신축주택취득기간에 취득한 주택의 양도소득세 감면신청요건 여부

○○세무서장이 2005. 2. 7. 청구인에게 경정ㆍ고지한 2003년 과세연도 양도소득세 43,503,120원은 이를 취소합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 6필지 소재 ○○아파트 ○○호(이하󰡒쟁점아파트󰡓라고 한다)를 2003.10.31. 청구 외 지○○에게 양도하고, 2003.12.31. 실거래가액(양도가액 390,000,000원, 취득가액 219,949,210원)으로 양도소득세 신고 및 납부를 하였다. 처분청은 쟁점아파트의 실제 양도가액은 490,000,000원임을 확인한 반면에, 취득가액은 불분명하다고 보아 환산가액에 의하여 쟁점아파트의 양도차익을 산정하고, 2005. 2. 7. 청구인에게 2003년 과세연도 양도소득세 43,503,120원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 4.12. 이의신청을 거쳐 2005. 7.20. 심사청구를 하였다.

청구인은 ○○재건축조합의 조합원으로서 쟁점아파트를 취득한 바, 재건축한 쟁점아파트의 사용승인일자는 1998.12.24.이고, 양도일은 2003.10.31.인 것이 건축물관리대장 및 매매계약서 등에 의하여 확인되므로, 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 에 의거 양도소득세의 100%를 감면하여야 함에도, 처분청이 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 에 의거 양도소득세의 감면을 신청하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 확정신고와 함께 사용승인일 또는 사용검사일을 입증할 수 있는 증빙서류, 건축물관리대장을 첨부하여 세액감면신청서를 제출하여야 함에도, 청구인은 쟁점아파트를 양도하고 2003.12. 31. 실거래가액에 의거 2003년 과세연도 양도소득세를 산출하여 신고ㆍ납부한 사실은 있으나, 세액감면신청 등을 하지 않아 감면대상 주택이 아닌 것으로 확정된 것인 바, 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점아파트가 조세특례제한법상 조합원 자격으로서 신축주택취득기간에 취득한 양도소득세 감면대상인지 여부를 가리는 데 있다
• 나. 관련법령

○ 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것)제96조 【양도가액】 제1항에서는『제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고급주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수 되는 토지를 포함한다)인 경우 2.～5. 생 략

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

7. 기타 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우』라고 규정하고 있다.

○ 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】 『① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서󰡒신축주택취득기간󰡓이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 』고 규정하고 있으며,

○ 조세특례제한법 부칙(2002. 2.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제29조 【신축 주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】 제1항에서는『이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다』라고 규정하고 있다.

○ 조세특례제한법 시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】 제4항에서는『법 제99조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 법 제99조 제1항 제1호의 주택

• 가. 사용승인일 또는 사용검사일(임시사용승인일을 포함한다)을 입증할 수 있는 증빙서류
• 나. 건축물관리대장』이라고 규정하고 있다.

○ 소득세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조 【고급주택의 범위】 『법 제89조 제3호에서 󰡒거주용건물의 연면적․가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택󰡓이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.』고 규정하고, 그 제2호에서는『공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

• 가) 청구인은 쟁점아파트를 2003.10.31. 청구 외 지○○에게 양도하고, 2003. 12.31. 아래<표1>과 같이 실거래가액으로 양도소득세과세표준 신고 및 납부한 사실이 청구인이 제출한 양도소득과세표준 신고 및 자진납부계산서와 국세통합전산망(TIS)에 의하여 확인된다. <표1> 양도소득세과세표준 신고 및 납부현황 (단위: 천원) 지 번 지목 면 적 양도일 양도 가액 취득일 취득 가액 양도소득금액 납부 세액 비고

○○시 ○○구 ○○동 ○○번지

○○@ ○○호 대지 42.59㎡

2003. 10.29. 390,000

1998. 12.24. 219,949 147,480 36,443 38 평형 건물 93.78㎡

• 나) 처분청은 청구인이 1989. 3.30.에 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○빌라 ○○호가 재건축된 것이라는 사실과 2003.10.31. 청구 외 지○○에게 양도한 가액이 당초 신고금액보다 100,000,000원이 많은 490,000,000원임을 확인한 반면에, 쟁점아파트의 당초 취득가액은 불분명하다고 보아 환산취득가액에 의하여 쟁점아파트의 양도차익을 산정하여, 2005. 2. 7. 청구인에게 2003년 과세연도 양도소득세 43,503,120원을 경정ㆍ고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.
• 다) 청구인은 ○○재건축조합의 조합원으로서 쟁점아파트를 취득하였는 바, 주택조합설립인가대장 사본에 의하여 ○○재건축조합의 인가일은 1996. 8.27. 인 것을 알 수 있고, 집합건축물대장 등에 의하여 동 재건축사업의 허가일은 1997. 2. 6.이고, 착공일은 1997년 4월이며, 사용승인일은 조세특례제한법상 신축주택취득기간 사이인 1998.12.24.인 것을 알 수 있다.
• 라) 또한, 청구인이 1999. 1.12. 소유권보존등기한 쟁점아파트의 대지 지분은 42. 598㎡이고, 건물 면적은 93.78㎡(38.34평형)인 사실이 등기부등본, 집합건축물대장, 계약자 보관용 분양계약서 사본 등에 의하여 확인된다.
• 마) 이 건 과세처분과 관련하여, 처분청은 2003.12.31. 실거래가액에 의거 2003년 과세연도 양도소득세를 산출하여 신고ㆍ납부한 사실이 있으나 세액감면신청을 하지 않아, 쟁점아파트는 감면대상 주택이 아닌 것으로 세액 등이 확정된 것이므로 당초 처분은 정당하다는 반면에, 청구인은 신고 시 과세물건인 쟁점아파트가 감면대상에 해당하는 줄 몰라서 세액감면신청서를 제출치 못했다는 주장이다.

○ 판단

• 가) 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 에 의거 양도소득세의 100% 감면대상인지 여부에 대하여 살펴보면, 청구인은 ○○재건축조합의 조합원으로서 쟁점아파트를 취득했고, 쟁점아파트의 사용승인일은 조세특례제한법상 신축주택취득기간 사이인 1998.12.24.이며, 그 양도일은 사용승인일로부터 5년 이내인 2003.12.31.인 것을 알 수 있다. 또한 쟁점아파트의 대지 지분은 42.598㎡이고, 건물 면적은 93.78㎡이며, 실제 양도가액은 490,000,000원인 바, 고급주택에 해당하지 않음을 알 수 있다.
• 나) 반면에, 청구인은 쟁점아파트의 양도와 관련하여 2003.12.31. 실거래가액으로 양도소득세과세표준 신고 및 납부했으나, 세액감면신청서를 제출치 않은 사실에 대하여 살펴보면, 조세특례제한법상 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면은 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되는 것으로서 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니라 할 것이고, 감면신청에 관한 규정은 양도인으로 하여금 양도소득세 등의 과세표준과 세액을 결정함에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과 하므로(대법97누10628, 1997.10.24. 대법92누17273, 1993. 5.25. 등 같은 뜻), 납세의무자로부터의 소정의 기한내의 세액감면신청서의 제출이 없더라도 같은 법 제99조 제1항 소정의 감면요건에 해당하는 경우에는 양도소득세를 감면하여야 할 것이다.
• 다) 따라서, 청구인이 양도한 쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 에 의거 양도소득세의 100%를 감면하여야 함에도, 처분청이 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.