토지의 양도가 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 사유에 해당하는지 여부

○○세무서장이 2003.05.10. 청구인에게 결정ㆍ고지한 17,761,810원의 과세처분은 과세대상 토지 중 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 및 ○○번지의 토지를 양도소득세가 감면되는 토지로 인정하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 1987.07.18. ○○시 ○○구 ○○동 소재 농지 5필지 4,767㎡(1,441평)(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 2004.01.26. 그 중 2필지 3,148㎡(952평)(이하 “쟁점(선)토지”라 한다)를 양도하고 2004.03.10. 나머지 3필지 1,619㎡(489평)(이하 “쟁점(후)토지”라 한다)를 양도하면서 쟁점토지를 양도소득세가 감면되는 8년 자경농지로 신고하였으나, 처분청은 청구인의 주장과 달리 쟁점토지를 8년 자경농지가 아닌 것으로 판단하여 2004.05.10. 양도소득세 17,761,810원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2004.09.09. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인이 쟁점토지를 취득시부터 양도시까지 직접 경작한 사실이 농지원부, 토지이용계획확인서, 농지개량조합 ○○시ㆍ○○시 지사장이 발행한 조합비(수세) 납부 확인원, 청구인의 농지경작사실 조회에 대한 ○○시 ○○구 ○○동장의 회신 공문, 쟁점토지 인근 주민들의 경작사실 확인서 및 인우보증서 등에 의하여 확인되므로 이 건 과세처분은 부당하다.

(i) 농지원부에 의하면 쟁점토지 중 2필지 334㎡(101평)(이하 “쟁점(갑)토지”라 한다)는 실제 지목이 유원지로 기재되어 있고 나머지 3필지 4,433㎡(1,340평)(이하 “쟁점(을)토지”라 한다)는 1998.06.24.부터 농지원부 발급일인 2003.10.30.까지 휴경 상태로 기재되어 있으며 (ii) 청구인에 대한 농업소득세 부과내역 조회에 대한 ○○시 ○○구청장의 회신 공문에서 1995년 이후 청구인에게 농업소득세를 부과한 내역이 없다고 기재되어 있으며 (iii) 청구인이 제시한 경작사실 확인서 및 인우보증서가 심사청구일에 임박하여 작성되었으며 (iv) 청구인이 종묘, 비료, 농약 등을 구입한 사실에 대한 증빙이 없으므로, 쟁점토지가 양도일 현재 농지가 아니거나 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하지 않은 것으로 보이므로 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도가 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 사유에 해당하는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수의 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (이하생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자” 라 함은 8년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

③ 제1항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단 【먼저, 사실관계를 살펴본다】

(1) 쟁점토지의 명세는 아래의 표(이하 “표1”이라 한다)와 같다. 연번 지번(cf1) 면적(㎡) 구분 1 550-1 126 쟁점(선)토지 쟁점(갑)토지 2 551-2 3,022 쟁점(선)토지 쟁점(을)토지 3 551-2 30 쟁점(후)토지 쟁점(을)토지 4 551-14 208 쟁점(후)토지 쟁점(갑)토지 5 551-16 1,381 쟁점(후)토지 쟁점(을)토지 계 4,767 (cf2) (cf3) (cf1) ○○시 ○○구 ○○동 이하 지번임. (cf2) 양도일자에 따른 구분 (cf3) 농지원부 상의 실제 지목에 따른 구분

(2) 청구인과 청구외 윤○○(000000-0000000) 외 2인간에 작성된 쟁점(선)토지의 매매계약서에 의하면 총매매대금 541,500,000 중 계약금 60,000,000원은 매매계약일인2003.12.05.에, 중도금 240,000,000원은 2003.12.10.에, 잔금 241,500,000원은 2003.12.23.에 지급하는 것으로 나타나며, 쟁점토지의 등기부에서는 2004.01.26.에 매매를 원인으로 청구인으로부터 윤○○ 외 2인에게 소유권이 이전된 것으로 확인된다.

(3) 청구인과 청구외 류○○(000000-0000000) 간에 작성된 쟁점(후)토지의 매매계약서에 의하면 총매매대금 269,000,000원 중 계약금 20,000,000원은 매매계약일은 2004.02.09.에, 잔금 249,000,000원은 2004.03.09.에 지급하는 것으로 나타나며, 쟁점토지의 등기부에서는 2004.03.10.에 매매를 원인으로 청구인으로부터 류이현에게 소유권이 이전된 것으로 확인된다.

(4) 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경한 사실을 입증하는 증빙으로 농지원부, 토지이용계획확인서, 농지개량조합의 조합비 납부 확인원, 농지경작사실 조회에 대한 회신 공문, 확인서 및 인우보증서, 쟁점토지의 사진을 제시하고 있다. 위 증빙들을 검토하면 아래와 같다.

① 농지원부: 2004.10.30.자로 ○○시 ○○구 ○○동장이 발급한 것으로 그 내용은 아래의 표와 같다. 구분 공부상 지목 실제 지목 경작 구분 주재배 작물 기록변경 일자 쟁점(갑)토지 전 유원지 자경 휴경 1998.06.24. 쟁점(을)토지 답 전 자경 휴경 1998.06.24.

② 토지이용계획확인서: 2004.08.11.자로 ○○시 ○○구청장이 발급한 것으로 쟁점(을)토지 중 ○○번지(표1중 연번2 토지임)가 농지법 제8조 의 규정에 적용되는 농지로 분류되어 있다.

③ 조합비 납부 확인원: 농업기반공사(구 농지개량조합) 김해ㆍ양산 지사장이 2004.08.04.자로 발급한 것으로 청구인이 쟁점(을)토지 중 ○○번지와 ○○번지(표1 중 연번2 및 5 토지임)에 대하여 1987부터 1999년까지 조합비를 납부한 사실을 확인하고 있다.

④ 회신공문: ○○시 ○○구 ○○동장이 2003.10.30.자로 발급한 것으로 청구인의 조회에 대하여 쟁점토지의 주재배 작물이 채소라고 회신하고 있다.

⑤ 확인서: ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지가 주소인 청구외 장○○(0000000-0000000)이 2004.08.11.자로 작성한 것으로 1988년 4월부터 2004년 4월까지 쟁점토지를 트렉터로 밭갈이를 해주고 매년 농기계 사용료와 품삯으로 280,000원에서 350,000원까지 받은 사실을 확인하고 있다.

⑥ 인우보증서: ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지가 주소인 청구외 이○○(000000-0000000)이 2004년 8월에 작성한 것으로 청구인이 1988년부터 2004년까지 쟁점토지를 자경한 사실을 확인하고 있다.

⑦ 사진: 채소류를 심은 밭의 사진이나 구체적인 지번 표시가 없고 뒷면에 촬영일자도 표시되어 있지 않다.

(5) 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경한 사실을 확인하기 위한 처분청의 농업소득세 부과내역 조회에 대하여 ○○시 ○○구청장이 2004.06.14.자로 발급한 회신공문에서 1994년 이전의 과세자료는 폐기되었고 1995년 이후에는 청구인의 농업소득세 신고ㆍ납부 실적 및 ○○구청장의 청구인에 대한 농업소득세 부과 내역이 없다는 사실을 확인하고 있다. 【다음, 쟁점에 대하여 본다】

(1) 조세특례제한법상 양도소득세가 감면되는 자경농지의 요건을 갖추기 위해서는 농지소유자가 농지소재지 및 그 연접지역에 8년이상 거주하면서(재촌 요건)직접 경작하고(자경 요건) 쟁점토지가 양도일 현재 농지이어야(농지 요건) 한다. 아래에서는 각각의 요건별로 쟁점(갑)토지와 쟁점(을)토지를 구분하여 청구인의 주장을 검토해 보기로 한다.

① 재촌요건을 만족하는 것은 청구인과 처분청 간에 이견이 없다.

② 자경 요건: 위 확인서와 인우보증서를 작성한 장초현과 이복태의 주소지를 볼 때 이들을 인근 주민으로 보기 힘들고 청구인이 제출한 사진도 쟁점토지의 양도일 이후에 촬영된 것으로 보이므로 청구인의 주장을 뒷받침하는 증빙으로 보기는 힘들다. 그러나, 처분청에서 자경요건을 만족하지 않는다는 주장의 근거 중 하나로 제시한 쟁점토지의 농업소득세 과세 실적이 없었던 사실은 관련 지방세법 규정이 거의 사문화되어 체계적인 세원관리가 이루어지지 않았고 과세자료가 남아있는 1995년 이후의 농업소득세 기초공제금액이 연간 5,600,000원으로 소규모 농민들의 경우 신고ㆍ납부의무가 면제되는 경우가 많으므로 농업소득세 과세실적이 없는 사실 만으로 자경요건을 만족하지 못한다고 할 수는 없는 것으로 보인다. 또한, 처분청의 주장과 같이 청구인이 종묘, 비료, 농약 등을 구입한 사실에 대한 증빙을 제시하지 못하기 때문에 자경요건을 만족하지 않는 것으로 볼 수도 있지만, 쟁점(을)토지 중 2필지(○○번지와 ○○번지(표1 중 연번2 및 5 토지임))에 대해서는 농작물 경작을 위해 필수적인 수세 성격의 조합비를 10년 이상 납부한 사실이 확인되고 별다른 대리 경작의 증빙을 확인할 수 없으므로 적어도 위 2필지에 대해서는 청구인이 직접 경작한 것으로 판단된다.

③ 농지요건: 쟁점토지의 성격을 판단할 때 등기부나 토지이용계획확인서 상의 공부상 지목보다는 실제 지목이 별도로 표시된 농지원부를 근거로 하는 것이 타당한 것으로 보이고 농지원부와 발급일자가 같은 ○○동장의 회신공문에서도 주재배작물에 대한 표시만 있을 뿐 농지원부 상에 1998.06.24. 이후 지목이 유원지로 표시된 쟁점(갑)토지의 지목이 변경된 사실은 확인할 수 없으므로, 양도일 현재 쟁점(갑)토지는 농지가 아닌 것으로, 쟁점(을)토지는 농지인 것으로 판단된다.

(2) 위 내용을 종합하면 쟁점(을)토지 중 2필지○○번지와 ○○번지(표1 중 연번2 및 5 토지임))는 위 요건을 모두 갖추었으므로 양도소득세가 감면되는 자경농지인 것으로 판단되고, 쟁점(갑)토지와 쟁점(을)토지 중 나머지 1필지(○○번지(표1 중 연번3 토지임))은 자경요건 또는 농지요건을 갖추지 못했으므로 양도소득세가 감면되는 자경농지가 아닌 것으로 판단되므로, 따라서 이 건 과세처분은 일부 잘못이 있다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.