신축주택 취득자의 『감면대상 양도소득금액』 계산 방법

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 제128동 제901호 및 대지권(건물을 포함하여 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2006.

4.

28. 양도한 후, 조세특례제한법 제99조 의 『신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면』규정을 적용하여 감면대상 양도소득금액을 314,442천원으로, 이에 따른 감면세액을 101,499천원으로 하여 2006.

6.

29. 쟁점주택에 대한 양도소득세 16,584천원과 농어촌특별세 20,299천원을 예정 신고․납부(분납)하였다. 이에 대하여 처분청은 청구인이 감면대상 양도소득금액과 감면세액을 잘못 산출하였고, 정당한 감면대상 양도소득금액과 감면세액은 각각 245,564천원과 80,545천원이라 하여 2007.

3.

7. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 20,954천원을 고지하는 한편, 농어촌특별세 4,190천원을 감액하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007. 4. 3. 심사청구를 하였다.

• 가. 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 감면대상 양도소득금액 계산 규정은 납세자의 권익을 침해하고 있는 잘못된 규정이다.

1. 양도소득세가 감면되는 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 계산 시 감면소득의 계산은 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 규정에 의거 아래 산식과 같이 계산하나 이 계산방식에 의하면 주택의 양도가액이 상승함에도 불구하고 주택을 취득한 날부터 5년이 되는 시점에 양도함으로써 발생하는 감면대상 양도소득보다 5년이 경과한 후에 양도하는 경우의 감면대상 양도소득이 더 적게 계산되어 납세자의 권익을 부당하게 침해하고 있다. 감면대상 양도소득금액 = 양도소득금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가 2) 예컨대, 청구인이 쟁점주택을 취득한 때로부터 5년이 되는 때인 2004. 4월에 바로 양도하였다면 당시 시세인 490,000천원에 양도하였을 것이고 감면대상 양도소득금액은 아래 “가)”에서 산출한 바와 같이 272,095천원이 될 수 있었으나, 이후 2006.

4. 28.에 2004. 4월보다 높은 가액인 620,000천원에 양도하였음에도 감면대상 양도소득금액은 아래 “나)”에서 산출한 바와 같이 245,564천원에 불과하여 양도가액이 상승하였음에도 감면대상 양도소득금액이 감소되는 결과가 나오므로 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 의 산식은 잘못된 산식이다.

• 가) 취득 후 5년이 되는 때(2004. 4월) 양도하였을 경우 감면소득 산출

① 양도가액 490,000천원

② 취득가액 106,525천원

③ 장기보유특별공제 111,379천원

④ 감면대상 양도소득(100%감면) = ①-②-③ = 272,096천원

• 나) 2006.

4.

28. 양도(실제 양도) 경우 감면소득 산출

① 양도가액 620,000천원, ② 취득가액 106,525천원

③ 장기보유특별공제 145,347천원

④ 양도소득금액 = ①-②-③ = 368,128천원

⑤ 취득일부터 5년이 되는 날 기준시가 348,500천원

⑥ 취득당시 기준시가 229,288천원

⑦ 양도당시 기준시가 408,000천원

⑧ 감면대상 양도소득 = 양도소득금액 × (5년이 되는날 기준시가 - 취득당시 기준시가) / (양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가) = 245,564천원

3. 위의 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 산식을 검토해 보면 분자에 해당되는 (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) 부분은 5년이 경과하여도 고정되어 있으며, 분모에 해당되는 (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) 부분은 통상 시가가 상승하므로 항상 증가하므로 시일이 경과함에 따라 결국에는 감면대상 양도소득금액이 영(零)에 가까워지는 어처구니없는 결과가 발생하게 된다. 즉, 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 규정의 산식에 따르면 감면대상 양도소득금액이 5년이 되는 시점까지는 꾸준히 상승하다가 5년을 기점으로 시일이 지남에 따라 감소하여 결국 영으로 되는 기현상이 발생한다. 그러므로 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 은 잘못된 규정이다.

• 나. 청구인이 신고 시 적용한 감면소득 산출방식이 타당하다. 위 “가”항에서와 같은 불합리한 점 때문에 감면대상 양도소득금액의 산출은 청구인이 쟁점주택 양도소득세 신고 시 적용하였던 방식인 『 양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날 기준시가 / 양도당시 기준시가)』 로 산출함으로써 시간이 경과함에 따라 감면대상 양도소득금액이 증가할 수 있도록 하는 것이 타당하므로 청구인이 산출 및 신고한 감면대상 양도소득금액은 정당하다.

신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면을 규정하고 있는 조세특례제한법 시행령 제99조제1항 의 규정에 의하면 “법 제99조제1항 본문에서 『당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액』이라 함은 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다”고 규정하고 있으므로 여기에 규정된 산식에 따라 감면대상 양도소득금액을 계산하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 신축주택 취득자의 양도소득세 감면 시 감면대상 양도소득금액을 『양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 / 양도당시의 기준시가』로 계산하는 것이 타당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택 (이하 생략)

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제99조제1항 본문에서 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

② ∼ ③ (생략)

④ 법 제99조제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (이하 생략) 3) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가 4) 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인은 2006.

4.

28. 쟁점주택을 620,000천원에 양도하고 2006.

29. 조세특례제한법 제99조 의 『신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면』규정을 적용하여 산출세액에서 감면세액 101,499천원 차감한 후 양도소득세 16,584천원과 농어촌특별세 20,299천원을 예정 신고․납부(분납)한 사실이 청구인의 양도소득세신고서 등에 의하여 확인된다.

2. 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】규정에 의하여 양도소득세 감면대상 주택이라는 사실에 대해서는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

3. 청구인은 쟁점주택 양도소득세를 신고하면서 감면대상 양도소득금액을 조세특례제한법에서 규정한 방식과 다르게『쟁점주택 양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 / 양도당시의 기준시가』의 산식을 적용하여 314,442천원으로 산출하고 이에 따른 감면세액을 101,499천원으로 산출 한 사실이 양도소득세 신고서에 의하여 확인된다.

4. 반면, 처분청은 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 에 규정된 산식에 따라 감면대상 양도소득금액을 245,564천원으로 산출하였고, 감면세액은 산출세액에 위 감면대상 양도소득금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 80,545천원으로 산출하였음이 처분청의 경정결의서에 의하여 확인된다.

5. 청구인은 쟁점주택이 2004. 4월(취득후 5년이 되는 시점) 당시 매매 시가가 490,000천원이었다고 주장하며, 국민은행에서 인터넷으로 제공하는 『○○아파트 41평형 시세변동표』자료를 제시하였으나 이 자료에 의하면 2004. 4월 당시 쟁점주택의 시세는 하한가 400,000천원, 일반 거래가 437,500천원, 상한가 477,500천원으로서 청구인이 주장하는 가액보다 다소 낮은 가액으로 확인된다.

• 라. 판단

1. 청구인은 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 의 산식에 따라 감면대상 양도소득금액을 계산하면 쟁점주택을 취득한 날부터 5년이 되는 2004. 4월에 양도할 경우 발생하는 감면소득보다 실제 양도시점인 2006. 4월의 감면소득이 양도가액 상승에도 불구하고 더 적게 계산되어 납세자의 권익을 부당하게 침해한다고 하나, 청구인이 사례로 든 2004. 4월 양도가액 490,000천원은 실제 거래가액이 아닌 예상가액에 불과하고, 청구인이 제시한 국민은행 제공 시세자료에 의하면 2004. 4월 당시 쟁점주택의 일반거래가는 437,500천원으로 나타나 쟁점주택은 청구인이 사례에서 든 490,000천원이 아닌 이보다 낮은 가액으로 매매될 수도 있다는 것이며, 2004. 4월 당시 쟁점주택이 위의 일반거래가 437,500천원으로 양도되었다면 감면대상 양도소득금액은 2004. 4월보다 2006. 4월에 더 많이 발생될 수 있으 므로 2006. 4월의 감면대상 양도소득금액이 적다고 단정할 수 없다.

2. 청구인은 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 의 산식을 살펴보면 분자에 해당되는 금액(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)은 5년이 경과하여도 고정되어 있고, 분모에 해당되는 금액(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)은 통상 시가가 상승하므로 항상 증가하게 되므로 시일이 경과함에 따라 결국에는 감면소득금액이 영(零)에 가까워지는 어처구니없는 경우가 발생한다고 하나, 기준시가가 상승하였다는 것은 시가도 상승하였다는 것이며, 시가가 상승하게 되면 실 양도가액도 상승하게 되고, 이에 따라 총양도소득금액도 상승하므로 감면대상 양도소득금액이 시일이 경과함에 따라 영에 가까워진다는 청구주장은 설득력이 없다고 판단된다.

3. 또한 청구인은 취득후 5년이 경과하더라도 양도가액이 상승할 경우 감면대상 양도소득금액이 늘어나야 한다고 하므로 이에 대하여 살펴보면, 조세특례제한법 제99조 에 의하면 신축주택을 취득한 후 5년까지는 발생한 양도소득은 100% 감면하나, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액만을 감면대상 양도소득금액으로 규정하고 있으므로 신축주택을 취득 후 5년을 초과하여 양도가액이 상승하더라도 감면대상 양도소득금액은 취득 후 5년이 되는 시점의 양도소득금액 수준에 그치게 하고, 5년 이후 발생분 양도소득에 대해서는 일반 주택처럼 양도소득세를 과세하겠다는 취지의 입법으로 보이는바, 동 규정이 추구하는 정책목적과 나름대로 정당성이 있는 것으로 보이고, 취득후 5년이 경과하더라도 양도가액이 상승할 경우 감면대상 양도소득금액이 늘어나야 한다는 청구주장은 법리를 오해한 주장으로 판단된다.

4. 청구인은 쟁점주택의 감면대상 양도소득금액을 청구인이 쟁점주택 양도소득세 신고 시 적용하였던『 양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날 기준시가 / 양도당시 기준시가)』 로 산출하는 것이 타당하다고 하나, 조세특례제한법 시행령 제40조제1항 에 의하면 신축주택 취득자에 대한 감면대상 양도소득금액은 『양도소득금액 × (취득일부터 5년이되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)』의 산식으로 산출한다고 명확히 규정하고 있고, 처분청은 이에 따라 감면대상 양도소득금액을 산출하여 과세하였으므로 처분청의 과세처분은 잘못이 없으며, 청구인의 산출방식이 타당하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.