고가주택에 대해 신축주택 감면과 1세대 1주택 비과세 규정의 동시적용 여부

○○ 세무서장이 2006. 8. 7. 청구인에게 경정ㆍ고지한 2006년 귀속 양도소득세 (농어촌특별세) 21,195,830원의 부과처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구인은 2006.4.3. 서울특별시 ○○구 ○○동 소재 ○○아파트 101동 503호 (전용면적 114.837㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 9억원에 양도하고, 양도소득세 예정신고 납부를 하면서 소득세법 제89조 의 1세대 1주택 비과세와 조세특례제한법 제99조 의 신축주택취득자에 대한 양도소득세 감면요건을 모두 충족하는 것으로 보아 양도소득세 29,660,799원에 대한 양도소득세 감면신청을 하였고, 양도소득세 감면세액에 대한 농어촌특별세 5,932,159원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점아파트가 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되는 신축주택을 양도하고 조세특례제한법 제99조 또는 제99조의 3에 의하여 양도 소득금액을 계산하는 때에는 소득세법 제95조 제3항 을 적용하지 아니한다하여 비과세규정을 적용하지 아니하고 감면규정만을 적용하여 양도소득세 감면세액에 대한 농어촌특별세를 산출하였고, 2006.8.7. 청구인에게 예정신고시 기납부한 5,932,159원을 제외한 21,195,830원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.9.5. 이 건 심사청구를 하였다.

소득세법 제89조 에 의한 1세대 1주택 비과세규정과 조세특례제한법 제99조 신축주택취득자에 대한 양도소득세 감면규정은 각각 다른 개별세법에 속하는 내용이며 세법상 이 두 가지 특례규정에 대하여 하나를 우선 적용하거나, 선택 하여 적용해야 한다는 어떤 근거규정도 없는 바 조세법률주의에 의거 세법해석은 엄격한 문리해석을 원칙으로 하여 자의에 의한 유추해석을 금지하여야 하므로 상기 두 가지의 양도소득세 감면규정의 동시 적용은 타당하므로 처분청의 고지 결정은 취소하여야 한다.

1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되는 신축주택을 양도하고 조세특례제한법 제99조 또는 제99조의 3에 의하여 양도 소득금액을 계산하는 때에는 소득세법 제95조 제3항 을 적용하지 아니한다. 따라서 비과세 규정을 적용하지 아니하고 감면규정만을 적용하여 결정한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의한 신축주택에 해당하는 경우 조세특례제한법상 감면규정과 소득세 법상 1세대1주택 비과세 규정을 동시에 적용할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】 의 구법: 2002.12.11 법률 제6762호, 개정

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하 는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2002. 12. 11 단서개정)

1. 자기가 건설한 주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축 주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택 (1999. 8. 31 개정) 2) 조세특례제한법 시행령 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제99조 제1항 본문에서 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. (1998. 12. 31. 개정) 3) 조세특례제한법 개정법률 부칙(2002. 12. 11 법률 제6762호) 제29조 【 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정 규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 4) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】: 2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하󰡒양도소득세󰡓 라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적․가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수 되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 5) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도 가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (1994. 12. 22. 개정)

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 6) 소득세법시행령 제156조 【고급주택의 범위】: 2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것

① 법 제89조 제3호에서 󰡒거주용건물의 연면적․가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택󰡓이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독 주택으로서 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원이상일 것 7) 소득세법 시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】

① 법 제95조제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등 기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조제1항의 규정에 의한 양도차익 ×((양도가액 － 6억원) / 양도가액)

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액 ×((양도가액 － 6억원) / 양도가액) 8) 농어촌특별세법 제2조 【정의】

① 이 법에서 "감면"이라 함은 조세특례제한법·관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제 9) 농어촌특별세법 제3조 【납세의무자】 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자 10) 농어촌특별세법 제5조 【과세표준과 세율】 호 별 과세표준 세율 1 조세특례제한법·관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면세액(제2호의 경우를 제외한다) 100분의 20

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인이 2006.4.3. 양도한 쟁점아파트가 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의한 1세대 1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상이 되는 신축주택에 해당하는 것에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. 2) 청구인은 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의한 1세대 1주택 요건을 갖춘 주택이 양도가액이 6억원을 초과하는 경우에 양도가액 6억원까지는 양도소득세 납세의무가 없는 비과세 이므로 양도가액 6억원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익을 계산하고, 동 양도소득세를 감면세액으로 하여 농어촌특별세를 과세하여야 한다는 주장인 반면, 처분청은 소득세법 제89조 제3호 의 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의하여 양도소득금액을 계산하는 때에는 소득세법 제95조 제3항 을 적용하지 아니하는 것이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 조세특례제한법 제99조 및 제99조의 3에 따른 신축주택을 양도하는 경우로서 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 및 동법시행령 제156조에 따른 1세대1주택이면서 고가주택에 해당하는 경우에는 소득세법 제95조 제3항 및 동법시행령 제160조를 적용한 후 조세특례제한법 제99조 및 제99조의 3을 적용하는 것(국심2006서1582,2006.8.31 및 재경부 재산세제과-1114,2006.9.7 같은 뜻)이므로, 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되는 쟁점아파트에 대하여 비과세 규정을 적용하지 아니하고 감면규정만을 적용하여 결정한 처분청의 처분은 타당하지 아니하는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.