8년 자경농지임을 입증할만한 객관적인 증빙이 없으므로 양도소득세를 과세함

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 답(畓) 2,748㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1970.5.22. 취득하여 보유하던 중 쟁점토지가 2004.3.16. ○○시 ○○공사에 수용되자, 수용에 따른 양도소득세를 8년 이상 자경농지의 양도로 보아 전액 감면받는 것으로 처분청에 2004.4.1. 신고하였으나, 처분청은 쟁점토지의 양도소득산출세액을 169,621천원으로 결정하여, 조세특례제한법 제133조 제1항 규정에 의한 감면한도 100,000천원을 초과하는 69,621천원을 2004.7.10. 청구인에게 결정고지하였다. 처분청은 청구인의 감면신청 내용을 검토한 바, 청구인이 농지소재지나 연접지역에 8년 이상 거주한 사실이 없고 4년 10개월만 거주한 것으로 확인되자 2004.7.21. 감면분(한도분)으로 과세하지 않았던 100,000천원을 추가로 청구인에게 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 7. 31. 이의신청을 거쳐 2004.9.16. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점토지는 8년 이상 계속하여 청구인이 직접 경작한 자경농지로서, 양도소득세 100% 감면대상이며, 처분청은 쟁점토지 수용에 따른 감면세액 종합한도를 1억원으로 적용한 것은 개정 후의 조세특례제한법 제69조 의 자경농지에 대한 양도소득세의 감면규정과 개정된 조세특례제한법 부칙 제25조 제2항 및 제28조의 특례규정의 오해에서 기인된 것으로 사실상 종합한도세액은 2억원이므로 처분청이 감면의 종합한도액을 1억원으로 하여 초과되는 부분에 대하여 고지한 양도소득세 69,621천원은 부당하게 과세된 것이다.
• 나. 그리고 처분청이 8년 이상 자경 요건에 해당되지 않는다고 보아 1억원을 추가로 고지하였으나, 2001.12.29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법부칙 제25조 제2항 및 제28조 제1항의 경과규정에 따라 개정된 같은법 제69조의 감면규정은 적용이 배제되고 종전규정이 적용됨에도 관련법의 처분청이 법리를 오해하여 부당하게 이 건 과세를 한 것으로 청구인의 경우 종전 조세특례제한법시행령 제66조 에 의거 농지소재지나 연접지역에 거주하지 않더라도 통작거리 20㎢ 이내에 거주한 사실이 ○○구청에 제출한 민원사항의 회신문(1998.11)에 의하여 확인되므로 8년 자경 요건에 해당되며, 청구인이 ○○세무서장에게 제출한 쟁점토지에 대한 토지초과이득세 진정서(1992.7.4.)에 대한 회신문에 의하면 주민등록표상 6월 이상 재촌하지 않았기 때문에 토지초과이득세 과세대상이 된다고 회신하였을 뿐, 자경한 사실에 대해서는 언급이 없으므로 자경한 사실은 인정한 것이나 마찬가지이기 때문에 8년 이상 자경 요건은 충족이 되는 것으로 보아야 한다. 따라서 추가하여 부과한 양도소득세 1억원도 부당하게 과세되었으므로 취소되어야 할 것이다.

• 가. 쟁점

1. 쟁점토지의 8년 자경 여부와

2. 감면한도액이 1억원인지 또는 2억원인지를 가리는데 그 쟁점이 있다 할 것이다.

• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[ 농지법 제32조 의 규정에 의한 농업진흥지역 내의 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 󰡒농업기반공사󰡓라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 󰡒농업법인󰡓이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상, 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 󰡒주거지역등󰡓이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2003. 12. 30. 개정)

② 생 략

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2002. 12. 11 항번개정)

○ 조세특례제한법시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 󰡒농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자󰡓라 함은 8년(농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 󰡒농업기반공사󰡓라 한다) 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 농지가 소재하는 시․군․구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 (2001. 12. 31 신설)

2. 제1호의 지역과 연접한 시․군․구 안의 지역 (2001. 12. 31 신설)

② ~ ③ 생 략

④ 법 제69조 제1항 본문에서 󰡒대통령령이 정하는 토지󰡓라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 양도일 현재 특별시․광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도․농복합형태의 시의 읍․면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다. (2002. 12. 30 개정)

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역 (1998. 12. 31 개정)
• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역 (1998. 12. 31 개정)

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (1998. 12. 31 개정)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분 전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. (2003. 12. 30. 개정)

⑥ 생 략

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 󰡒대통령령이 정하는 소득󰡓이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 󰡒양도소득금액󰡓이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (2003. 12. 30. 항번개정) (주거지역 등에 편입되거나 (취득당시의 환지예정지 지정을 받은 － 기준시가) 날의 기준시가) 양도소득금액 ×─────────────────────── (양도당시의 기준시가)―(취득당시의 기준시가)

⑧ 생 략

⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다. (2003. 12. 30. 항번개정)

⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다. (2003. 12. 30. 개정)

○ 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 감면의 종합한도】

① 개인이 제43조, 제69조, 제77조 또는 이 법 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니하며, 감면의 종합한도액의 계산에 관하여는 대통령령이 정하는 바에 의한다. (2001. 12. 29 개정)

○ 조세특례제한법 기본통칙 69-0…3 【자경의 정의】

① 법 제69조 제1항의 규정을 적용받을 수 있는 자경농지는 농지소재지에 거주하면서 자기가 직접 농작물을 경작하거나 자기책임 하에 농사를 지은 농지로서 위탁경영하거나 대리경작 또는 임대차한 농지를 제외한다. (2002. 4. 15 개정)

② 종중소유농지를 종중원 중 일부가 농지소재지에 거주하면서 직접 농작물을 경작하거나 자기책임 하에 농사를 지은 경우에도 법 제69조 제1항의 규정에 의한 자경농지로 본다. (2002. 4. 15 개정)

○ 조세특례제한법 기본통칙 69-0…4 【자경농지에 대한 양도소득세의 면제】 법 제69조에서 󰡒8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지󰡓라 함은 양도일 현재 농지이고 당해 농지 보유기간동안에 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 직접 경작한 사실이 있는 경우로서 영 제66조 규정의 요건에 해당하는 경우를 말하는 것으로 양도일 현재 농지소재지에 거주하지 아니한 경우에도 양도소득세의 면제대상이 된다. (2002. 4. 15 신설)

• 다. 사실관계

1. 청구인은 쟁점토지를 1970.5.22. 취득하여 보유하던 중 2004.3.16. ○○시 ○○공사에 수용되어 이에 따른 양도소득세 신고를 2004.4.1. 8년 자경으로 감면신청 하였음(과세표준신고는 하지 않았음)이 국세통합전산망 및 세액면제신청서를 통하여 확인된다.

2. 처분청은 당초 쟁점토지의 양도소득산출세액이 169,621천원으로 계산되어 조세특례제한법 제133조 제1항 규정에 따라 감면한도가 100,000천원이라서 초과되는 부분인 69,621천원을 2004.7.10.자로 무납부 고지하였고, 추후 검토한 결과 청구인이 농지소재지와 연접지역에 4년 10개월간 거주하여 8년 자경요건에 해당하지 않아 2004.7.21. 100,000천원을 추가로 고지 하였음이 결정결의서 및 국세통합전산망을 통하여 확인된다.

• 라. 판 단

1. 이 건 청구인의 주장과 관련하여 감면한도를 심리하기 이전에 사실상 쟁점토지의 8년 자경여부를 우선 살펴보면, 조세특례제한법 제69조 제1항 에서 『농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세․감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의계획및이용에관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 󰡒주거지역 등󰡓이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다』라고 규정하고 있으며, 처분청은 도시계획구역 편입여부에 대하여 2004.7.20.자로 ○○구청에 조회한 바, 동 회신공문(○○구청 도시계획과-3100, 2004.7.21)에 따르면 쟁점토지는 2003.12.26. 주거지역에 편입된 것으로 확인되므로 상기규정의 후단 규정(다만 이하의 규정)에 해당된다고 하겠다.

2. 이 건 심사청구의 경우에는, 쟁점토지를 청구인이 8년 이상 자경했는지의 여부가 우선하여 판단할 사항이므로 이와 관련하여 살펴보기로 한다. 청구인은

① 토지초과이득세부과처분취소와 관련한 대법원 판결문

② 지방세 납세증명서 및 농지개량조합비 징수확인원

③ 토지 등기부등본 및 토지대장

④ 재촌자경 농지관련 ○○구청장의 회보

⑤ 자경농지 입증과 관련한 강서세무서장의 회보

⑥ ○○구 농지관리위원회장의 회보

⑦ 농지원부 등을 입증자료로 제시하며 8년 자경을 주장하고 있는 바, 위와 같이 제시된 자료가 청구인이 실제로 쟁점토지에서 8년 자경을 하였는지에 대하여 입증할만한 정당한 자료인지 여부에 대하여 살펴보면, 첫째, 토지초과이득세부과처분취소와 관련한 대법원 판결문은 재촌자경 농지의 요건 중 단지 『재촌』과 관련하여 통작거리는 직선거리로 20㎞ 이내임을 확인하는 내용으로 청구인이 실제 자경을 하였는지에 대한 것이 아니다. 둘째, 지방세 납세증명서는 단지 쟁점토지의 소유에 따른 재산세 및 종합토지세에 대한 납세증명을 나타내는 것이므로 이는 8년 자경의 입증서류로는 부족하며, 농지개량조합비 징수확인원은 자경여부에 관계없이 농지소유자에게 부과되는 것이므로 이 또한 8년 자경 입증서류로는 부족하다. 셋째, 등기부등본 및 토지대장은 청구인이 1970년에 쟁점토지를 취득하여 2004년 양도일까지 소유하였음을 나타내는 자료이다. 넷째, 재촌자경 농지관련 ○○구청장의 회보는 단지 1998년 당해 재촌자경임을 확인하여 당해분 종합토지세만을 취소한 내용으로 양도일(수용일)인 2004.3.16. 현재 농지인 것과 8년 이상 재촌자경하였다는 것을 입증하는 자료가 아니다. 다섯째, 자경농지 입증과 관련한 ○○세무서장의 회보의 내용 중『귀하가 주장하는 ○○구 ○○동 ○○ 답 3,421㎡의 자경여부에 대하여는 토지초과이득세법 제8조 제1항 제5호 및 동법시행령 제12조 제1항의 규정에 의하여 “재촌” “자경”하는 농지여야 하는 바 귀하는 주민등록 등록표상 과세기간 종료일 현재 6월 이상 “재촌”하지 아니한 것으로 인정되어 과세대상이 됩니다』에서 청구인은 ○○세무서장이 “재촌”만 인정하지 않고 “자경”은 인정하였다고 주장하나, 어디에도 “자경”을 인정하는 문구를 찾아볼 수 없으며, 다만 “재촌” 및 “자경”요건 중 “재촌”요건이 인정되지 않으므로 “자경”요건은 언급할 여지가 없다는 의미로 이해되므로 이는 청구인의 주장을 뒷받침할만한 근거서류로 부적합하다. 여섯째, ○○구 ○○위원회장의 회보의 내용은 청구인이 ○○구 ○○위원회에 쟁점토지의 위탁경영을 신청하였으나 ○○위원회에서는 농지의 소유자가 농지가 소재하는 시․읍․면의 관할 구역 안에 거주하여 위탁경영이 당연히 인정되는 사항이라서 신청서에 의한 발급대상이 아니라고 하여 신청서를 반려한 내용인데, 조세특례제한법 기본통칙 69-0…3 【자경의 정의】에서 『자경농지는 농지소재지에 거주하면서 자기가 직접 농작물을 경작하거나 자기책임 하에 농사를 지은 농지로서 위탁경영하거나 대리경작 또는 임대차한 농지를 제외한다』라고 규정하고 있으므로 위탁경영 자체가 자경의 정의를 벗어나는바, 청구인이 쟁점토지를 8년 자경했다는 주장을 뒷받침할만한 근거서류로는 부족하다. 일곱째, 청구인이 제출한 농지원부는 최초작성일자가 2004.4.9.로 확인되어 양도 당시 농지였다는 것을 간접적으로 확인하고 있으나, 청구인이 직접 자경한 사실을 입증하는 서류는 아니다. 위 사실과 관련 법령 등을 종합하여 판단하면, 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 재촌자경 하였다는 입증은 양도자가 적극적으로 입증책임(대법원 87누402, 1987.10.13)을 져야 하지만 앞서 살펴본 바와 같이 청구인의 주장을 입증할만한 객관적인 증빙이 없으며, 청구인은 1972.4.26.에 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 전입하여 1977.3.22. 현재 주소지인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○로 전입하였음이 주민등록초본을 통하여 확인되므로 조세특례제한법 제69조 및 같은법시행령 제66조 제1항 제1호 및 제2호에 의한 “농지가 소재하는 시․군․구” 또는 위 지역과 연접한 시․군․구 안의 지역“에 거주한 기간이 4년 10개월에 불과한바, 농지 소재지 또는 연접지역에 8년 이상 거주하면서 자경하여야만 적용될 수 있는 위 법에 의한 감면요건을 충족하지 못하였으므로 청구주장은 이유가 없는 것으로 보인다. 따라서 자경요건이 충족되지 않는 상태에서 쟁점 2 “자경농지의 감면한도”는 거론할 이유가 없으므로 감면한도에 대해서는 심리를 생략한다.

따라서 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.