양도소득세 비과세되는 1세대1주택 특례규정(일시적 1세대2주택) 해당 여부

청구인이 2005.4.11. 제기한 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○○동 ○○호의 입주권 양도에 대한 양도소득세 과세표준 및 세액의 경정청구를 ◎◎세무서장이 2005.6.9. 거부한 처분은 위 아파트 입주권의 양도를 소득세법 제89조 제3호 및 같은법시행령 제1항의 규정에 의한 1세대1주택의 양도로 보아 동 과세표준 및 세액을 경정하는 것으로 합니다.

청구인은 1981.9.29. 취득하여 거주하여 오던 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○ ○○아파트 ○○동 ○○호(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축이 진행됨에 따라 2001.3.6. 경기도 ○○시 ○○동 ○○번지 고층 ○○아파트 ○○동 ○○호(이하 “신주택”이라 한다)를 취득하여 이사하였으며, 2002.2.27. 종전주택이 재건축을 위하여 건물이 철거된 상태에서 2002.10.5. 재건축사업계획승인을 받아 아파트입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 취득한 후 이를 2002.12.5. 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○○동 ○○호에 거주하는 청구외 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)에게 440백만원에 양도하였다. 청구인은 쟁점입주권의 양도에 대하여 2002.12.26. 당시 청구인의 주소지 관할이었던 ○○세무서장에게 양도소득세 예정신고를 하고 양도소득세 54,070,538원을 자진납부하였다. 청구인은 쟁점입주권의 양도가 소득세법 제89조 및 동법시행령 제154조 제1항의 규정에 의한 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택에 해당되는 것을 세법에 대한 무지로 인하여 납부하지 않아도 될 양도소득세를 신고납부 하였다고 판단하여 2005.4.11. 국세기본법 제45조 의 2 및 동법시행령 제25조의 3의 규정에 의하여 청구인의 새로운 주소지인 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○가 ○○번지 ○○아파트 ○○동 ○○호의 관할인 처분청에 경정청구를 하였다. 처분청은 2005.6.9. 위 경정청구에 대하여 청구주장이 이유 없으므로 받아들일 수 없다는 회신을 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.7.12. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 신주택을 취득한 날부터 2년 이내에 쟁점분양권을 양도하였고, 또한, 재건축사업계획승인일 현재 종전주택을 3년 이상 보유하는 등 소득세법시행령 제155조 제1항 에서 규정한 비과세요건을 모두 충족하여 쟁점분양권의 양도로 인하여 발생한 소득은 양도소득세 비과세 대상에 해당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 받아들이지 않음은 부당하다.

소득세법시행령 제155조 제16항 및 관련예규(서일46014-10701, 2001.12.28)등에 의하면 재건축아파트의 입주권 등이 1세대 1주택으로 양도소득세가 비과세되기 위해서는 ‘사업계획승인일 등 현재’ 및 ‘입주권 양도일 현재’ 모두 소득세법시행령 제154조 제1항 에서 규정한 1세대1주택 비과세 요건을 갖추어야 하는 것으로 청구인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점 1세대1주택 비과세요건을 충족한 아파트가 재건축됨으로써 얻게 된 아파트 입주권을 다른 주택을 보유한 상태에서 양도하는 경우 1세대 1주택 특례규정(일시적 1세대 2주택)을 적용하여 양도소득세를 비과세 할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용 건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제3호에서 “1세대1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것을 말한다.(단서 생략)

○ 소득세법시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목 및 나목에서 규정하는 공공사업의 시행자에게 양도 또는 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지를 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다. (2002.3.30. 개정)

② ∼⑮ (생략) ꊉꊘ 도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일, 그 전에 기존주택이 철거되는 경우에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. (2001.12.31. 개정)

○ 소득세법시행령 부 칙 (2002.3.30. 대통령령 제17555호)

③ 【중복보유기간 단축에 따른 경과조치】 이 영 시행당시 종전의 제155조 제1항의 규정에 의하여 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득한 경우로서 종전의 제155조 제1항의 규정에 의한 1세대2주택의 보유허용기간(2년)이 종료되지 아니한 경우 다음 각호의 날까지 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.

1. 다른 주택을 취득한 날부터 이 영 시행일까지의 기간이 1년을 초과하지 아니한 때에는 이 영 시행일부터 1년이 되는 날. 다만, 이 영 시행일부터 6월이 경과하는 날 이후에 종전의 주택이 제154조 제1항의 규정에 의한 보유기간(동항 제1호의 규정에 해당하는 경우에는 동호의 규정에 의한 거주기간을 말하며, 이하 이 호에서 "보유기간 등"이라 한다)을 충족하는 경우에는 보유기간 등을 충족하는 날에 6월을 가산한 날 또는 그 다른 주택의 취득일부터 2년이 되는 날 중 빠른 날로 한다.

2. 다른 주택을 취득한 날부터 이 영 시행일까지의 기간이 1년을 초과한 때에는 다른 주택의 취득일부터 2년이 되는 날

• 다. 사실관계

1. 청구인은 1981.9.29. 종전주택을 취득하여 거주하여 오다가 동 주택에 대한 재건축사업이 진행되자 2001.3.6. 신주택을 취득한 다음 2001.9.25. 재건축사업계획이 승인됨에 따라 쟁점입주권을 취득하고, 2002.12.5.에 동 분양권을 ○○○에게 양도하였음이 재건축사업계획승인서, 종전주택의 등기부등본 및 쟁점입주권 매매계약서에 의하여 확인되며, 이러한 사실에 대하여는 서로 간에 다툼이 없다.

2. 청구인은 쟁점입주권의 양도에 대하여 2002.12.26. ○○세무서장에게 양도소득세 예정신고를 하고 2003.2.26. 양도소득세 54,070,538원을 납부하였음이 양도소득세 신고서, 납부영수증 및 국세청통합전산망의 납부세액조회에 의하여 확인된다.

3. 청구인은 쟁점입주권의 양도가 소득세법 규정에 의하여 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택의 양도에 해당되는 것을 착오로 양도소득세를 신고납부 하였다고 판단하여 2005.4.11. 양도소득세의 환급을 요청하는 경정청구를 처분청에 하였음이 이 건 경정청구서에 의하여 확인된다.

• 다. 판 단

1. 쟁점입주권의 취득 및 양도와 종전주택의 재건축상황 등의 진행일정을 요약하면 다음과 같다.

• 1981.9.29. 쟁점주택 취득

• 2001.3.6. 신주택 취득

• 2001.9.25. 재건축사업계획승인

• 2001.11.10. 상수아파트재건축조합의 대표자인 명의로 신탁등기(아파트입주권 취득

• 2002.2.27. 건물철거

• 2002.11.4. 쟁점입주권 양도계약

• 2002.12.5. 쟁점입주권 양도: 잔금청산(소유권 이전등기) 2) 소득세법 제89조 제3호 및 같은법 시행령 제154조 제1항의 규정에 의하면, 생계를 같이하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 주택의 양도소득에 대하여는 양도소득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으며, 2002.3.30. 개정된 같은법 시행령 제155조 제1항에서 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 비과세를 적용하는 것으로 규정하고 있다. 또한, 같은조 제16항의 규정에 의하면, 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원(사업계획승인일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한함)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(아파트입주권)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있다. 3) 소득세법시행령 제155조 제1항 에서 종전주택 양도 전에 다른 주택을 취득하여 일시적 2주택에 해당되는 경우로서 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 양도하는 때에는 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택에 해당되는 것으로 규정하고 있는바, 청구인은 비록 쟁점입주권 양도 당시에는 이미 신주택을 취득한 상태로 1세대 2주택 소유자로 볼 수 있으나, 같은법시행령에서 규정한 바와 같이 일시적 2주택에 해당되는 요건만 충족되면 전시 규정의 1세대1주택의 비과세특례규정의 적용을 받을 수 있다고 보는 것이 1세대1주택 비과세규정의 취지에 부합된다할 것이다(대법2004두10937, 2005.3.11, 대법2004두9456, 2005.3.11. 국심2005서320, 2005.6.29. 같은 뜻).

4. 청구인의 경우 신주택을 2001.3.6. 취득하였고, 2002.12.5. 쟁점입주권을 양도하였는바, 종전주택 취득일부터 1년 9개월 만에 쟁점입주권을 양도한 것이 되어 일시적 2주택 기간이 1년(2002.3.30. 시행령 개정 전에는 2년이었음)을 초과함으로써 1세대1주택 요건을 충족하지 못하게 된 것처럼 보이나 이를 규정한 소득세법시행령 제155조 제1항 (2002.3.30. 개정)의 경과조치인 소득세법시행령(대통령령 제17555호) 부칙 제3항에 의하면 “이 영 시행당시 종전의 제155조 제1항의 규정에 의하여 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득한 경우로서 종전의 제155조 제1항의 규정에 의한 1세대 2주택의 보유허용기간(2년)이 종료되지 아니한 경우 다음 각호의 날까지 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.” 라고 규정되어 있고, 같은항 제2호에는 “다른 주택을 취득한 날부터 이 영 시행일까지의 기간이 1년을 초과한 때에는 다른 주택의 취득일부터 2년이 되는 날”까지 종전 주택을 양도하면 소득세법 제89조 제3호 및 같은법 시행령 제154조 제1항의 1세대1주택 비과세를 적용할 수 있는 것으로 되어있다.

4. 청구인의 경우 위의 경과조치를 대입하여 보면, 다른 주택을 취득한 날은 2001.3.6.이고 위 부칙 시행일은 2002.3.30.이 되어 그 기간은 1년을 초과한다. 이 경우에는 다른 주택의 취득일부터 2년이 되는 날까지 양도하면 1세대1주택 비과세를 적용할 수 있는 것으로 규정되어 있는바, 청구인의 경우 신주택을 취득한 날인 2001.3.6.부터 2년이 되는 2003.3.6.까지만 쟁점입주권을 양도하면 위 비과세특례를 적용할 수 있게 되는 것이다. 청구인은 쟁점입주권을 2002.12.5. 양도함으로써 다른 주택 취득일부터 2년 이내인 2003.3.6. 이전에 양도한 것이 되어 위 부칙의 경과 규정에 부합되는 것으로 볼 수 있다. 따라서 청구인이 신주택을 취득한지 1년 9개월 만에 쟁점입주권을 양도하였을지라도 위 부칙의 경과조치에서 규정한 2년 이내에 양도에 해당하므로 일시적인 1세대 2주택으로 보아 소득세법 제89조 제3호 및 같은법시행형 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택의 양도소득세 비과세특례를 적용할 수 있는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.