교회를 1거주자로 보아 양도세를 과세한 처분의 당부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○교회(이하 “○○교회” 라 한다)에 재직하고 있는 목사로서 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 상가동 제○층 제○호, 제○호, 제○호, 제○호(이상 대지 187.837㎡, 건물 282.75㎡, 이하 “쟁점상가” 라 한다)를 ○○동상가아파트재건축조합(이하 “재건축조합” 이라 한다)으로부터 분양받아 1999.4.26.과 1999.5.13.에 청구인 명의로 소유권보존등기하여 ○○교회 지교회로 사용하다가 쟁점상가 중 ○호ㆍ○호는 2004.7.27. ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 거주하는 배○○에게 양도하고, 같은 곳 ○호ㆍ○호는 2004.8.9. ○○시 ○○구 ○○동 ○○아파트 ○동 ○호에 거주하는 허○○에게 양도한 후 양도소득세 신고를 하지 아니한데 대하여, 처분청은 기준시가에 의해 양도가액을 473,796,310원으로, 취득가액을 342,598,112원으로 계산하여 2005.5.1. 청구인에게 2004과세연도 양도소득세 24,401,600원을 결정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.7.26. 이의신청을 거쳐 2005.11.29. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 성도들의 헌금으로 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○상가 4~5층 약 70평(이하 “구건물” 이라 한다)을 1983.10.11. 취득한 후 ○○교회(○○교회) 명의로 소유권이 전등기 하여 약 13년간 종교단체의 고유목적으로 사용하다가 동 상가의 재건축으로 인해 1996년 구건물이 멸실되었다. 이후 재건축 종료 후 쟁점상가를 재건축조합으로부터 분양받게 되었으나 교회 내부사정장 교회명의로 소유권을 이전하지 못하고 1999.4.12. 청구인 개인 명의로 소유권보존등기하여 쟁점상가 중 4분의 1을 ○○교회 지교회로 사용하다가 2004.6.10. ○○호ㆍ○○호를 청구외 강○○에게, 2004.6.21. ○○호ㆍ○○호를 청구외 배○○에게 양도하였는바, 비록 쟁점상가를 청구인 명의로 취득하였다 하더라도 구건물을 종교목적으로 13년간 사용하였고 신축한 쟁점건물에서도 일부이긴 하지만 약 6년간 사용하다가 양도한 것이므로 쟁점상가를 법인재산으로 보아 세법을 적용하고 양도소득세를 비과세하여야 함에도 청구인 개인이 양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청이 이 건 이의신청에 대해 2005.8.31. 기각결정을 하였는바, 기각사유는 아래와 같은 사유로 부당하다.

1. 처분청은 ○○교회의 고유번호증상의 사업개시일을 문제삼았으나, 청구인은 세법을 알지 못하여 납세번호증(000-00-00000)을 계속 사용하다가 금번 양도소득세 부과처분 이후 처분청을 찾아가 납세번호증을 폐기하고 고유번호증(000-00-00000)을 새로 발급받게 되었는데, 처분청 민원실에서 전산입력상 개업일자를 소급할 수 없다고 하여 사업개시일을 2000.1.1.로 변경하게 되었다.

2. 당회 회의록은 1999년도에 작성된 것과 2004년도에 작성된 것이 동일하여 진위여부를 확인하기 어렵다고 하였는데, 동일한 틀에서 작성된 내용이고 그 사이에 새로운 장르를 세우지 않았기 때문에 1999년의 장로와 2004도의 장로가 동일 인물일 뿐이며, 회의록에 기재내용은 각각 다르다.

3. 청구인 개인 명의로 쟁점상가를 취득한 사유에 대한 증빙서류로서 1999.4.18. 당회 회의록을 제출하였고, 쟁점상가를 ○○교회 고유목적으로 사용하였다는 것을 증명하기 위해 ○○상가내의 입주자들 서명을 받아 제출하였다.

• 가. 민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 종교법인, 국세기본법 제13조 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체 또는 개인 등이 운영하는 교회가 그 종교의 보급과 기타 교회를 목적으로 사용하던 개인 소유의 토지ㆍ건물을 양도하는 경우 양도소득세과 부과되는 것이며(재일46014-1177, 1977.5.13.),
• 나. ○○교회가 국세기본법 제13조 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체에 해당된다 할지라도 쟁점부동산을 3년이상 고유목적사업에 공여했다고 보기 어려우므로 당초 1거주자로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 교회건물로 사용하면서 청구인 개인 명의로 등기되어 있는 쟁점상가의 양도에 대하여 청구인을 1거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령

○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. (1994. 12. 22 개정)

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22 개정)

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. (1994. 12. 22 개정)

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 (1994. 12. 22 개정)

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 (1994. 12. 22 개정)

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (1994. 12. 22 개정)

③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. (1994. 12. 22 개정)

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. (1994. 12. 22 개정)

⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무의 이행을 위하여 대표자 또는 관리인을 선임 또는 변경한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1994. 12. 22 개정)

⑥ 관할세무서장은 제5항의 규정에 의한 신고가 없는 때에는 그 구성원 또는 관계인 중 1인을 국세에 관한 의무를 이행하는 자로 지정할 수 있다. (1994. 12. 22 개정)

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 교부 및 승인취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22 개정)

○ 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】

① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1994. 12. 31 개정)

1. 단체의 명칭 (1994. 12. 31 개정)

2. 주사무소의 소재지 (1994. 12. 31 개정)

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소 (1994. 12. 31 개정)

4. 고유사업 (1994. 12. 31 개정)

5. 재산상황 (1994. 12. 31 개정)

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정 (1994. 12. 31 개정)

7. 기타 필요한 사항 (1994. 12. 31 개정)

② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다. (1994. 12. 31 개정)

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 부가가치세법시행령 제8조 제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (1998. 12. 31 단서개정)

④ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하여야 한다. (1994. 12. 31 개정)

○ 소득세법 제1조 【납세의무】

① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다. (1994. 12. 22 개정)

1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 “거주자”라 한다)

2. 거주자가 아닌 자(이하 “비거주자”라 한다)로서 국내원천소득이 있는 개인

③ 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 국세기본법 제13조 제4항 의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다. (1994. 12. 22 개정)

○ 소득세법 기본통칙 13-0…1【법인격 없는 사단의 재산】 법인격 없는 사단의 사원이 집합체로서 물건을 소유할 때에는 총유로 보아 세법을 적용한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인은 쟁점상가를 개인 명의로 취득하여 그 중 일부(4분의 1)는 청구인이 재직하는 ○○교회에서 종교목적으로 사용하고 나머지 4분의 3은 임대를 하다가 2004.7.27.과 2004.8.9.에 쟁점상가 전부를 314백만원과 295백만원에 양도한데 대하여, 처분청은 청구인이 양도소득세 신고를 하지 아니한 것으로 보아 기준시가에 의해 양도 및 취득가액을 계산하여 2005.5.1. 청구인에게 2004과세연도 양도소득세 24,401,600원을 결정ㆍ고지한 사실이 양도소득세결정결의서 등에 의해 나타난다.

2. 부동산등기부등본에 의하면, ○○교회는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 구건물(약 70평, 대지는 구유지로 청구인 지분 없음)을 1983.10.13. ○○교회 명의로 취득하여 당교회 성전으로 사용하다가 1991.4.7. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지로 이전하였으며, 이전 후에는 당교회 지교회로 사용 중 재건축관계로 1996.4.24. 구건물이 멸실됨에 따라 부동산 소유권은 없어지고 상가 입주권만 받게 되었다.

3. 재건축 후에는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트상가동내 쟁점건물을 재건축조합으로부터 314,584,920원에 분양받는 것으로 하여 1999.3.26. 상가 공급계약서를 작성하고, 이 중 계약금 31,458,500원은 계약시 지불하며 잔금 283,126,420원은 입점 지정일에 지급하는 조건으로 계약을 체결하였음이 ○○동○○아파트상가 공급계약서에 기재되어 있다.

4. ○○교회는 납세자번호증(000-00-00000, 1977.3.13.개업)을 지정받아 사용하다가 이 건 쟁점상가 양도후긴 2005.7.6. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 사실이 2005.7.6. 교부받은 고유번호증(000-00-00000) 사본에 의해 확인된다. 한편, 당시 대리인 박○○이 신청한 법인설립신고 및 사업자등록신청서에는 개업일자를 1979년 4월로 기재하였으나, 처분청에서 처리시에는 2000.1.1. 이전으로 소급하여 전산입력이 되지 않아 2000.1.1.을 개업일자로 하여 고유번호증을 교부한 사실이 관련 서류 및 처분청의 담당자와 전화통화에 의해 확인된다.

5. ○○교회가 2005.7.22. ○○시 ○○구청장으로부터 부여받아 제출한 등록번호등록증명서(등록번호 00000-00000)를 보면, 부동산등기법 제41조의2 및 법인 아닌 사단ㆍ재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정 제8조의 규정에 의하여 증명하며, 이 증명서는 단체의 실체를 증명하는 서류가 아니라 단체의 등록번호를 증명하는 서면이므로 부동산등기신청용으로만 사용할 수 있다고 기재되어 있다.

6. 문화체육부장관이 1997.11.24. 인가한 법인설립허가증 사본을 보면, ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 (재)○○회를 민법 제32조 및 문화체육부소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제5조의 규정에 의하여 법인설립을 허가한 것으로 나타나고, ○○교회는 위의 재단법인에 소속된 교회로 확인된다.

7. ○○회가 2005.7.6. 발행한 재직증명서에 의하면, 청구인은 1979년 4월~2005년 7월 현재까지 ○○교회 목사로 재직하고 있는 것으로 나타난다.

8. ○○교회 정관 제9조 제3항에 의하면, 본 교회의 재산에 대한 취득이나 매도 등은 당회의 결의에 의하여 집행하는 것으로 규정하고 있고, 청구인이 제출한 회의록은 당회장인 청구인과 당회원인 우○○ㆍ민○○ㆍ전○○ㆍ서○○장로가 함께 날인하였으며, 회의록의 기재내용을 요약하면 아래와 같이 나타난다.

• 가) 1999.3.21.회의록에는 쟁점상가를 취득하고 계약금 31,458,500원을 교회헌금으로 지출하기로 결의함.
• 나) 1999.4.4. 회의록에는 쟁점상가를 담보로 ○○은행에서 3억원을 차입하여 잔금을 지급하기 위해 청구인 개인명의로 소유권보존등기 하기로 결의함.
• 다) 1999.4.18. 회의록에는 ○○은행으로부터 차입한 융자금 원금과 이자는 ○○교회에서 부담하고 쟁점상가는 ○○교회 재산으로 인정하기로 함.
• 라) 2004.8.15. 2004.12.26. 2005.2.13. 회의록에는 쟁점상가 양도가액 중 309,068,450원을 ○○교회 ○○동 본당 및 교육원 등축 및 수리비로 사용하기로 지출결의 하였음.

9. 쟁점상가의 입주자인 정○○외 4명이 2005.7.21. 작성한 사실증명확인원에 의하면, ○○교회는 쟁점상가 재건축이전에 약 13년간 구건물 전체를 교회로 사용하였고, 재건축이후에도 약6년간 쟁점건물 중 일부(4분의 1)를 교회 고유목적으로 사용하였음을 확인하고 있다.

• 라. 판단 청구인이 쟁점상가를 양도한 후 양도소득세를 신고하지 아니하여 처분청이 청구인에게 양도소득세 과세를 한데 대하여, 청구인은 쟁점상가가 비록 청구인 명의로 등기되어 있다 하더라도 교회신도들이 출연한 헌금으로 취득한 후 종교 고유목적으로 사용하다 양도한 자산이므로 이를 법인재산으로 보아 양도소득세 과세를 취소하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. 앞의 사실관계에서 쟁점상가는 청구인 개인 명의로 취득항 보유하다가 양도하였음을 을 수 있는바, 부동산등기법에 의한 부동산의 소유자가 개인으로서 국세기본법 제13조 에서 규정한 법인으로 보는 단체에 해당하지 않아 쟁점부동산의 양도자는 개인으로 봄이 타당한 것으로 보인다.(서면4팀-1145, 2005.7.7.) 또한 교회명의로 소유하던 구건물(토지는 구유지)이 재건축으로 멸실되었고, 재건축이 완료된 후 쟁점상가를 새로 분양받으면서 청구인 개인 명의로 취득하였다고 주장하는 이 건의 경우, 당교회 회의록만 제시할 뿐 취득자금의 출처는 제시하지 아니하여 쟁점상가가 교회에 귀속된 자산인지 여부가 불분명한 상태이나, 설령, 청구인의 주장처럼 교회 재산을 내부사정에 의해 청구인 개인 명의로 소유권보존등기하여 종교 고유목적으로 사용하다가 양도하였다 하더라도 아래와 같은 사유로 ○○교회를 국세기본법에 의한 법인으로 볼 수 없는 것이어서 양도자를 법인으로 인정하기는 어려운 것으로 보인다. 첫째, 국세기본법 제13조 제1항 에서 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록된 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것(같은 조 제1항 제1호)과 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것(같은 조 제1항 제2호)에 대하여는 이를 법인으로 보아 세법을 적용한다고 규정하고 있는바, 교회를 공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로 판단하는 경우, ○○교회를 국세기본법 제13조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 법인으로 보는 것이 타당하다 할 것이나, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지며 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하는 것이라 할 것이므로, 교회를 법인격 없는 재단으로 보는 것은 교회재산이 재단의 단독소유가 된다는 점에서 교회를 재단으로 보는것은 타당하지 아니하여 법인으로 볼 수 없다 할 것이다.(대법97누17261, 1999.9.7. 같은 뜻) 둘째, 법인격 없는 사단은 국세기본법 제13조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 “주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 주무관청에 등록한 사단”에 해당하는 경우에 한하여 법인으로 보는 것이나, ○○교회가 쟁점부동산의 양도당시 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립된 것이 아니며, 주무관청에 등록한 것도 아니므로 법인으로 보지 아니하고 “거주자(개인)”로 본 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다. 셋째, 국세기본법 제13조 제2항 에서 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 일정한 요건을 갖춘 경우로서 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있으나, ○○교회는 쟁점상가 양도이후인 2005.7.6. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인받은 것으로 보이므로 양도시점에는 동 규정이 적용된 여지가 없다 할 것이다.(서면4팀-1145, 2005.7.7. 같은 뜻) 넷째, ○○교회는 (재)○○회에 소속된 교회일 뿐 회계 등 모든 운영이 독자적으로 이루어지고 있는 것으로 볼 때에, 국세기본법 제13조 제1항 에 규정된 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체에 해당하지 아니하여 1거주자(개인)로 봄이 타당하다 할 것이다.(서면4팀-1382, 2005.8.5.) 따라서, 청구인이 양도한 부동산을 법인에서 양도한 것으로 보지 아니하고 소득세법상의 1거주자가 양도한 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하고 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.