고유목적사업에 사용한 것으로 보아 양도소득세를 비과세 할 수 있는지 여부

청구인은 기독교한국○○회 ○○교회(이하 “쟁점교회”라 한다)의 목사로 재직하는 자로서, 2003.2.6. ○○도 ○○시 ○○동 485번지 ○○상가 301호, 302호, 304호, 305호(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 2006.9.5. 대한예수교

○○회○○교회(대표자 오○○)에 양도하고 비영리내국법인이 쟁점부동산을 고유목적 사업 에 직접 사용하다 양도한 것으로 보아 법인세법 제3조 제2항 제5호 의 규정에 의거 2006.11.30. 양도소득세를 비과세로 신고 하였다. 처분청은 청구인 개인이 쟁점부동산을 양도한 것으로 보아 2007.1.7. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 15,654,960원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007. 2. 8. 이의신청을 거쳐 2007.6.19. 이 건 심사청구 를 하였다.

• 가. 국심2004광3861(2005.4.2.)에서 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인 들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지며, 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하는 것이라 할 것인바, 교회를 법인격 없는 재단으로 보는 것은 교회재산이 재단의 단독 소유가 된다는 점에서 교회를 재단으로 보는 것은 타당하지 아니하며, 따라서 국세기본법 제13조 제1항 제2호 의 규정에 의하여서는 법인으로 볼 수 없으 며, 법인격 없는 사단은 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에 규정하는 “주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 주무관청에 등록한 사단”에 해당하는 경우에 한하여 법인으로 보는 것이며, 국세기본법 예규 재일46014-428(1996.2.14.) “재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법 적용상 재단 설립된 경우를 제외하고는 개인으로 보는 것임”이라고 한 것은 국세기본법 제13조 제1항 의 규정에 한하여 적용되는 것이고, 국세기본법 제13조 제2항 에서 동법 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단, 재단, 기타 단체와의 법인격 없는 단체 중 대표자 등이 관할세무서장에게 신청 하여 승인을 얻은 경우에는 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용하는 것이며, 청구 인이 제시한 관련예규 등에서 “ 국세기본법 제13조 제2항 에 의하여 법인으로 승인받은 법인격 없는 단체가 ～ (이하 생략)” (서면2팀～78, 2007.1.11. 및 서이46012-11645, 2003.9.16.)라고 하여 이러한 청구인의 주장을 뒷받침하고 있는 것이다.
• 나. 쟁점교회에 있어서 재단법인은 기독교한국○○회유지재단을 말하며 기독교한국○○회 산하의 교회들은 그 재산을 재단법인에 귀속하는 경우와 귀속하지 않는 경우로 나누어지는데 일반적으로 교회는 재단법인에 귀속되어 시작되는 것 이 아니고 개인목사의 사명에 의하여 시작되므로 교회가 재단법인인 경우는 극히 드물며 청구인의 경우에도 재단에 귀속되지 않은 산하의 별도 교회로서 세법상 비영리법인으로 신청․승인 받았던 것이다.
• 다. 교회의 정관상 고유목적사업이라 함은 종교의 보급 및 기타 교화를 말하는 것으로서 청구인이 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부는 지방세법 제186조 에서 “다음 각 호에 규정하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다.(이하 생략)”, 동법 제1호(용도구분에 의한 비과세)에서 “제사․종교․자선․학술․기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산.(이하 생략)”라고 하여 화성시청이 청구인에게

부동산에 대하여 재산세를 비과세한 사실은 해당 지방자치단체가 고유목적 사업 에 직접 사용하였음을 인정한 것이다. 위와 같이 실질적으로 공익목적에 투입된 교회재산의 양도에 대하여 처분청이 양도소득세를 부과한 것은 부당하다고 사료되며, 청구인의 사실관계 및 법적․경제적 실질관계를 고려하여 과세형평과 당해 세법의 합목적에 비추어 합리적인 결정을 함이 마땅하다.

비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용한 부동산 양도에 대한 비과세 적용은 납세자가 내국법인이어야 하고, 고유목적 사업에 부동산을 직접 사용하여야 하나, 청구인이 목사로 재직하고 있는 쟁점교회가 법인으로 보는 단체로 승인받은 것은 확인되나 청구인과 쟁점교회인 법인은 서로 다른 자연인으로 청구 인 개인 명의로 등기한 부동산을 내국법인의 고유목적에 직접 사용한 부동산으로 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점교회의 목사인 청구인에게 쟁점부동산의 양도소득에 대하여 양도소득세를 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 교회로 사용하였으나 그 명의는 목사 개인으로 되어 있는 쟁점부동산의 양도를 비영리법인이 고유목적사업에 사용한 것으로 보아 양도 소득세를 비과세 할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제1조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (98.12.28. 개정)부칙

2. "비영리내국법인"이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다.

• 가. 민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 법인
• 나. 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주ㆍ사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인을 제외한다)
• 다. 국세기본법 제13조 제4항 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 2) 국세기본법 제13조 【법인격이 없는 단체】

① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. (1994. 12. 22 개정)

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22 개정)

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22. 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격 이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. (1994. 12. 22. 개정)

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 (1994. 12. 22. 개정)

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 (1994. 12. 22. 개정)

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (1994. 12. 22. 개정) 3) 국세기본법시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청․승인 등】

① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단 ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1994. 12. 31. 개정)

1. 단체의 명칭 (1994. 12. 31. 개정)

2. 주사무소의 소재지 (1994. 12. 31. 개정)

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소 (1994. 12. 31. 개정)

4. 고유사업 (1994. 12. 31. 개정)

5. 재산상황 (1994. 12. 31. 개정)

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정 (1994. 12. 31. 개정)

7. 기타 필요한 사항 (1994. 12. 31. 개정)

② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다. (1994. 12. 31. 개정)

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령 제8조 제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 법인세법 제111조 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 5. 31. 개정)

④ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하여야 한다. (1994. 12. 31. 개정) 4) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (98.12.28. 개정)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (98.12.28. 개정)

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익

3. 소득세법 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 제1호 내지 제5호 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 5) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제2항 제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (98.12.31. 개정) 6) 법인세법 제62조 의 2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001.12.31. 신설)

1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2001.12.31. 신설)

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 소득세법 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2001.12.31. 신설)

④ 소득세법 제96조 ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 상속세 및 증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (2001.12.31. 신설)

⑤ 소득세법 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. (2001.12.31. 신설)

⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. (2001.12.31. 신설)

⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 소득세법 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 동법 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (2001.12.31. 신설)

⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2001.12.31. 신설) 7) 지방세법 제186조 【용도구분에 의한 비과세】 다음 각 호에 규정하는 재산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다. (2005. 1. 5. 개정)

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산. 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우와 건축허가후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다. (2005. 1. 5. 개정)

2. 대통령령이 정하는 마을회 등 주민공동체 소유 부동산 (2005. 1. 5. 개정)

3. 별정우체국이 공용 또는 공공용으로 사용하는 부동산 (2005. 1. 5. 개정)

4. 대통령령이 정하는 도로ㆍ하천ㆍ제방ㆍ구거ㆍ유지ㆍ사적지 및 묘지 (2005. 1. 5. 개정)

5. 보안림 그 밖에 공익상 재산세를 부과하지 아니할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지 (2005. 1. 5. 개정)

6. 임시로 사용하기 위하여 건축된 건축물로서 재산세 과세기준일 현재 1년 미만의 것 (2005. 1. 5. 개정)

7. 비상재해구조용ㆍ무료도선용ㆍ선교구성용과 본선에 속하는 전마용 등으로 사용하는 선박 (2005. 1. 5. 개정)

8. 행정기관으로부터 철거명령을 받은 건축물 등 재산세를 부과함이 부적절한 건축물로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 1. 5. 개정)

8. 서면4팀-1145, 2005.7.7. 토지의 소유자가 목사 개인이거나 또는 토지의 소유자가 교회로서 국세기본법 제13조 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체에 해당하지 않은 개인의 경우 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임

9. 재일4014-1177, 1997.5.13. 민법 제32조 규정에 의하여 설립된 종교법인, 국세기본법 제13조 규정에 의한 법인으로 보는 종교단체 또는 개인 등이 운영하는 교회가 그 종교의 보급과 기타 교화를 목적으로 사용하던 개인 소유의 토지․건물을 양도하는 경우 양도소득세가 부과되는 것임

10. 법인46012-2665, 1999.7.14. 종교의 보급 및 교화를 목적으로 설립된 법인의 토지 등의 양도에 대한 특별부가세 감면규정은 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호 의 규정에 의거 2000.12.31.이전의 양도한 분에 대하여만 적용되는 것임

• 다. 사실관계

1. 쟁점교회는 2004.9.3. 사업자등록증을 신청(개업일 1997. 5.25)하여 처분청으로부터 고유번호증을 교부받았으며, 처분청은 2004.10.4. 쟁점교회를 법인으로 보는 단체로 승인하여 통지한 사실이 국세청통합전산망에서 확인된다.

2. 청구인은 2003.2.6.

○○ 건설(주)로부터 취득하여 2006.9.15 대한예수교

○○ 회

○○ 교회(대표자 오

○○)에 양도한 것이 등기부등본에 의거 확인된다.

3. 쟁점부동산을 담보로 2003.8.1., 2004.9.16., 각각 청구인과 쟁점교회를 채무자 로 하여 근저당 설정되었으며 그 구체적인 아래와 같이 등기부등본에 의하여 확인 된다. 《쟁점부동산의 근저당 설정 및 해지내역》 채무자 설정일자 해지일자 채권최고액 비 고 고

○○

2003. 8. 1.

2004. 9.16. 101백만원

○○ 교회

2004. 9.16.

2006. 9.14. 600백만원

4. 청구인은 기독교한국

○○ 회

○○ 지방회로부터 쟁점건물이 등기부등본상 청구 인 명의로 되어 있으나 취득시부터 양도시까지 쟁점교회의 재산이었음을 확인 하는 사실확인서를 제출하였다.

• 라. 판 단

1. 법인세가 과세되지 않는 비영리법인으로 보는 단체 중에서 법인이 아닌 단체를 규정한 법인세법 제1조 제2호 다목을 보면 “ 국세기본법 제13조 제4항 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체”를 “법인으로 보는 단체”로 보아 세법을 적용하도록 규정하고 있으며,

2. “법인격이 없는 단체”를 규정한 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에 의하면 “주무 관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단․재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것”, 제2호에 “공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것”을 법인으로 보도록 하고 있으며,

3. 동 제2항을 보면 “제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단․재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.”라고 규정하고 있으며,

4. 그 요건을 규정한 각 호를 보면, 제1호에 “사단․재단 기타 단체의 조직과 운영 에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것”, 제2호에 “ 사단 ․재단 기타 단체 자신의 재산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유․관리 할 것”이라고 규정하고 있음을 알 수 있다.

5. 청구인의 경우 쟁점교회는 청구인 개인 명의로 되어 있어 전시 법 규정에 의한 요건을 충족하지 못하고 있는 것으로 보이며, 세법에서 교회와 같은 종교단체인 비영리법인에 대하여 비과세를 하는 이유는 종교 를 통한 교화 등 공익을 위한 사업을 권장하기 위한 것으로, 이와 같은 목적은 개인의 이익을 추구하기 위한 것이 아니기 때문에 사단 ․재단 등 단체 자신의 재산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유․관리 하는 경우에만 비과세를 적용할 수 있도록 한 것이다.

6. 청구인은 기독교한국

○○ 회

○○ 지방회에서 발급해준 확인서를 근거로 쟁점부동 산이 쟁점교회의 소유임을 주장하나, 재산의 소유자가 누구인지는 등기부등본 이나 건축물관리대장과 같은 법정 서류에 의하여 확인될 수 있을 뿐, 교회의 지방회 에서 발급한 사실확인서로 확인될 사항이 아니다.

7. 청구인은 2004.9.16. 설정된 근저당의 채무자가 쟁점교회로 되어 있어 교회재 산 임을 주장하나, 2003.8.1. 근저당 설정당시 채무자는 청구인으로 되어있었고, 일반 적으로 근저당 설정시 반드시 부동산의 소유자와 채무자가 동일해야 되는 것은 아니므로 청구인의 주장은 타당성이 없다고 판단된다. 따라서 쟁점부동산이 교회로서 사용되었다고 하더라도 이는 쟁점교회의 소유자산이 아니라 청구인 개인 자산으로 밖에 볼 수 없으므로 쟁점부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.