8년 자경농지 감면소득 계산시 주거지역 편입일 현재 적용할 기준시가

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 전 4,774㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1996. 4.24. 취득하여 2005. 7. 6. 양도하였고, 2005. 7.28. 양도소득세 예정신고를 하면서 8년 이상 자경농지로 감면신청하였다. 처분청은 쟁점토지는 2004. 4. 8. 주거지역으로 편입된 토지로서 편입된 날까지만 8년 이상 자경농지로 감면된다는 조세특례제한법 제69조 제1항 의 규정에 따라 감면소득을 재계산하여 2006. 1. 5. 청구인에게 2005과세연도 양도소득세 43,931,140원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 2.28. 이 건 심사청구하였다.

처분청은 쟁점토지의 감면소득을 계산함에 있어 주거지역으로 편입된 날이 2004. 4. 8.임에도 2004. 1. 1. 기준 기준시가(㎡당 48,900원)가 주거지역으로 편입된 날 현재 고시되지 않았다는 사유로 2003. 1. 1. 기준 기준시가(㎡당 29,300원)를 적용하였는 바, 쟁점토지의 주거지역으로 편입된 날을 기준으로 기준시가를 새로 산정하여 고시한 후 이에 의하여 쟁점토지의 감면소득을 재계산하여야 한다.

쟁점토지는 2004. 4. 8. 주거지역에 편입된 토지로서 개별공시지가가 없는 토지에 해당되지 아니하고, 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가는 2004. 6.30. 고시되었으므로 처분청이 감면소득을 계산함에 있어 2003. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 주거지역으로 편입된 날을 기준으로 기준시가를 새로 산정하여 쟁점토지의 감면소득을 재계산하여야 하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다. (1999.12.28. 개정)

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물 (2000.12.29. 개정)

• 가. 토 지 (1995.12.29. 개정; 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 부칙) 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물 (1999.12.28. 개정): 생략 2~7. 생략

② 생략

③ 제1항의 규정에 의하여 산정한 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가가 동일한 경우에 있어서의 양도당시의 기준시가, 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의하여 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가 또는 제1항 제1호 나목의 규정에 의한 기준시가가 고시되기 전에 취득한 건물의 취득당시의 기준시가 등 기준시가의 산정에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1999.12.28. 개정)

○ 소득세법 시행령 제164조 【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】

① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제9조 제2항 의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다. (2005. 2.19. 개정)

1. 지적법에 의한 신규등록토지 (2005. 2.19. 개정)

2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지 (2005. 2.19. 개정)

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지 (2005. 2.19. 개정)

4. 개별공시지가의 결정ㆍ고시가 누락된 토지(국ㆍ공유지를 포함한다) (1997.12. 31. 신설)

② 생략

③ 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다. (1999.12. 31. 개정) (이하 생략)

○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001.12.29. 제목개정)

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[ 농지법 제32조 의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상, 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세․감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2003.12.30. 개정)

② 생략

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2002.12.11. 항번개정)

○ 조세특례제한법시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】(2001. 12.31. 제목개정)

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년(농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. (2005. 2.19. 개정)

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 (2001.12.31. 신설)

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역 (2001.12.31. 신설)

② ~③ 생략

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. (2003.12.30. 개정)

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다. (2005. 2.19. 개정)

• 가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역 (1998.12.31. 개정)
• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역 (1998.12.31. 개정)

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (1998.12.31. 개정)

⑤ ~⑥ 생략

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (2005. 2.19. 개정) (주거지역 등에 편입되거나 (취득당시의 환지예정지 지정을 받은 － 기준시가) 날의 기준시가) 양도소득금액 ×─────────────────────── (양도당시의 기준시가)―(취득당시의 기준시가) (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단 쟁점토지가 8년 이상 자경농지인지와 쟁점토지가 2004. 4. 8. 주거지역에 편입된 사실 등에 대해서는 양 당사자간에 다툼이 없다. 다만, 청구인은 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항 에 의하여 쟁점토지의 감면소득을 계산할 때 주거지역 등에 편입한 날의 기준시가를 2004. 4. 8. 기준으로 새로 정하여 적용하여야 한다는 주장이고, 처분청은 쟁점토지는 2004. 4. 8. 현재 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가가 고시되지 않았으므로 2003. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용하여야 한다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다.

1. 쟁점토지의 2003. 1. 1. 기준 개별공시지가는 2003. 6.30. 고시되었고, 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가는 2004. 6.30. 고시되었음이 국세청 전산조회 결과 확인된다. 2) 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에는 『다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.』고 규정되어 있고, 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항 에는 『법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (주거지역 등에 편입되거나 (취득당시의 환지예정지 지정을 받은 － 기준시가) 날의 기준시가) 양도소득금액 ×─────────────────────── (양도당시의 기준시가)―(취득당시의 기준시가) 』라고 규정되어 있다. 3) 소득세법 시행령 제164조 제3항 에는 『법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.』고 규정되어 있다.

4. 한편, 소득세법 제99조 제1항 가목 단서에서는 『개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액』으로 하는 바, 같은 법 시행령 제164조 제1항에는 개별공시지가가 없는 토지로 『1. 지적법에 의한 신규등록토지, 2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지, 3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지, 4. 개별공시지가의 결정ㆍ고시가 누락된 토지(국ㆍ공유지를 포함한다)』를 들고 있다.

5. 위 관련 법령을 종합하여 보면, 8년 이상 자경농지는 양도소득세가 100% 감면되나, 양도 전에 주거지역 등에 편입된 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지의 양도소득금액만 감면하고, 기준시가를 적용함에 있어서 적용되는 기준시가는 취득 또는 양도일 현재 개별공시지가가 고시되지 아니한 경우에는 직전의 개별공시지가를 적용하도록 규정되어 있다.

6. 청구인은 쟁점토지가 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에 규정된 개별공시지가가 없는 토지에 해당되고, 조세특례제한법의 감면의 취지를 감안하여 쟁점토지의 2004. 4. 8. 현재의 기준시가를 새로 정하여 이를 적용해야 한다고 주장하고 있으나, 같은 법 시행령 제164조 제1항에 의하면 쟁점토지는 개별공시지가가 없는 토지에 해당되지 아니하며, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원2003두7392, 2004. 5.28. 외 다수 판결 같은 뜻)고 할 것인 바, 처분청이 쟁점토지에 대하여 전시한 법령의 규정에 의하여 쟁점토지의 주거지역 등에 편입된 날의 기준시가를 편입된 날 현재 고시되어 있는 2003. 1. 1. 기준 개별공시지가로 보고 감면소득을 계산한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장에 이유가 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.