양도당시에 농지이므로 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당함

○○세무서장이 2004.7.1 청구인에게 한 2003년 과세연도 양도소득세 74,262,540원의 부과처분은

1. ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 외 5필지의 양도시기를 2002.12.6.로 하고, 같은 곳 ○○번지 대지 113㎡에 대하여는 1세대1주택에 부수되는 토지로 하여 비과세하고,

2. 같은 곳 ○○번지 외 4필지 5,141㎡ 중 진입로 면적 595㎡를 제외한 4,546㎡에 대하여는 8년 자경농지의 양도로 보아 과세표준과 세액을 경정합니다. 분할전 양도토지 양도소득세 부과된면적 양도일자 진입로 면적(㎡) 자경면적 (㎡)

○○리 종류 면적(㎡) 189-1 대 297 113 2002.12.6 1세대1주택비과세 189-2 답 1,534 1,534 301 1,233 189-3 하천 132 132 30 102 189-4 답 3,065 3,065 51 3,014 190-1 답 66 66 38 28 190-3 답 344 344 175 169 계(㎡) 5,438 5,254 595 4,546

청구인은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 대지 297㎡, 동소 ○○ 답 1,534㎡, 동소 ○○ 하천 132㎡, 동소 ○○ 답 3,065㎡, 동소 ○○ 답 66㎡, 동소 ○○ 답 344㎡(합계 5,438㎡, 이하 “양도토지”라 한다)를 1989.6.15. 취득하여, 동소 ○○ 지상에 농가주택 94.8㎡를 1995.1.5. 신축하여 거주하다, 2002.8.23. 양도토지를 송○○외 3인에게 양도하고, 주택 및 양도토지에 대하여 1세대1주택 및 8년 자경농지로 보아 양도소득세 감면신청을 하였다. 처분청은 1세대1주택 감면신청에 대하여 같은 곳 ○○번지 지상의 주택 94.8㎡와 이에 부수되는 297㎡ 중 184㎡는 양도소득세 비과세결정을 하였고, 나머지 양도토지 5,254㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여는 양도일 현재 농지가 아니라고 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 2004.7.1. 청구인에게 2003년 과세연도 양도소득세 74,262,540원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.10.4. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 쟁점토지를 1989.6.15. 취득하여 2002.12.6. 송○○외 1인으로부터 잔금을 수령하여 양도할 때까지 8년이상 쟁점토지 소재지에 거주하면서 주로 쌀농사를 지었음이 영농사실확인서, 등기부등본, 주민등록초본 등에서 확인할 수 있음에도 처분청은 양도일 현재 쟁점토지가 농지가 아니라는 이유로 8년자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하였으나, 쟁점토지는 2002.8.23. 청구외 송○○외 3인과 매매계약을 하면서 “전용허가신청에 필요한 토지사용승락서 및 인감을 하여 주는 특약조건”으로 계약을 하였고, 매매계약일 이후인 2002.11.12. 농지전용허가를 득하였으며, 쟁점토지에 대하여 잔금은 2002.12.6. 수령하였으므로, 쟁점토지가 농지인지의 여부는 매매계약일인 2002.8.23. 현재의 현황에 의하여 판단하여야 함에도 처분청은 등기접수일을 기준으로 하여 쟁점토지를 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.

(1)

○○ 중앙회

○○ 지점에 근저당설정 관련서류를 조회한 바, 2002.11.22. 작성된 감정평가조서에 의하면 쟁점토지 중 800㎡는 현황이 도로이며,

○○ 은 지목은 하천이나 현황은 전이며, 나머지 4,209㎡는 2002.11.12. ○○군으로부터 농지전용허가를 득한 공장예정지임이 확인되고, (2)

○○ 시로부터 확인한 2003.1.1. 및 2003.7.1. 기준 토지특성조사표상 토지이용현황은 189-2, 9, 10, 15, 16.은 공업용 및 공업용나대지로 확인되며,

(3) 등기부등본에 의하면 ○○리

○○,

○○,

○○,

○○,

○○,

○○,

○○,

○○ 번지에는 2003년 제2종근린생활시설물이 신축되어 있어

(4) 등기부등본상 2003년 양도당시 쟁점토지는 농지에 해당되지 않아 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 양도소득세를 경정․고지한 이 건 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 양도가 양도소득세가 감면되는 8년 이상 자경농지의 양도에 해당되는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 【이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴본다】

○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[ 농지법 제32조 의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지를 농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 "농업기반공사"라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상, 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년이상〕계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, (이하 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년(농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 "농업기반공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양동하는 경우에는) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.(2001.12.31. 신설)

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 (농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조제4항 의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지중 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

• 가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명이상인 지역
• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지

○ 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】

① 영 제66조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제3항의 규정에 의한 토지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각호의 기준에 의한다.

1. 등기부등본 또는 토지대장등본 기타 증빙에 의하여 양도자가 8년(농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사, 농업·농촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 5년)이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것

2. 주민등록표등본, 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부등본과 자경증명에 의하여 양도자가 8년(농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사, 농업·농촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 5년)이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지일 것

○ 재산 46014-21, 2002.1.25 【계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 토지의 경우 자경농지의 농지여부 판단기준】 조세특례제한법 제69조 의 자경농지에 대한 양도소득세의 면제규정은 양도일 현재의 농지에 적용하는 것이나, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 토지의 경우에는 매매계약일 현황을 기준으로 농지여부를 판단하는 것 이며, 환지예정지 지정일부터 3년이 경과되기 전의 농지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 되는 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 현황에 의하여 농지여부를 판단하는 것임

○ 심사양도 2002-264, 2003.5.30 【매매계약조건에 따라 매수인이 건축착공 등을 하는 경우, 양도소득세가 감면되는 자경농지 해당 여부】 조세특례제한법상 양도소득세가 면제되는 8년 자경농지를 판단함에 있어 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수인이 건축착공 등을 하는 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 함

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 등기접수일 기준으로 하여 쟁점토지 13필지(양도후 2003년 분할)에 대해 2003년 과세연도 양도소득세 74,262,540원을 납세고지서 3매로 하여 2004.7.1. 다음과 같이 청구인에게 경정․고지하였음이 “납세고지서” 및 처분청의 “양도소득세결정결의서”에 의하여 확인된다. 【필지별 고지세액】 지 번 종류 면적(㎡) 소유권이전등기일 양도소득세 고지세액

○○리 189-9 답 1,220 2003.7.28 28,915,710

○○리 189-10 답 906

○○리 189-15 답 93

○○리 189-16 답 93

○○리 189-3 하천 86 2003.10.17 33,430,790

○○리 189-11 대지 51

○○리 189-12 답 751

○○리 189-13 답 910

○○리 189-14 하천 46

○○리 189-17 대지 62

○○리 189-18 답 66

○○리 190-1 답 66

○○리 189-2 답 904 2003.12.11 11,916,040 합 계 5,242 74,262,540

② 쟁점토지가 1989.5.2. 매매를 원인으로 1989.6.15. 청구인명의로 소유권이전등기된 사실이 등기부등본 등 관련서류에 의하여 확인된다.

③ 청구인은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 외 5필지를 송○○외 3인과 2002.8.23. 부동산매매계약을 체결하였음이 중개인입회하에 작성된 “부동산매매계약서”에 의하여 확인되며, 매매대금은 총8억원으로 하면서 계약금은 매매계약일인 2002.8.23. 1억원, 중도금은 2002.8.30. 1억원, 2002.9.25. 1억원, 2002.11.1. 1,400,000원, 2002.12.2. 198,600,000원, 잔금 3억원은 2002.12.6. 각각 청구인의 ○○계좌에 입금되었음이 ○○조합장에 대한 금융거래정보 조회결과 확인된다(○○계좌 000000-00-000000)

④ 양도토지의 필지별 취득 및 분할, 신축, 양도내역이 등기부등본에 의하여 확인된다. 취 득(1989.6.15) 분할 및 신축 양도(2002.12.6 잔금) 비고

○○리 종류 ㎡ 일자

○○리 종류 ㎡

○○리 종류 ㎡ 189-1 답 3,838 95.1.5 189-1 주택 94.8 189-1 주택 94.8 1세대 1주택 01.8.20 189-1 대 297 189-1 대 297 189-6 대 103

○○군수용 00.10.25 189-4 답 3,065 189-4 답 3,065 189-5 답 331 기타매매 02.8.20 189-7 답 42

○○군수용 189-2 답 1,534 189-2 답 1,534 189-3 하천 132 189-3 하천 132 190-1 답 99 01.8.27 190-1 답 66 190-1 답 66 190-4 답 33

○○군수용 190-3 답 344 190-3 답 344 토지 계 5,947 양도토지 5,438

⑤ ○○리 ○○ 번지 132㎡는 지목은 하천이나 현황은 “전”이며, 쟁점토지를 통과하는 농로(논뚝) 및 학원진입로의 필지별 점유면적이 다음과 같음을

○○ 감정평가법인 ○○지사에서 작성한 감정평가서 및 청구인이 제출한 자료에 의하여 확인된다.

○○리 종류 면적(㎡) 농로① 진입로② 계①+② 189-1 대 297 0 43 43 189-2 답 1,534 93 301 394 189-3 하천 132 8 30 38 189-4 답 3,065 16 51 67 190-1 답 66 22 38 60 190-3 답 344 66 175 241 계 5,438 205 638 843

⑥ 잔금청산일 이후 아래와 같이 2003.2.14. 합병되었다가 2003.7.28～2003.10.17. 기간 중 14필지로 분할되었고 2003.7.28～2003.12.11. 기간 중 4회에 걸쳐 소유권이전등기된 사실이 등기부등본에 의하여 확인된다. 양도(2002.12.6. 잔금) 합병(2003.2.14) 분 할 이전 등기 비고

○○리 종류 ㎡

○○리 종류 ㎡ 일 자

○○리 종류 ㎡ 189-1 주택 94.8 변동없음 189-1 주택 94.8 02.12.6 1세대1주택으로 이미 비과세결정 대 297 변동없음 03.10.17 189-1 대 184 03.12.11 189-11 대 51 03.10.17 양도시점인 2002.12.6. 현재 189-1번지와 같은 필지임 189-17 대 7 03.10.17 55 03.12.11 대지 계 297 297 189-2 189-4 190-3 답 답 답 1,534 3,065 344 189-2 답 4,943 03.7.28 189-2 답 904 03.12.11 189-9 답 1,220 03.7.28 189-10 답 906 03.7.28 189-12 답 751 03.10.17 189-13 답 910 189-15 답 93 03.7.28 189-16 답 93 03.7.28 03.10.17 189-18 답 14 03.10.17 52 03.12.11 189-3 하천 132 03.10.9 189-3 하천 86 03.10.17 189-14 하천 46 190-1 답 66 190-1 답 66 03.10.17 쟁점토지 5,254

⑦ 처분청은 동 주택 및 토지의 양도시기를 등기접수일인 2003.12.11.로 하여 분할 후 ○○리 ○○번지의 184㎡만 1세대1주택의 부수토지로 비과세결정함으로써 동 번지에서 분할된 ○○리 ○○번지 대지 51㎡ 및 동 소 ○○번지 대지 62㎡에 대하여는 1세대1주택의 부수토지로서 비과세결정을 하지 아니하고 양도소득세를 부과하였음이 국세청전산조회자료 및 양도소득세결정결의서에 의하여 확인된다.

⑧ 청구인은 1950.1.15. 탄생하여 1977.6.13. 쟁점토지 소재지인 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지에 전입한 이래 쟁점토지를 양도할 때인 2002.12.30.까지 같은 마을에 거주하여 왔음이 청구인의 주민등록초본 및 같은 마을 주민들의 확인서에 의하여 확인된다.

⑨ 청구인은 ○○으로부터 “단기농사자금대출금”으로 5,000,000원을 2002.3.14. 대출받아 2002.11.14. 상환하였음이 ○○장이 발행한 “대출금 거래내역 조회”에 의하여 확인된다.

⑩ 청구인은 ○○조합원의 자격을 1982.4.19. 승인받아 2003.3.13. 임의탈퇴하고 그 지분금액 1,460,359원이 청구인의 ○○협계좌(000000-00-000000)에 2002.12.16. 입금되었음이 ○○발행 위 계좌 및 “탈퇴자지분내역”에 의하여 확인된다.

⑪ “청구인은 2002년 12월 전까지 ○○리에 거주하며 수년간 영농하였으며, 그에 필요한 농약, 영농자재를 거래한 사실”을 증명한다는 내용으로 하여 2004.9.6. ○○농약사 김

○○ 이 서명날인한 “사실확인서”를 제출하였다.

⑫ 청구인은 쟁점토지를 13년간 경작하였음을 확인하는 “영농사실확인서”를 같은 마을주민 3인(김○○, 김○○, 박○○)이 인감증명서를 첨부하여 제출하였다.

⑬ 쟁점토지 매수인은 양도토지의 매매계약일인 2002.8.23. 청구인으로부터 쟁점토지 사용승낙을 얻어 ○○군수로부터 2002.11.12. 농지전용허가를 받은 사실이 ○○군수가 발행한 “농지전용허가증”에 의하여 확인되며, 그 후 2003년 중 쟁점토지 위에 제2종근린생활시설물이 신축되었음이 처분청의 의견서에 의하여 확인된다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 조세특례제한법 제69조 의 양도소득세가 감면되는 8년자경농지의 요건을 갖추기 위해서는 농지소유자가 농지소재지 및 그 인접지역에 8년이상 거주하면서 자경하여야 하는 것이므로, 첫째, 청구인이 쟁점토지 소재지에서 8년이상 거주하였는지 여부를 살펴보면, 청구인은 1977.6.13. 쟁점토지 소재지인 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 16번지에 전입한 이래 쟁점토지를 양도할 때인 2002.12.30. 까지 25년 6월동안 같은 마을에서 거주하여 왔음이 청구인의 주민등록초본에 의하여 확인되고 있어 재촌의 요건은 갖춘 것으로 판단된다. 둘째, 청구인이 쟁점토지를 직접 자경하였는지를 살펴보면, 청구인은 농지소재지에 있는 ○○의 조합원자격을 1982.4.19. 승인받아 2002.12.16. 탈퇴지분금액이 청구인의 농협계좌에 입금된 점, 청구인은 ○○으로부터 2002년도 중 “단기농사자금”을 대출받아 상환한 점, 농약사 대표가 농약․영농자재 거래사실을 확인한 점, 같은 마을주민 3인이 인감증명서를 첨부하여 8년이상 영농사실을 확인한 점 등으로 보아 청구인은 8년이상 쟁점토지를 자경한 것으로 보여지고 이에 대하여는 청구인과 처분청간 다툼이 없다. 셋째, 쟁점토지가 양도당시 농지인지의 여부를 살펴보면, 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 등기부등본상의 소유권이전등기접수일인 2003.7.28.부터 2003.12.11.까지로 보았으나 청구인이 제출한 부동산매매계약서에 의하면 총매매대금 8억원 중 계약금 1억원은 계약일자인 2002.8.23 청구인의 ○○계좌에 입금되었고, 중도금 5억원은 2002.8.30., 2002.9.25., 2002.11.1., 2002.12.2. 등 4회에 걸쳐 같은 계좌에 입금되었고, 잔금 3억원은 2002.12.6. 또한 같은 계좌에 입금되었음이 2004.11.26. ○○에 대한 금융거래정보 조회결과 확인되는 이 건의 경우, 쟁점토지의 양도시기는 잔금수령일자인 2002.12.6.이라고 봄이 타당하고, 쟁점토지의 농지여부 판단시기는 부동산매매계약일인 2002.8.23.을 기준으로 판단하여야 할 것인 바(재산46014-21, 2002.1.25., 심사양도2002-264, 2003.5.30. 같은 뜻) 쟁점토지 매수인이 2002.8.23. 청구인과 부동산매매계약을 체결하면서 농지전용허가신청에 필요한 토지사용승락서 및 인감증명을 발급하여 주는 조건을 특약사항으로 하였으며, 이 조건에 따라 매수인은 2002.11.12. 농지전용허가를 받아 2003년도 중 제2종근린생활시설물을 신축한 점,

○○ 감정평가법인 ○○지사에서 작성한 감정평가조서에 의하면 2002.11.27. 현재 쟁점토지의 현황을 농지로 기재되어 있는 점 등으로 미루어 청구인이 굳이 쟁점토지의 용도를 변경하여 양도할 아무런 이유가 없다고 보여지므로 매매계약일 현재 쟁점토지는 농지인 것으로 판단된다.

② 위 내용에 의하여 볼 때, 쟁점토지는 양도소득세가 면제되는 자경농지의 법적요건을 모두 갖춘 것으로 보여진다. 다만, ○○리 189-1 대지 297㎡ 중 184㎡에 대하여만 처분청이 2004.6.28. 1세대1주택에 부수되는 토지로서 비과세결정하였으나 잔금청산 후 분할되었음이 확인되므로 분할되기 전의 토지면적인 297㎡ 전체에 대하여 1세대1주택의 부수토지로 보아 비과세결정을 하여야 할 것이며, 양도당시 이전부터 학원진입로로 사용하던 595㎡는 양도당시 농지가 아니므로 양도소득세 감면대상에서 제외함이 타당하다 하겠다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 볼 때, 쟁점토지의 양도시기는 2002.12.6.로 하며, 2003년 중 양도한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 쟁점토지 5,254㎡ 중 대지 113㎡는 1세대1주택에 부수되는 토지로 비과세하고, 답 및 하천 4,546㎡는 양도소득세가 100% 감면되는 8년이상 자경농지로 감면하고, 나머지 토지 595㎡는 도로이므로 기준시가에 의하여 양도소득세를 결정하여야 함이 타당하다고 판단된다. 따라서 처분청은 이 건 양도소득세를 과세함에 있어 양도시기를 등기부등본상의 소유권이전등기일을 양도시기로 하여 양도일 현재 농지가 아니라고 보아 쟁점토지 전체를 8년 자경 농지에 대하여 적용되는 양도소득세감면을 배제한 처분은 사실조사를 소홀히 한 잘못이 있다 하겠다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.