토지의 단기양도인지 여부와 양도차익 산정이 정당한지 여부

○○세무서장이 2007.11.26. 청구인에게 경정․고지한 2004과세연도분 양도소득세 151,131,820원의 부과처분은, 양도가액에 포함된 청구인이 수령하지 아니한 알선수수료 41,319,750원과 대납한 대출이자 회수액 29,075,300 원을 양도가액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 1983.8.15. 청구외 신○○으로부터 국유지인 ○○도 ○○ 시

○○ 읍

○○ 리 94-1 외 2필지 하천부지 3,445㎡(이하󰡒쟁점토지󰡓 라 한다)의 사용권과 위 지상건물 13동 1,907.28 ㎡ (계사, 이하 “쟁점건물”이라 한다. “쟁점토지”와 “쟁점건물”을 함께 “쟁점양도물건”이라 한다)을 취득하여 점유해오다가 1999.10.23. 청구외 김○일(이하 “김○일”이라 한다)에게 쟁점토지를 불하받아 양도하기로 매매계약을 체결하였다. 청구인은 2004.8.30. ○○시로부터 쟁점토지를 1,981백만원에 불하받아 당일 청구인과 김○일이 양도인으로 하여 청구외 염○○(이하 “염○○”이라한다)에게 3,120백만원에 양도하는 계약을 체결한 후, 2004.9.9.과

2004. 11.15.에 쟁점농지를 청구인 명의로 취득 등기하여 2004.10.20.과 2004.11.15. 염○○ 에게 양도등기를 하고, 실거래가액에 의한 양도가액 을 2,201,361천원, 취득가액을 1,981,361천원으로 하여 양도차익 105,081천원을 산정하여 1년 미만 단기양도세율 50%를 적용하여 2004.12.20. 양도소득세 46,161천원을 예정신고․납부하였다.

○○지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2007.7.2.부터 2007.7.30.까지 청구인에 대한 양도소득세조사를 실시하여 쟁점양도물건의 실지양도가액을 2,523,680천원(과소신고분 325,402천원 포함)으로 조사하고, 과세전적부심사청구에서 채택된 쟁점건물의 취득가액 75,000천원과 중개수수료 27,000천원을 취득가액과 필요경비로 추가 산입하여 청구인에게 2004과세연도분 양도소득세 151,131천원을 경정․고지하도록 처분청에 처분 지시하였다. 처분청은 처분지시에 의하여 2007.11.26. 청구인에게 양도소득세 151,131천원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.6. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 쟁점토지의 양도는 토지소유권 이전의 형식만을 갖추었을 뿐 실질은 장기 보유한 부동산을 취득할 수 있는 권리(이하 “토지의 우선매수권”이라 한다)를 양도한 것이므로 처분청이 1년 미만 단기양도의 세율 50%을 적용한 것은 부당하다.

1. 처분청의 과세근거인 2004.8.30. 매매계약서상에 계약시 불하받지 않은 토지인 ○○시 ○○리 761-27소재 367㎡(불하일: 2004.11.11.)가 포함된 것을 볼 때, 김○일에게 토지의 우선매수권 과 축사를 매매하기로 계약하였으나, 토지는 ○○시 로부터 토지의 우선매수권(청구인이 23년간 축사 소유)를 가진 청구인에게만 불하받을 권리가 있어 ○○시청이 청구인에게만 등기 이전이 가능하였기 때문에 토지의 우선매수권를 근거로 청구인이 토지등기 이전 후 김○일에게 토지의 소유권이전등기를 하여야 하나, 실질적으로 매매 가액 전부를 납부한 염○○에게 토지소유권을 이전한 것이고,

2. 매매계약서상에 잔금청산일을 기재하지 않고 특약사항으로 “잔금은 매수인에게 토지거래허가필증 교부시 지급하기로 한다.”라고 기재된 것을 볼 때, 토지거래허가가 있어야만 쟁점토지의 양도가 성립되는 것이고,

3. 만약 토지의 양도라면 청구인만을 매도인으로 기재하여야 하나, 김○일을 매도인으로 함께 기재한 것은 토지의 우선매수권의 양도로서 공부상 나타나지 않는 토지의 우선매수권의 소유권자가 김○일이란 사실을 나타내기 위한 것이다. 4) 소득세법 기본통칙94-1【부동산을 취득할 수 있는 권리의 예시】2호를 보면, 부동산매매계약을 체결한 자가 계약금만 지급한 상태에서 양도하는 권리 등을 예시하고 있는바, 청구인은 ○○시청에 계약금뿐만 아니라 잔금까지도 최종매수자인 염○○으로부터 수령하여 납부한 사실을 과세관청에서도 확인하고 있으므로 이는 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도로 보아야 하는 명백한 예시라 할 수 있다.

5. 따라서 쟁점토지의 양도거래는 소유권이전 형식만을 갖추었을 뿐 실제 토지의 우선매수권을 양도한 것에 불과하므로 실질과세의 원칙에 의하여 1년 이상 장기 보유한 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도로 보아야 한다.

• 나. 쟁점건물도 양도한 것으로 보아 건물분에 대한 장기보유특별공제를 적용하여 양도차익을 산정하여야 한다.

1. 국세청 예규(서면4팀-318, 2004.3.23)에서도 “매매계약한 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대 1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매 계약일 현재를 기준으로 비과세 여부를 판단한다.”라고 해석하고 있음을 볼 때,

2. 이 건 2004.8.30.자 매매계약서 상에도 건물(축사)로 표시되어 있고, 김○일이 2004.10.11. 건물철거비용 60,000천원을 매수인으로부터 수령한 사실로 보아 매매계약 시까지도 건물(축사)이 존재하고 있었던바 건물의 양도가 명백하므로 양도가액인 150,000천원에서 취득가액 75,000천원과 필요경비 7,500천원과 장기보유특별공제 20,250천원을 공제하여 양도소득금액을 47,250천원으로 계산하여야 한다.

• 다. 쟁점토지의 양도차익을 산정함에 있어서, 염○○으로부터 수령한 금액 중 29,000천원과 양도가액 중 귀속이 불분명한 51,320천원(처분청은 귀속불분명한 양도가액 102,640천원의 1/2를 각각 청구인과 김○일의 양도가액으로 과세함)은 양도가액에서 차감하여야 하고, 하천점용료 86,477천원은 필요경비로 인정하여야 한다.

1. 청구인은 2000.8.1. 김○일로부터 중도금으로 수령한 아파트를 담보로 대출받아 김○일에게 반환한 2억원의 은행이자를 김○일이 납부하지 않아

2002. 5월∼2004. 10월까지 이자비용 29,000천원을 청구인이 대납하였고, 쟁점 토지의 등기상 매수인인 염○○으로부터 받은 매매가액 321,000천원 중 청구인이 김○일을 대신하여 대납한 29,000천원을 차감한 292,000천원이 쟁점토지의 우선매수권 양도 가액이다.

2. 처분청은 양도가액 중 귀속이 불분명한 102,640천원을 청구인과 김○일에게 각각 1/2씩 안분하여 양도가액에 포함하여 과세하였으나, 김○일이 동 금액을 쟁점토지의 우선매수권 중개수수료로 지불한 것으로 청구인은 51,320천원을 실제 수령한 사실이 없다.

3. 2004.8.27. 공유재산매매계약서 제6조에는 토지인근주민이 제기한 민원에 의해 강제폐업조치이후 부과된 하천점용료를 납부하지 않으면 토지의 우선매수권을 취득할 수 없는 조건에 의하여 ○○시청의 강제환수조치기간(1999∼2004년)까지 발생한 86,477천원은 쟁점토지의 우선매수권을 취득하기 위한 필수불가결한 비용이므로 필요경비에서 공제하여야 하여야 한다.

• 가. 쟁점토지의 양도는 1년 미만 보유한 토지의 단기양도에 해당한다.

1. 1999.10.23. 청구인과 김○일 간에 작성된 매매계약서를 보면, “청구인이 하천부지를 책임지고 불하받아 매수인에게 소유권 이전한다(불하대금은 전액 김○일이 부담함).”라는 조건부매매계약을 하고, 청구인은 중도금까지 수령하였으나, 불하일정이 지연되어 2004.8.30.과 2004.11.11.에야 쟁점양도물건을 불하받아 소유권 이전등기를 한 후, 2004.10.20.과 2004.11.15.에 염○○에게 양도한 것이다.

2. 이는 소득세법 제94조 의 부동산의 양도에 해당되며, 취득 및 양도시기는 대금청산한 날이므로(대금청산 전에 소유권 이전하는 경우 소유권이전등기일), 세율은 보유기간 1년 미만의 단기 양도에 적용하는 50%를 적용한 당초 처분은 정당하다.

3. 설령, 청구인의 주장대로 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도라 할지라도, 부동산의 취득할 수 있는 권리의 취득시기는 1983.8.10.이 아니고, 도유폐천부지관리계획에 의해 매각대상토지로 승인된 2004.1.6.을 권리로 확정된 날로 보아야 하고, 이 경우에도 단기양도인 점은 달라지지 않는다.

• 나. 또한 쟁점건물은 국유지를 사용할 목적으로 부득이 철거한 것으로 쟁점건물의 취득가액 75백만원을 토지의 자본적 지출액으로 보아 필요경비로 인정한 당초처분은 정당하다. 청구인이 쟁점토지를 불하받기 위해서는 쟁점건물의 철거가 필수조건이었던 점이 ○○시 공문에 의하여 나타나고, 김○일이 매수인으로부터 건물철거비용을 수령한 날짜가 2004.10.11.인 점 등으로 보아 쟁점건물(축사)은 쟁점토지의 양도일인 2004.10.20.과 2004.11.15. 이전에 이미 철거되어 양도시점에는 존재하지 아니하여 쟁점건물을 양도한 것으로 볼 수 없으므로 쟁점토지의 취득가액 75백만원을 토지의 자본적 지출액으로 보아 필요경비로 인정한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다.
• 다. 양도차익을 산정함에 있어 염○○에게서 수령한 금액 중 29,000천원과 귀속불분명한 매매가액 51,320천원은 양도가액에서 차감될 가액이 아니며, 하천점용료 86,447천원은 쟁점토지의 취득비용으로 볼 수 없다. 1) 청구인은 당초 계약금과 중도금으로 150백만원을 수령하였다가 쟁점외아파트(김○일이 중도금으로 대물변제한 아파트)를 담보로 2억원을 대출받아 김○일에게 반환한 것으로 채무자인 청구인이 부담할 이자비용이므로 양도가액에서 차감할 수 있는 필요경비에 해당되지 않는다.

2. 청구인은 양도가액 중 귀속 불분명한 금액을 김○일이 알선수수료로 제3자에게 지급한 것이라고 주장하나, 청구인은 김○일과 귀속이 불분명한 금액 102,639천원을 포함하여 3,120백만원을 매수인인 염○○으로부터 수령하였으며, 알선수수료라는 구체적인 입증자료 등을 제시하지 못하므로 51,320천원을 양도가액에서 차감할 이유가 없다.

3. 하천점용료 86,477천원은 청구인이 하천부지를 이용하여 수십 년 동안 양계사업을 하면서 창출한 수익에 대응되는 비용일 뿐이지, 양도소득금액을 산정하는데 있어 인정되는 소득세법상 열거된 필요경비에 해당되지 않는다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지의 양도가 1년 이상 장기 보유한 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도인지, 아니면 1년 미만 단기 부동산의 양도인지 여부,

② 쟁점건물을 양도한 것으로 보아 건물분에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부,

③ 양도차익을 산정함에 있어 ㉮ 청구인이 수령한 대금 중 29백만원을 대출금이자 대납액을 회수한 것 으로 보아 양도가액에서 차감할 수 있는지 여부, ㉯ 양도가액 중 귀속불분명금액 51백만원을 양도가액에서 차감할 수 있는지 여부, ㉰ 하천점용료 86백만원을 필요경비에 산입할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.(2000.12.29. 개정)

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동삼을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것: 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것: 양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것: 양도차익의 100분의 30 3) 소득세법 제96조 【양도가액】(2005.12.31. 개정전)

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(괄호 생략)

2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 귄리인 경우

3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우 4) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 5) 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(괄호 생략)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

② 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 당해 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 그 양도일 또는 취득일로 본다. 6) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】(2004.12.31. 개정전)

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산: 제55조 제1항의 규정에 의한 세율 2의2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것: 양도소득과세표준의 100분의 50 7) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】(2005.12.31. 개정전)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 8) 소득세법시행령 제89조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산외의 자산은 당해 자산의 취득당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 9) 소득세법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】(2005.2.19. 개정전)

① 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서 및 나목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(괄호 생략)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것

⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 “양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과 증권거래세법에 의하여 납부한 증권거래세 10) 소득세법시행규칙 제79조 【양도자산의 필요경비 계산 등】(2005.3.19. 개정 전)

① 영 제163조 제3항 제4호에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 비용을 말한다.

1. 하천법ㆍ댐건설 및 주변지역 지원 등에 관한 법률 기타 법률에 의하여 시행하는 사업으로 인하여 당해 사업구역내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금등의 사업비용과 개발이익환수에 관한 법률에 의한 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다). 다만, 개발이익환수에 관한 법률 제12조 의 규정에 의하여 양도소득세가 개발비용에 계상된 경우의 개발부담금상당액을 제외한다.

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 당해 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용 11) 부동산등기특별조치법 제2조 【소유권이전등기 등 신청의무】

① 부동산의 소유권이전을 내용으로 하는 계약을 체결한 자는 다음 각호의 1에 정하여진 날부터 60일 이내에 소유권이전등기를 신청하여야 한다. 다만, 그 계약이 취소ㆍ해제되거나 무효인 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 계약의 당사자가 서로 대가적인 채무를 부담하는 경우에는 반대급부의 이행이 완료된 날

2. 계약당사자의 일방만이 채무를 부담하는 경우에는 그 계약의 효력이 발생한 날

③ 제1항의 경우에 부동산의 소유권을 이전받을 것을 내용으로 하는 계약을 체결한 자가 제1항 각호에 정하여진 날 전에 그 부동산에 대하여 다시 제3자와 소유권이전을 내용으로 하는 계약을 체결한 때에는 먼저 체결된 계약의 반대급부의 이행이 완료되거나 계약의 효력이 발생한 날부터 60일 이내에 먼저 체결된 계약에 따라 소유권이전등기를 신청하여야 한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인이 1983.8.10. 청구외 신○○으로부터 쟁점토지에 대한 사용권 및 쟁점건물 12동을 1억 5천만원에 취득하여 계사로 사용하는 등 2004.8.27. ○○시로부터 불하받기 전까지 점유한 사실에 대하여 처분청과 청구인 간에 다툼이 없다. 2) 1999.10.23. 청구인과 김○일 간의 매매계약 내용(이하󰡒1차 매매 계약”라 한다)을 보면,

• 가) 매매부동산은 쟁점토지(국유지) 4,320㎡와 쟁점건물 13동, 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리 95-9 소재 356㎡(사유지, 이하 “쟁점외토지”라 한다)이고,
• 나) 매매대금은 5억6천만원으로, 계약시 5천만원, 1999.11.20. 중도금 4억원, 잔금은 1억1천만원(지급일자란 공란임)으로 한다. 다) 특약사항으로 ① 쟁점토지는 국유지 지상권 매매로서 하천부지인 쟁점토지를 청구인이 책임지고 불하받아 김○일에게 소유권 이전하고,

② 불하대금은 전액 김○일이 부담한다. ③ 중도금 4억원은 현금 1억원과 김○일의 ○○동 ○○아파트(3억원, 이하 “쟁점외아파트”라 한다)으로 대체하고, ④ 잔금은 소유권 이전서류 완비시 지불키로 하며, ⑤ 미등기건물을 포함한 전체 건물 13개동을 김○일에게 위임한다. 라) 청구인은 계약일(1999.10.23) 계약금 현금 5천만원, 1999.11.20. 중도금 중 1억원 현금 수령하고, 2000.1.6. 중도금 3억원(쟁점외아파트의 소유권)을 수령한다. 3) 2000.7.21. 청구인과 김○일간의 합의서 내용(이하 “1차합의”라 한다)을 보면,

• 가) 청구인 소유의 쟁점외아파트를 담보로 대출받아 김○일에게 2억원 반환하고, 불하절차 완료시 2억원과 잔금을 회수하며, 대출이자는 김○일이 대납한 후 잔금에서 공제한다.
• 나) 2000.8.1. 청구인은 2억원을 대출받아 김○일에게 2억원을 반환한 사실과, 2001.8.10. 김○일이 대출금의 일부인 2천만원을 반제한 사실에 대하여 처분청과 청구인 간에 다툼이 없다.
• 다) 대출금 원장을 보면, 2000.8.1.～2002.5.11.까지 발생한 이자비용 27,000천원은 김○일이 부담하고, 2002.5.12.～2004.10.1.까지 이자비용 29,000천원은 청구인이 부담한 것으로 나타난다. 4) 2002.3.15. 청구인과 김○일 간의 합의서 내용(이하 “2차합의”라 한다)을 보면,
• 가) 대출금 잔액 180백만원 중 50백만원은 김○일이 우선 상환하며, 나머지 130백만원은 쟁점토지 소유권 이전시 상환하고, 매매대금을 450백만원으로 조정한다.(쟁점토지의 면적(875㎡) 감소로 80백만원, 김○일 부담한 대출금이자 30백만원 감액함) 또한, 쟁점외토지와 쟁점건물 1/2을 김○일에게 소유권 이전한다.

5. 청구인은 2002.4.8. 쟁점외토지와 쟁점건물의 지분 50%를 김○일에게 양도한 시실이 등기부등본에 의하여 확인되고, 2002.3.18. 청구인이 쟁점외토지에 대하여 기준시가(51백만원)로 양도소득세 신고한 것으로 나타난다.

6. 2004.1.6. 경기도청은 쟁점토지 중 3,078㎡를 우선매수자를 청구인으로 하여 매각대상자산으로 승인하였는데 그 승인조건을 보면,

• 가) 청구인이 소유한 ○○소방파출소 예정부지(○○읍 ○○리 761-25)의 건축물을 철거하여야 하며, 잔여면적 367㎡는 추후 매각승인 예정이고, 쟁점토지 위 지상건축물 철거, 하천점용료 및 하천부지대부료를 완납하여야 한다.

7. 2004. 6월경 김○일은 쟁점양도물건을 매도하기 위해 매수인(염○○)과 매매계약을 체결하고, 2004.6.2. 온라인으로 2억원을 송금받았으나, 청구인이 매매계약에 대한 이의제기로 취소된 것으로 나타난다.

8. 2004.8.27. 청구인과 ○○시장 간의 불하계약 내용을 보면,

• 가) 2004.8.27. 쟁점토지 중

○○ 읍

○ 리 94-1 소재 880㎡, 94-4 소재 1,721㎡, 105-12 소재 477㎡, 합계 3,078㎡를 불하대금 1,686,843천원에 계약하고, 불하대금은 2004.8.30. 일시 납부하며,

• 나) 2004.11.11. 잔여토지(367㎡)를 불하대금 294,517천원에 계약하고 불하대금은 2004.11.11.에 일시 납부한다. 9) 2004.8.30. 청구인․김○일과 염○○ 간의 매매계약 내용을 보면,
• 가) 쟁점양도물건을 매매가액 3,120백만원으로 계약 체결, 계약금 1,886,843천 원, 잔금 1,233,157천원(잔금지급일 기재안됨)이고,
• 나) 특약사항으로 잔금은 매수인에게 토지거래허가필증 교부시 지급하고, 건축물 폐기물은 매도인이 처분한다.

10. 2004.8.30. 청구인과 김○일 간의 합의서 내용(이하 “3차합의”라 한다)을 보면,

• 가) 청구인과 김○일 간에 작성된 1999.10.23.자 1차 매매계약을 해지하고,
• 나) 합의사항으로 먼저, 김○일은 쟁점토지의 매매잔금 수령시 청구인에게 380백만원을 지급하되 청구인이 납부할 공과금은 제외하며, 둘째, 쟁점토지의 대부료는 김○일이 부담한다. 셋째 1차 매매계약 후 쌍방 간에 작성된 각서는 모두 무효로 한다.

11. 쟁점건물의 철거내용을 보면,

• 가) 쟁점건물은 불하대금의 잔금납부일인 2004.8.30. 이전에 염○○이 철거를 완료하였고, 청구인은 잔금납부 시에 철거현장사진을 첨부하여 매각승인을 받은 것으로 나타난다.
• 나) 염○○과 김○일은 철거비용 6천만원을 매매대금에서 공제하기로 한 사실이 2004.10.11. 김○일이 작성한 영수증에 의하여 확인되나, 조사청은 지급처가 확인되지 않아 김○일의 필요경비로 인정하지 않은 것으로 나타난다.

12. 조사청은 쟁점토지의 양도를 1년 미만의 단기 양도로 보았으나, 청구인은 1년 이상 보유한 부동 산을 취득할 수 있는 권리의 양도라고 주장하고 있으므로 양도차익 산정에 관한 조사청의 조사내역과 청구인이 주장하는 계산내역을 살펴보면 다음과 같다.

• 가) 조사청은 아래 <표2>와 같이 청구인의 쟁점토지의 양도차익을 325,402천원으로 산정하였음이 조사청의 조사복명서 등에 의하여 확인된다. <표2> 조사청의 양도대금 조사내역 일 자 금 액 조 사 내 용 1999.10.23. 50,000 1차 매매계약 계약금(김○일) 1999.11.20. 100,000 1차 매매계약 중도금(김○일)

2000. 1. 6. 300,000 1차 매매계약 중도금 대물변제(쟁점외아파트)

2000. 8. 1. △200,000 1차 합의시 반환금(담보대출금) 2001.8.10. 20,000 김○일 담보대출금 일부상환

2002. 4. 8. △300,000 쟁점외토지 양도가액으로 차감(대물변제분) 소 계 △30,000

①

2004. 8.30. 120,000 매수인(염○○)에게서 등기비용(취득세 등) 수령 2004.10. 8. 200,000 매수인(염○○)에게서 현금 수령 2004.11.23. 201,000 매수인(염○○)에게서 수표 수령 2004.11.23. 51,320 양도대금 수령액 중 귀속불명분 102,640천원 중 1/2 소 계 572,320

② 합 계 542,320 청구인이 실제 수령한 금액 ③=②-① 불하대금 1,981,360 매수인(염○○)에게서 수령한 토지불하대금 ④ 양도가액 2,523,680

⑤ =③+④ 취득가액 당초 1,981,360 토지불하대금 ④ 추가 75,000 건물 등 취득가액의 50%(적부심서 인정) ⑥ 계 2,056,360

⑦ =④+⑥ 필요 경비 당초 114,918 필요경비 시인(취득세 등 등기비용) 추가 27,000 소개비 및 측량비(적부심서 인정) 계 141,918

⑧ 양도차익 325,402

⑨ =⑤-(⑦+⑧) (단위: 천원)

• 나) 청구인은 토지의 우선매수권을 양도한 것이라고 하며, 쟁점양도물건의 양도 차익을 아래 <표3>, <표4>과와 같이 쟁점건물의 양도차익 47,250천원을 포함하여 110,854천원으로 산정하여야 한다는 주장하고 있다. <표3> 청구인의 양도차익 계산내역 (단위: 천원) 일 자 금 액 조 사 내 용 1999.10.23. 50,000 1차 매매계약 계약금(김○일) 1999.11.20. 100,000 1차 매매계약 중도금(김○일)

2000. 8. 1. △200,000 1차 합의시 반환금(담보대출금) 2001.8.10. 20,000 김○일 담보대출금 일부상환

2004. 8.30. 120,000 매수인(염○○)에게서 수령한 등기비용 2004.10. 8. 200,000 매수인(염○○)에게서 수령한 매매대금 2004.11.23 201,000 매수인(염○○)에게서 수령한 매매대금 소 계 491,000

① 양도가액 제외 29,000 김○일에 대한 대여금이자 회수 ② 양도가액 462,000 청구인의 실 수령액 ③=①-② 불하대금 1,981,360

○○시에 납부한 토지불하대금 ④ 양도가액 2,443,360

⑤ =④+③ 취득가액 당초 1,981,360

○○시에 납부한 토지불하대금 ④ 추가 75,000 쟁점건물 취득가액의 50% 추가인정 ⑥ 계 2,056,360

⑦ =④+⑥ 필요 경비 당초 141,918 필요경비 시인(취득세 등 등기비용) ⑧ 추가 86,477 축사 강제폐쇄 후 하천점용료 부담분 ⑨ 7,500 쟁점건물의 취득시 취득세 등 등기비용 󰊉󰊒 계 235,895 󰊉󰊓 =⑧+⑨+ 󰊉󰊒 양도차익 151,105 󰊉󰊔 =⑤-⑦+ 󰊉󰊓 장기보유 특별공제 20,250 쟁점건물의 양도차익 67백만원의 30% 󰊉󰊕 양도소득금액 130,855 󰊉󰊖 = 󰊉󰊔

• 󰊉󰊕

13. 조사청의 조사복명서에 의하면, 조사청은 매수인의 아들 염○환이 확인한 쟁점양도물건의 매매대금 3,120백만원 중 귀속이 확인되지 않는 102,640천원을 청구인과 김○일에게 각각 1/2 안분하여 양도가액에 포함하여 과세한 것으로 나타난다.

• 가) 조사청의 조사복명서에 의하면, 청구인은 조사시 매수인으로부터 수령한 매매대금 3,120백만원 중 102,640천원은 누구에게 귀속되었는지 불분명한 것으로 확인서를 작성한 것으로 확인된다.
• 나) 청구인은 귀속이 불분명한 양도가액 102,640천원은 2004.6.2. 김○일과 염○환이 쟁점양도물건을 계약하면서 청구외 김○○(--****)에게 김○일이 알선수수료로 지급한 것이라고 주장하고 있다.

(1) 청구인은 김○○에게 확인서를 작성해 줄 것을 종용하였으나, 이를 거부한 채 세금에 보태 쓰라고 2007.10.10. 청구인의 남편 정○○ 소유의 농협계좌로 10백만원을 송금하였다고 하며 통장사본을 제시하였다.

(2) 당심에서 확인한 동 금액의 입금자는 이○○인데 형부인 김○○의 부탁에 의하여 이를 입금하였다고 진술하고 있다.

• 다) 당심에서 청구외 김○○과 통화(--**, *-**-**)한 바, 청구인은 알지 못하고, 염○환에게 쟁점양도물건와 관련된 도시계획 자문 및 김○일을 소개하여 주고, 염○환으로부터 자문용역대가 명목으로 1억원을 받은 사실이 있으며, 이 건 불복청구와 관련하여 청구인의 남편에게 자초지종을 듣고 통장으로 1천만원을 송금한 사실이 있다고 진술하고 있다.
• 라) 당심에서 김○일과 통화(*--**)한 바, 매수인의 아들인 염○환이 청구외 김○○에게 알선수수료를 지급하고 매매대금에서 차감하였다고 진술하고 있다.
• 마) 당심에서 매수인의 아들인 청구외 염○환과 통화(--****)한 바, 김○○으로부터 김○일을 소개를 받아 쟁점양도물건을 매수하고, 김○○에게 수수료를 지불한 사실이 있으나 영수증은 수령한 사실이 없다고 진술하였다.

14. 청구인의 하천점용사용료 86,477천원 납부내역을 보면,

• 가) 청구인은 쟁점토지에 계사를 운영하던 중 악취로 인한 민원발생으로 1997년 ○○시로부터 계사 폐쇄조치를 받아 임의 폐업하고, 1997년 12월 ○○시에 쟁점토지의 양여신청서를 제출하였고, 쟁점토지의 불하권을 취득할 때까지 수익이 발생한 사실이 없는 것으로 나타난다.
• 나) 청구인은 1996년부터 2000년까지 발생한 하천점용료 28,348천원(체납분), 폐천부지대부료 2001년 22,402천원, 2004년 35,727천원, 합계 86,477천원을 2004.9.14. ○○시에 납부한 것으로 확인된다.
• 다) 2004.1.6. ○○도청은 쟁점토지 중 3,078㎡ 매각대상토지로 승인하였고, 2004.8.27.자 공유재산매매계약서에 의하면, 권리이전조치를 위하여 지상건물의 철거와 하천점용료(체납분) 28,348천원과 폐천부지대부료 58,129천원을 완납하여야 하는 것으로 되어 있다.
• 라) 2004.8.30. 청구인과 김○일 간에 작성된 3차합의서에 의하면, 쟁점토지의 대부료는 김○일이 부담하는 것으로 되어 있다.

15. 조사청의 김○일에 대한 양도소득 계산과 적부심 결정내용을 보면,

• 가) 조사청은 김○일이 쟁점양도물건을 청구인의 양도가액인 2,523,680천원에 취득하여 양도가액 3,120,000천원에 매수인에게 미등기 전매한 것으로 보아 양도차익 596,320천원에 양도세율 70%를 적용하여 2007.10.3. 양도소득세 559,180천원을 과세한 것으로 확인된다.
• 나) 김○일은 2007.10.1. 쟁점양도물건의 양도가 부동산을 취득할 수 있는 권리인지 여부와 미등기전매인지 여부에 대한 국세청장의 과세전적부심사결정내용(국세청적부2007-0271)을 보면,

(1) 쟁점양도물건이 부동산에 관한 권리의 양도가 되려면 김○일과 청구인, ○○시간의 권리이전에 대한 합의가 있어야 하나 이에 대한 합의가 없었던 점과, 타인에 속한 부동산을 매매계약하는 경우 매도자는 그 소유권을 취득하여 매수자에게 이전하여야 한다는 민법 등의 규정에 비추어 쟁점양도물건의 양도를 부동산의 양도로 봄이 타당하고,

(2) 김○일이 청구인에게 매수대금의 지급과 매수인(염○○)으로부터 매매대금 수령을 동시에 진행시키는 방법으로 쟁점양도물건의 거래를 완료한 것으로 판단하여 청구인이 쟁점토지를 미등기전매한 것으로 결정하였다.

(3) 김○일은 2008.3.26. 양도소득세 부과처분에 대하여 심판청구 제기하여 현재 계류 중에 있다.

• 라. 판단

1. 위의 사실관계를 종합하여 먼저 쟁점①(쟁점토지의 양도가 토지를 취득할 수 있는 권리의 양도인지 여부)에 대하여 살펴본다. 가) 부동산특별등기조치법 제2조 제3항에 의하면, 타인에 속한 부동산을 매매 계약하는 경우 매도자는 그 소유권을 취득하여 매수자에게 이전하여야 한다고 규정하고 있고,

• 나) 청구인은 1983.8.15. 쟁점토지의 사용권을 취득하여 2004.1.6.

○○ 도청으로부터 매각대상토지로 승인받기 전까지는 하천부지를 사용할 수 있는 권리인 상태에 있다가 매각승인일(2004.1.6.) 이후에야 비로소 쟁점토지의 우선 취득할 수 있는 권리를 취득한 것이며, 청구인이 김○일이 양도할 시점인 1999.10.23.에는 쟁점토지는 하천부지의 사용권의 양도이나 계약금과 중도금만을 지급하였을 뿐, 잔금의 정산은 청구인이 쟁점토지를 ○○시청으로부터 불하받아 소유권이전등기를 완료하고, 이를 청구외 염○○에게 재차 소유권이전등기일 이후인 2004.10.23.에 이루어진 이 건의 경우, 청구인이 쟁점토지를 불하받은 2004.8.30.에는 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리의 취득이 아닌 토지의 취득으로 봄이 타당하다 하겠다.

• 다) 또한, 처분청은 김○일이 청구인으로부터 쟁점토지를 취득하여 청구외 염○○에게 양도한 것에 대하여 미등기전매로 보아 과세하였으므로 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도라는 청구주장은 이유가 없다.
• 라) 설령, 청구인의 주장대로 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도라 할지라도, 부동산의 취득할 수 있는 권리의 취득시기는 1983.8.10.이 아니라2004.1.6. ○○도에서 도유폐천부지관리계획에 의하여 매각대상토지로 승인되어 청구인이 ○○시장과 불하계약을 체결한 2007.8.27.이 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리를 취득하였다 할 것이므로 이 경우에도 단기양도에 해당하므로 처분청이 단기양도 세율을 적용하여 과세한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

2. 쟁점②(쟁점건물을 토지와 별도로 양도한 것으로 건물분에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부)에 대하여 살펴보면, 가) 청구인이 ○○시로부터 국유지를 매수하기 위해서는 건물철거가 필수조건이었던 점, 김○일이 매수인에게 건물철거대금을 수령하고 작성한 영수증상의 일자가 2004.10.11.이고, 쟁점건물은 2004.8.30.에 이미 철거되어 쟁점토지의 양도일(2004.10.20., 2004.11.15)에는 건물이 존재하지 않고,

• 나) 청구인이 양도일에 건물이 철거되었더라도 매매계약일(2004.8.30)에 건물이 존재하였기에 쟁점건물을 양도한 것으로 인정하여야 한다며 그 근거로 제시한 국세청 예규(서면4팀-318, 2005.3.3)는 계약시점에 주택이 존재하였으나 매매특약에 의해 잔금청산 전에 멸실한 경우에 한하여 예외적으로 1세대 1주택 비과세 여부 판정시에만 적용되는 것이며, 이 건의 경우 1세대 1주택 비과세 여부에 대한 것이 아니고, 또한 매매계약 시에 당사자 간의 약정에 따라 양도시기 전에 지상건물을 철거하여야 한다는 쟁점토지의 불하조건에 따라 지상건물을 철거하고 토지만 양도한 것일 뿐, 매수인이 양도대금 청산일 이전에 쟁점토지를 사용하기 위하여 양도자의 승낙을 받아 지상건물을 철거한 것이 아니므로 위 예규를 적용할 수 없는 것이다. (서면4팀-4119, 2006.12.20, 서면4팀-463, 2006.3.3, 국심2004서3207, 2005.4.26, 국심2004중2337, 2004.11.1. 등 같은 뜻임)
• 다) 따라서, 쟁점건물은 쟁점토지를 취득하기 위해 철거가 불가피한 것이므로 쟁점건물의 취득가액 150,000천원 중 쟁점토지 불하당시 청구인의 지분(1/2) 해당액인 75,000천원을 토지의 자본적 지출액으로 보아 필요경비로 인정한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다.

3. 양도차익을 산정함에 있어서 먼저 청구인이 매수인으로부터 수령한 29,000천원은 대출금 이자를 대납하고 이를 회수한 것으로 양도가액에서 차감할 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면, 청구인과 김○일 간에 2000.7.21. 작성한 1차 합의서에 의하면, 불하절차가 완료되면 대출금과 잔금을 돌려받기로 하고, 대출금 이자는 김○일이 우선 대납하고 잔금에서 공제하기로 한다고 되어 있는 점으로 볼 때, 청구인이 2000.8.1. 쟁점외아파트를 담보로 대출받아 김○일에게 반환한 2억원에 대한 대출이자를 2000.8월부터 2002.4월까지는 김○일이 납부하다가 2002.5월∼2004.10월까지의 이자비용 29,000천원을 납부하지 않아 청구인이 이를 직접 변제한 다음, 쟁점토지의 최종매수자인 염○○으로부터 매매가액에 포함하여 수령한 것으로 확인되므로 청구인의 양도가액에서 차감함이 타당하다고 판단된다.

4. 청구인은 처분청이 귀속 불분명으로 조사한 102,640천원 중 51,320천원은 알선수수료로서, 김○일이 이를 매수인으로부터 수령하여 청구외 김○○에게 지 급한 것으로 청구인과는 무관하므로 양도가액에서 제외하여야 한다고 주장에 대하여 살펴보면, 쟁점토지의 양수인인 염○○의 아들인 청구외 염○환은 청구외 김

○○ 으로부터 김○일을 소개받아 2004.6.2. 양도계약을 체결하고, 그 대가로 알선수수료를 지급하였다고 진술하고 있는 점, 김○일도 매수인의 아들인 염○환이 김

○○ 에게 알선수수료를 지급하고 매매대금에서 차감하기로 하였다고 진술하고 있는 점, 알선수수료를 받았다는 김

○○ 도 염○환으로부터 자문용역대가로 1억원을 수령한 사실이 있으며, 2007.10.10. 사실 확인을 요청하는 청구인의 남편 계좌로 세금에 보태 쓰라고 10백만원을 처제 명의로 입금하였다고 진술한 점으로 볼 때, 귀속 불분명한 매매대금을 김○일이 수령하여 알선수수료로 지급한 것이라는 청구인의 주장은 신빙성이 있다 할 것이므로 알선수수료를 수령하였다는 김

○○ 에게 과세하는 것은 별론으로 하더라도 청구인이 수령하지 아니한 41,319천원(김

○○ 이 청구인에게 입금한 10백만원은 제외)은 청구인의 양도가액에서 차감함이 타당하다고 판단된다.

5. 쟁점토지를 불하받기 전에 발생한 하천점용료 86,477천원을 취득부대비용으로 필요경비 산입할 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면, 청구인은 쟁점토지의 사용권을 취득하여 하천점용료를 부담하여 계사를 운영하던 중 악취로 인한 민원발생으로 ○○시로부터 폐쇄조치를 받아 임의폐업하였으나, 청구인이 쟁점토지를 다른 용도로 사용하는 것까지 제한되었다 볼 수 없으므로 청구인이 불하받기 전에 발생된 하천점용료는 쟁점토지의 사용·수익하기 위하여 지출된 비용에 해당된다 하겠다. 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 산정함에 있어서 양도가액에서 공제하는 필요경비는 소득세법 제97조 및 같은법 시행령 제163조에 열거된 항목에 한하는 것으로 시유지를 불하받기 전에 장기간 지불한 하천사용료는 당해자산을 사용수익하기 위하여 지출된 비용에 해당하며, 당해 자산을 취득하기 위하여 직접적으로 소요된 비용으로 볼 수 없으므로(국세청 서면4팀-3220, 2007.11.7., 국세청 서면4팀-1607, 2006.6.7. 같은 뜻임) 하천점용료를 필요경비에 산입하지 아니한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1 항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.