일부만 자진 납부한 경우에 적용할 예정신고납부 세액공제액

○○세무서장이 2007. 9. 1. 청구인에게 경정고지한 2003년 과세연도 양도소 득세 250,740원의 부과처분은 예정신고납부 세액공제액을 1,124,636원으로 하여 세액을 경정하고, 나머지 청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

• 가. 청구인은 2003.12.29. ○○시 ○○구 ○○동 000번지 ○○아파트 000동 0000호 를 양도하고, 2003.12.31. 이에 대한 양도소득세 예정신고(이하 “쟁점 양도소득세 예정신고”라 한다)를 하면서 양도소득세 산출세액 12,495,960원에서 감면세액 1,249,596원 및 예정신고납부 세액공제 1,124,636원을 차감한 나머지 10,121,720원을 자진납부할 세액으로 신고 납부하였으며, 이에 대하여 처분청은 감면세액 공제는 부당하다고 보아 감면 배제하면서 예정신고납부 세액공제를 1,249,596원(산출세액의 10%)으로 재계산하여 공제함으로써 2004.10.1. 청구인에게 2003년 과세 연도 양도 소득세 1,124,636원을 경정고지(이하 “당초 과세처분”이라 한다) 하였다.
• 나. 이후, 처분청은 당초 과세처분시 공제한 예정신고납부 세액공제 1,249,596원은 실제 납부하지 않은 세액에 상당한 236,868원이 과다하게 공제되었다고 보아 2007.9.1. 청구인에게 2003년 양도소득세 250,743원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.9.12. 이 건 심사청구를 하였다.

쟁점 양도소득세 예정신고 기한내에 신고․납부를 하였고, 처분청에서 쟁점 예정신고․ 납부가 잘못되었다 하여 경정한 당초 과세처분대로 고지세액을 납부하였는데, 이 제 와서 처분청이 추가로 과세한 이 건 처분은 신의․성실의 원칙을 위반하는 것이므로 부당하다.

소득세법 제114조 제3항 의 규정에 의하면, 과세관청이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후에 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정하도록 규정하고 있는 바, 당초 과세처분에 오류가 있는 경우에 과세관청이 이를 바로잡아 과소납부세액 상당액을 경정 고지할 수 있다 할 것이어서 청구인이 과소납부한 236,868원에 대한 고지결정이 신의 성실의 원칙에 반하는 처분이라고 할 수 없으므로 과소 납부한 236,868원과 당초 과세처분 시점인 2004.10.1.까지의 납부불성실가산세 13,319원을 부과한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 세액을 경정한 후에 예정신고납부 세액공제의 과다공제 오류가 발견됨에 따라 과다공제액을 부인하여 과세한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지】

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. (99.12.28 개정) 2) 소득세법 제108조 【예정신고납부세액공제】

① 예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다.(2000.12.29 단서삭제) 3) 소득세법 기본통칙 108-1【과소납부된 경우의 자산양도차익예정신고 납부세액】 법 제105조의 규정에 의한 자산양도차익예정신고기간중에 납부할 양도소득세액을 전부 납부하지 아니하고 그 중 일부만 자진납부한 경우에 적용할 자산양도차익예정신고 납부세액공제액은 납부하는 금액에 상당하는 양도소득금액에 대한 산출세액의 100분의 10을 곱하여 산정한 금액으로 한다. 다만, 법 제106조의 규정에 의한 자산양도차익예정신고 자진납부의 경우로서 법 제112조 및 제112조의 2의 규정에 따라 분납 또는 물납하는 경우에는 그 분납 또는 물납세액에 대하여도 법 제108조의 규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인은 양도소득세 산출세액 12,495,960원에서 감면세액 1,249,596원과 예정신고납부 세액공제 1,124,636원을 차감한 금액 10,121,720원을 자진납부할 세액으로 하여 쟁점 양도소득세 예정신고를 하였고, 예정신고 기한내에 10,121,720원을 자진납부하였음이 국세통합시스템의 양도소득세 신고내역 조회 및 수납내역 조회에 의해 확인된다.

2. 처분청은 위 감면세액 공제는 부당하다고 보아 감면세액 1,249,596원을 배제하면서 예정신고납부 세액공제를 산출세액의 10%인 1,249,596원으로 재계산 하여 공제함으로써 당초 과세처분인 양도소득세 1,124,636원을 경정․고지하였음이 국세통합시스템의 양도소득세 경정결의내역 조회에 의해 확인된다.

3. 이후, 처분청은 당초 과세처분시 공제한 예정신고납부 세액공 제액은 신 고기한내 납부하지 않은 세액에 상당한 금액이 과다공제된 것으로 보고, 과 다공제된 세액을 236,868원으로 계산하여 이 건 부과처분을 하였음을 처분청이 제시한 양도소득세 경정결의서 및 양도세 세액계산오류 혐의 검토서에 의해 알 수 있다.

4. 청구인은, 쟁점 양도소득세 예정신고 납부 이후에 처분청의 당초 과세처분 대로 경정고지세액을 납부하였으므로 청구인에게는 아무런 귀책 사유가 없음에도, 예정신고납부세액 공제액 일부를 배제하여 추가세액을 고지한 이 건 부과처분은 신의성실의 원칙에 반하는 부당한 처분이라는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. 가) 소득세법 제142조 에는 과세관청이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후에 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정하도록 규정하고 있는 바,

• 나) 당초 과세처분에 예정신고납부세액을 과다공제한 오류가 있는 경우에 과세관청이 이를 바로잡아 과소납부세액 상당액을 경정고지할 수 있다 할 것이므로, 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙에 반하는 처분이라고 할 수 없다.
• 다) 따라서, 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙에 반하는 부당한 것이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

5. 한편, 이 건 부과처분시 공제 부인한 예정신고납부 세액공제액의 계산이 적정하였는지를 직권으로 살펴본다.

• 가) 양도소득세과세표준 예정신고기간 중에 납부할 양도소득세액을 전부 납 부하지 않고 그 중 일부만 자진 납부한 경우에 적용할 예 정신고납부 세액공제액은 납부하는 금액에 상당하는 양도소득금액에 대한 산출세액의 100분의 10을 곱하여 산정한 금액으로 하는 것(같은 뜻 소득세법 기본통칙 108-1)이다. 나) 이 건의 경우를 보면, 예정신고 납부하는 세액에 상당하는 양도 소득금액에 대한 산출세액은 11,246,364원 { = 양도소득세 산출세액 12,495,960원 × (예정신고자진납부세액 10,121,728원 ÷ 예정신고납부를 하였어야 할 세액 11,246,364원)}으로서, 그 산출세액에 100분의 10을 곱하여 산정한 1,124,636원이 정당한 예정 신고납부 세액공제액이 되는 것이다.
• 다) 그런데, 처분청에서 예정신고자진납부세액 10,121,728원에 100분의 10을 곱하여 산정한 1,012,728원을 정당한 예정신고납부 세액공제액으로 보아 236,868원을 공제 부인한 이 건 부과처분은 법리를 오인한 잘못된 처분이라고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으나 처분청의 경정결정에 일부 잘못이 있 으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.