실지양도가액 확인 여부

○○세무서장이 2006. 2. 2. 청구인에게 경정․고지한 2002년 과세연도 양도소득세 35,871,008원의 부과처분은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 토지 14,000㎡에 대한 양도당시의 실지거래가액을 재조사하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정하며, 재조사 결과 양도당시의 실지거래가액이 확인되지 않아 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 경우 양도당시의 기준시가는 2002. 6.29. 고시된 개별공시지가(29,700원/㎡)로 하여 그 과세표준과 세액을 경정(그 한도는 이 건 고지세액 범위 이내로 함)합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 임야 1,400㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1995. 3.20. 국가(○○청)로부터 65,200,000원에 취득하여 2002. 6.15. 양수인 청구 외 허○○(이하 “허○○”이라 한다)에게 93,700,000원에 양도한 것으로 하여 2002. 8월 2002년 과세연도 양도소득세 2,067,700원을 예정신고․납부하였다. 처분청은 2005.10.17.부터 2005.10.28.까지 기간 동안 쟁점토지 양도 건에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 양도소득세 예정신고․납부 시 실지양도가액으로 신고한 부동산 매매계약서상의 양도가액 93,700,000원을 인정하지 아니하고, 양도가액을 기준시가에 의하여 133,950,000원(1,410㎡ × @95,000)으로 재계산하여 2006. 2. 2. 청구인에게 2002년 과세연도 양도소득세 35,871,008원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 4.24. 심사청구를 제기하였다.

• 가. 처분청은 청구인이 제출한 양도당시 매매계약서 기재내용 중 거래금액과 거래일자는 서로 분리하여 존재할 수 없는 것인데도, 임의로 잔금지급 약정일자만 대금청산 일로 추정하는 것은 부당하다. 대금청산을 입증하기 위한 금융자료가 분명하지 않아 거래대금이 확정되지 않았다면 대금청산일 또한 불분명한 것이다. 처분청은 청구인이 제출한 매매계약서 내용을 조사하면서 청구인으로 하여금 동 거래금액을 입증할 수 있는 금융자료를 요구하고, 금융자료에 의해서 입증되지 않는 어떠한 거래내용도 인정할 수 없다는 입장이다. 그렇다면 처분청이 계약서상 잔금지급 약정일자를 대금청산일로 보아 결정하고자 하는 경우에도 청구인에게 요구한 수준의 자료를 제시하면서 입증하여야 만이 그 정당성이 인정될 수 있다. 그러나 처분청이 이 건 매매계약서상 잔금지급 약정일자를 대금청산일로 본 내용을 살펴보면, 처분청 스스로 그 진정성을 부인한 계약서 및 검인계약서, 근거도 확인할 수 없는 매수인의 계정별 원장내용 또는 거래상대방의 명확하지 않은 진술에 의존하는 등어느 것 하나 뚜렷한 입증자료를 제시하지 못하면서 추정에 의하여 결정한 것임을 알 수 있다. 그렇다면 청구인이 이 건 매매계약의 대금청산일에 대하여 금융자료에 의해 입증해보면, 청구인이 당초 양도소득세 신고를 하면서 제출한 양도당시 매매계약서의 단서조항에서, “매매대금 중 중도금은 농지전용허가를 득한 후 지불되며, 잔금은 융자금으로 지불되므로 계약서상 기일은 변경될 수 있으며, 만약의 경우 허가가 안 되면 본 계약은 자동 해약되며 계약금 일체는 반환된다.”라고 기재되어 있다. 이러한 계약내용에 따라 청구인은 양수인 허○○이 대출을 받게 하여 잔금을 지급할 수 있도록 하기 위해 쟁점토지를 허○○에게 2002. 6.29. 등기이전을 경료한 후 동일자에 ○○은행 ○○지점에 근저당권을 설정하고 2002. 7. 3. 105,000,000원을 대출받아 잔금을 지급받았음은 ○○○○ 전표 및 출금표, 청구인의 요구불 거래내역 의뢰 조회표 등에 의하여 확인된다. 중소기업 시설자금대출이라는 것은 차주, 시설제공자 및 은행이 공동으로 시설제공자에게 대출금을 지급할 것을 약정하여 차주명의로 대출후 은행은 차주명의 통장에서 출금하여 시설(토지 포함)을 제공한 자에게 자동적으로 입금하여 주게 되어 있어 설령 등기 이전일을 2～3일 경과하여 대출이 이루어지더라도 매도자 입장에서는 걱정할 일이 아니다. 그리하여 근저당권 설정 당일 대출이 이루어지지 않아 동 대출금이 잔금하고는 무관하다고 주장하는 처분청은 은행 업무를 잘 모르는 것으로 밖에 볼 수 없다. 근저당권 설정일 당일에 바로 대출이 되지 않는 것으로 2002. 6.29. 설정한 근저당권에 의해 2002. 7. 3. 실제 대출이 되었고 동 금액이 청구인의 통장계좌에 즉시 입금되었다. 처분청은 막연히 대금청산일이 2002. 6.15.에서 2002.6.29. 사이인 것으로 추정한다면 국세기본법상의 근거과세규정에 위배된다. 이와 같이 이 건은 대금을 청산하기 전에 소유권을 이전한 경우로서 비록 대금청산일이 2002.7.3.로 분명하나 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 의 규정에 의해 양도시기는 등기접수일인 2002. 6.29.이 되는 것이다. 따라서 기준시가에 의하여 양도소득세를 결정할 경우 양도당시 개별공시지가는 2002년도 개별공시지가가 적용되는 것이므로 처분청의 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 또한, 처분청이 이 건 심리자료로 제출한 의견서를 살펴보면, 청구인이 제출한 금융자료에 의한 대금청산일에 대하여는 언급이 없는 한편, 2002년 개별공시지가를 적용함에 있어 2002년에 공시된 개별공시지가 자체에 마치 하자가 있는 것처럼 의견을 제시하고 있는바, 즉 이 건 쟁점토지는 임야 상태로 있다가 청구인이 양도한 이후 양수인 허○○에 의해서 2002.11.30. 공장용지로 용도 변경되었다. 즉 양도일 이전에는 임야이므로 “쟁점토지”의 개별공시지가를 인근토지와 비교할 경우에는 그 비교 대상이 되는 토지는 “쟁점토지”와 유사한 지목을 갖는 임야 및 전, 답 등이 되어야 하는데도 처분청이 지목이 임야인 “쟁점토지”와 비교대상으로 한 토지 즉 ○○리 ○○번지(잡종지), ○○번지(대지), ○○번지(대지), ○○번지(대지), ○○번지(대지). ○○번지(대지)는 지목이 대지로서 임야보다 공시지가가 높은 것이므로 아무런 비교대상이 될 수 없다. 오히려 청구인이 “쟁점토지”와 유사한 지목인 임야, 전, 답 등과 비교한 연도별 개별공시지가를 아래 표1 연도별 개별공시지가 비교표와 같이 제출하는바 어느 것이 더 객관성이 있는지 판단하여 주기 바란다. 그리고 IMF가 진행되기 시작하여 토지 가격이 급락하던 시기인 1998년에 공시된 개별공시지가가 급등할 아무런 이유가 없었고 “쟁점토지”만 17,500원/㎡에서 87,300원/㎡으로 급등하였다. 그렇게 잘못 적용된 공시지가가 2001년까지 진행되다가 2002년에 이르러서야 인근 유사토지와 유사한 가격인 29,700원/㎡으로 환원되었음을 알 수 있다. 2002.11.30.에는 “쟁점토지”의 지목이 임야에서 공장용지로 변경되었기 때문에 2003년 개별공시지가가 120,000원으로 상향조정된 것은 이해가 되는 부분이다. 또한, 2002. 9.27. “쟁점토지”에서 분할된 ○○리 ○○번지는 현재 지목이 변경되지 않은 임야인 바, 이의 개별공시지가를 보면, 2003년도는 39,600원, 2004년도는 56,100원, 2005년도는 79,200원으로서 “쟁점토지”의 1998부터 2001년까지의 개별공시지가가 잘못 고시되었다는 것을 반증하고 있다. 【표1】연도별 개별공시지가 비교표 단위(원) 지번 지목 연도별 개별공시지가 비고 94 95 96 97 98 99 00 01 02 03

○○리○○번지 임야 16,600 18,000 17,500 17,500 87,300 88,000 87,000 95,000 29,700 120,000 쟁점토지

○○리○○번지 전 23,600 19,600 22,100 22,100 32,200 26,100 28,700 32,300 32,300 35,900

○○리○○번지 답 16,600 14,500 14,200 14,200 21,300 8,430 9,210 9,700 9,700 11,600

○○리○○번지 임야 14,900 14,500 14,200 14,200 21,300 8,430 9,210 9,700 9,700 11,600

○○리○○번지 임야 14,900 14,500 14,200 14,200 21,300 8,430 9,210 9,700 9.700 11,600

○○리○○번지 전 13,000 13,000 14,700 15,600 15,500 14,600 15,300 15,300 15,300

○○리○○번지 전 12,800 13,000 14,700 15,600 15,500 14,600 15,300 15,300 15,300

○○리○○번지 전 14,300 14,500 15,500 16,400 17,400 16,400 17,400 17,400 17,400 19,400

○○리○○번지 전 29,500 14,600 15,300 16,500 16,500 18,400

○○리○○번지 전 28,800 18,500 21,100 20,900 30,400 26,400 27,100 30,500 30,500

○○리○○번지 답 9,070 8,200 8,280 8,550 16,000 14,200 16,400 17,500 17500 18,500

• 가. 소득세법 제96조 에 의하면 양도가액은 자산의 양도당시의 기준시가로 규정하고 있으며, 단서 조항으로 함께 신고한 경우라고 되어있어 청구인이 제출한 증빙서류를 조사한바, 양도당시의 매매계약서를 실제 증빙으로 보기에 미비한 사유가 1) 기준시가보다 현저히 낮은 가액인 점, 2) ○○시장에게 신고 된 검인계약서와 대사한바, 계약일자 및 중도금 납부 등 내용이 일치하지 않는 점, 3) 양수인 허○○이 쟁점토지 취득 후 ○○은행으로부터 담보설정 후 대출받은 가액이 105,000,000원으로 감정가액의 70%로 대출이 이루어지는 점으로 보아 감정가액이 약 150,000,000원이므로 감정가액보다도 현저히 낮은 가액인 점. 4) 양수인 허○○은 매매계약서는 현재 보관하고 있지 않다고 하며 구두로 93,700,000원에 취득하였다고 진술하나, 허○○의 사업소득세 신고서 중 재무제표를 확인한 결과 쟁점토지를 170,000,000원에 취득하였다고 신고 되어 있었으며 신고내용에 대한 증빙을 기장대리인에게 의뢰하였으나 취득가액을 작성한 후 그 증빙이 보관되어 있지 않다는 답변만 들었고, 허○○ 또한 재무제표상 작성된 쟁점토지의 취득가액에 대하여 답변을 못하고 있으므로 양수인 허○○의 진술내용은 진실성이 없는 것으로 확인되므로 국세기본법 제16조 제2항 및 소득세법 시행령 제176조의2 제1항 제1호 의 규정에 의하여 필요한 장부, 매매계약서, 영수증, 기타증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비한 경우에 해당되므로 기준시가로 결정한 당초 내용은 정당하며,
• 나. 만일, 처분청에서 당초 신고한 내용을 인정할 수 없어 기준시가로 결정하는 경우에는 처분청에서 실지거래가액을 인정하지 않았으므로 매매계약서상 매매일자도 허위로 보아야 하므로 양도시기를 소득세법 시행령 제162조 에서 정한 등기접수일인 2002. 6.29.이라고 주장하며 양도당시 기준시가가 2001년에 고시된 개별공시지가가 아닌 2002년에 고시된 개별공시지가를 적용해야 한다는 주장이나, 청구인이 제출한 매매계약서와 검인계약서, 양수인 허○○의 사업소득세 신고서상 계정별 원장에 작성된 쟁점부동산 잔금지급일이 2002. 6.15.로 일치하는 바 매매일자는 허위로 보기 어려우므로 2001년도에 고시된 개별공시지가 95,000원/㎡을 기준시가로 하여 결정한 당초 처분은 정당하며, 참고로 개별공시지가 갑자기 하락하게 된 사유에 대하여 ○○시에 유선으로 질의한바, 쟁점토지에 대하여 2002. 6.29.자로 고시된 개별공시지가 결정에 오류가 있었음을 시인한다고 답변하였으며, 쟁점부동산의 주변 토지에 대한 개별공시지가를 확인한바, 아래 표2 연도별 개별공시지가비교표와 같이 쟁점토지의 2002. 6.29. 공시된 개별공시지가보다 크게 상회하고 있으므로 잘못 계산되어 고시된 2002. 6.29.자의 개별공시지가를 기준시가로하여 적용하여 달라는 청구 주장은 이유가 없다. 【표2】연도별 개별공시지가 비교표 (단위: 원) 지 번 지목 연도별 개별 공시지가 비 고 ‘97. 6.30. ‘98. 6.30. ‘99. 6.30. ‘00. 6.30. ‘01. 6.30. ‘02. 6.29. ‘03. 6.30.

○○리○○번지 임야 17,500 87,300 88,000 87,000 95,000 29,700 120,000 쟁점토지

○○리○○번지 16,400 17,400 60,100 76,700 84,600 90,200 75,700

○○리○○번지 56,400 69,300 66,800 67,900 74,900 79,900 85,000

○○리○○번지 54,100 66,500 62,500 66,500 78,200 78,200 88,000

○○리○○번지 51,300 64,400 60,800 64,600 76,000 76,000 85,500

○○리○○번지 51,300 64,400 60,800 64,600 76,000 76,000 85,500

○○리○○번지 57,000 70,000 64,000 68,000 80,000 80,000 90,000

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점토지를 양도하고 양도소득세를 실지거래가액으로 계산하여 예정신고․납부한 데 대하여, 처분청이 이를 부인하고 2001.6.30. 고시된 개별공시지가를 양도당시 기준시가로 보아 과세한 이 건 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다. (2000.12.29. 개정)

1. ～5. 생략

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지관할세무서장에게 신고하는 경우 (이하 생략)

○ 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1호의 자산

• 가. 토지 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다. (이하생략)

○ 소득세법 제114조 【 양도소득과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지】

① 생략

② 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의한 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의한 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. (99.12.28. 개정)

③ 생략

④ 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. (2001.12.31. 단서신설)

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액․매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (99.12.28. 개정) (이하생략)

○ 소득세법 시행령 제176조 의 2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (99.12.31. 신설)

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우 (이하생략)

○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 (이하생략)

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계 청구인이 쟁점토지의 양도에 대하여 처분청에 양도소득세 과세표준확정신고기한(2003. 5.31) 이내인 2002. 8월 실지거래가액으로 양도소득세를 계산하여 신고한 것에 대하여, 처분청이 당초 신고한 내용을 인정할 수 없어 기준시가로 경정하는 것은 청구인과 처분청간에 상호 다툼이 없으나, 쟁점토지의 양도시기를 언제로 볼 것인지 여부가 쟁점인 바, 이에 대하여 살펴보면

• 가) 청구인은 쟁점토지를 1995. 3.20. 국가(○○청)로부터 65,200,000원에 취득하여 2002. 6.15. 양수인 허○○에게 93,700,000원에 양도한 것으로 하여 2002. 6월 부동산 양도신고를 하고, 허○○의 거래사실확인서를 첨부하여 2002. 8월 쟁점토지에 대한 2002년 과세연도 양도소득세 2,067,700원을 예정신고․납부한 사실이 양도소득세 예정신고서 등에 의하여 확인되고,
• 나) 처분청은 2005.10.17.부터 2005.10.28.까지 기간 동안 쟁점토지 양도 건에 대한 세무조사를 실시하여, 청구인이 양도소득세 예정신고․납부 시 실지 양도가액으로 신고한 부동산 매매계약서상의 양도가액 93,700,000원을 인정하지 아니하고, 쟁점토지에 대한 양도가액을 기준시가에 의하여 133,950,000원으로 재계산하여 2005. 2. 2. 청구인에게 2002년 과세연도 양도소득세 35,871,008원을 경정․고지한 사실이 경정결의서 등에 의하여 확인된다.
• 다) 쟁점토지의 매매계약서를 보면, 2002. 5. 1. 계약금 10,000,000원, 2002. 5.20. 중도금 40,000,000원, 2002. 6.15. 잔금 43.700,000원을 지불하는 조건으로 계약하고 동 계약서 하단에 “매매대금 중 중도금은 농지전용 허가를 득한 후 지불되며 잔금은 융자금으로 지불되므로 계약상의 기일은 변경될 수 있으며, 만약의 경우 허가가 안 되면 본 계약은 자동 해약되며 계약금 일체는 반환된다.”라고 기재되어 있다.
• 라) 처분청의 조사종결복명서를 보면,

(1) 쟁점토지를 양수인 허○○이 취득한 후 공장용지로 지목을 변경하고 2002.11. 28. 공장건물을 신축하여 ○○상사(제조업/문구)를 운영하고 있음이 확인되고,

(2) 양수인 허○○은 임야 취득 후 담보를 설정하여 2002. 7. 3.자로 105,000,000원의 대출을 받았음이 ○○은행 금융거래 조회내용으로 확인되며, 일반적으로 감정가액의 약 70%의 대출이 이루어지는 점으로 보아 쟁점토지의 감정가액을 약 150,000,000원 내외로 추정하였다.

• 마) 허○○의 회사 계정별 원장을 보면, 2002. 6.15. 쟁점토지 구입 시 170,000, 000원으로 현금 지급한 것으로 기재되어 있다.
• 바) 허○○이 취득세 신고 시 ○○시장에게 제출한 검인계약서를 보면, 매매대금을 93,700,000원(2002. 6.10. 계약금 3,700,000원 2002. 6.15. 잔금 90,000,000원)으로 기재되어 있고, 고객별 해지계좌내역 조회서류를 보면, 양수인 허○○은 ○○은행 ○○지점으로부터 2002. 7. 3.자로 신규대출을 받은 사실이 확인된다.
• 사) 쟁점토지의 등기부등본의 1) 표제부를 보면, 쟁점토지는 2002.11.30. 공장용지로 지목이 변경된 것으로 확인되고, 2) 갑구를 보면, 양수인 허○○은 2002. 6.10.을 매매원인일로 하여 2002. 6.29.자로 소유권이전등기서류를 ○○지방법원 ○○등기소에 접수한 사실이 확인되며, 3) 을구를 보면, 근저당권자 ○○은행 ○○지점은 채무자 허○○을 상대로 쟁점토지의 근저당권 설정을 2002.6.29.을 등기원인일로 하여 같은 날 등기접수하였다.
• 아) 청구인이 이 건 심리자료로 제출한 ○○은행의 ○○○○ 전표 및 청구인의 ○○은행 요구불거래내역 의뢰 조회표를 보면, 청구인은 2002. 7. 3. 양수인 허○○이 중소기업 시설자금 대출을 받아 청구인의 ○○은행 통장계좌(000-00-0000- 000)에 금 105,000,000원을 무통장 입금한 사실이 확인된다.
• 자) 참고로 쟁점토지 및 주변토지의 공시지가에 대하여 살펴보면, 처분청은 쟁점토지에 대한 2002. 6.29. 공시된 개별공시지가가 29,700원/㎡으로써 직전에 고시된 개별공시지가 95,000/㎡보다 급격히 낮으므로 2002. 6.29. 공시된 개별공시지가는 잘못 계산된 것이라고 하나, 비록 관계기관에 의해 개별공시지가가 잘못 결정되었다고 하더라도 경정 결정되기 전까지는 적법한 절차를 거쳐 결정․고시된 개별공시지가가 잘못 되었음을 이유로 효력이 없다고는 할 수 없는 것으로 보인다(같은 뜻: 행심 2005137, 2005. 5. 2.)

○ 판단 청구인은 이 건 양도시기에 관하여 처분청이 매매계약서를 인정하지 아니한다면 매매계약서상에 기재된 잔금지급 약정일인 2002. 6.15.은 양도시기가 될 수 없고 소득세법시행령 제162조 제1항 제1호 에서 규정하고 있는 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우”에 해당되므로 등기접수일인 2003. 6.29.을 양도시기로 보아야 하고 따라서 양도가액은 2002. 6.29. 고시된 개별공시지가 29,700원/㎡을 기준시가로 적용하여야 한다고 주장한 데 대하여, 이를 살펴보면,

• 가) 허○○의 계정별원장에 2002. 6.15.에 취득한 것으로 기재되어 있고, ○○시장에게 제출된 쟁점토지의 부동산매매 검인계약서와 허○○이 작성한 거래사실확인서에서도 잔금일자가 2002. 6.15.로 기재되어 있으나, 위 사실관계에서 살펴본 바와 같이 매매계약서상에 잔금은 융자금으로 지불된다고 기재되어 있는 점, 2002. 6.29. 쟁점토지에 양수인 허○○이 근저당권을 설정 등기한 사실이 있는 점, 2002. 7. 3. 허○○이 중소기업시설자금을 대출받아 청구인의 ○○은행 통장 계좌((000- 00-0000-000)에 금 105,000,000원을 무통장 입금한 사실이 확인되는 것으로 보아, 쟁점토지의 잔금을 2002. 7. 3. 양수인 허○○으로부터 지급받은 것으로 보인다.
• 나) 그렇다면 이 건의 경우 소득세법시행령 제162조 제1항 제2호 에 의하여 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일인 2002. 6.29.을 잔금지급일로 볼 수 있으므로 등기접수일을 양도시기로 보는 것이 타당하다 할 것이다.
• 다) 처분청은 쟁점토지 양도 건에 대한 세무조사결과, 청구인이 양도소득세 예정신고․납부 시 실지 양도가액으로 신고한 부동산 매매계약서상의 양도가액 93,700,000원을 신빙성이 없다는 이유로 이를 인정하지 아니하고, 쟁점토지에 대한 양도가액을 기준시가에 의하여 133,950,000원으로 재계산하여 이 건 과세처분을 하였으나, 위 사실관계에서 살펴본바와 같이 양수인 허○○의 회사 계정별 원장 또는 재무제표에 의하여 쟁점토지의 구입대금이 나타나고 쟁점토지의 잔금을 2002. 7. 3. 허○○으로부터 지급받은 사실이 확인되므로 나머지 거래대금(계약금, 중도금 등)을 재조사하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 만약 재조사결과 실지거래가액이 확인되지 않아 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고자 하는 경우에는 쟁점토지의 양도시기가 2002. 6.29.이므로 같은 날 고시된 쟁점토지의 개별공시지가 29,700원/㎡을 양도당시 기준시가로 보아 경정하는 것이 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.