1세대 1주택 비과세 및 감면세액에 대한 농어촌특별세 결정 여부

청구인은 ○○시 ○○동 ○○아파트 201동 ○○호(토지72.873㎡ 건물 84.04㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다) 를 2004.12.21.(계약일: 2002.7.3.) 분양 취득하여 2006.12.22. 양도하고, 2007.2.2. 실지거래가액(양도가액 214백만원, 133백만원)으로 양도소득과세표준예정신고를 하면서 조세특례제한법 제99조의3 제1항 2호 의 규정에 의거 양도소득세 100% 감면 신고하였으나, 이에 따른 농어촌특별세 3,022,990원을 신고ㆍ납부하지 아니한 사실이 있다. 처분청은 청구인의 양도소득세 감면신고 내용을 인정하고, 농어촌특별세 무신고ㆍ납부세액 3,022,990원에 대하여 2007.4.16. 청구인에게 2006년 귀속 농어촌특별세 3,022,990원을 결정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.6.29. 이의신청을 거쳐 2007.10.12. 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 무주택자로서 1세대 1주택으로 쟁점아파트를 2002.7.3. 최초 분양받아 중도금 및 잔금(2004.11.29. 최종납입)을 지불하고 입주하여 2년 동안(2004.11.29부터 2006.12.22) 거주 하던 중 직장 및 경제적인 사정으로 인하여 부득이 쟁점아파트를 2006.12.22. 양도 하였다.
• 나. 소득세법 제154조 의 3년 보유 2년 거주 규정은 취득시점과 보유기간을 산정하는 기준은 현실적으로 개인형평성을 생각하지 않은 것이다. 본인은 다른 주택을 보유하지 않고 쟁점아파트에서 거주하였으므로 3년 보유 2년 거주라는 규정에 적용을 하면 안된다. 취득시점과 취득시기, 보유기간은 법률적 해석에 차이가 있다고 생각된다. 계약일로부터 보유기간이 산정 되는 것이 바람직하다고 본다. (건설중인 상태에서 거주지가 없기 때문) 주택건설 기간 동안 길거리에서 살 수 없기 때문에 계약일로부터 취득시점으로 계산하여야 함에도 불구하고 잔금 청산일을 취득시점으로 본다면 이 법률은 부당하다.
• 다. 소득세법 제154조 1세대 1주택의 범위 규정은 현실을 무시한 규정으로서 사회적 타당성이 결여된 규정, 사회적 통념상 형평성이 맞지 않는 규정이므로 잘못된 규정을 이유로 해서 농특세를 부과하는 것은 부당하고 민법 제2조 규정의 신의성실 및 민법 제104조 불공정한 법률행위에 위배된다.

• 가. 1세대 1주택 양도소득세 비과세 요건을 충족하려면 소득세법시행령 제154조 제1항 에 의거 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(이하 생략)”에 해당하여야 하나, 청구인의 쟁점아파트는 2004.12.21.(잔금청산일) 취득하여 2006.12.22. 양도하여 보유기간이 2년으로 비과세 요건인 3년에 부족하므로 1세대 1주택으로 비과세 되지 아니한다.
• 나. 하지만 청구인의 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조 의 3 규정 “신축주택감면” 에 해당되어 양도소득세가 감면되고 감면된 양도소득세의 20% 에 해당되는 농어촌특별세 신고 납부 의무가 있음에도 불구하고 착오로 신고납부를 하지 않은 청구인에게 농어촌특별세 3,022,990원을 결정 고지한 처분청의 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 양도소득세 감면세액 일부에 대하여 농어촌특별세의 부과가 부당한지 여부 를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택 (가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택 을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율 을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 2) 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 임대주택법에 의한 건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 당해 건설임대주택의 임차일부터 당해 주택의 양도일까지의 거주기간이 5년 이상인 경우 (2005. 2. 19. 개정)

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다. (2006. 2. 9. 개정)

• 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용 되는 경우 (2006. 2. 9. 개정)
• 나. 해외이주법에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다. (2006. 2. 9. 신설)
• 다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다. (2006. 2. 9. 개정)

3. 1년 이상 거주한 주택을 재정경제부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 기타 부득이한 사유 로 양도하는 경우 (1998. 4. 1. 직제개정) 3) 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액 을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙) 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택 을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원 이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)

4. 농어촌특별세 제2조 【정 의】

① 이 법에서 “감면”이라 함은 조세특례제한법ㆍ 관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제

② 이 법에서 “본세”라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 제5조 제1항 제1호 의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 감면을 받는 당해 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세

2. 제5조 제1항 제2호 의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 소득세

5. 농어촌특별세 제3조 【납세의무자】 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

6. 농어촌특별세 제5조 【과세표준과 세율】

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 1호: 조세특례제한법ㆍ 관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면세액의 100분의 20

7. 농어촌특별세 제7조 【신고ㆍ납부 등】

① 제5조 제1항 제1호 의 규정에 의한 농어촌특별세는 당해 본세를 신고ㆍ납부(중간예납을 제외한다)하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고ㆍ납부하여야 하며, 신고ㆍ납부할 본세가 없는 경우에는 당해 본세의 신고ㆍ납부의 예에 따라 신고ㆍ납부하여야 한다. 다만, 제2항 및 제3항의 규정이 적용되는 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단 1) 청구인 은 쟁점아파트를 2002.7.3. 분양받아 계약하고 2004.12.21. 잔금완납하여 취득 등기하였다가 2006.12.22. 양도한 후, 2007.2.2. 실지거래가액으로 양도소득과세표준예정신고를 하면서 세율 9%를 적용하여 양도소득세를 계산하고 양도소득세 전액을 감면세액으로 하여 납부세액이 없는 것으로 한 사실이 신고서류 등의 심리자료에 의하여 확인된다.

2. 청구인이 신고한 양도소득세 내용(양도가액 214,000천원, 취득가액 133,000천원, 세율 9%, 양도소득산출세액 6,461,280원, 감면세액 6,461,280원)에 세율적용의 오류와 양도소득세 감면세액에 대한 농어촌특별세 신고납부를 하지 않은 것으로 국세청 전산자료에 확인된다.

3. 이에 처분청이 청구인의 쟁점아파트 양도소득세 산출세액 15,114,960원을 적법하게 계산하고 조세특례제한법 제99조의3 제1항 2호의 규정에 의거 양도소득세 100% 감면하면서 이 건 농어촌특별세 3,022,990원을 2007.4.16. 청구인에게 결정 고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

4. 청구인은 ○○충전소(--, ○○구 ○○동 ○○-1)에서 2005. 11.2.부터 2005.12.31.까지 근무하였다는 퇴직증명서(○○충전소 발행)를 제출하면서 근무형편상 쟁점아파트를 2년 정도 보유할 수 밖에 없다고 주장하고 있다. [ 국세통합시스템의 근로소득자료는 1개월분이 확인된다.]

5. 위와 같은 관련법령과 사실관계를 종합해 보면, 청구인이 양도한 쟁점아파트는 보유기간이 3년이 되지 아니하고 근무상의 형편에 따라 부득이 하게 양도한 경우에 해당되지 아니하므로 소득세법 제89조 제1항 및 같은법 시행령 제154조 제1항 규정에 의거 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택 범위에 해당되지 아니하고, 조세특례제한법 제99조 의 3 에 의한 신축주택 조세감면에 따른 농어촌특별세 과세대상이 되는 것이 조세법률주의에 부합하다 할 것으로 처분청의 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.