장기임대주택에 대한 양도소득세 감면 요건을 충족하였는지의 여부

□□세무서장이 2006. 7. 7. 청구인에게 한 38,823,679원의 양도소득세 결정처분은 5년 이상 장기임대주택에 대한 감면규정을 적용하여 세액을 계산하는 것으로 하여 이를 경정합니다.

청구인은 서울특별시 ○○구 ○○동 601번지 265.84㎡의 대지에 4층 규모의 다세대주택 1동(주택수: 7호, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하고, 1993.1.30. 사용승인을 얻어 1993.2.25. 소유권보존등기를 경료한 후, 쟁점부동산을 임대하다가 2005.12.22. 쟁점부동산 중 101호, 102호 및 202호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 청구외 지○○ 등 3인에게 각각 양도하였다. 청구인은 2006.2.27. 쟁점주택에 대한 양도소득세 예정신고시 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제97조의 10년 이상 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면 규정에 따라 쟁점주택의 양도소득세에 대한 100%의 감면을 신청 하였으나, 처분청은 청구인의 양도소득세 감면 신청을 검토한 결과, 청구인의 쟁점주택 양도는 조특법 제97조의 감면 규정을 충족하지 못한다고 하여 감면부인하고, 양도소득세 38,823,679원을 2006.7.31. 납기로 2006.7.7. 청구인에게 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.9.21. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인이 쟁점부동산에 대한 임대사실을 관할세무서장에 신고하지 않은 것은 사실이나, 임대사실의 관할세무서장에의 신고를 규정한 조특법 제97조는 훈시규정이므로, 청구인이 쟁점부동산을 10년 이상 임대한 사실이 임대차계약서 등에 의해 증명이 되므로 장기임대주택 감면요건을 충족한 쟁점주택의 양도에 대해 양도소득세를 부과함은 부당하다.

장기임대주택의 양도소득세 감면을 받기 위해서는 주택을 임대한 날로부터 3월 이내에 관할세무서장에 임대 사실을 신고하여야 함에도 청구인은 그러한 사실이 없어, 쟁점주택 양도는 감면요건을 충족하지 못하였으며, 임대사실의 관할세무서장에의 신고가 훈시규정이라고 하더라도 쟁점부동산에 속하는 7개의 주택 중 5개의 주택(101～103호, 201～202호)만이 감면대상 주택인 국민주택에 포함되는바, 청구인이 제출한 임대차계약서에 표시된 임차인의 주민등록전입사실 확인 결과, 장기임대에 대한 감면해택이 부여되는 5호 이상의 임대를 개시한 시기가 1996.9.12.이며, 청구인의 사위인 청구외 안

○○ (이하 “안

○○ ”이라 한다)이 1999.10.20.부터 쟁점주택의 양도일까지 쟁점부동산의 202호에 전입한 것으로 주민등록등본에 표시되어 있으나 안○○의 임차 사실이 금융증빙에 의해 확인되지 않으므로, 청구인이 감면대상 주택 5호를 실제 임대한 기간은 1996.9.12.～1999.10.20.까지 약 3년 1개월뿐이어서 조특법 제97조의 감면요건을 충족하지 못하고 있다.

• 가. 쟁점 청구인의 다세대주택 양도행위가 조특법 제97조에서 규정된 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면 요건을 충족하는지 여부 를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

1. 조특법 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 생략

③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다. (이하 생략) 2) 조특법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제97조 제1항 각호 외의 부분 본문에서 "대통령령이 정하는 거주자"라 함은 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.

② (생략)

③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 재정경제부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1.임대주택법제6조의 규정에 의한 임대사업자등록증

3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증사본

4. 삭 제(2006.6.12.)

5. 기타 재정경제부령이 정하는 서류

⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 "주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

2. 삭 제(2001.12.31.)

3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것 3의 2. 삭 제(2001.12.31.)

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

3. 조특법 제55조의 2【자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례】

① ～ ③ (생략)

④ 자기관리부동산투자회사가 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다) 을 신축하거나 취득당시 입주된 사실이 없는 국민주택을 매입하여 임대업을 영위하는 경우에는 당해 임대업으로부터 최초로 소득이 발생한 사업연도와 그 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 사업연도까지 국민주택을 임대함으로써 발생한 소득금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 각 사업연도의 소득금액에서 공제한다. (이하 생략) 4) 조특법 시행령 제51조의 2【자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례】

① ～ ② (생략)

③ 법 제55조의 2 제4항에서 “대통령령이 정하는 규모”라 함은 주택법에 따른 국민주택 규모(괄호 생략)를 말한다. (이하 생략) 5) 주택법 제2조 【정의】

① ～② (생략)

③ “국민주택”이라 함은 제60조의 규정에 의한 국민주택기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 “주거전용면적”이라 한다)이 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(괄호 생략)을 말한다. 이 경우 주거전용 면적의 산정방법은 건설교통부령으로 정한다. (이하 생략) 6) 조세특례제한법 시행규칙제44조【주택임대기간의 계산】 영 제97조 제5항 제5호에서 "재정경제부령이 정하는 기간"이라 함은 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기간으로서 3월 이내의 기간을 말한다. 7) 민법 제618조 【임대차의 의의】 임대차는 당사자일방이 상대방에게 목적물을 사용, 수익하게 할 것을 약정 하고 상대방이 이에 대하여 차임을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

• 다. 사실관계 1) 청구인이 쟁점주택을 양도하고 2006.2.27. 양도소득세 예정신고를 하면서 조특법 제97조의 규정에 의한 양도소득세 감면신청을 한 데 대하여, 처분청이 감면 부인하고 양도소득세 38,823,697원을 청구인에게 결정․고지한 사실이 처분청의 결정결의서 등을 통해 확인된다.

2. 청구인이 쟁점부동산을 신축하여 1993.2.25. 소유권보존등기를 하였으며, 2005.12.22. 쟁점주택을 청구외 지○○ 등 3인에게 각각 양도하였음이 해당 등기부등본을 통해 확인된다.

3. 청구인은 쟁점부동산의 임대와 관련하여 쟁점부동산의 소재지관할세무서장인 처분청에 주택임대신고서를 제출하거나 사업자등록을 한 사실이 없다.

4. 쟁점부동산에 대한 건축물대장 및 등기부등본에 표시된 각 호별 전유부분의 면적은 다음과 같다. <표1: 각 호별 전유부분 면적> (단위: ㎡) 지층 101호 102호 103호 201호 202호 301호 86.86 57.36 50.34 54.94 57.36 50.34 113.45 이에 대해 청구인은 지층 주택의 전유면적이 84.93㎡이어서 국민주택에 포함되어야 한다고 주장하나, 전유면적에서 제외되어야 한다고 주장하는 부분은 지층 주택의 외부출입문과 내부출입문 사이에 있는 쟁점부동산 건물 내부 공간임이 청구인이 제시한 사진과 건축도면에 의해서 확인된다.

5. 청구인은 임차인들과의 임대차계약서를 첨부하여 쟁점부동산의 각 호별 임대 개시 시기는 다음과 같다고 주장하고 있으며, 임대개시 이후 쟁점주택을 양도하기 전까지 계속하여 임대하였다고 주장하고 있으나, <표2: 청구인이 주장하는 각 호별 임대개시 일자> 지층 101호 102호 103호 201호 202호 1993.8.7. 1993.4.25. 1993.4.10. 1993.12.31. 1993.4.24. 1993.5.10. 청구인의 주장과 임대차계약서에 명시된 임차인의 주민등록표상의 거주기간을 비교한바, 아래의 사항이 일치하지 않는 것으로 확인된다. <표3: 각 호별 임차인의 주민등록표상 거주 기간> 102호 103호 201호 202호 임차인 주민등록표상 거주기간 임차인 주민등록표상 거주기간 임차인 주민등록표상 거주기간 임차인 주민등록표상 거주기간 김○○ 전입사실없음 서○○ 1994.3.10～ 1999.5.31. 정○○ 1993.5.1～ 1996.4.7. 강○○ 계약서 없음 이○○ 1996.9.12～ 양도일 이◎◎ 2000.7.3～ 2002.5.27. 이◇◇ 1996.4.2.～ 1998.3.22. 김◇◇ 주민등록번호 없어 확인불가 박○○ 2002.4.26～ 현재 김◎◎ 1998.3.22～ 2000.7.27. 안○○ 1999.10.20～ 현재 장○○ 2001.6.4～ 현재 한편, 청구인이 증빙으로 제시한 202호 임차인 청구외 김 ◇◇ 와의 임대차계약서에는 계약서 작성일자가 1994.9.10.로 되어 있었으며, 1996.1.15. 주택임대차보호법에 따라 확정일자를 받아 놓은 것으로 확인된다.

6. 청구인이 제출한 임대차 계약서상의 임차인 중 안○○은 청구인의 사위인바, 안○○이 쟁점부동산에 임차한 기간 동안 주택을 소유한 사실이 없음이 국세통합전산망 자료에 의해 확인되나, 청구인에 임차보증금 등과 같은 임차료를 지급하였는지에 대한 금융증빙을 청구인은 제시하지 못하고 있다.

• 라. 판단

(1) 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 임대사실에 대해 관할세무서장인 처분청에 신고하지 않음을 이유로 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 배제하였으나 조특법상의 임대사실 신고는 훈시규정이라 할 것인바, 임대사실이 객관적으로 확인되는 경우에는 감면을 적용함이 타당하다고 판단된다.(같은 뜻: 심사양도2003-3115, 2004.3.16)

(2) 처분청은 청구외 안○○과 김 ◎◎ 가 청구인의 친인척이고 이들에 대한 임대를 입증할 만한 금융자료가 없음을 이유로 이들의 대한 임대를 인정하고 있지 않으나, 국세통합전산망을 통해 조회한 자료에 의하면 이들이 주민등록표상으로 쟁점부동산에 거주하는 기간 동안 주택을 소유한 사실이 없는바, 이들이 다른 장소에서 임차하여 살고 있으면서 주택임대차보호법의 보호를 받지 않은 채 쟁점부동산에 주소를 옮겨 놓았다고는 판단되지 않으며, 이들의 임차료 지급 사실에 대한 증빙이 불충분하지만, 조특법 제97조의 임대는 무상임대를 포함하지 않는다고 명시적으로 규정하고 있지 않으므로 설령 이들이 임차료를 청구인에 지급하지 않았더라도, 이들의 거주기간을 청구인의 임대기간에 포함하지 않을 근거는 없다고 판단된다.

(3) 쟁점부동산의 지층에 위치한 주택이 국민주택에 해당하는지에 대해 살펴보면, 전용면적이라 하는 것은 거주인이 타인의 사용을 배제하여 배타적으로 사용할 수 있는 공간의 면적이라 할 수 있는바, 지층 주택의 외부출입문과 내부출입문 사이의 공간은 쟁점부동산 건물의 내부에 위치해 있으면서 타인의 사용을 배제하고 거주인이 배타적으로 사용할 수 있는 공간이므로 이를 전용면적에서 배제할 이유가 없어, 지층 주택을 공부상의 전용면적에 따라 조특법 제97조에서 규정하는 감면대상 임대주택수의 계산에 포함하지 않은 처분청의 판단은 달리 잘못이 없는 것으로 보인다.

(4) 청구인은 10년의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용받아야 한다고 주장하고 있으나, 쟁점부동산 중 102호의 임차인 청구외 김

○○ 의 전입사실 여부가 확인되지 않으며 청구인이 주장하는 202호의 최초 임차인 청구외 강

○○ 에 대한 임대기간은 청구인이 관련 계약서를 제출하지 않아 조특법 제97조의 임대기간에 포함할 수 없어, 청구인이 5호 이상의 주택을 임차인들의 주민등록표상에서 확인된 5년 이상 임대한 것은 사실이나 10년 이상 임대하였다고는 단정할 수 없다고 하겠다.

(5) 이상의 사실을 종합하여 볼 때 청구인의 쟁점주택 양도에 대해 10년 이상 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용하기는 어렵고, 5년 이상 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.