토지와 건물을 일괄 양도하는 경우 감정평가액에 비례하여 안분계산함이 타당함

〇〇세무서장이 2005. 3. 4. 청구인에게 경정고지한 200년 과세연도 양도소득세 40,506,480원의 부과처분은 〇〇시 〇〇구 〇〇동 〇〇번지의 대지 304㎡ 및 건물 211.2㎡의 총양도가액 450,000,000원을 토지와 건물의 감정평가액에 비례하여 안분계산하여 토지와 건물의 양도가액을 계산하고, 취득가액은 토지는 225,000,000원, 건물은 전문의 양도가액을 건물의 취득 당시와 양도 당시의 기준시가에 의해 환산 계산한 금액으로 하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

• 가. 청구인은 〇〇시 〇〇구 〇〇동 〇〇번지 대지 304㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2001. 3.19. 취득하고, 위 지상에 건물 211.2㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산” 이라 한다)를 2001. 2. 3. 신축하여 보유하다가, 2004.11.30. 쟁점부동산을 청구 외 김〇〇에게 양도하고 양도가액 4억5천만원은 쟁점토지와 쟁점건물의 면적에 비례하여 안분계산(쟁점토지 265,529,950원, 쟁점건물 184,472,050원)하고, 취득가액은 쟁점토지는 실지거래가액인 225,000,000원, 쟁점건물은 위 양도가액을 쟁점건물의 취득 당시와 양도 당시의 기준시가에 의해 환산 계산한 168,238,509원으로 하여 양도차익을 계산한 후 2004.11.30. 양도소득세 7,598,270원을 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액은 기준시가에 비례하여 안분계산하고, 쟁점토지의 취득가액은 신고내용을 시인하고 쟁점건물의 취득가액은 위에서 계산된 쟁점건물의 양도가액을 취득․양도 당시의 기준시가로 환산하여, 2005. 3. 4. 청구인에게 2004년도 귀속분 양도소득세 40,506,480원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 5.27. 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 쟁점부동산의 양도에 따른 부가가치세 문제 때문에 매수인과 협의하여 쟁점부동산의 토지거래가액은 265,527,950원, 건물거래가액은 184,472,050원으로 확정하여 매매계약서에 기재한 후 세금계산서와 계산서를 발행하여 부가가치세를 신고납부하였다.
• 나. 소득세법 시행령 제176조 의 2에는 양도소득세를 정부가 경정할 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가를 순차로 적용하도록 규정되어 있으나, 처분청은 이 사건에 대한 양도소득세를 위와 같은 규정을 준수하지 아니하였고, 위와 같은 법 규정에 의해 살펴보면 청구인은 양도소득세를 경정 당할 이유가 없는 것이다.
• 다. 또한 처분청은 쟁점부동산의 전체 취득가액을 256,242,535원으로 산정하였는데 그렇다면 건물취득가액을 31,242,535원으로 본 것으로 이는 경험칙에 의해 살펴보더라도 현실과 너무나 동떨어진 가액인 것이다.
• 라. 이 사건의 양도소득세는 양도 당시 건물가액과 토지가액이 구분되어 있기 때문에 양도소득세를 경정할 경우에는 건물취득가액을 환산 취득가액으로 하여 경정해야 할 것으로 청구인이 양도소득세 예정신고 시 산정한 건물의 취득환산가액에 오류가 발견되지 않는다면 당연히 부과된 양도소득세 40,506,487원은 취소되어야 할 것이다.

• 가. 청구인은 양도계약서에 토지가액 265,527,950원, 건물가액 184,472,050원로 구분기재된 실거래가액을 근거로 하여 취득가액을 환산하여야 한다고 주장하나, 객관적인 근거를 제시하지 못하므로 임의 기재로 보아 이를 부인하고 토지가액과 건물가액을 기준시가로 재계산하여 과세한 처분은 정당하고, 양도계약서상 토지․건물가액은 양도가액 450,000,000원을 토지와 건물의 면적비율로 안분계산한 금액이며 양도 당시 토지기준시가 364,800,000원 및 건물기준시가 30,765,900원과 비교하였을 때 현저한 차이가 나는 점 등으로 보아 객관적인 안분근거가 결여된 것으로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액이 불분명한 것으로 보아 총 양도가액을 감정평가액에 비례하여 안분계산한 것이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 〇 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액․감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액․감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액․감정가액․환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액․감정가액․환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 생략 〇 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① ～③(생략)

④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다.

⑤ 생략 〇 부가가치세법시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】

① ～③(생략)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 󰡒건물 등󰡓이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 󰡒기준시가󰡓라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 〇 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지】

① 생략

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

④ 생략

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액․매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

⑥ ～⑦ 생략 〇 소득세법시행령 제176조 의 2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제5항에서 󰡒대통령령이 정하는 사유󰡓라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 󰡒감정평가법인󰡓이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제5항에서 󰡒대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액󰡓이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 제1호 내지 제7호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가 제3항 제1호의 매매사례가액 × ───―――――――――――――─― 또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가(제164조 제7항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정 에 의한 양도당시의 기준시가)

③ ～ ⑤ 생략

• 다. 사실관계

1. 청구인은 쟁점토지를 2000. 8.30. 매매원인으로 2001. 3.19.에 소유권이전하고 쟁점건물은 2001. 2. 3. 사용승인되어 2001. 3.19. 소유권 보존하였으며, 청구인은 쟁점부동산을 2004.11.30. 청구 외 김〇〇에게 소유권 이전하였음이 쟁점부동산의 등기부등본 및 건축물대장에 의거 확인된다.

2. 청구인은 쟁점부동산의 양도소득세 예정신고 시 양도가액을 총 실지거래가액 450,000,000원으로 신고하면서 쟁점토지와 쟁점건물은 아래【표1】과 같이 연면적 기준으로 안분하여 쟁점토지가액은 265,527,950원, 쟁점건물가액은 184,472,050원으로 하였고, 취득가액은 쟁점토지는 실지거래가액 225,000,000원으로 하고 쟁점건물의 가액은 아래【표1】과 같이 기준시가에 의해 환산한 168,238,509원으로 하여 양도소득과세표준신고 및 납부하였다. 【표1】 계 쟁점토지 쟁점건물 연면적 515.2㎡ 304㎡ 211.2㎡ 양도 가액 450,000,000원 265,527,950원 ※ 450,0000,000원 × 304㎡ / 515.2㎡ 184,472,050원 ※ 450,0000,000원× 211.2㎡/ 515.2㎡ 취득 가액 393,238,509원 225,000,000원 (실지거래가액) 168,238,509원(환산가액) ※ 184,472,050원 × 24,076,800원(취득 당시의 기준시가) / 26,400,000원(양도 당시의 기준시가)

3. 처분청은 소득세법 시행령 제166조 제4항 에 의거 아래【표2】와 같이 쟁점부동산의 양도 당시 기준시가에 비례하여 안분계산하여 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 계산하고 다시, 쟁점건물의 양도가액을 쟁점건물의 취득 당시의 기준시가와 양도 당시의 기준시가로 환산하여 쟁점건물의 취득가액을 31,241,747원으로 하여 이건 경정고지하였다. 【표2】 계 쟁점토지 쟁점건물 기준시가 양도당시 395,565,900원 364,800,000원 30,765,900원 취득당시 114,406,600원 86,944,000원 27,462,600원 양도가액 450,000,000원 415,000,383원 ※ 450,0000,000원 ×364,800,000원 / 395,565,900원 34,999,617원 ※ 450,0000,000원 × 30,765,900원 / 395,565,900원 취득가액 256,241,747원 225,000,000원 (실지거래가액) 31,241,747원(환산가액) ※ 34,999,617원 × 27,462,600원(취득 당시의 기준시가)/ 30,765,900원(양도 당시의 기준시가)

• 라. 판단 1) 소득세법 제100조 제2항, 소득세법시행령 제4조 에 의하면 양도가액를 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항을 준용하여 안분계산하도록 되어 있고, 동 규정에 의하면 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하되, 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정되어 있다.

2. 그런데 쟁점건물과 쟁점토지에 대하여 감정평가법인에서 2004.11.23. 가격시점으로 하여 감정한 감정평가액이 있는 이 건의 경우 총 실지양도가액 450,000,000원을 그 감정가액에 비례하여 쟁점토지와 쟁점건물의 실지양도가액을 산정하고, 취득가액은 쟁점토지는 실지거래가액이 확인되므로 225,000,000원으로 쟁점건물은 취득 당시의 실지거래가액이 확인되지 않으므로 위에서 계산될 쟁점건물의 양도가액을 쟁점건물의 취득 당시 및 양도 당시의 기준시가에 비례하여 안분계산하여야 한다고 판단된다.

• 마. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.