부동산을 양도한 교회를 1거주자로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인 ○○교회(이하 “청구교회”라 한다)의 목사로 재직하는 자로서, 1988.08.08. ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 대지 216.9㎡와 위 지상 근린생활시설 및 주택 1층 125.9㎡(근린생활시설 52.78㎡, 주택 73.12㎡), 2층 85㎡(주택, 대지 및 건물을 이하 “쟁점 ①부동산”이라 한다)를 취득하고, 2003.06.14. 같은 동 ○○번지 소재 대지 217.5㎡(이하 “쟁점②부동산”이라 하고, 쟁점 ①, ②부동산을 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 권리자를 ○○교회 목사 강○○으로 소유권이전 등기하고 종교목적으로 사용하다가 2004.12.27. ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지, 상가3층 ○○교회(대표자 이○○, 이하 “○○교회”라 한다)에 양도하고 2005.02.28. 종교단체 소유 부동산양도로 보아 양도소득세를 비과세로 신고하였다. 처분청은 ○○교회를 1거주자로 보아 쟁점부동산의 양도에 대하여 1세대 1주택으로 6억원 초과분에 대한 양도차익을 계산하여 2005.05.07. 양도소득세 6,550,720원을 결정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.08.09. 이의신청을 거쳐 2005.09.23. 이 건 심사 청구를 하였다.

• 가. 청구인은 목사로 1992년부터 2005년까지 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재에서 청구교회를 설립하여 예배, 선교, 교육, 구제,사회교회 봉사를 목적으로 종교활동을 하고 있으며,
• 나. 청구교회는 재단법인 ○○재단에 소속된 교회로 2004.11.22. ○○시장으로부터 부동산등기법 제41조의2 및 법인이 아닌 사단ㆍ재단 및 외국인의 부동산등기용등록번호(00000-00000)를 부여받았고, 2005.06.15. ○○세무서장으로부터 수익 사업을 하지 않는 비영리법인의 고유번호증(000-00-00000)을 교부받았으며,
• 다. 청구교회는 쟁점부동산을 교회 소유로 취득하여 종교활동 목적으로 사용하다가 2004.12.27. 청구외 ○○교회에 양도하고, 2005.03.10. ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 대지 214.3㎡와 같은 동 ○○번지 소재 대지 214.4㎡를 취득하여 위 지상에 교회용 건물 655.27㎡의 건축허가 신청을 하였다.
• 라. 청구교회는 재단법인 ○○재단에 소속되어 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인에 해당되고, 청구교회가 쟁점부동산을 취득하여 종교활동 목적으로 사용하다가 양도하고 종교활동 목적의 부동산을 취득하였으므로 양도소득세 과세대상이 아님에도 처분청이 청구교회를 법인이 아닌 1거주자로 보아 양도소득세를 부과한 것은 부당하므로 이를 취소하여야 한다.

청구교회는 ○○총회 유지재단에 소속되어 있으나 그 소유재산은 재단법인 명의가 아닌 개별교회 명의로 등기되어 있고, 재단법인과 별도로 독립운영되므로 “법인으로 보는 단체”에 해당하지 않고, 또한 청구교회는 양도일 현재까지 관할 세무서장으로부터 법인으로 승인받은 사실이 없으므로 쟁점부동산을 양도한 청구교회를 1거주자로 보는 단체로 간주하여 2004년 과세연도 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 교회소유 부동산이 교단총회 소유가 아닌 개별교회 명의로 등기되어 있고 별도로 독립운영 하므로 이를 1거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 1) 국세기본법 제13조 【법인격이 없는 단체】

① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 (이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록된 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소소유ㆍ관리할 것

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 2) 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】

① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.(이하 생략)

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

6. 정관 도는 조직과 운영에 관한 규정

② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령 제8조 제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 법인세법 제111조 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하여야 한다.

• 라. 사실관계 및 판 단

1. 사실관계

• 가) 청구교회는 쟁점부동산을 양도하고 종교단체 소유 부동산 양도로 보아 2005.03.10. 양도소득세를 비과세로 신고하였으나, 처분청은 청구교회는 재단법인 ○○총회 유지재단에 소속되어 있으나 쟁점부동산의 소유는 재단법인 명의가 아닌 청구교회 명의로 등기되어 있고, 재단법인과는 별도로 독립운영하면서 쟁점부동산의 양도일까지 관할 세무서장으로부터 법인으로 보는 법인격이 없는 단체로 승인받은 사실이 없으므로 청구교회를 1거주자로 보아 양도소득세를 부과한 것으로 불복청구에 대한 의견서 및 국세통합전산망의 재산제세결정결의 일괄조회 결과 확인된다.
• 나) 등기부등본 권리자 및 기타사항에 의하면 쟁저부동산의 소유자는 ○○교회(00000-00000), 목사 강○○으로 등기되어 있으며, 청구교회의 정관, 당회 회의록, 제직회 회의록, 수입ㆍ지출에 대한 결산 및 예산서에 의하면 재단법인 ○○총회 유지재단과는 별도로 독립적으로 운영하고 있는 것으로 확인된다.
• 다) 청구교회가 소속되어 있는 재단법인 ○○총회유지재단은 1965.09.06. 민법 제32조 및 문화관강부 및 문화재청소관비영리법인의 설립및감독에 관한규칙 제4조의 규정에 의하여 법인의 설립허가를 받은 것으로 “법인설립허가증”에 의하여 확인되나, 청구교회는 2005.06.13. ○○세무서에 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로 고유번호증을 신청하여 2005.06.15. 교부받은 것으로 국세청통합 전산망의 사업자 세적변경이력 조회 및 고유번호증(000-/00-00000)에 의하여 확인된다.
• 라) 청구교회가 ○○시장으로부터 부여받은 “등록번호 00000-00000, 등록명칭 ○○교회”는 부동산등기법 제41조의2 및 법인아닌 사단ㆍ재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호로 부동산 등기신청용으로만 사용할 수 있는 것으로 2004.11.22. ○○시장이 발급한 “등록번호등록증명서”에 의하여 확인된다.

2. 판단 국세기본법 제13조 에서 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체로 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록된 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것과 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 세법을 적용하고, 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 동법 제2항 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있는 바, 청구교회가 소속된 재단법인인 ○○총회유지재단은 주무관청으로부터 민법 제32조 에 의하여 설립을 허가받은 비영리법인에 해당하나, 청구교회는 ○○총회유지재단에 소속된 교회일 뿐, 회계 등 모든 운영이 독립되어 있으며 국세기본법 제13조 제1항 에 규정된 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타 단체에 해당하지 아니하며(국심2005중1624, 2005.08.12. 같은 뜻) 또한, 쟁점부동산의 양도일까지 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의하여 관할세무서장에게 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인받은 사실이 없으므로 처분청이 청구교회를 1거주자로 보아 양도소득세를 부과한 당초 처분은 적법하고 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.(서면4팀-1382, 2005.08.05. 서면4팀-1145, 2005.07.07. 같은 뜻)

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.