을 경락받아 완공한 것이므로 주택건설업자로부터 취득한 신축주택에는 해당하지 않는다 할 것(서면4팀-1481, 2007.05.04 같은 뜻임)이다.

3. 그런데, 위 법조항 제2호의 규정의 자기가 건설한 신축주택에 해당하는 지를 보면, ○○ 수분양자조합은 당시 시행된 주택건설촉진법상 인가받은 주택조합은 아니더라도, 동 조합이 ○○종합건설(주)가 건축 중이던 부지 등을 경락(2000.6.5. 소유권이전)받아 자기계산과 책임 하에 건축주로서 완공(2003.2.27. 사용승인)하고, 청구인이 동 조합의 구성원으로서 쟁점아파트를 취득하였으므로 결국 쟁점아파트는 청구인이 신축한 즉, 자기가 건설한 신축주택이라 할 것이며, 그리고 쟁점아파트의 양도가액이 695백만원으로 양도당시 고가주택에 해당하더라도, 자기가 건설한 신축주택으로서 2002.12.31. 이전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받은 경우에는 2002.12.11. 개정된 조특법 제99조의 3 제1항 단서규정을 적용하지 아니하고 그 부칙 제29조 제2항의 규정에 의거 종전 규정이 적용되는 것(재경부 재산세제과-96, 2007.1.6 및 국심 2004서1872, 2005.3.17. 외 다수 같은 뜻 임)인 바, 당시 시행된 고급주택의 면적기준(전용면적 149㎡ 이상)에 해당하지 아니하는 쟁점아파트(전용면적 113.1㎡)도 2002.12.31. 이전에 착공하여 2003.2.27. 사용승인되었으므로 쟁점아파트는 결국 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제2호 규정의 자기가 건설한 신축주택에 해당하는 것으로 보아야 함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.