철거된 건물의 취득가액이 토지양도에 대한 자본적 지출액 등의 필요경비인지

청구인은 1999.7.27. 임의경매로 취득한 ○○시 ○구 ○○동 ○○번지 소재 전 139㎡, 같은 동 ○○번지 소재 전 2,255㎡ 합계 2,394㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 지상에 2002.1.14. 건물 2동(A동 286㎡, B동 180.3㎡로서 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하였다가 2004.4.1. 쟁점건물의 일부(A동 전체, B동 중 72㎡)를 철거하고 2005.3.22. 청구외 채○○에게 쟁점토지를 양도하고서, 2005.4.25. 양도소득세 예정신고시 실지거래가액으로 신고하면서, 쟁점토지의 양도가액을 350,000,000원으로, 그 취득가액을 108,600,000원으로 하고, 쟁점건물신축관련 비용 119,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)과 기타 56,715,860원 계 175,715,860원을 기타필요경비로 하여 신고하였다. 처분청은 양도소득세 실지조사를 하여, 쟁점토지의 실지 실지양도가액이 450,000,000원으로 확인되어 450,000,000원을 양도가액으로 하고, 기타 필요경비로 신고된 쟁점금액은 쟁점토지의 이용편의를 증대시킨 비용이 아닌 것으로 보아 이를 필요경비에서 부인하여, 2006.10.10. 청구인에게 2005년 과세연도분 양도소득세 75,231,570원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.11.23. 이 건 심사청구를 하였다.

처분청은 청구인이 쟁점건물을 2004.4.1. 철거 후 1년이 경과한 후에 쟁점토지를 양도한 점, 쟁점건물 신축관련 공사계약서상 건축주가 청구인이 아닌 점, 철거되지 아니한 건물은 등기부상 소유권이 여전히 청구인으로 되어 있는 점 등으로 보아 쟁점건물의 신축비용인 쟁점금액을 필요경비에서 부인하였다고 하나, 청구인은 2002.1.14. 쟁점건물을 신축할 때 청구외 김○○에게 위임함으로써 공사계약자가 김○○으로 되었을 뿐이며, 그 후 기도원으로 신축하여 사용하던 쟁점건물은 2003.7.24. 사무실로 변경하여 사용하다가 양수자가 나대지 상태로 구입하기를 희망함에 따라 2004.4.1. 철거하였으나, B동 일부는 임차인의 저항으로 양도시까지 철거하지 못한 상태에서 양도하였고, 양수자측에서 그 후 멸실하였으므로 쟁점건물의 신축비용인 쟁점금액은 토지의 자본적 지출로 보아 필요경비로 공제되어야 할 뿐만 아니라, 양도계약서상 쟁점토지만을 양도한 것으로 되어 있으나, 철거되지 아니한 잔존건물은 경제적 가치가 전혀 인정되지 않아 제외되었지만 실제는 쟁점토지와 건물을 일괄 양도한 것으로 보아 쟁점금액은 건물의 취득가액으로 필요경비에 산입되어야 할 것이므로, 결국 쟁점금액은 이 건 부과처분의 양도차익에서 필요경비로 공제되어야 한

청구인은 건물의 철거가 양수자의 나대지 상태에서 구입할 의사에 의한 것이므로 쟁점금액은 쟁점토지의 자본적 지출에 해당한다고 주장하나, 건물 철거일이 2004.4.1.이고 쟁점토지의 양도일이 2005.3.22.로서 건물 철거 후 단시일내 양도가 이루어지지 아니한 점으로 보아 쟁점토지의 이용편의 또는 자산가치를 증대시키려는 목적이 명백하지 아니하므로 쟁점금액을 쟁점토지의 자본적 지출로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 쟁점건물 신축시 공사계약서 등에 계약인이 청구인이 아니고 청구외 김

○○ (청구인의 사돈)으로 되어 있는 등 쟁점건물 신축 자체가 청구인과 관련이 없는 것으로 보여 지므로, 쟁점금액을 필요경비 부인하여 과세한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액을 이 건 부과처분의 양도차익에서 필요경비로 공제할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 2) 소득세법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호 의3에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것 3) 소득세법시행규칙 제79조 【양도자산의 필요경비 계산 등】

① 영 제163조 제3항 제4호에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 청구인은 쟁점토지를 450,000,000원에 양도하고서, 양도소득세 신고시 양도가액을 350,000,000원으로 하여 과소신고한 사실에 대하여는 다툼이 없다.
• 나) 쟁점건물의 건축물대장에 의하면 청구인이 1999.7.27. 임의경매로 취득한 쟁점토지 지상에 2002.1.14. 청구인 명의로 쟁점건물이 종교집회장으로 신축되었다가 2004.4.1. 쟁점건물의 일부(A동 전체, B동 중 72㎡)가 철거되고 B동의 108.3㎡만 남아 있다가 2006.1.10. 동 건축물관리대장은 말소처리된 것으로 나타나는데, 처분청이 제시하는 쟁점건물의 등기부에 의하면 쟁점건물은 2006.6.28. 현재까지 그대로 청구인 명의로 등기되어 있으며, 쟁점토지는 2005.3.22. 청구인에서 양수자 채○○로 소유권이전되었다가 2006.9.26. 청구외 ○○○○(주)로 소유권이 이전되었고, 청구인이 제시하는 쟁점토지 지번의 다른 건물등기부에 의하면, 쟁점토지 지상에는 새로운 단층건물(421.96㎡)이 신축되어 2006.9.26. ○○○○(주)가 소유권보존등기를 한 것으로 나타난다.
• 다) 청구인이 신고한 양도소득세 신고서에 의하면, 청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여만 신고한 것으로 나타나는데, 당시 양도가액을 350,000,000원으로 신고하면서 제출한 2005.3.18.자 양도계약서에 의하면, 청구인과 양수인간에 직접 양도계약을 체결한 것으로서, 아무런 특약사항 없이 쟁점토지를 350,000,000원(계약금 3천만원, 2005.3.19. 중도금 1억2천만원, 2005.3.20. 잔금 2억원)에 양도하는 것으로 되어 있고, 청구인이 조사당시나 과세전적부심사청구시까지도 제시한 바 없이 이 건 심사청구시에 제시하는 2004.12.24.자 양도계약서에 의하면, 청구외 김○○이 청구인을 대리하여 양수자를 채○○외 1인으로 하여 체결한 것으로서, 양도대상물은 쟁점토지만 기재되어 있고, 매매금액은 450,000,000원(계약금 3천만원, 2005.1.29. 중도금 1억2천만원, 2005.3.10. 잔금 3억원)으로 되어 있으나, 지상에 철거되지 아니한 잔존건물에 대하여는 아무런 언급이 없고, 건축허가신청은 계약일로부터 1주일 이내 청구 인 명의로 하여 접수하되, 그 비용부담은 매수인이 부담하기로 한다는 특약사항은 있
• 다. 라) 청구인이 이 건 양도소득세 신고시 제출한 건물신축과 관련한 계약서에 의하면, 청구외 김○○이 2001.8.3. 청구외 윤○○에게 기도원 신설공사를 110,000,000원(계약금 5백만원, 나머지는 공사진도에 따라 지급)에 의뢰하여 2001.9.30. 완공하는 것으로 되어있고, 2003.9.1.자 청구외 (재)○○연구원과의 개발비용산정에 대한 용역계약서(용역대금 2,500,000원)에도 청구외 김○○이 체결한 것으로 나타나며, 건축사가 2001.8.9자로 발행한 건축설계비(6,500,000원)의 입금표에는 “청구인(김○○)” 귀하로 기재되어 있다.
• 마) 국세청전산조회자료에 의하면, 위 윤○○은 사업자로 등록한 이력이 전혀 없는 것으로 나타난다.
• 바) 처분청이 제시하는 2006.7.11.자 청구인에 대한 문답서에 의하면, 청구인은 기도원 신축공사의 계약서상 계약당사자를 청구인으로 하지 아니하고 청구외 김○○으로 하게 된 이유는 김○○은 청구인과 사돈관계(김○○의 딸이 청구인의 며느리)로 물건지가 청구인의 집과 너무 멀고 김○○이 물건지와 가까운 곳에 거주하여 건물 신축 및 관리를 위임하였던 것이고, 2002.1.14. 건물을 신축하였으나 종교시설 이용에 대한 주민들의 민원이 끊이지 않아 2004.4.1. 일부를 철거하고 일부가 쟁점토지 양도당시까지 철거되지 아니하고 남아 있었던 이유는 무단거주하고 있던 사람이 있어서 철거하지 못하였기 때문이며, 쟁점토지 양도계약서상 잔존건물이 양도대상물로 표시되지 아니한 이유는 잔존건물의 가치가 전혀 없어 표시되지 않았을 뿐 실질적으로 잔존건물도 양도되었다고 진술한 것으로 나타난다.
• 사) 청구인은 처분청의 조사당시 쟁점토지와 신축건물의 관리 일체를 청구외 김○○에게 위임한다는 내용의 2001.8.1.자 위임장을 제출한 것으로 나타난다.
• 아) 국세청전산조회자료에 의하면, 청구인은 쟁점토지 소재지뿐만 아니라 다른 곳에서도 사업자등록을 한 이력이 전혀 없고, 김○○은 다른 곳에서는 사업자등록을 한 이력이 있으나, 쟁점토지 소재지에는 사업자등록을 한 바 없는 것으로 나타난다.

2. 판단

• 가) 청구인은 쟁점토지의 양수자가 쟁점건물을 철거한 후 나대지 상태로 하게 매수하기를 희망함에 따라 건물을 철거하게 되었고, 일부가 양도당시까지 철거되지 아니한 이유는 임차인의 저항으로 철거하지 못하였다고 주장하나, 양수자측에서 그러한 요구를 하였다고 볼 아무런 증거자료의 제시가 없고, 오히려 청구인은 처분청의 조사당시에는 2002.1.14. 쟁점건물을 신축하였으나 종교시설 이용에 대한 주민들의 민원이 끊이지 않아 철거하게 되었고 일부 건물이 쟁점토지 양도당시까지 철거되지 아니하고 남아 있었던 이유는 무단거주하고 있던 사람이 있어서 철거하지 못하였기 때문이었다고 진술한 점, 그 철거도 쟁점토지의 양도일(2005.3.22)보다 1년 전인 2004.4.1.에 철거된 점 등으로 보아 쟁점건물의 철거는 쟁점토지 양수인의 의사와는 무관하게 이루진 것으로 볼 수밖에 없다 하겠다.
• 나) 청구인은 또한 양도당시까지 철거되지 아니한 잔존건물은 잔존가치가 인정되지 않아 양도계약서상 기재되지 않았을 뿐 실질적으로 쟁점토지와 함께 양도된 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구인의 주장과 같이 당시 잔존건물의 가치가 전혀 없었다고 하더라도 철거하자면 철거비용이 들게 마련일 뿐만 아니라 철거하는데 세입자의 강한 저항이 있었다면 더더욱 양수도 당사자간 잔존건물의 철거에 대한 책임문제가 있어 매매계약서상 잔존건물에 대한 언급이 있어야 마땅해 보이는데도, 쟁점토지의 양도계약서에는 잔존건물의 양도 여부 또는 철거 등에 대하여는 아무런 언급이 없이 양도대상물은 쟁점토지로만 기재되어 있는 점, 이 건 양도소득세 신고서상의 양도대상물도 쟁점토지로만 되어 있는 점, 쟁점건물의 건축물관리대장이 2006.1.10. 말소되기까지는 잔존건물이 존재하였던 것으로 보이는데, 그 당시까지 잔존건물의 사용수익자가 양수자측인지 청구인측(정상적인 세입자에게 임대 등)인지도 불분명할 뿐만 아니라 철거당시 철거비용도 누가 부담한 것인지 나타나지 아니한 점 등으로 보아, 잔존건물이 쟁점토지와 함께 양도되었다고 단정할 수 없다 하겠다.
• 다) 설령 잔존건물이 쟁점토지와 함께 실질적으로 양도되었다 하더라도 기 철거된 건물 부분은 쟁점토지의 양수자의 의사와는 무관하게 철거된 후 잔존건물이 양도되었으므로, 쟁점금액이 쟁점건물의 실제 신축비용이라 하더라도 잔존건물의 취득가액은 쟁점금액 중 잔존건물 신축비용 상당액만 될 것이나, 쟁점건물 신축 공사계약서상 공사의뢰자가 청구인이 아닌 청구인의 사돈인 김○○으로 되어 있어 쟁점건물의 실 소유자가 청구인인지 김○○인지가 불분명할 뿐만 아니라, 쟁점공사계약서상 공사도급자인 윤○○은 사업자등록을 한 바도 없고 또한 쟁점금액 지급에 대한 금융자료의 제시도 없음을 볼 때, 쟁점금액이 과연 실제 쟁점건물의 신축비용으로 지급된 것인지도 알 수 없어 쟁점금액 중 잔존건물 신축비용 상당액도 필요경비에 산입할 수 없다 하겠다.
• 라) 따라서, 처분청이 쟁점금액을 필요경비로 인정하지 아니하고 과세한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1 항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.