토지가 양도일 현재 감면대상 농지에 해당되는지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 외 토지 4필지를 ○○시도시개발공사에 양도하고, 2003.12.31. 양도소득세를 신고함에 있어서 ○○시도시개발공사가 2003.5.16. 협의 매수한 ○○리 ○○번지 소재 답 1,888㎡와 2003.10.14. 수용한 매곡리 ○○번지 소재 답 817㎡ 및 ○○리 ○○번지 소재 답 136㎡를 8년 자경농지로 보아 양도소득세 51,314,740원을 감면신청 하고, 2003.10.14. 수용한 ○○리 ○○번지 소재 답 793㎡와 ○○리 ○○번지 소재 78.5㎡는 기준시가에 의하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다. 처분청은 ○○시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재 답 817㎡와 ○○리 ○○번지 소재 답 136㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 ○○지하철 2호선공사장의 토사 적치장으로 양도일 현재 농지가 아니라는 이유로 양도소득세 감면을 배제하고, 2004.3.2. 청구인에게 양도소득세 17,134,840원을 결정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.6.11. 이의신청을 거쳐 2004.11.23. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 쟁점토지를 ○○지하철 2호선 공사장의 토사 적치장으로 청구외 ○○중공업 주식회사에 임대기간 만료 후 농지로 원상복구 하는 것을 조건으로 임대하였고, 달성군수의 토지형질변경허가서에도 토지형질변경은 지하철공사 발생토량 적치장으로 활용하여 저습답 농지개량을 목적으로 토사적재허가 기간이 지나면 농작물 경작이 가능토록 농지로 원상복구 할 것을 조건으로 형질변경을 허가하였으며,
• 나. 쟁점토지를 일반적인 매매원인의 양도가 아니고 지하철 공사장 토사가 적치되어 있는 상태에서 강제 수용된 것으로 수용되기 전에 건설사에 농지로 원상회복을 요구하였으나, 임대기간 미도래 및 지하철공사 미완성을 이유로 거부하여 농지로 원상복구하지 못한 상태에서 수용되었고,
• 다. 또한, 쟁점토지를 ○○시도시개발공사에 협의 양도시점에서 농지가 아니므로 양도소득세를 감면 받을 수 없다고 하여, 2003.8.26. ○○수용위원회에 보상가격을 잡종지로 산정하여야 한다는 것을 내용으로 수용재결에 대한 이의신청을 하였으나, 2004.1.13. 『토지에 대한 보상액은 가격시점에 있어서의 현실적인 이용상황과 일반적인 이용방법에 의한 객관적 상황을 고려하여 산정하되, 일시적인 이용상황을 전제로 할 경우 등은 이를 고려하지 아니하도록 되어 있다고』 하여 이유 없다는 결정을 한 것으로 볼 때 쟁점토지는 양도시점에서 일시적인 휴경 상태의 농지로 보아야 타당하며, 달성군수도 쟁점토지의 임대기간동안 지목을 농지로 하여 종합토지세를 과세하였음에도 불구하고,
• 라. 처분청은 쟁점토지의 임대차계약은 청구인의 자유의사에 따른 유상임대차 계약이고, ○○시도시개발공사와 체결한 매매계약도 상가부지 등을 우선 분양받을 수 있는 권리를 받기위한 청구인의 자유의사에 따른 계약이며, 쟁점토지는 4년 동안 토사 적치장으로 사용되어 농지로 복구할 수 있는 상태가 아니므로 양도일 현재 농지가 아닌 것으로 보았으나,
• 마. 청구인은 토지수용 및 종합토지세 과세는 농지로 하고, 수용일 현재 농지가 아니라는 사유로 양도소득세는 과세하는 불합리한 법령 때문에 ○○수용위원회의 토지수용재결 결정에 불복하여 쟁점토지에 양도소득세가 과세가 된다면 수용가격 산정을 농지가 아닌 잡종지로 해야 한다는 이의신청을 하고 보상협의 기간(2003.1.6~2003.3.5)내에 협의를 하지 못하여 『협의양도인택지공급대상자선정기준』에서도 2순위로 수의계약도 하지 못하였으며,
• 바. 쟁점토지를 지하철공사장의 토사 적치장으로 임대할 때도 청구인의 자발적인 의사가 아니고 쟁점토지 일대를 토사 적치장으로 사용한다고 하여 농지로 원상복구를 조건으로 임대를 하였고, 쟁점토지의 임대료도 평당 3,500원으로 농사를 지을 때 수확하는 농작물 가액 상당액 정도에 불과하고, 쟁점토지의 4년간 임대료도 4,032,000원으로 쟁점토지의 양도소득세 감면배제액 17,134,840원에도 미달할 뿐만 아니라,
• 사. 쟁점토지를 강제 수용함으로써 농지로 원상복구할 기회도 없이 일방적으로 국가 등에서 시행하는 사업목적에 따른 것이므로 수용일(양도일) 현재 농지로 보아 8년자경에 따른 양도소득세 감면대상으로 보아야 하므로 처분청이 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.

• 가. 쟁점토지는 2000.1.1.부터 ○○지하철 2호선 공사장의 토사 적치장으로 사용하고 있었고, 2003.10.14. ○○시도시개발공사에서 수용당시에도 지하철 공사 미완성으로 지하철 공사 시행자가 계속 토사 적치장으로 사용되고 있었으므로 양도일 현재 농지로 볼 수 없고, 장기간 토사 적치장으로 사용하여 농지로 복구할 수 있는 상태가 아니었으므로 일시적인 휴경농지로 보기 어려우며,
• 나. 양도일 현재 실제로 경작하고 있지 아니한 토지는, 농경지로 사용되지 아니한 원인이 토지소유자의 자의에 의한 것이든 타의에 의한 것이든 일시적인 휴경 상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없는 것이므로, 쟁점토지의 경우 임대하며 농지외의 용도로 사용 중에 수용되었고, 임대차계약기간 종료 후 농지로 원상복구하기로 약정하였다고 하더라도 양도일 현재 일시적인 휴경상태의 농지라고 볼 수 없으므로, 쟁점토지에 대하여 8년자경에 의한 양도소득세 감면을 배제한 당초 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 양도일 현재 감면대상 농지에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[ 농지법 제32조 의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상, 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년(농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때로부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

• 가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역
• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 먼저 이 건 사실관계를 살펴본다

• 가) 청구인은 쟁점토지 중 ○○시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재 답 817㎡는 1980.8.11. 취득, ○○리 ○○번지 소재 답 136㎡는 1981.7.31. 취득하여 계속 경작하다가 2000.1.1.부터 2002.12.30.까지 ○○지하철 2호선 공사장의 사토 적치장 용도로 “시공업체가 임대차기간 종료 후 농지로 원상복구할 것”을 조건으로 임대하고 있던 중 쟁점토지가 ○○지구 택지개발사업(2000.6.30. 택지개발예정지구지정공고, 2002.5.4. 택지개발사업개발계획승인, 2003.1.6.~2003.3.5, 보상협의기간)에 편입되어 ○○시도시개발공사에 수용된 사실이 쟁점토지의 등기부등본 및 토지임대차계약서와 토지형질변경등허가서, 보상협의요청 및 간접보상비 지급통지 및 보상내역에 의하여 확인된다.
• 나) 쟁점토지의 양도에 대하여 조세특례제한법 제69조 및 동법 시행령 제66조에 규정하는 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건 중 양도일 현재 농지인지 여부에 대한 사항을 제외한 나머지 감면요건에 대하여는 달리 다툼이 없다.
• 다) 청구인은 쟁점토지를 2000.1.1.부터 2003.12.30.까지 연간 평당 3,500원으로 하여 4년간 4,032,000원의 임대료를 받기로 하고 ○○중공법 주식회사에 임대한 사실이 토지임대차계약서 및 토지형질변경등연기허가서에 의하여 확인된다.
• 라) 쟁점토지는 수용당시 토지의 지목을 농지로 하여 보상가격을 산정한 것으로 중앙토지수용위원회의 이의신청에 대한 재결서 및 청구인의 불복청구 이유서에서 확인된다.

2. 이 건 쟁점사항에 대하여 살펴보면,

• 가) 청구인은 쟁점토지가 양도일 현재 공공사업인 지하철 공사의 사토 장치장으로 사용되고 있었으므로 일시적인 휴경농지로 양도일 현재 농지로 보아야 한다고 주장하나, 양도일 현재 실제로 경작하고 있지 아니한 토지는, 농경지로서 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 타의에 의한 것이든 일시적인 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수는 없는 것이므로, 청구인이 쟁점토지를 농지외의 토사 적치장으로 임대하다가 수용된 이 건의 경우 임대조건이 비록 임대차계약기간 종료 후 농지로 원상복구하기로 약정하였다고 하더라도 양도일 현재 휴경상태의 농지로 보기는 어렵다고 판단된다.(국심 2003구2926, 2004.01.19. 국심 1998부408, 1998.6.23 및 대법원 91누7422, 1991.11.12 같은 뜻) 따라서, 처분청이 쟁점토지의 양도소득에 대하여 조세특례제한법의 규정에 의한 감면을 배제하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.