매매계약서에 기재된 부동산의 양도가액을 정당한 것으로 본 사례

○○세무서장이 2004.09.30.에 청구인에게 경정·고지한 2003년 귀속 양도소득세 221,915,410원의 부과처분은 청구인이 2003.05.20.에 양도한 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 2층 건물 (2,790m 2)과 부속토지 (2,070m 2)의 양도가액의 합계를 2,200,000,000원으로 하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○볼링장을 1995.10.30.에 개업하여 폐업일인 2003.05.18.까지 부동산임대업과 함께 운영한 사업자이다. 청구인은 ○○볼링장의 2층 건물 2,790m 2 (이하 “쟁점건물”이라 한다), 부속토지 2,070m 2 (이하 “쟁점토지”라 한다, 쟁점건물과 쟁점토지를 동시에 지칭할 때에는 “쟁점부동산”이라 한다) 및 20레인 AMF볼링기계설비(이하 “쟁점설비”라 한다)을 대금청산일인 2003.05.20.에 2,900,000,000원에 청구외 한○○에게 양도하는 내용의 부동산매매계약서(이하 “쟁점매매계약서”라 한다)를 2003.04.09.에 작성하였는데, 쟁점매매계약서에는 총매매대금 2,900,000,000원 중 2,200,000,000원은 쟁점부동산의 매매대금이고, 나머지 700,000,000원은 쟁점설비의 매매대금이라고 기재되어 있다. 청구인은 쟁점매매계약서의 내용에 근거하여 2003.07.28.에 쟁점부동산의 양도가액을 실지거래가액인 2,200,000,000원으로 기재하여 양도소득세 13,930,970원을 예정신고·납부하였다. 처분청은 청구인이 쟁점매매계약서에 양도가액을 700,000,000원으로 기재한 쟁점설비를 양수한 한○○가 볼링장인 “○○”을 거의 운영하지 않았으면서 (개업일자: 2003.05.20.; 폐업일자: 2003.11.28.) 이를 양도하였고 쟁점설비의 시가도 확인할 수 없으므로, 쟁점설비의 시가는 “0원”이고 총매매대금 2,900,000,000원이 모두 쟁점부동산의 매매대금에 해당하는 것으로 보고 2003년도분 양도소득세 221,915,410원을 2004.09.30.에 청구인에게 경정·고지하였다. 청구인이 이에 불복하여 2004.12.10.에 청구한 이의신청에 대하여 ○○지방국세청에 2005.01.26.에 재조사 결정을 하였고, 동(同)결정에 대하여 처분청은 2005.04.11.에 이 건 과세처분이 정당하다는 통지를 하였다. 처분청의 위 통지를 받고 청구인은 다시 이 건 과세처분에 불복하여 2005.07.09.에 이 건 심사청구를 하였다.

(i) 사적자치의 원칙에 따라 쟁점매매계약서에 기재된 쟁점부동산의 매매대금 2,200,000,000원은 존중되어야 하고 (ii) 법인세법시행규칙 등에서는 쟁점설비의 내용연수를 5년으로 규정하고 있고 처분청에서도 양도당시 이미 위 내용연수를 경과한 쟁점설비의 시가가 “0원”인 것으로 보고 있지만, 실제로 사용가능한 기간은 15년 이상이며 청구인도 쟁점설비를 취득원가(쟁점리스계약서에 기재된 615,219,897원 외에 1997.05.21.에 ○○(주)에 추가로 지급한 5,500,000원을 포함하여 620,719,897원임)로 대차대조표에 계상한 후 감가상각비를 계상하지 않았으므로, 쟁점설비는 양도당시에도 취득원가에 상당하는 교환가치를 가진 것으로 볼 수 있고 (iii) 한○○가 처분청의 조사과정에서 쟁점부동산의 매매대금을 2,900,000,000원이라고 한 것은 쟁점부동산의 양도에 대한 양도차익을 적게 계상하기 위해 사실과 다르게 진술한 것이므로, 총매매대금 2,900,000,000원을 모두 쟁점부동산의 매매대금으로 본 이 건 과세처분은 부당하다.

청구인은 쟁점매매계약서의 내용과 같이 총매매대금 2,900,000,000원 중 700,000,000원은 쟁점설비의 매매대금이라고 (결과적으로 2,200,000,000원은 쟁점부동산의 매매대금이라고) 주장하지만 (i) 청구인이 1997.05.07.에 청구외법인 ○○(주)와 작성한 금융리스(리스기간: 60개월; 매월리스료: 13,932,300원)의 리스계약서(이하 “쟁점리스계약서”)에서 취득원가가 615,219,897원으로 기재되어 있고 (ii) 청구인이 위 금융리스계약을 해지하면서 1999.10.28.에 ○○(주)와 작성한 “중도해지 및 매매계약서”에서 매매대금이 387,251,000원으로 기재되어 있고 (iii) 처분청의 조사과정에서 작성한 2005.03.15.에 작성한 문답서(이하 “쟁점문답서”) 및 확인서에서 한○○는 시세차익을 목적으로 쟁점부동산을 취득하였으므로 쟁점설비에 대한 매매대금은 실제로는 지급하지 않았고 쟁점매매계약서는 청구인이 요구하는 대로 작성하였다고 진술하고 있으므로, 총매매대금 2,900,000,000원은 모두 쟁점부동산의 매매대금으로 보이고, 따라서 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매매계약서에 기재된 쟁점부동산의 양도가액을 정당한 것으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. (2000. 12. 29 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. (이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(괄호 생략)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

○ 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다. (1999. 12. 28 개정)

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물 (2000. 12. 29 개정)

• 가. 토지 부동산가격공시및감정평가에관한법률(구, 지가공시및토지등의평가에관한법률)에 의한 개별공시지가(이하 생략)
• 나. 건물 건물(괄호 생략)의 신축가격·구조·용도·위치·신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액

○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. (2001. 12. 31 단서신설)

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

② 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. … 토지·건물 … 의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액 … × (취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가)

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. (이하 생략)

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호(토지 또는 건물) … 의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 다. 가목 단서 … 의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 ….

2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문, 동호 다목 … 또는 제114조 제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액

○ 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

⑥ 법 제97조 제3항 제2호에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 다음 각호의 금액을 말한다. (1997. 12. 31 개정)

1. 토 지 (1997. 12. 31 개정) 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가 × 3/100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3/1000)

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호(토지 또는 건물) … 의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 … 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

○ 리스회계처리준칙

• 나. 금융리스로 분류되기 위해서는 리스기간동안 실질적인 계약해지금지조건이 부과되어 있어야 하며 이러한 전제 조건 하에 금융리스로 분류되는 예는 다음과 같다.

1. 리스기간 종료시 또는 그 이전에 리스자산의 소유권을 무상 또는 일정한 가액으로 리스이용자에게 이전하기로 약정한 경우

2. 리스자산의 염가구매선택권이 리스이용자에게 주어진 경우

3. 리스기간이 리스자산의 내용연수의 100분의 75 이상인 경우

4. 리스실행일 현재 기본리스료를 내재이자율로 할인한 현재가치가 리스자산의 공정가액의 100분의 90 이상인 경우

• 다. 사실관계 및 판단 【먼저, 사실관계에 대하여 살펴본다】

(1) ○○지방국세청의 2005.01.26.자 이의신청결정문의 주요한 내용은 아래와 같다.

① 한○○가 2003.11.27.에 쟁점부동산과 쟁점설비를 컴퓨터설비자문업체인 청구외법인 (주)○○에 양도한 후 2004.05.31.에 ○○세무서에 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하면서 쟁점부동산의 취득가액을 2,900,000,000원으로 기재하였으므로, 청구인이 주장하는 쟁점부동산의 매매가액과 다름

② 따라서, 처분청에서 실지거래가액을 재조사하여 쟁점건물과 쟁점토지의 양도가액을 결정하되, 재조사에 의하여 쟁점건물, 쟁점토지 및 쟁점설비의 실지거래가액을 알 수 없거나 그 구분이 불분명한 경우에는 소득세법시행령 제166조 제4항 및 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 제2호 의 규정에 의한 안분계산(이 건의 경우 장부가액에 비례하여 안분계산한 후 쟁점건물과 쟁점토지는 그 합계액을 다시 기준시가 비율로 안분계산)으로 쟁점건물과 쟁점토지의 양도가액을 결정하는 것이 타당함

(2) 국세통합전산망에 의하면, 청구인은 쟁점설비의 양도를 사업의 포괄적 양도·양수에 해당하는 것으로 보고 별도의 부가가치세 신고·납부를 하지 않았으며, 처분청에서도 별도의 부가가치세 과세처분은 하지 않은 것으로 확인된다.

(3) 쟁점문답서의 주요한 내용은 아래와 같다.

① 시세보다 싼 부동산이 있다는 지인의 매수 권유로 쟁점부동산을 취득하게 됨 (시세는 약 4,000,000,000원인데 매물로 나온 가격은 약 3,000,000,000원이었음)

② 계약서를 분실하였지만 계약내용은 기억하고 있는데, 쟁점설비에 관한 특약사항은 없었음 (볼링장을 운영하기 위해 쟁점부동산을 취득한 것이 아니었으므로 쟁점설비는 한○○에게 전혀 가치가 없었음)

③ 쟁점부동산을 (주)○○에 양도할 때에도 쟁점설비에 대한 별도의 매매대금은 없었음

④ 청구인이 요구하는대로 쟁점매매계약서를 작성하였지만, 쟁점설비의 매매대금 700,000,000원과는 별도로 쟁점부동산만 2,200,000,000원에 취득할 수 있었다면 그 이상을 지급했더라도 청구인을 설득하여 쟁점부동산만을 취득하였을 것임

(4) 쟁점리스계약서에 기재의 주요한 내용은 아래와 같다.

① 적용이자율: 기준금리(리스채유통수익율 12.08%) + 1.2% (매월리스료를 적용이자율로 할인한 현재가치의 결과는 취득원가보다 큰 615,219,897원임)

② 리스기간만료시 처리방법: 무상양도

③ 회계유형: 금융리스 (cf) 쟁점리스계약서에 염가구매선택권의 규정은 발견할 수 없으므로, 이 건 금융리스계약은 리스회계처리준칙 제4조 제나항 제1목 및 제4목의 규정에 근거하여 금융리스로 분류된 것으로 보임

(5) 쟁점설비의 취득 및 보유와 관련한 청구인의 일자별 회계처리는 아래와 같다. 1997.05.07. 리스자산 615,219,897 / 리스부채 615,219,897 1997.05.21. 리스자산 5,500,000 / 현금 5,500,000 리스료 지급 리스부채 227,968,897 / 현금 387,251,000 이자비용 159,282,103 (리스기간 중) 감가상각비

• / 감가상각누계

• (cf) 1999.10.28. 리스부채 387,251,000 / 현금 387,251,000 기계장치 620,719,897 리스자산 620,719,897 (리스해지이후) 감가상각비

• / 감가상각누계

• (cf) (cf) 금융리스계약을 체결한 이후 감가상각비를 계상하지 않았음

(6) 등기부 및 일반건축물대장에 의하면 쟁점건물의 1층(1,399m 2)은 근린생활시설(소매점, 대중음식점, 금융업소 등)이며 2층(1,391m 2)은 운동시설(볼링장)로 확인된다.

(7) 한○○가 2003.05.20.에 제출한 “○○”의 사업자등록신청서의 주업종은 “볼링장”으로 부업종은 “부동산임대”로 기재되어 있으며, 쟁점매매계약서 사본이 첨부되어 있다.

(8) 쟁점부동산 및 쟁점설비를 취득한 후 양도할 때까지의 수입금액으로 한○○가 부가가치세 및 종합소득세 신고서에 기재한 내용은 아래의 표와 같으며, 한○○는 (주)○○에 쟁점설비를 양도한 것은 사업의 포괄적 양도·양수에 해당하는 것으로 보고 별도의 부가가치세 신고·납부는 하지 않았다. 부동산임대 볼링장 운영(“오성”) 계 2003년 제1기 3,160,930 2,058,000 5,218,930 2003년 제2기 11,641,479

• 11,641,479 계 14,802,409 2,058,000 16,860,409

(9) 한○○는 (주)○○에 쟁점부동산을 양도하면서 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였는데 양도가액을 3,050,000,000원으로 기재하였으며, 증빙서류로 청구인이 제출한 것과 일치하는 쟁점매매계약서 사본과 함께 (주)○○와 작성한 계약서를 제출하였는데 동(同)계약서에는 3,050,000,000원의 매매대금 외에 특약사항으로 동(同)법인이 은행대출금(2,000,000,000원)과 전세금(700,000,000원)을 승계한다고 기재되어 있다.

(10) 심리과정에서 통화한 바에 의하면, 한○○는 쟁점문답서의 내용과 같이 시세차익을 목적으로 (구체적으로는, 쟁점건물을 찜질방으로 개조하기 위해) 쟁점부동산을 취득하였지만 취득당시의 예상과 달리 쟁점건물의 1층을 2005.03.28.까지 임차하여 운영하였던 ○○노총 ○○지부의 복합매장의 임대차계약이 중도에 해지되지 않아서 동(同)부동산을 단기간에 (주)○○에 양도하였다고 한다.

(11) 사단법인 한국볼링경영자협회 및 AMF볼링기계설비의 독점수입업체인 B○○와 통화한 바에 의하면 쟁점설비와 같은 종류의 새로운 설비를 취득하여 설치하기 위해서는 900,000,000원(레인당 45,000,000원) 정도의 금액이 필요하고, 관리를 잘 할 경우에는 10년 이상도 사용할 수 있다고 한다. 【다음, 쟁점에 대하여 살펴본다】

(1) 사실관계가 분명하지 않은 경우에는 사적자치의 원칙에 따라 거래당사자들의 공통적인 주장이나 증빙에 따라 판단하는 것이 타당하다. 즉, 쟁점매매계약서는 청구인과 한○○가 각각 쟁점부동산의 양도 및 취득사실의 증빙으로 제출하고 있으므로 동(同)계약서에 기재된 내용에 근거하여 쟁점설비의 매매대금 700,000,000원을 제외한 2,200,000,000원이 쟁점부동산의 매매대금이라고 보는 것이 타당하다.

(2) 또한, 자산의 교환가치는 개별적인 거래의 상황에 영향을 받는 것이므로 볼링장을 운영할 의사가 없었다고 주장하는 한○○ 대신 다른 동종의 사업자에게 쟁점설비를 양도하였을 경우에는 “시가”에 해당하는 대가를 받을 수 있었다고 예상할 수 있으며, 그 금액은 한국볼링경영자협회 및 B○○에서 취득 및 설치비용이라고 하는 금액과 가까운 쟁점매매계약서에 기재된 700,000,000원으로 볼 수 있다.

(3) 즉, 볼링장을 운영하기 위한 것이 아니라 쟁점건물을 찜질방으로 개조하기 위하여 쟁점부동산을 취득한 것이라는 한○○의 주장은 “○○”으로 상호를 변경하여 볼링장을 개업하였으며, 사업자등록신청서의 주업종에 “볼링장”으로 기재한 점에 근거할 때 신빙성이 없으며, 오히려 쟁점설비를 이용하여 볼링장을 운영하려는 의도가 있었고, 따라서 쟁점설비는 쟁점계약서에 기재된 700,000,000원의 교환가치가 있었던 것으로 볼 수 있다.

(4) 청구인이 금융리스계약을 해지하면서 리스자산을 차감하고 기계장치를 620,719,897원으로 장부에 기재한 후 감가상각비를 계상하지 않은 것도 임의상각제도를 채택하고 있는 기업회계기준과 법인세법을 위반하는 것은 아니며, 보유기간 중 고정자산의 증액이 인정되지 않는 점을 고려하면 오히려 쟁점설비의 시가가 적어도 동(同)금액이라는 것을 나타내는 간접적인 증빙이라고 할 수 있고, 따라서, 쟁점설비는 쟁점계약서에 기재된 700,000,000원에 가까운 교환가치가 있었던 것으로 볼 수 있다.

(5) 따라서, 쟁점매매계약서의 내용과 같이 총매매대금 2,900,000,000원 중 쟁점설비의 매매대금 700,000,000원을 제외한 2,200,000,000원이 쟁점부동산의 매매대금이라는 청구인의 주장은 정당에 대하여 처분청에서 객관적인 근거를 제시하지 못하면서 총매매대금 2,900,000,000원을 모두 쟁점부동산의 매매대금으로 본 이 건 과세처분은 사실관계의 조사를 소홀히 한 잘못이 있는 것으로 보이고, 따라서 정당하지 않은 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.