쟁점농지가 실제로는 비영리법인의 비과세대상 양도자산으로 볼 수 있는지 여부

청구인은 2003.6.19. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 1396-212 답 1,871㎡와 동소 1396-213 답 3,402㎡(이하 “쟁 점농지”라 한다)를 취득하였다가, 2005.9.29. 청구외 ㅇㅇㅇ와 청구외 ㅇㅇㅇ에게 각각 양도하고 실지거래가액으 로 양도차익 을 계산한 후 산출세액 56,804,425원을 전액 비과세 대상으로 하여 2006.5.31. 양 도소 득 세를 신고하였다. 처분청은 쟁점농지의 양도에 대하여 서면조사 결과 비과세대상에 해당하지 않 는 것으로 보아 신고한 실지거래가액으로 양도차익을 계 산한 후 2006.

7. 7. 청구인에 게 2005년 과세연도 양도소득세 57,417,910원을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.10.11. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 ㅇㅇ교회 담임목사로 쟁점농지는 청구인의 명의로 취득 및 양도되었으나 실제로는 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 740-23번지 소재 방송선교를 고유목적사업으로 하는 비영리법인인 ㅇㅇㅇㅇ협회 (ㅇㅇㅇ-ㅇㅇ-ㅇㅇㅇㅇㅇ, 대표 청구인, 이하 “쟁점법인”이라 한다)소유의 토지로서, 쟁점법인의 운영계 획에 의거 무의탁노인, 직원, 자원봉사요원의 부식조달을 위해 농지가 필요하 여 쟁점농지를 취득하는 과정에서 쟁점농지는 농지법에 의한 절대농지로서 교회 단체나 법인의 명의로 소유할 수 없어 어쩔수 없이 청구인 명의로 취득하였 고, 청구인이 교회건물를 신축하는 과정에서 인․허가 문제가 발생하여 쟁점농지를 경작하 지 못해 ㅇㅇ구청장으로부터 농지처분명령을 받아 부득이하게 양도하 였다. 쟁점농지는 사실상 쟁점법인의 재산으로 고유목적사업에 사용할 목적으로 취 득 하였으 나 농지처분명령에 의해 강제로 양도되었으므 로 비영리법 인의 고유 목적사업에 사용한 양도자산에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 비 과세대상임에도 청구인의 양도소득으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

쟁점농지는 취득 및 양도시 모두 청구인 명의로 계약이 이루어 졌고, 취득자금의 일부는 ㅇㅇ조합으로부터 청구인명의로 대출받은 사실, 취득자 금을 교회헌금으로 지급하고 양도대금 또한 쟁점법인의 건물신축비용으로 사 용하였다고 주장하나, 쟁점농지의 취득시기는 쟁점법인의 설립이전으로 쟁 점농지가 쟁점법인의 소유임을 뒷받침할 수 있는 객관적인 증빙서류가 없 고, 설사 청구인 주장대로 쟁점법인의 소유로 볼지라도 쟁점법인의 고유목적사업 에 3년이상 직접 사용한 사실이 없어 비과세대상에 해당하지 않으며, 쟁점법인은 쟁점농지 양도와 관련하여 법인세 과세표준 신고한 사실도 없으므로 쟁점농지 의 명의인인 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정 당하다.

• 가. 쟁 점 청구인명의 로 양도된 쟁점농지가 실제로는 쟁점법인의 재산으로서 비영리법인의 비과세 대상 양도자산으로 보아 청구인에게 과세된 양도소득세를 취소할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이 고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 2) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이 하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 3) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조제2항제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단 1) 청구인은 2005.9.29. 쟁점농지를 청구외 ㅇㅇㅇ외 1명에게 양도하고 실지 거 래가액으 로 양도차익 을 계산한 후 비과세 대상으로 하여 2006.5.31. 양 도소 득 세 를 신 고한 데 대해 처분청은 비과세대상이 아닌 것으로 보아 실지거래가액으로 양도차익을 계 산한 후 청구인에게 2005년 과세연도 양도소득세 57,417,910 원을 결 정․ 고지한 사실이 양도소득세 신고서, 결정결의서 등의 심리자료에 의하여 확 인된
• 다. 2) 쟁점농지의 취득 및 양도시 매매계약서 및 토지거래계약허가증, 매매대 금영수증에 의하면, 모두 청구인명의로 작성되어 있으며 토지거래계약허가증 상 농지이용목적은 “농업(경작)용”으로 표시되어 있다. 3) 쟁점농지의 취득과 양도시의 거래대금은 모두 청구인 명의 계좌를 통하여 입출금되었으며 거래대금이 쟁점법인 명의의 계좌로 입출금된 사실여부는 증 빙자료의 제시가 없어 확인되지 아니한다.

4. 청구외 ㅇㅇㅇ지점장이 발행한 2005.9.27.기준의 청구인 금융거래확 인서에 의하면, 청구인은 2004.10.19. 영농 및 생산자금명목으로 4억5천만원, 2005.4.7. 가계자금명목으로 1억5천만원, 2005.4.4. 일반차입으로 3억원을 차입한 사실이 확인되며 담보로는 쟁점농지 및 다른 청구인 소유 부동산을 담보로 제공 한 사실 이 확인된다.

5. 국세통합시스템을 통한 쟁점법인의 법인등록 및 재산현황 조회 에 의하면, 쟁점법인은 2004.5.19. 방송선교를 고유목적사업으로 하여 ㅇㅇ세 무서장으로부 터 법인으로 보는 단체로 승인받아 사업자등록을 하였으며, 설립시부터 현재까지 쟁점법인이 소유한 재산은 없는 것으로 확인된다.

6. 쟁점농지의 등기부등본에 의하면, 쟁점농지에는 2004.5.13. ㅇㅇ은행 ㅇㅇ지점명의 채권채고액 3억6천만원, 2004.10.13. ㅇㅇ농업협동조합명의 채권채고액 5억9천만원의 근저당권이 청구인을 채무자로 하여 설정된 사실이 확인된다.

7. ㅇㅇ시 ㅇㅇ청장이 2005.7.6. 청구인에게 통보한 농지처분의무 미이행자에 대한 농지처분명령 통보공문에 의하면, ㅇㅇ구청장은 청구인이 쟁점농지를 농업경영에 이용하지 아니하는 농지에 대하여 농지처분명령을 내리면서 2005.7.10.~2006.1.9. 기간중 쟁점농지를 처분할 것을 통보하였으며, 이에 대하여 청구인은 농지처분명령 철회를 요청한 사실이 있어, 농지처분명령 당시 ㅇㅇ구청 사회교통과 담당직원인 김ㅇㅇ에게 유선으로 그 결과를 문의한 바, ㅇㅇ구청 장은 자기농업경영에 이용하지 않았고 위탁영농에도 해당하지 않은 사유로 철회요청 을 받아들이지 않는다는 통지서를 2005.8.9.에 송부하였다는 진술을 하였

• 다. 8) 쟁점농지의 취득시기가 쟁점법인의 설립시기보다 이전이므로 쟁점법인 설 립 시에 쟁점농지를 출연한지 여부와 쟁점법인의 계산과 책임하에 독립적으로 관리 한 지 여부를 확인하 기 위해 관련 입증자료의 제출을 청구인에게 요구한 바, 별도의 쟁 점농지를 출연 하는 절차를 거친 사실은 없다는 진술을 하였으며, 이를 알 수 있는 객 관적인 증빙자료는 제시하지 못하고 있
• 다. 9) 위의 사실관계를 종합하여 볼 때, 쟁점농지는 비영리법인인 쟁 점법인의 재산으로서 고유목적사업에 사용하기 위해 청구인 명의로 매입하였으나 관련법령 에 의 한 농지소유제한으로 부득이 하게 양도하였으므로 비과세 하여야 한다고 주 장하 고 있으나, 쟁점농지의 취득 및 양도시에 모든 거래당사자는 청구인 명의로 이루어졌으며 쟁점농지의 등기부등본과 금융대출확인서에서도 쟁점법인의 명의가 아닌 청구인을 채무자로 하여 근저당권이 설정되고 대출된 점, 쟁점법인의 계산과 명의로 독립적으로 쟁점농지를 소유․관리한 사실을 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하면서, 청구인은 쟁점농지의 취득일 이후 설립된 쟁 점법인에 쟁점농지를 출연한 사실이 없는 점, 쟁점법인은 방송선교라는 고 유목적사업으로 ㅇㅇ세무서장에게 법인으로 보는 단체의 승인을 신청하여 등록된 법인으로서 쟁점농지는 농지법에 의해 소유할 수 없는 토지임에도 법 인 설립전에 야채 등의 부식조달을 위해 청구인의 명의로 부득이하게 취득하였다 는 주장은 경제적 합리성이 없는 점으로 볼 때, 쟁점농지가 쟁점법인의 재산이며 고유목적사업에 사용한 양도자산으로서 비과세대상이라는 청구인의 주장은 이를 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고, 쟁점법인의 재산으로서 자기의 계산과 책임하에 독립적으로 관리․처분되었다는 입증도 확인되지 아니하므로 받아 들이기 어려운 것으로 보인다. 따라서 처분청이 쟁점농지의 양도로 인한 소득에 대하여 명의인인 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2 호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.