토지와 건물가액을 안분계산하여 과세한 사례

○○세무서장이 2005.12. 7. 청구인에게 결정고지한 2001년 과세연도 양도소득세 32,649,970원은 소득세법 제100조 제2항 의 규정에 의하여 토지의 양도가액을 산정함에 있어서 건물 기준시가에 부가가치세가 포함된 것으로 하여 토지의 양도가액을 계산하고 그 결과에 따라서 양도소득세 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 1988.09.13. 취득한 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 공장용지 3,489㎡, 같은 곳 ○○번지 대지 42㎡와 1999.01.18. 취득한 같은 곳 ○○번지 및 ○○번지 공장용지 1,646㎡, 같은 곳 ○○번지 대지 486㎡에 1999. 1월부터 4월까지 공장 및 근린생활시설 1,193.2㎡(이하 위 토지와 건물 모두를 “쟁점 부동산”이라 한다)를 신축하여 보유하다가 2001.11.30. 쟁점부동산을 (주)○○(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 양도하고 2001.11.30. 토지는 실지거래가액으로 건물은 기준시가에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하였다. 처분청은 토지의 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 양도당시 기준시가로 안분하여 양도차익을 산정하고 2005.12.07. 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 32, 649천원을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 1.17. 이의신청을 거쳐 2006. 3. 7. 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점부동산을 취득한 청구외법인은 기장대리 세무사가 토지와 건물을 구분기장 하였고, 이러한 사실은 청구외법인의 이사회의사록, 계정별 원장 및 매매계약서, 마을주민 2명의 사실 확인서에 의하 여 입증되며, 또한 민법의 “계약자유의 원칙”에 따라 계약당사자가 자유로이 토지와 건물가액을 산정하여 매매가 성립되었고, 그것을 근거로 정당하게 양도소득세를 신고한 것인데 처분청이 토지의 가액이 임의적으로 산정․기장되었다 하여 양도가액을 기준시가로 안분 계산하여 과세한 것은 부당하다. 부가가치세 과세대상인 건물 등의 공급가액은 토지와 건물의 가액을 구분하여 실지거래한 경우에 있어서 그 각각의 가액을 말하는 것이지 객관적인 교환가치를 말하는 것이 아니다. 따라서 토지와 건물의 가액이 명시적으로 구분되어 있지 아니한 경우에도 매매대금을 정하게 된 당사자의 의사, 가격 산정자료 등에 의하여 묵시적으로 토지와 건물의 가액을 구분하였다고 볼 수 있으면 이에 따라 실지거래가액을 구분하는 것이 타당하다.

청구인은 쟁점부동산을 청구외법인에게 양도하기 전에 쟁점부동산에서 옥제품 제조업과 부동산 임대업을 운영하였고, ○○은행 ○○지점에 담보로 제공한 사실이 있었으나 토지와 건물가액을 구분한 사실이 없다. 청구인은 쟁점부동산에 대해 장부나 어떠한 기준도 없이 토지가액과 건물가액을 임의적으로 구분하여 부동산 매매계약서에 기재하였음을 조사과정에서 확인하였고, 쟁점부동산을 취득한 청구외법인이 장부에 구분 등재한 것을 청구인이 구분 기장한 것으로 인정할 수 없는 것이며, 신고한 토지 양도가액은 총 실제양도가액 288백만원의 26.5% 수준인 76,500천원이며 토지공시지가(256,157천원)의 29.8%에 해당하는 바, 이는 토지의 실지거래가액을 과소하게 계산한 것으로 밖에 볼 수 없다. 또한 총 매매대금 중 건물가액과 토지가액의 구분은 사회통념상 객관성이 있어야 할 것이나 양도소득세를 적게 납부하기 위하여 임의적으로 구분한 그 가액을 매매당사자의 의사라고 하여 인정할 수는 없는 것으로서 이는 토지와 건물의 가액구분이 불분명한 경우에 해당하므로 총 매매대금을 양도 당시의 기준시가에 의하여 안분계산하고 토지에 해당하는 금액을 토지 양도가액으로 하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점 부동산을 일괄양도하고 토지는 실지거래가액, 건물은 기준시가에 의하여 신고한 데 대하여, 토지의 양도가액을 불분명한 것으로 보아 총 매매금액을 기준시가에 의하여 안분계산한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. (2000.12.29. 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2000.12.29. 개정)

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994.12.22. 개정)

○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

④ 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

○ 소득세법시행령 제176조 의 2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. (단서생략)

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(생략)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(생략)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

○ 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】 (중간생략)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. (2000.12.29. 개정)

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. (2000.12.29. 개정)

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다. (2000.12.29. 개정)

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. (2000.12.29. 개정)

⑤ 삭 제 (2000.12.29.)

• 다. 사실관계 및 판단 청구인이 쟁점부동산을 288,000천원에 양도한 사실과 그 중 건물분은 기준시가로 신고한 사실 및 실가로 신고한 토지의 취득가액(52,600천원)에 대하여는 처분청이나 청구인 모두 이견이 없고, 토지의 양도가액에 대하여 다툼이 있는 바 이에 대하여 살펴본다.

(1) 부동산등기부등본, 일반건축물대장 및 양도소득세신고서 등에 의하면, 청구인은 1988.09.13,과 1999.01.18. 매매를 원인으로 취득한 공장용지와 대지(5,663㎡) 위에 1999. 1월부터 4월까지 건물(1,193.2㎡)을 지상2층(1층 공장 및 목욕장 965. 4㎡, 2층 공장 및 목욕장 227.8㎡)으로 신축하여 보유하다가 2001.11.30. 청구외법인에게 288,000천원(매매계약서상에 토지분 76,500천원, 건물분 211,500천원으로 단서조항에서 구분기재)에 양도하기로 매매계약을 체결하였고, 부가가치세 거래징수에 대하여는 약정한 바 없다. 2001.11.30. 토지는 실지거래가액으로 건물은 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였다.

(2) 이건 조사관련 서류 및 결정결의서 등에 의하면, 기준시가로 신고한 건물은 처분청이 청구인의 신고내용대로 기준시가를 인정하여 결정하였고, 실지거래가액으로 신고한 토지는 취득가액은 실거래가액이 확인되어 신고내용대로 인정하였으나, 양도가액은 임의로 구분한 가액으로 보아 총 매매대금 288,000천원 중 토지분을 기준시가에 의하여 안분 계산한 가액 152,723천원으로 양도차익을 산정하여 과세하였음이 확인되며 구체적인 결정내역은 아래 표와 같다. 구 분 취득가액 양도가액 기준시가 실지거래 신 고 조사결정 기준시가 실지거래 신 고 조사결정 합 계 300,768 282,243 282,243 483,051 303,394 379,617 토 지 71,125 52,600 52,600 52,600 256,157 76,500 76,500 152,723 건 물 229,643

• 229,643 229,643 226,894

• 226,894 226,894 (단위: 천원) o 처분청은 토지 양도가액 152,723천원을 산정하면서 건물기준시가에 해당 부가가치세를 가산하지 않고 계산하여 토지 양도가액이 6,851천원 과다하게 계산된 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 쟁점부동산을 구분기장하였고 그 내용이 청구외법인의 이사회의사록, 계정별 원장 및 매매계약서, 마을주민 2명의 사실확인서에 의해 확인되며, 계약자유의 원칙에 따라 계약당사자가 자유로이 토지와 건물가격을 산정하여 매매가 성립하였는데 처분청이 이러한 계약내용을 부인하고 부과처분한 것을 부당하다고 주장하고 있다. (가) 청구인이 조사과정 중에 작성한 확인서에 의하면 “부동산 매매계약서상 토지와 건물을 별도 구분한 것은 어떤 장부나 기준으로 구분한 것은 아니며 (주)○○에서 요구하는 방법에 따라 구분하였음을 확인합니다.”라고 확인하고 있고, 청구외법인이 장부 등에 구분하여 등재한 것을 청구인이 구분기장하였다고 볼 수 없으며 이사회 의사록 및 계정별 원장, 마을주민의 확인서는 사인 간에 임의로 작성이 가능한 것이므로 증거능력이 미흡하다고 할 것이다. (나) 처분청은 청구인이 제출한 매매계약서와 ○○은행의 채무액(288,000천원)의 상환내역을 근거로 일괄양도가액(288,000천원)을 실지거래가액으로 인정하고 있으나, 청구외법인의 자금인출내역 및 금융자료의 확인이 없고, 양도 당시의 쟁점부동산에 설정된 근저당의 채권최고액 741,000천원과 토지와 건물의 기준시가 483, 051천원과 비교할 때 쟁점부동산 총 매매가액 288,000천원은 낮은 가격으로 보이며, 또한 신고한 토지의 양도가액 76,500천원은 토지의 개별공시지가 256,157천원보다 현저히 낮은(29.8%) 것으로 나타나고 있어 신고한 토지 양도가액은 정확하게 구분 계산된 양도가액으로 보기 어렵다 할 것이다.

(4) 당심이 청구인의 사업내역을 전산조회하여 검토한 결과, 청구인은 쟁점부동산에서 ○○실업(000-00-00000)이라는 상호로 1998. 8.13. 개업하여 옥제품을 제조하다가 2000. 6.30. 폐업하였고, 2000. 5. 1. 동일 사업장에 위 사업자등록과는 별도로 부동산 임대업 간이사업자(000-00-00000)로 등록하여 2001.11.30. 신고폐업한 사실이 확인되며, 세금계산서 수수상황을 전산조회한 결과 쟁점부동산 양수인과 세금계산서를 수수한 사실이 없다.

(5) 청구외법인의 2001년 사업연도 계정별원장(건물)에는 같은 해 11.30.자로 “건물 구입 시 현금지급 211,500,000”을 기록하고 있고, 계정별원장(토지)에는 같은 날짜로 76,500,000원을 토지구입대금으로 기록하고 있다.

(6) 이상의 사실을 종합하면, 신고한 토지의 양도가액 76,500천원은 토지 개별공시지가 256,157천원 대비 29.8%로서 정당한 사유가 입증되지 않은 상태에서 현저하게 낮은 가액이며, 조사 당시 청구인이 토지와 건물가액을 어떠한 기준이 없이 청구외법인이 요구한 대로 구분하여 계약서를 작성하였다는 사실을 확인하였고, 청구인이 옥제품 제조업이나 부동산 임대업을 영위하는 동안 토지와 건물가액을 구분하여 기장한 사실이 없이 부동산매매계약서를 작성할 때 임의로 구분하였음이 확인되므로 이는 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에 해당한다고 할 것인 바, 처분청에서 총 매매금액에 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 안분계산한 토지 양도가액을 기준으로 하여 과세한 당초 부과처분은 달리 잘못이 없다. 다만, 소득세법 제100조 제2항 의 규정에 의하여 토지의 양도가액을 산정함에 있어서 건물 기준시가에 부가가치세가 포함된 것으로 하여 토지의 양도가액을 계산하고 그 결과에 따라서 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다. 그리고 전시한 바와 같이 청구인은 부동산 임대업 간이사업자 지위에서 쟁점부동산을 양도한 것으로 보이므로 건물분의 부가가치세 과세대상 여부를 판단하여 과세하는 문제는 별론으로 한다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장은 이유 없으나 처분청의 결정에 잘못이 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.