실지거래가액으로 신고한 양도소득세를 기준시가로 경정청구할 수 있는지 여부

청구인은 2001.6.22. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 위치한 다세대주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2005.4.14. 청구외 김○○에게 매도한 후, 2006.5.31. 실지거래가액으로 양도소득세 13,301,553원을 확정신고하였으나 이를 납부하지는 않았는바, 처분청은 2007.1.9. 청구인에게 납부하지 않은 양도소득세를 고지하였다. 이에 청구인은 기준시가에 의해 청구인의 양도소득세 과세표준과 세액을 재계산하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 처분청에 2007.4.10. 하였으나, 처분청이 이를 2007.4.25.자로 거부하자, 2007.5.30. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인이 이 건 양도소득세를 기준시가로 신고할 수 있었음에도 실지거래가액으로 신고한 것은 세법을 모른 것에 기인한 것인바, 실지거래가액으로 신고하였다고 하여 실지거래가액으로 결정하는 것은 법의 목적에 배치되는 부당한 것이다. 또한, 청구인이 이 건 양도소득세를 확정신고할 당시 쟁점주택매입관련 증빙서류 대부분을 첨부하지 않은 채 양도계약서만을 증빙으로 제출하였는바, 소득세법 제96조 제2항 6호 의 규정에 의하면 양도자가 양도 당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 확정신고기한까지 납세지관할세무서장에게 신고하는 경우에만 실지거래가액에 의한 양도소득금액을 결정하도록 되어 있으므로, 쟁점주택매입관련 주요 증빙서 대부분을 청구인이 제출하지 아니한 이 건 양도소득세는 기준시가로 결정하여야 한다.

실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준을 신고한 경우 확정신고기한 후에는 기준시가에 의한 경정을 청구할 수 없으므로, 청구인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 청구인이 실지거래가액에 의거하여 양도소득세를 신고하고 확정신고기한이 경과한 후 기준시가에 의거한 경정을 청구할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제45조 의 2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (이하 생략) 2) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 (2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같음)

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(괄호 생략) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (이하 생략) 3) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

1. ～ 5. (생략)

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 (이하 생략) 6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우 4) 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】

① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(괄호 생략) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② ～ ③ (생략)

④ 예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. (단서 생략, 이하 생략) 5) 소득세법 시행령 제162조 의 3【지정지역 기준 등】

① ～ ② (생략)

③ 법 제96조 제1항 제6호의 2에서 “대통령령이 정하는 부동산”이라 함은 다음 각호중 제1호 내지 제3호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말하되, 제4호에 해당하는 주택을 제외한다. (단서 생략)

1. ～ 3. (생략)

4. 다음 각목의 어느 하나의 요건을 갖춘 주택(괄호 생략, 단서 생략)

• 가. (생략)
• 나. 건축법 시행령 별표 1의 규정에 의한 연립주택ㆍ다세대주택으로서 전용면적이 85제곱미터 이하이고, 양도당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 1억원 이하일 것 (이하 생략)
• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인이 쟁점주택에 대한 양도소득세를 실지거래가액으로 확정신고한 후 처분청에 기준시가에 의한 경정을 청구하였으나 처분청이 이를 거부하였음이 처분청의 경정청구 기각 통지 공문 등에 의해 확인된다.

2. 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 쟁점주택은 소득세법 제96조 제1항 6의 2호에서 규정된 지정지역내에 위치하고 있었으나, 그 면적이 59.6㎡이며 공시지가도 1억원에 미치지 못하여 소득세법 시행령 제162조 의 3 제3항 제4호 가목에서 규정된 바에 따라 기준시가로 양도소득세를 신고․납부할 수 있었던 것으로 확인된다.

3. 청구인이 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득세를 실지거래가액으로 신고하면서 제출한 증빙서류는 쟁점주택 양도계약서이며 쟁점주택에 대한 매입관련 증빙서류는 제출하지 않았는바, 쟁점주택의 취득가액을 환산가액으로 산정하여 신고한 것으로 확인된다.

4. 청구인은 이 건 양도소득세가 기준시가에 의해 경정되어야 한다고 주장하고 있는바, 여기에 대해 살펴본다. 전시한 국세기본법 제45조 의 2는 경정청구의 요건을 “과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때”로 규정하고 있는바, 소득세법 제96조 및 같은 법 제110조의 규정에 의해 실지거래가액으로 양도소득세 과세표준을 산정하여 양도소득세를 신고하고 확정신고기한이 도과하여 양도소득세가 확정된 이 건의 경우에는 경정청구의 요건을 충족하지 못하며, 청구인이 관련 법령을 알지 못하였다는 사유로 이에 대한 예외를 인정할 수 있는 근거는 없다고 판단된다. 또한, 청구인은 쟁점주택에 대한 매입관련 증빙서류를 제출하지 못하였음을 이유로 기준시가로 양도소득세가 산정되어야 한다고 주장하고 있으나, 실지거래가액에 의해 양도소득세를 신고하면서 매입가액에 대한 증빙이 없는 경우 환산가액으로 매입가액을 산정하도록 하고 있으며 청구인 또한 이에 따라 신고하였으므로, 청구인이 실지거래가액으로 신고한 것으로 보지 않을 근거가 없는바, 청구인의 주장은 이유 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.