재건축아파트 입주권에 대한 장기보유특별공제액 범위

○○세무서장이 2006.8.7. 청구인에게 한 2006년 과세연도분 양도소득세 12,830,200원의 부과처분은 양도차익에서 장기보유특별공제액 7,487,475원을 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 1990.11.29. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○연립주택 3층 301호(토지 69.70㎡ 및 건물 78.84㎡로서, 이하 “종전주택”이라 한다)의 재건축으로 인하여 취득한 ○○아파트 108동 1206호(토지 42.13㎡, 건물 84.93㎡)의 입주권(이하 “쟁점재건축입주권”이라 한다)을 2006.4.28. 양도하고서, 2006.5.15. 양도소득세 예정신고를 하면서 종전주택 취득일로부터 입주권 양도일까지의 양도차익 전체에 대하여 장기보유특별공제액 35,639,470원을 양도차익에서 공제하여 신고하였다. 처분청은 2006.8.7. 장기보유특별공제액 전액을 부인하여 청구인에게 2006년 과세연도분 양도소득세 12,830,200원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.9.20. 이 건 심사청구를 하였다.

처분청은 청구인이 1주택 보유자가 아니기 때문에 장기보유특별공제를 배제하였다고 하나 1주택 보유자이던 2주택 보유자이던 종전주택을 재건축으로 취득한 입주권의 양도에 있어서는 동일하므로 종전주택의 취득일로부터 쟁점재건축입주권의 양도일까지 발생된 양도차익 전체에 대하여 장기보유특별공제를 적용함이 타당한데도 이를 배제하여 과세한 이건 부과처분은 부당하다. 3. 처분청 의견 주택정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 계산함에 있어서 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제하는 것(서면4팁-1326, 2006.5.11)이므로, 이 건의 경우 기존주택에 상당하는 부분에 대하여만 장기보유특별공제를 인정함이 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점재건축입주권에 대한 양도소득금액을 계산함에 있어서 장기보유특별공제를 종전주택 보유기간의 양도차익뿐만 아니라 입주권 보유기간의 양도차익에 대하여도 적용하여야 하는지의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 (이하 생략) 2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가 액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금 액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한

• 다. ② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기 양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. (2005.12.31. 개정)

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30.(단서 규정 생략)

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다. 3) 소득세법시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】 <16>도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. (2005.2.19. 개정) 4) 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다. (2005.2.19. 개정)

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) -법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]

③ 제1항 제1호·제2호 및 제2항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이라 함은도시 및 주거환경정비법에 의한 관리처분계획 또는 사업시행계획에 의하여 정하여진 가격에 의한다. 이 경우 그 가격이 변경되는 때에는 변경된 가격에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 청구인의 세대는 종전주택 외 1주택을 보유하고 있는 세대이기 때문에 쟁점재건축분양권의 양도는 소득세법시행령 제155조 【1세대 1주택의 비 과세특례】제16항의 1 세대1주택의 양도로 비과세될 수 없는 사실은 청구인도 다툼이 없다.
• 나) 청구인은 쟁점재건축입주권의 양도차익을 소득세법시행령 제116조 제1항 제1호 의 규정에 따라 ① 종점주택의 양도차익 24,958,250원[관리처분계획에 의한 종전주택의 평가액 122,500,000원 - (종전주택의 취득가액 96,104,000원 + 등록세 등 1,437,750원)]과 ② 분양권의 양도차익 93,840,000원[분양권 양도가액 290,000,000원 - (종전주택 평가액 122,500,000원 + 납부한 청산금 72,500,000원) - 중개수수료 1,160,000원]의 합계 118,798,250원으로 계산하고, 이에 장기특별공제액 35,639,470원(전체 양도차익 118,798,250원 × 30%)을 차감하여 양도소득금액 83,158,780원을 산정하여 신고한 것으로 나타난다.
• 다) 처분청의 이 건 양도소득세 경정결의서에 의하면, 처분청은 종전주택의 양도차익(24,958,250원)에 대하여도 장기보유특별공제를 함이 없이 청구인이 신고한 장기보유특별공제액 전액을 배제하고, 청구인이 계산한 양도차익 118,798,250원을 양도소득금액으로 하여 이 건 부과처분을 한 것으로 나타난
• 다. 라) 종전주택의 등기부와 건축물관리대장에 의하면, 종전주택은 2003.3.14. 장미아파트재건축조합으로 신탁되었다가 건물은 3003.9.5. 철거된 것으로 나타난다.
• 마) ○○아파트주택재건축정비조합장 김○○의 확인서와 ○○구청장 발급의 준공인가증에 의하면, 재건축 사업계획승인일은 2002년 12월 31일이고, 관리처분인가일은 2004년 4월 28일이며, 재건축된 아파트의 준공일은 2006년 4월 28일인 것으로 나타난다.

2. 판단

• 가) 앞서 본 관련법령에 의하면, 장기보유특별공제액은 토지․건물의 양도차익에 대하여만 적용하고, 아파트 입주권 등 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익에 대하여는 적용하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 재건축 아파트 입주권의 양도차익은 종전주택의 보유기간에 대한 양도차익과 입주권 상태로 보유한 기간에 대한 양도차익을 구분하여 계산한 후 이를 합산하도록 규정하고 있음을 볼 때, 재건축 아파트의 입주권에 대한 장기보유특별공제는 종전주택의 보유기간(취득일로부터 사업시행인가일까지)의 양도차익에서만 공제되어야 할 것(서면인터넷방문상담5팀-758, 2006.11.9. 외 다수 같은 뜻임)이므로, 쟁점재건축입주권의 양도차익 전체에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 수는 없다 하겠다.
• 나) 다만, 이 건의 경우 처분청은 쟁점재건축입주권의 양도소득금액을 계산하면서 종전주택의 보유기간에 대한 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하지 아니한 것은 잘못이라 할 것이므로, 이 건 종전주택의 보유기간이 10년 이상(취득일 1990.11.27.～사업계획승인일 2002.12.31.)인 쟁점재건축입주권의 양도소득금액은 그 양도차익에서 종전주택에 대한 보유기간에 대한 장기보유특별공제 액 7,487,475원(24,958,250원×보유기간이 10년 이상인 30%)을 공제한 금액으로 하여야 할 것으로 판단된

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.