농어촌특별세에 대해 예정신고납부세액공제 적용 여부

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 000-00번지 ○○아파트 000동 0000호(대지 69.47㎡, 건물 164.25㎡)의 소유자로서 동 아파트(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2006.12.20. 양도하고 2007.1.1. 양도소득세 예정신고시 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의하여 양도소득세 336,723,156원을 감면신청함과 동시에 양도소득세 감면세액에 대한 농어촌특별세를 신고․납부하면서 농어촌특별세 산출세액 67,344,631원(양도소득세 감면세액 336,723,156원의 20%)에서 납부할세액의 10% 상당액인 6734,471원을 공제한 60,610,160원을 신고․납부하였다. 처분청은 청구인이 이 건 농어촌특별세를 신고․납부하면서 농어촌특별세 6,734,471원을 과소납부하였다는 이유로 2007.5.11. 청구인에게 2006년 과세연도분 농어촌특별세 6,734,470원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.5.23. 이 건 심사청구를 하였다.

농어촌특별세법 제7조 제1항 에 의하면, “제5조 제1항 제1호의 규정에 의한 농어촌특별세는 당해 본세를 신고납부하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고․납부하여야 하며, 신고․납부할 본세가 없는 경우에는 당해 본세의 신고․납부의 예에 따라 신고․납부하여야 한다”라고 규정되어 있다. 한편, 소득세법 제108조 제1항 에 의하면, 예정신고와 함께 신고․납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다라고 규정되어 있다. 그렇다면, 이 건과 같이 양도소득세가 면제되어 농어촌특별세만 신고납부하는 경우에도 신고납부자가 양도소득세의 신고․납부의 예에 따라 예정신고와 함께 농어촌특별세를 신고․납부하는 때에는 납부할 세액의 10%에 해당하는 금액을 공제할 수 있다고 보아야 한다. 이는 금융비용을 부담하면서까지 세금을 조기에 납부하는 경우에 너무나도 당연하다 할 것이며, 대법원 판례(1987. 2.10. 선고 85누6 판결)에 의하더라도 조세감면규제법 (1998.12.28-법률 제5584호로 전문개정 이전의 것, 이하 “구 조세감면규제법”이라 한다) 에 의하여 양도소득세가 전액 면제되는 경우 양도소득세예정신고와 함께 방위세를 신고․납부하는 때의 방위세의 과세표준은 소득세법 제98조 (1990.12.31. 법률 제4281호로 개정이전의 것, 이하 “구 소득세법 제98조 ”라 한다)에서 규정하는 자산양도차익예정신고납부세액공제를 한 양도소득세액을 그 방위세의 과세표준으로 한다고 판시한 것으로 보아 이 건 농어촌특별세액의 과세처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

청구인은 1987.2.10. 선고된 대법원 판례 85누6 판결에 의하면, 구 조세감면규제법에 의하여 양도소득세가 전액 면제되는 경우 양도소득세예정신고와 함께 방위세를 신고․납부하는 때의 방위세의 과세표준은 구 소득세법 제98조 에서 규정하는 자산양도차익예정신고 납부세액공제를 한 양도소득세액을 그 방위세의 과세표준으로 하여야 한다고 판시한 것으로 보아 이 건 농어촌특별세액의 과세처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장하나, 농어촌특별세법상 예정신고납부세액공제제도의 법규정이 없으므로 청구인이 이 건 농어촌특별세를 신고․납부하면서 예정신고납부세액으로 공제한 6,734,471원을 불공제하여 과세한 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 양도소득세 예정신고시 양도소득세 감면세액에 대한 농어촌특별세를 신고․납부하는 경우 농어촌특별세 예정신고납부세액공제가 가능한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 1) 농어촌특별세법 제5조 【과세표준과 세율】

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 조세특례제한법․ 관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세․법인세․관세․취득세 또는 등록세의 감면세액: 100분의 20 2) 농어촌특별세법 제7조 【신고ㆍ납부 등】

① 제5조 제1항 제1호의 규정에 의한 농어촌특별세는 당해 본세를 신고ㆍ납부(중간예납을 제외한다)하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고ㆍ납부하여야 하며, 신고ㆍ납부할 본세가 없는 경우에는 당해 본세의 신고ㆍ납부의 예에 따라 신고ㆍ납부하여야 한다. 다만, 제2항 및 제3항의 규정이 적용되는 경우에는 그러하지 아니하다.

② (삭제, 1994. 12. 22. ; 조세감면규제법 부칙)

③ 소득세법의 규정에 의한 원천징수의무자가 제5조 제1항 제1호 또는 제2호의 규정을 적용받는 소득금액을 지급하는 때에는 소득세법의 원천징수의 예에 따라 농어촌특별세를 징수하여 신고ㆍ납부하여야 한다. 3) 소득세법 제108조 【예정신고납부세액공제】 (1999.12.28. 제목개정)

① 예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다. (2000. 12. 29. 단서삭제)

② 제1항의 규정에 의한 공제는 이를 예정신고납부세액공제라 한다. (1999. 12. 28. 개정) 4) 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이소득세법제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005.12.31. 개정) (이하생략) 5) 소득세법 제98조 (1990.12.31. 법률 제4281호로 개정이전의 것) 【자산양도차익예정신고납부세액공제】

① 자산양도차익예정신고일와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 그 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다.

② 제1항의 규정에 의한 공제를 "자산양도차익예정신고납부세액공제"라 한다. 6) 조세감면규제법(1998.12.28-법률 제5584호로 전문개정 이전의 것) 제7조 【중소제조업등에 대한 특별세액감면】

① 제조업·부가통신업·연구 및 개발업·방송업·엔지니어링사업·정보 처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.<개정 1996·12·30>

② 삭제 <1996·12·30>

③ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다 7) 방위세법(1990.12.31. 법률 4280호로 폐지 이전의 것)제4조【과세표준과 세율】

2. 소득세법의 규정에 의한 소득세산출세액에서 동법 및 조세감면규제법 제조 제1항의 규정에 의한 세액공제를 한 소득세액: 소득세과세표준금액이 년 840만원(월 70만원) 이하인 경우 100분의 10, 소득세과세표준이 년 840만원(월 70만원)을 초과하는 경우 100분의 20 (이하생략)

• 다. 사실관계 청구인은 쟁점아파트를 2006.12.20. 양도하고 2007.1.1. 양도소득세 예정신고시 양도소득세 감면세액에 대한 농어촌특별세를 신고․납부하면서 농어촌특별세 산출세액 67,344,631원(양도소득세 감면세액 336,723,156원의 20%)에서 납부할 세액의 10% 상당액인 6734,471원을 공제한 60,610,160원을 신고․납부한 데 대하여, 처분청은 청구인이 양도소득세 예정신고시 농어촌특별세 6,734,471원을 과소납부하였다는 이유로 2007.5.11. 이 건 과세처분을 한 사실이 양도소득세 결정결의서에 의하여 확인된다.
• 라. 판단 1) 청구인은 소득세법 제108조 제1항 및 농어촌특별세 제7조 제1항의 규정에 의하여, 양도소득세가 조세특례제한법에 의하여 감면되어 농어촌특별세만 신고납부하는 경우에도 당해 본세의 신고․납부의 예에 따라 양도소득세예정신고와 함께 농어촌특별세를 신고․납부하는 때에는 납부할 세액의 10%에 해당하는 금액을 공제하는 것이 정당하다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의하여 감면시 농어촌특별세액 계산은 소득세법 제90조 규정에 의하여 계산한 금액에 상당하는 감면세액을 과세표준으로 하여 농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호 의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산하는 것(같은뜻: 국세청 서면5팀-168, 2007.1.2)으로써, 현행의 농어촌특별세법상 예정신고납부세액공제제도는 없는 것인바(같은뜻: 재일 46014-2958, 1995.11.11), 소득세법과 농어촌특별세법은 각각 상호 입법목적과 당해세법 조항을 달리하고 있는바, 소득세법 제108조 제1항 에 의하여 양도소득세예정신고납부세액을 공제한다고 하여 농어촌특별세도 당연히 예정신고납부세액을 공제하여야 하는 것은 아니며, 이는 청구인이 농어촌특별세법 제7조 제1항 의 법조항을 자의적으로 해석하여 법리를 오해한 것으로 보인다.

2. 또한, 청구인은 1987.2.10. 선고된 대법원 판례(대법원 85누6 판결)에 의하여도 처분청이 이 건 과세처분이 위법하다고 주장하나, 방위세법(1990.12.31. 법률 4280호로 폐지 이전의 것) 제4조 제2호의 규정에 의하면, 소득세법의 규정에 의한 소득세산출세액에서 동법 및 조세감면규제법 제7조 제1항의 규정에 의한 세액공제를 한 소득세액을 방위세 과세표준으로 하고 있는 것이고, 이 건의 경우는 양도소득세 중 감면세액 그 자체를 농어촌특별세 과세표준으로 규정하고 있는바, 위 대법원 판례에 의하여도 이 건 과세처분이 위법하다는 청구주장도 받아들일 수 없다 하겠다. 따라서, 처분청의 이 건 과세처분은 정당하고 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유가 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규 정에 의하여 주문과 같 이 결정한다.