장부가액이 불분명하다고 주장하나 실지거래가가 아님을 입증할 객관적인 증빙을 제시하지 못하고, 건물의 공사원가도 층별로 일정하게 발생하므로 사업과 관련된 장부에 의하여 확인된 취득당시 실지거래가액을 기준시가로 안분하여 취득가액을 계산함
장부가액이 불분명하다고 주장하나 실지거래가가 아님을 입증할 객관적인 증빙을 제시하지 못하고, 건물의 공사원가도 층별로 일정하게 발생하므로 사업과 관련된 장부에 의하여 확인된 취득당시 실지거래가액을 기준시가로 안분하여 취득가액을 계산함
청구인은 1991.9.4. 청구외 한국토지개발공사(현 한국토지공사)로부터 ○○특별시 ○○구 ○○동 47-1 대지 1,062.4㎡(이하 “집합상가건물 부수토지”라 한다)를 취득하여, 1993.1.27. “○○프라쟈”(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 부동산임대업의 사업자등록을 한 후, 1997.8.7. 위 토지에 지하4층, 지상10층 근린상가 및 오피스텔 건물 8,433.55㎡(이하 “집합상가건물”이라 한다)을 신축하여 오피스텔 부분은 분양하고, 근린상가 부분 3,323.26㎡(이하 “임대부동산”이라 한다)을 임대하여 오다가 그 중 일부 상가건물 856.47㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)과 그 부수토지 108.02㎡ (이하 “쟁점토지”라 하고, 쟁점건물과 함께 “쟁점부동산”이라 한다)를 2004.4.2. 청구외 주식회사
○○ 은행에 양도하고, 양도가액은 실지거래가액인 3,456,000천원으로, 취득가액은 기준시가 환산가액인 2,647,882천원으로 하여 처분청에 2004.6.30. 자산양도차익 예정신고를 하였다. 처분청은 쟁점부동산 양도에 대한 세무조사를 하여 쟁점부동산의 양도가액을 과소신고금액 20,000천원을 포함하여 3,476,000천원으로 재산정하고, 쟁점토지의 취득가액은 한국토지개발공사의 분양가액인 702,634천원에 취득세 등 납부액을 합산한 금액인 711,066천원에 집합상가건물 부수토지 중 쟁점 토지가 차지하는 비율을 곱한 금액으로 결정하고, 쟁점건물의 취득가액은 임대부동산의 장부가액에 임대부동산의 기준시가에서 쟁점건물의 기준시가가 차지하는 비율을 곱한 금액으로 양도소득금액 1,870,668천원을 경정한 후, 2006.7.10. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 533,173천원을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.10.9. 이의신청을 거쳐 2007.7.11. 이 건 심사청구를 하였다.
1. 처분청은 쟁점토지의 취득가액으로 한국토지개발공사가 전산처리한 토지매각원부상의 금액(이하 “토지매각원부 금액”이라 한다)을 실지거래가액으로 보았으나, 토지매각원부는 전산 장부에 불과할 뿐 전산장부의 기재내용을 입증할 수 있는 계약서ㆍ영수증ㆍ기타 객관적인 증빙서류가 확인되지 아니하므로 토지매각원부상의 금액을 실지거래가액으로 볼 수 없으며,
2. 처분청은 쟁점건물의 취득가액을 2003.12.31.현재 임대부동산의 장부가액에 쟁점건물의 기준시가가 임대부동산의 전체기준시가에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하였으나, 쟁점토지의 취득가액은 토지매각원부 금액에 집합상가건물 부수토지의 면적에서 쟁점토지 면적이 차지하는 비율로 계산한 것은 장부상 건물가액은 실지거래가액으로 인정하면서 장부상 토지가액은 실지거래 가액으로 인정하지 않는 것으로 처분청의 결정 자체에 모순이 존재하며,
3. 쟁점건물의 장부가액은 1997년 과세연도 종합소득세 과세표준 확정신고시 제출한 표준손익계산서의 당기 매입액 중에서 일부금액인 9,325백만원을 건물계정으로 계상한 것으로 추정금액을 기재한 것에 불과하며, 계상근거로도 계약서 일부밖에 없고, 계약서의 객관성을 담보할 영수증 등 대금수수에 관한 객관적인 증빙서류가 없다.
4. 총공사원가 중에서 1997년 과세연도의 오피스텔 분양원가 5,135백만원과 1998년 과세연도에 분양한 407호 및 507호 분양원가 172백만원을 차감하여 임대부동산의 토지 및 분양가액을 산출한 것으로 보이나 분양원가와 토지 및 건물가액을 안분한 계산근거가 없으며,
5. 2000년과 2003년에 처분한 동일면적의 건물인 707호와 607호의 취득가액이 각각 128,684천원, 52,917천원으로 연도별로 일치하지 않으며, 2000년까지 미분양된 건물을 2001년 임대용도로 전환하였으나, 장부상으로는 2003년 재고자산 계정에서 건물계정으로 대체 처리하였음에도 607호는 토지와 건물가액을 면적기준으로 안분하여 취득원가로 기장하는 오류가 있는 등 장부가액을 실지거래가액으로 볼 수 없다.
6. 개인의 경우에는 통상 10년 이상 서류가 보관되어 있을 것을 기대하기 어렵기 때문에 취득가액을 환산가액에 의하여 산정하는 것이 국세기본법 제18조제1항 의 과세의 형평과 합목적성에 비추어 합당하다고 할 것인데도 처분청은 쟁점부동산의 취득에 관한 계약서 등 증빙서류가 보관되어 있지 않아 실지거래가액으로 입증되지 아니하고, 취득가액의 일부에 불과한 한국토지개 발공사와 청구인의 장부가액을 실지거래가액으로 보아 과세하는 것은 부당하다.
1. 토지의 취득가액에 대하여 살펴보면, 청구인은 1991.9.4. 한국토지개발공사로부터 쟁점토지를 포함한 집합상가건물 부수토지를 702,634천원에 분양받은 사실이 한국토지개발공사의 토지매각원부에 의하여 확인되고, 집합상가건물의 준공일 이후 오피스텔로 분양한 건물면적에 부수되는 토지에 대한 장부상 매출원가를 차감한 것을 감안하면, 양도일 현재 장부상 토지가액 211,917천원은 적정하게 계상된 것임을 알 수 있다. 2) 집합상가건물의 장부가액은 청구외 ○○기업에 도급한 금액이 7,260,000천원, 설계보수로 115,000천원, 공사감리보수 80,000천원, 외장공사비 275,000천원, 추가공사비 51,700천원, 도시가스공사비 14,000천원, 지하1층 칸막이공사비 15,000천원 등으로 관련계약서 등에 의하여 확인되며, 분실된 공사계약서를 제외하더라도 청구인이 제시한 총공사원가명세서 내역을 보면 9,445,753천원으로 지상 10층 건물 중 101호, 102호, 103호, 201호, 203호, 302호, 305호, 지하 1, 2층을 제외한 나머지 부분을 모두 분양하여 장부상 매출원가로 차감한 것을 감안하면, 장부상 건물가액 3,544,269천원은 계상 당시 원시서류에 근거하여 정상적으로 계상된 것임을 알 수 있다.
① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다. 6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우 2) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】
① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
② 양도자산 보유기간 중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한다.
1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액
2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문, 동호 다목, 제7항 또는 제114조 제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액
⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】
① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】
② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.
③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.
④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항, 제96조 제2항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 5) 소득세법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】
① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 소요된 실지거래가액"이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.
1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이라 함은 제176조의2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다. 6) 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】
④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다. 7) 소득세법시행령 제176조 의2【추계결정 및 경정】
① 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
② 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.
2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가) 8) 부가가치세법시행령 제48조 의2【과세표준의 안분계산】
④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.
소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.
2. 쟁점부동산의 소재지인 ○○시 ○○구 지역은 주택외 부동산에 대하여 2004.2.26. 투기지역으로 지정되었으며, 2004.4.2. 양도한 쟁점부동산은 실지거래가액 신고대상임에는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.
3. 청구인의 양도소득세과세표준 예정신고서에 의하면, 청구인은 2003.12.5. 청구외 주식회사
○○ 은행과 쟁점부동산을 3,456,000천원에 일괄양도하기로 매매계약을 체결하고, 2004.4.2. 양도가액을 3,476,000천원으로 증액하는 변경계약을 체결 및 대금정산 완료하였고, 2004.6.30. 양도소득세 예정신고시 양도가액을 실거래가액인 3,456,000천원으로, 취득가액은 실지거래가액이 불분명하다고 보아 기준시가 환산가액인 2,647,883천원으로 신고하였음이 확인된다.
4. 처분청은 2005.11.15.～ 2005.11.30.까지 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여 실지 양도가액은 변경계약서상의 금액인 3,476,000천원임을 확인하여 이를 양도가액으로 결정하고, 취득가액은 청구인이 신고한 환산가액을 배제하고 건물의 취득가액은 장부가액을 기준시가로 안분 계산한 금액으로, 토지가액은 당초 취득가액에 쟁점토지의 비율로 안분 계산하여 그 합계액인 1,095,638천원으로 경정하였다가 2007.2.15. 1,094,781천원으로 재경정하였다.
5. 쟁점부동산의 양도가액은 3,476,000천원이라는 사실에 대하여 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.
6. 2006.6.9. 한국토지공사 ○○지역본부에서 회신한 ‘토지분양가액 확인요청에 대한 회신’ 공문에 첨부되어 있는 토지매각원부에 의하면, 청구인은 집합상가건물 부수토지를 1988.8.5. 702,634천원에 분양받아 계약금 70,270천원은 계약일에 지급하고 나머지 분양대금 632,364천원은 1988.12.26.～1991.9.4.까지 13회에 걸쳐 지급한 것으로 확인된다.
7. 처분청은 위 분양가액에 취득세 및 등록세율을 곱하여 계산한 8,432천원을 합산한 711,065천원을 전체 토지의 취득가액으로 산정하였고, 쟁점토지의 취득가액은 실지 취득가액에 전체토지면적(1,062.4㎡) 중 쟁점토지면적(108.02㎡)이 차지하는 비율을 곱하여 72,298천원으로 산정하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.
8. 쟁점건물의 취득가액은 쟁점사업장에 대한 임대소득을 신고한 2003년말 재무제표상의 장부가액인 3,544,269천원에 근거하여 장부가액을 기준시가로 안분 계산하여 1,023,340천원으로 산정하였다가 2007.2.15. 1,022,483천원으로 감액하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.
9. 쟁점사업장의 1997년부터 2003년까지의 청구인의 종합소득세 신고시 제출된 표준대차대조표상의 토지와 건물의 계정과목의 변동내역은 아래<표1>과 같다. <표1> 【연도별 표준대차대조표 및 감소금액 명세서】 (단위: 천원) 귀속 연도 연도말 대차대조표상 금액 감소 금액 토지 건물 합계 토지 건물 합계 양도부동산 1997년
• - 9,352,962
• -
• 공사원가 총액 1997년
• - 4,190,155
• - 5,135,807 오피스텔 분양원가 1998년 214,958 3,802,900 4,017,858
• - 172,297 407, 507호 1999년 214,958 3,717,829 3,932,787
• 85,072 85,072 504호 2000년 214,958 3,589,145 3,804,103
• 128,684 128,684 707호 2001년 214,958 3,594,145 3,809,103
• (5,000) (5,000) 2002년 214,958 3,594,145 3,809,103
• -
• 2003년 211,917 3,544,269 3,756,186 3,041 49,876 52,917 607호 2004년 154,180 2,511,093 2,665,274 57,737 1,033,176 1,090,913 101,102,103,201호
10. 처분청이 세무조사 시 징취한 청구인의 집합상가건물 신축과 관련한 공사비용 입ㆍ출금 명세에 의하면, 집합상가건물과 관련한 공사비용 등 출금액 총계는 9,445,753천원(공사비용 8,075,906천원, 분양수수료 488,170천원, 취득세 등 세금과공과 122,564천원, 사무실관리비 147,410천원, 대출금이자 142,567천원, 기타비용 469,136천원)으로 기재되어 있고, 집합상가건물의 일부 공사계약서에 의하여 확인되는 금액은 아래 <표2>와 같다. <표2> 【공사계약서 명세】 (단위: 천원) 공 사 명 계약일 계약금액 공사시행자 비 고 세종빌딩 신축공사 1995.11. 1. 7,410,000
○○기업(주) 변경계약서 설계보수공사
1996. 1. 4. 115,000
○○종합건축사사무소 공사감리비
1996. 1. 4. 80,000
○○엔지니어링 의장공사
1997. 4. 1. 250,000
○○인터내셔날 추가공사
1997. 4.15. 47,000
○○공영(주) 도시가스공사 1997.11.18. 14,000
○○공영(주) 지하1층칸막이공사 1997.11. 6. 15,000
○○건업 합 계 7,931,000
11. 쟁점사업장의 1997년 귀속 종합소득세 신고시 제출된 손익계산서에 의하면, 집합건물 관련 공사원가는 9,325,963천원(1997.8.7. 건물신축 매입비용), 오피스텔 분양수입 6,383,923천원과 관련하여 분양원가로 5,135,807천원, 기말상품재고액 4,190,155천원, 매출총이익 1,248,116천원으로 계상되어 있다.
12. 청구인은 1997년～2003년까지의 과세연도에는 집합상가건물과 관련하여 감가상각비는 계상하지 않았으며, 2004년 과세연도에 64,387천원을 계상하였다. 13) 청구인이 제출한 집합상가건물 분양서류에 의하면, 분양예정가액 비율은 총분양예정금액 13,806,941천원 중 오피스텔 분양분은 6,262,520천원(45.36%)이고, 근린상가 부분은 7,544,421천원(54.64%)인 반면, 청구인의 신고서상의 오피 스텔 부분의 원가비율은 총공사원가인 9,325,963천원 중 오피스텔의 분양금액의 대응원가로 5,516,860천원(1997년～2001년 대차대조표 감소금액 합계)을 산입하여 총원가의 59.16%에 상당하는 것으로 나타난다.
14. 청구인은 장부가액을 실지거래가액으로 보더라도 집합건물에 있어서 층수나 용도에 따라 가격이 현저하게 차이가 발생하는 경우, 집합건물의 층별 가격을 안분계산하기 위한 소득세법상 법규정이 없고, 청구인은 당초 집합상가건물의 오피스텔 분양원가와 임대상가의 취득원가를 분양예정가액 비율로 안분 계산하여 장부가액을 계상한 것으로 추정되므로 쟁점부동산의 양도에 대하여도 집합건물의 전체 취득가액에 취득당시의 분양예정가액 비율을 적용하여 안분계산한 금액으로 취득원가를 산정함(국심 1998중2453, 1999.3.30.참조)이 타당하므로 취득당시의 취득가액에 분양예정가액 비율로 안분 계산한 장부가액인 1,807,572천원(토지 167,368천원, 건물 1,640,204천원)으로 취득가액으로 공제하여야 한다고 주장하고 있다.
- 가) 임대 및 양도 부동산의 취득가액 계산(장부가액 산출근거 추정) (단위: 천원, ㎡) 층별 분양예정가 분양면적 등가적수 취득원가 임대면적 등가계수 양도면적 등가계수 지하2층 3,900 466.14 1,817,946 371,236 지하1층 6,000 1.059.45 6,356,700 1,298,078 1층 12,000 598.83 7,185,960 1,467,418 597.83 7,173,960 597.83 7,173,960 2층 6,500 795.80 5,172,700 1,056,298 645.42 4,195,230 258.18 1,678,170 3층 5,500 795.76 4,376,680 893,746 4층 4,400 818.34 3,600,696 735,285 5층 4,400 818.34 3,600,696 735,285 6층 4,400 818.34 3,600,696 735,285 7층 4,400 818.34 3,600,696 735,285 8층 4,400 629.64 2,770,416 565,736 9층 4,400 471.08 1,513,380 423,269 10층 4,400 343.95 6,356,700 309,042 합 계 8,434.01 45,669,318 9,325,963 1,243.25 11,369,190 856.01 8,852,130 ※ 건물전체면적은 8,433.55㎡이나 구분된 81개의 건물 호수를 합산한 면적은 8,434.01㎡로 0.46㎡ 차이가 발생한 것임. ※ 임대용 건물(미분양된 1층 전체, 201호, 203호) 중 1층 면적이 598.83 ㎡이나 임대자산 취득원가 계산시 597.83㎡으로 착오 적용한 것임.
- 나) 양도한 부동산의 취득원가 계산 (단위: 원) 구 분 등가적수 취득원가 ① 장부가액 ② 차액(①-②) 비 고 부동산 전체 45,669,318 9,325,962,693 9,325,962,693 임대용 부동산 11,369,190 2,321,660,284 2,321,545,998 114,286 양도한 부동산 8,852,130 1,807,660,761 1,090,911,676 716,749,085 ※ 장부상의 금액과 재계산 결과와의 차액 114,286원은 계산상의 단수 및 건물면적의 차이임.
- 다) 쟁점토지와 쟁점건물의 취득원가 계산 (단위: 원) 구 분 등가적수 쟁점토지 쟁점건물 합 계 비 고 임대용 부동산 11,369,190 214,958,198 2,106,587,800 2,321,545,998 장부가액 부동산 전체 45,669,318 863,473,540 8,462,030,483 9,325,504,022 환산가액 양도한 부동산 8,852,130 167,367,940 1,640,203,837 1,807,571,777
- 라. 판단
1. 장부 기타 증빙서류에 의하여 쟁점부동산의 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 기준시가로 환산한 가액으로 취득가액을 산정하여야 한다는 청구인의 주장에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점토지의 경우, 청구인은 쟁점토지를 포함한 집합상가건물 부수토지를 1988.8.5. 청구외 한국토지개발공사로부터 702,634천원에 분양으로 취득한 사실이 객관적인 증빙에 의하여 확인되므로 쟁점토지의 취득가액을 분양가액과 취득세와 등록세 납부액 등을 합한 금액인 711,065천원에 집합상가건물 부수토지의 면적(1,062.4㎡) 대비 쟁점토지의 면적(108.02㎡) 비율을 적용하여 안분계산한 금액으로 산정함이 타당하므로 당초처분은 달리 잘못이 없으며, (나) 쟁점건물의 경우 첫째, 공사계약서와 집합상가건물 신축 관련 비용명세 및 1997년 귀속 종합소득세 신고서에 첨부된 재무제표 등에 의하여 공사원가로 9,325,963천원이 지출된 사실이 확인되는 점 둘째, 분양수입과 관련된 분양원가로 5,135,807천원을 차감하고 미분양원가인 4,190,155천원을 재고자산으로 계상한 점 셋째, 2003년 재고자산 계정에서 1998년～2003년에 분양된 건물에 대한 분양원가를 차감한 잔액인 3,756,186천원을 토지와 건물로 구분하여 고정자산으로 대체처리한 점 넷째, 2004년 사업연도에 쟁점부동산의 양도로 1,090,913천원을 장부가액에서 차감하는 등 재무제표 상에 취득가액을 계상하고 분양 및 양도로 인한 감소된 금액을 계산하여 종합소득세를 계속하여 신고해 온 점 등에 비추어 볼 때, 재무제표 상에 계상된 쟁점건물의 장부가액 3,544,269천원은 명백한 허위라는 반증이 없는 한 증거서류에 의하여 정상적으로 기장한 된 것으로 보아야 할 것이다. (다) 또한, 청구인은 장부가액이 불분명하다고 주장을 할 뿐, 그 가액이 실지거래가액이 아님을 입증할 수 있는 객관적인 증빙은 제출하지 못하고 있는 점 등으로 보아 청구인의 주장은 신빙성이 없는 것(국심2006서1776, 2006.12.22. 같은 뜻)으로 판단된다.
2. 예비적으로 청구인은 장부가액을 실지거래가액으로 보더라도 건물가액을 분양예정가액 비율로 안분하여 계산하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구인이 제시한 분양관련 자료에 의하면 그 동안 집합상가건물 중 오피스텔 부분의 원가배분을 집합상가건물의 분양예정가액 비율에 의하여 계산하지 아니한 것으로 추정되며, 장기간 계속하여 토지와 건물로 구분하여 회계처리해온 쟁점건물의 취득원가를 새로이 분양예정가액 비율로 안분하는 경우 가공의 원가가 창출될 수 있으며, 일반적으로 건물의 신축에 따른 원가의 발생도 분양예정가액에 비례하여 발생하는 것이 아니라 층별로 원가 발생액은 일정하게 발생하는 것이므로 쟁점건물의 취득원가를 분양예정가액 비율로 안분하여 계산하여야 한다는 청구인의 주장은 합리성이 없다고 판단된다.
3. 따라서 처분청이 양도당시 실지거래가액을 양도가액으로 하고, 사업과 관련된 장부와 증빙서류 등에 의하여 확인된 취득당시 실지거래가액을 기준시가로 안분하여 취득가액을 산정하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하며 달리 잘못이 없는 것으로 보인다.
이 건 심사청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제65조 제1 항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.