장기보유특별공제 적정 여부

청구인은 2005.12.5. 30여년 보유했던 ○○시 ○○동 ○○-18번지 B-4-3호 겸용주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 양도한 후 양도소득세를 신고납부 하지 아니하였다. 처분청은 2007.3.19. 쟁점주택에 대한 양도소득세 3,406,960원을 고지하였으나 청구인은 2007.6.11. 쟁점주택이 1세대 1주택이므로 양도소득세를 취소해 달라는 이의신청을 하였으며, 이에 처분청은 2007.6.14. 청구인에게 겸용주택 중 주택부분에 대한 양도소득세 2,326,077원을 비과세한다는 결정통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.8.21. 이건 심사청구를 하였다.

청구인은 쟁점주택을 1974.4.12. 신축상가 겸용주택(1층 14.88㎡ 상가, 2층 14.88㎡ 주택)을 분양받아 거주한 후, 2005.12.5. 송○○에게 양도하였다. 이에 처분청은 주택부분은 1세대 1주택이라고 비과세 하면서 상가부분에 대한 양도소득세를 고지하였는데 현재 납부능력도 없으니 30여년 동안 보유한 사실을 감안하여 세금을 감면해 주기를 요청한다.

청구인의 쟁점주택은 상가 주택 겸용으로써 면적이 똑 같아 주택에 대하여는 비과세하였고 상가면적에 대하여는 양도소득세를 과세하였는바, 세액계산시 장기보유에 대한 세금혜택은 장기보유특별공제로서 양도차익의 30%을 공제하였고 기본공제인 2,500,000원도 공제하여 양도소득세를 결정한 것으로서 달리 추가로 공제하여 세금을 감면할 사항이 없는 것으로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 장기보유(30여년) 하였다 하여 장기보유특별공제․양도소득기본공제 외 추가로 공제할 수 있는지 여부 를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액 (이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조제1항제1호에 규정하는 자산(제104조제1항제2호의3 내지 제2호의8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것, 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것, 양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것, 양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45 2) 소득세법 제103조 【 양도소득기본공제 】

① 양도소득이 있는 거주자에 대하여는 다음 각호의 소득별로 당해연도의 양도소득금액에서 각각 년 250만원을 공제한다. <개정 2000.12.29>

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 소득. 다만, 제104조제3항의 규정에 의한 미등기양도자산의 양도소득금액에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 제94조제1항제3호의 규정에 의한 소득 3) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다. 4) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

③ 법 제89조제1항제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 1) 청구인이 2005.12.5. 쟁점주택을 양도하고 양도소득세를 신고납부 하지 아니하여, 처 분청이 2007.3.19. 쟁점주택을 1세대 2주택으로 보아 양도소득세 3,406,960원을 고지하였으나, 청구인의 2007.6.11. 이의신청에 따라 쟁점주택을 1세대 1주택으로 판단하되 상가면적과 주택면적이 동일하므로 상가면적을 제외한 주택면적에 대하여 양도소득세를 비과세한다는 결정을 2007.6.14. 청구인에게 한 사실이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

2. 청구인은 경제적 능력이 없어 양도소득세를 납부할 수 없으니 장기보유에 따른 감면혜택을 주장하고 있으나, 처분청은 쟁점주택에 대한 양도소득세를 산출함에 있어 소득세법에 의한 필요경비 등 공제를 빠짐없이 한 사실이 경정결의서에 의하여 확인된다.

3. 특히 장기보유에 따른 장기보유특별공제율을 양도차익의 30%로 적용하였고 양도소득기본공제액도 반영하여 이 건 양도소득세를 산출한 사실이 처분청의 경정결의서에 의하여 확인된다.

5. 위와 같은 관련법령과 사실관계를 종합해 보면, 처분청이 쟁점주택에 대한 양도소득세를 산출함에 있어 장기보유에 따라 소득세법에 의한 공제액을 누락한 사실이 발견되지 아니하므로 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.