신축주택 취득관련 양도소득세 감면대상 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○빌딩 2층 ○○연합주택조합(이하 “○○주택조합”이라 한다)에 2001. 8.23. 주택조합원으로 가입계약을 체결한 바 있고, 조합원 자격으로 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○타운 ○○동 ○○호 연립주택(대지권 105.406㎡, 건물 84.94㎡, 전용면적25평형, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2003.10.28. 사용승인을 받아 취득한 후, 2004. 3.29. 쟁점주택을 청구 외 서○○에게 양도하고, 2004. 6. 1. 양도가액을 410,000,000원으로 하여 양도소득세 예정신고함과 동시에 조세특례제한법 제99조 의 3의 규정에 근거하여 양도소득세 49,246,930원을 감면신청을 하였다. 처분청은 자기가 건설한 신축주택이 감면되기 위해서는 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제2호의 신축주택취득기간(2001. 5.23.～2003. 6.30.) 내에 사용승인을 받아야 하나 쟁점주택은 2003.10.28.에 사용승인을 받았으므로 청구인의 양도소득세 감면신청을 배제하고, 또한 쟁점주택의 실제 양도가액이 495,000,000원 임을 확인하여 기 신고․납부한 농어촌특별세 9,849,380원을 환급한 후, 2005.11.11. 청구인에게 2004년 귀속분 양도소득세 91,255,460원을 경정․고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 2. 2. 이의신청을 거쳐 2006. 6. 2. 심사청구를 제기하였다.

조세특레제한법시행령 제99조의3 제3항 제1호는 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 “잔여주택”이라 한다)으로서 신축주택취득기간(2001. 5.23.～2003. 6.30.)이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하는 자가 취득하는 주택은 양도소득세가 감면되는 주택으로 규정하고 있다. 따라서 당해 조합에서 조합원외의 일반분양자에게 공급한 7세대는 양도소득세가 감면되는 주택에 해당된다. 그리고 동법시행령 제99조의3 제3항 제2호는 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택 취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 해당하는 주택은 양도소득세가 감면되는 주택으로 규정하고 있다. 따라서 당해 조합에서 조합원에게 공급한 152세대 역시 양도소득세가 감면되는 주택에 해당된다. 주택조합이 행정관청으로부터 승인받아 신축하여 조합원과 조합원외의 일반분양자에게 공급함에 있어서, 과세관청이 조합원외의 일반분양자가 취득하는 주택이 신축주택 취득기간 경과 후에 사용승인을 받는 경우에는 조세특례제한법시행령 제99조의3 제3항 의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 주택으로 보고, 조합원외의 일반분양이 있는 경우에도 불구하고 조합원이 취득하는 주택이 신축주택 취득기간 경과 후에 사용승인을 받은 경우에는 양도소득세가 과세되는 주택으로 본다면 이는 조세특례제한법시행령 제99조의3 제3항 의 규정을 간과한 것이다. 위와 같이 주택조합이 조합원과 조합원외의 일반분양자에게 신축 공급하는 경우 청구인과 같이 조합원이 취득하는 주택도 조세특례제한법시행령 제99조의3 제3항 의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 주택에 해당되므로 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

조세특례제한법 부칙(2002.12.11.) 제29조 제2항의 규정에 의하면 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호 의 규정에 의한 신축주택으로서 2002.12.31. 이전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003. 6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받는 경우에는 동법 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다라고 규정되어 있으므로 사용승인일이 2003.10.28.이고, 감면배제지역에 소재하였으며, 조합원 자격으로 취득한 쟁점주택의 양도에 대하여 양도소득세의 감면을 배제하고 과세한 이 건 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주택조합 조합원이 취득한 신축주택에 대하여 당해 조합에서 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3 제3항 제2호 단서의 규정에 의한 일반분양을 한 사실이 있는 경우 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호의 규정을 적용하여 양도소득세 감면특례를 적용할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제99조 의 3(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

○ 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정된 것) 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

○ 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호) 부칙 제1조 【시행일】 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.

○ 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호) 부칙 제2조 【일반적 적용례】

② 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호) 부칙 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

○ 조세특례제한법 제99조 의 3(2002.12.11. 법률 제6762 호로 개정되기 전의 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

○ 조세제한특례법 시행령 제99조의 3(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

• 다. 사실관계 및 판단
• 가) ○○주택조합은 2001. 9.24. 설립되어 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 5필지를 매수하고, 지역주택조합으로 주택건설촉진법 제33조 및 같은법 시행령 제32조의 규정에 의거 2002. 1. 8. 사업계획승인을 받아 2002. 6.20. 건축공사에 착공하였으며, 2003.10.28. 쟁점주택 등에 대한 사용승인을 받았음이 2003.10.28.자 ○○구청장의 사용검사필증 등에 의하여 확인된다.
• 나) 청구인은 조합원자격으로 쟁점주택을 취득(2001. 8.23. 조합원 가입계약 체결, 2003.10.28. 사용승인)하였고, 조합원이외의 자에 대한 일반분양분은 7세대로서 신축주택기간 2001. 5.23.～2003. 6.30. 이내인 2002. 7.18. 분양계약이 체결되었음이 ○○구청장의 사용검사필증에 첨부된 일반분양내역에 의하여 확인된다.
• 다) 쟁점주택은 전용면적이 84.94㎡이고, 2004. 6. 1. 495,000,0000원에 양도한 것이므로 소득세법시행령 제156조 에 의한 고가주택에 해당되지 않으며, 2002.12. 30. 대통령령 제17825호로 개정 이전의 규정에 의한 고급주택에도 해당되지 않는다.
• 라) 처분청은 청구인이 ○○주택조합의 조합원 자격으로 취득한 쟁점주택의 경우 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호 의 경우에 해당하므로 신축주택취득기간(2001. 5.23.～2003. 6.30.)내에 사용승인(임시사용승인 포함)을 받아야 양도소득세 감면대상에 해당한다는 의견이고, 청구인은 주택조합 등이 조합원 이외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있는 경우에는 조합원 분양분에 대해서도 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3 제3항 제2호의 규정에 의거 일반 분양분과 같이 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호의 양도소득세 감면규정을 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (1) 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항에서 제1호는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택을, 동조 동항 제2호는 자기가 건설한 신축주택의 경우를 규정하고 있으며, 위 제1호와 제2호 모두 주택조합 등의 조합원이 취득하는 주택의 경우를 포함하고 있다. 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3 제3항 제2호에서 조합원이 취득하는 주택은 상위법인 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호의 위임근거 내에서 해석하여야 할 것이므로 조합원이 일반 분양자로 참가하여 주택을 취득하는 경우로 한정하여 해석하여야 할 것이다. 따라서 조합원의 주택취득이 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호에 해당하는지 제2호에 해당하는지 여부는 조합원이 일반 분양자 자격으로 주택을 취득하는지 조합원의 자격으로 주택을 취득하는지에 따라 결정하여야 할 것이다.

(2) 청구인은 쟁점주택을 조합원 자격으로 취득하였으므로 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 자기가 건설한 신축주택에 해당됨을 알 수 있다.

(3) 자기가 건설한 신축주택은 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의하여 개정법령의 시행일인 2003. 1. 1. 전에 사용승인 또는 사용검사를 받아야 하나, 동조 제2항의 규정에 의하여 2003. 1. 1. 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003. 6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용하는 것으로 감면배제의 범위를 완화하는 규정을 두고 있는 바, 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법에도 불구하고 종전규정에 의한 신축주택의 감면적용을 받기 위해서는 늦어도 2003. 6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받아야 하고, 그 이후에 사용승인을 받은 경우에는 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 규정에 따라 감면여부를 결정하여야 할 것으로 판단된다.

(4) 이 건은 ○○주택조합의 조합원에 해당되는 청구인이 ○○주택조합으로부터 쟁점주택을 취득하였으나, 2003. 1. 1. 개정법 시행일 현재 사용승인 등을 받지 못하고 신축주택취득기간(2001. 5.23.～2003. 6.30.)을 경과한 2003.10.28. 사용승인을 받은 것으로 확인되므로 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의한 종전법 적용대상이 아니라 개정법 적용대상이라고 보아야 하고, 그럴 경우 쟁점주택은 감면이 배제되는 서울특별시에 소재하고 있는 등 감면대상 신축주택 대상이 아니므로 처분청이 청구인의 쟁점주택 양도에 대하여 양도소득세의 감면을 배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 당초처분은 정당하다고 판단된다(같은 뜻: 국심 2005서 3272, 2006. 5.24. 및 국심 2004 중 3726, 2005. 9.26.)

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.