잔금청산 후에 토지거래허가를 받아 소유권이전하는 경우의 양도시기

○○세무서장이 2004.

7.

9. 청구인에게 고지한 2003년 과세연도 양도소득세 177,748,660원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구인은 토지거래 허가구역내에 소재한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 514㎡ (이하 “쟁점토지”라 한다)를 1997.8.6 취득하여 2003.5.23 청구외 이○○, 박○○, 은○○(이하 이들 모두를 “변경매수인들”이라 한다)에게 388,700,000원에 양도하기로 계약을 체결하고, 잔금 2,000,000원을 2003.6.25 수령한 것으로 하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 2003.6.30 양도소득세를 신고․납부하였다. 처분청은 쟁점토지의 토지거래 허가일이 2003.11.19이므로 토지거래 허가일 전에 양도한 것은 무효인 거래라 하여 쟁점토지의 양도일을 등기접수일인 2003.11.20로 보고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 2004.7.9 청구인에게 2003년 과세연도 양도소득세 177,748,660원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 8.20 이 건 심사청구하였다.

청구인은 쟁점토지 외 2필지(쟁점토지와 같은 곳 ○○번지, ○○번지로, 청구인의 소유는 아님) 지상에서 LPG충전소 사업을 영위하려는 이○○, 박○○, 연○○(이하 모두를 “당초매수인들”이라 한다)에게 쟁점토지를 386,700,000원에 양도하기로 2001.3.16 계약(이하 “당초계약서”이라 한다)을 체결하고 잔금을 2001.9.28 수령하였으나, 쟁점토지가 개발제한 지역내의 소재 토지로서 LPG충전소 허가는 당해 지역 거주자에 한하여 가능하여 변경매수인들이 해당 지역 거주자인 청구외 임○○의 명의로 LPG충전소 허가를 신청하여 변경매수인들의 비용으로 LPG충전소 건물 및 시설설비를 완비하고, 2003.5월경 토지거래 허가를 신청하는 과정에서 당초매수인들이 이○○, 박○○, 연○○에서 이○○, 박○○, 은○○로 변경되어 2003.5.23 변경매수인들과 매매금액을 당초 386,700,000원에서 388,700,000원으로 하는 변경계약(이하 “변경계약서”라 한다)을 체결하고, 당초 계약시 수령한 금액을 제외한 2,000,000원을 2003.6.25 수령하여 2003.6.25을 잔금청산일로 보아 2003.6.30 기준시가로 양도소득세를 신고하였으며, 2003.11.19 토지거래 허가를 받아 2003.11.20자로 소유권 이전 등기를 한 것으로서, 재경부 재산 46014-2198(1998.1.2) 예규에 의하면, 토지거래 허가구역내 토지의 양도시기는 대금청산후 토지거래허가를 받았을 경우 대금청산일을 양도일로 보도록 해석하여 이 건 양도일은 2003.6.25 봄이 타당한데도, 처분청이 소유권이전 등기 접수일인 2003.11.20를 양도일로 보아 과세한 것은 위법한 처분이므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

청구인은 이 건 양도일을 당초매수인들이 변경되어 2,000,000원을 추가로 받은 2003.6.25이라고 주장하나, 매수인이 변경된 것은 매도자와는 관계없는 매수자간의 지분양도에 불과한 것이므로 쟁점토지의 잔금이라기 보다는 인감증명서 추가교부에 대한 기타소득일 뿐이고, 쟁점토지의 등기부등본에 의하면, 당초계약서의 잔금 청산일인 2001.9.28 청구인 명의의 기 설정된 근저당이 말소되고, 당초매수인들 명의로 30억원의 근저당이 새로이 설정된 것으로 볼 때, 실지 잔금 청산일은 2001.9.28이라 할 것이나, 토지거래 허가를 받기 전에 양도하여 무효인 거래에 해당하므로, 등기접수일을 양도일로 본 것은 정당하다 할 것이고, 설령 2003.6.25을 양도일로 본다 하더라도, 쟁점토지의 지목이 “답”에서 “주유소용지”로 변경된 날이 청구인이 잔금청산일이라고 주장하는 2003.6.25보다 앞선 2003.5.6이므로 토지의 품위 또는 정황이 현저히 달라진 “주유소용지”로 양도가액을 평가하여 신고하였어야 하나, “답”의 공시지가를 적용하여 신고한 것 또한 잘못이므로 결국 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 토지거래 허가구역내의 쟁점토지 매매대금을 2001.9.28 모두 수령 후 토지거래 허가를 받지 못한 상태에서 매수인들 중 1인이 변경된 변경매수인들과 매매대금 2백만원을 추가 지급받기로 계약하고, 2003.6.25 2백만원 수령하여 토지거래 허가를 받은 경우, 그 양도시기와 실제 양도지목이 “답”인지 “주유소용지”인지를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 이 건 부과처분의 납세의무성립일 현재 시행된 관련법령은 다음과 같다.

○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부등록부 또는 명부 등에 기재된 등기등록접수일 또는 명의개서일

○ 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

• 가. 토 지 (1995. 12. 29 개정 ; 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 부칙) 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 󰡒개별공시지가󰡓라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

○ 소득세법시행령 제164조 【토지건물의 기준시가 산정】

① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 󰡒대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액󰡓이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정고시가 누락된 토지(국공유지를 포함한다)

③ 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.

○ 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조의 2【개별공시지가의 결정공시 등】

② 시장군수 또는 구청장은 공시기준일 이후에 분할합병 등이 발생한 토지에 대하여는 대통령령이 정하는 날을 기준으로 하여 개별공시지가를 결정공시하여야 한다.

○ 지가공시및토지등의평가에관한법률시행령 제12조의 2 【분할합병 등이 발생한 토지의 개별공시지가】

① 법 제10조의 2 제2항에서 󰡒분할합병 등이 발생한 토지󰡓라 함은 다음 각호의 토지를 말한다.

1. 지적법상 분할 또는 합병된 토지

2. 공유수면매립 등으로 지적법상 신규로 등록된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 지적법상의 지목이 변경된 토지

4. 국공유지가 매각 등의 사유로 사유지로 된 토지로서 개별공시지가가 없는 토지

② 제1항의 규정에 의한 사유가 발생한 토지에 대하여는 다음 각호의 구분에 따라 개별공시지가를 결정공시한다.

1. 1월 1일부터 6월 30일까지의 사이에 제1항의 규정에 의한 사유가 발생 한 토지에 대하여는 7월 1일을 기준일로 하여 10월 31일까지 결정공시

2. 7월 1일부터 12월 31일까지의 사이에 제1항의 규정에 의한 사유가 발생한 토지에 대하여는 다음연도 1월 1일을 기준일로 하여 다음연도 6월 30일까지 결정공시

○ 소득세법 제105조 【양도소득과세표준예정신고】

① 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자(제165조의 규정에 의한 부동산양도신고를 한 거주자를 제외한다)는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월. 다만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조 제1항 의 규정에 의한 거래계약허가구역안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다.

○ 국토의계획및이용에관한법률 제117조 【허가구역의 지정】

① 건설교통부장관은 국토의 이용 및 관리에 관한 계획의 원활한 수립 및 집행, 합리적 토지이용 등을 위하여 토지의 투기적인 거래가 성행하거나 지가가 급격히 상승하는 지역과 그러한 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 대하여는 5년 이내의 기간을 정하여 제118조 제1항의 규정에 의한 토지거래계약에 관한 허가구역(이하 󰡒허가구역󰡓이라 한다)으로 지정할 수 있다.

○ 국토의계획및이용에관한법률 제118조 【토지거래계약에 관한 허가】

① 허가구역안에 있는 토지에 관한 소유권지상권(소유권지상권의 취득을 목적으로 하는 권리를 포함한다)을 이전 또는 설정(대가를 받고 이전 또는 설정하는 경우에 한한다)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 󰡒토지거래계약󰡓이라 한다)을 체결하고자 하는 당사자는 공동으로 대통령령이 정하는 바에 따라 시장군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

⑥ 제1항의 규정에 의한 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 그 효력을 발생하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 쟁점토지의 소재지가 1998.11.25부터 개발제한 구역 및 토지거래 허가 구역으로 지정된 사실과 청구인과 변경매수인들이 ○○구청에 토지거래 허가를 신청하여 2003.11.19 그 허가를 받은 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에는 다툼이 없다.
• 나) 처분청이 토지거래 허가구역내의 토지를 토지거래허가일 전에 양도하는 것은 무효인 거래에 해당하므로, 쟁점토지의 양도일은 등기접수일이라고 주장하는데 대하여, 청구인은 쟁점토지의 양도일을 변경계약서에 의하여 잔금이 청산된 2003.6.25로 보아야 한다고 하면서, 당초계약서 사본, 변경계약서 사본, 매매대금 영수증 사본, 청구인 예금통장 사본 등을 제시하고 있어 이에 대하여 본다.

(1) 청구인과 당초매수인들간에 2001.3.16자로 작성된 부동산매매계약서를 보면, 매매대금을 386,700,000원으로 하고, 계약금 25,000,000원은 계약시, 중도금 200,000,000원은 2001.7.16, 잔금 161,700,000원은 2001.9.28 각 영수하며, 부동산은 2001.9.28 명도하고, 특약사항으로 “매도인은 ○○지방법원 ○○지원 ○○등기소 1998.9.23 접수 제30452호로서 등기된 채권 최고액 금 이억오천만원, 채권자 ○○화학주식회사로된 근저당권 등기를 말소하고 잔금수령하겠슴”이라고 기재되어 있으며, 청구인이 제시하는 예금통장 사본을 보면, 2001.3.16 계약금 25,000,000원, 2001.7.16 중도금 200,000,000원, 2001.9.28 잔금 160,000,0000원이 각 입금된 것으로 나타나며, 잔금 1,700,000원은 현금으로 수령하였다고 한다.

(2) 청구인과 변경매수인들간에 2003.5.23자로 작성된 부동산매매계약서를 보면, 매매대금을 388,700,000원으로 하고, 특약사항으로 계약금 및 중도금 386,700,000원은 2001.9월 이전에 지급한 금액으로 상계하기로 하며, 잔금 2,000,000원은 2003.6.25 지불하는 내용으로 기재되어 있으며, 청구인이 제시하는 예금통장 사본을 보면, 2003.6.25 2,000,000원이 은경자로부터 입금된 것으로 나타난다.

(3) 당심에서 ○○구청 직원 김○○에게 확인한 바, 당초매수인들은 쟁점토지에 대한 토지거래 허가를 신청한 사실이 없고, 변경매수인들이 2003.5.22 최초로 토지거래 허가를 신청하였으나, 토지소유자와 건물소유자가 달라 토지취득자격기준에 부적합하여 2003.6.3 불허가 통보를 하였고, 2003.11.4 이를 보완하여 변경매수인들이 재신청하여 2003.11.19 토지거래 허가를 통보하였다고 한다.

• 다) 한편, 처분청은 청구인의 주장과 같이 2003.6.25을 양도일로 보더라도, 쟁점토지의 지목이 “답”에서 “주유소용지”로 변경된 것이 2003.6.25보다 앞선 2003.5.7이므로, 토지의 품위 또는 정황이 현저히 달라진 “주유소용지”로 양도가액을 평가하여 신고하였어야 한다고 하면서 제시하는 쟁점토지의 토지대장을 보면, 2003.5.6 지목이 주유소용지로 변경된 것으로 나타난다.
• 라) 그런데, 쟁점토지에 대한 개별공시지가 공시내용을 보면, 다음과 같이 공시되었는데, ○○구청의 2003.6.30자 공시내용에 대하여 당심에서 ○○구청 직원 유○○에게 확인한 바, 쟁점토지는 2003.1.1 현재 이미 “주유소용지”로 개발되어 택지개발부담금 부과대상 토지에 해당하므로, ○○구청의 토지평가위원회 심의를 거쳐 1,250,000원으로 평가하여 공시하였다고 하며, 국세청 공시자료의 2003.5.6자 공시는 처분청이 2003.12월 쟁점토지의 등기부 부본 자료를 보완․정정하면서, 쟁점토지의 지목이 2003.5.6 “답”에서 “주유소용지”로 변경되었으므로 소득세법 제99조 제1항 제1호 및 동법시행령 제164조 제1항 제3호의 규정에 따라 개별공시지가 없는 것으로 보아 납세지 관할세무서장이 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가하여야 하나, ○○구청이 2003.6.30 공시한 공시지가 1,250,000원은 2002.6.29 공시한 공시지가 185,000원 보다 현저히 고평가되어 공시된 것으로 볼 때, 주유소용지로의 지가가 기 반영된 것으로 보아 감정기관의 평가 없이 ○○구청이 2003.6.30 공시한 1,250,000원을 쟁점토지 지목변경일의 공시지가로 하여 전산입력하였다고 한다. 쟁점토지의 연도별 공시지가 (단위: 원)

○○구청 공시내용 국세청 공시자료 비 고 기준연월일 공시지가 (㎡당) 공시일 연도 공시지가 (㎡당) 공시일 2001.1.1 179,000

2001. 6.30 2001 179,000

2001. 6.30 2002.1.1 185,000

2002. 6.29

2002. 185,000

2002. 6.29 청구인이 적용한 공시지가 2003.1.1 1,250,000

2003. 6.30

2003. 1,250,000

2003.

5. 6 처분청 공시일자 수정 2003.7.1 1,270,000 2003.10.31

2003. 1,270,000 2003.10.31 처분청이 적용한 공시지가

• 마) 청구인은 변경매수인들이 임○○ 명의로 쟁점토지 개발허가를 얻어 이들의 비용으로 LPG 충전소 시설을 2003.4.30 완비하고, 충전소 사업을 개시하였다고 주장하며, 변경매수인들의 경위서(이건 심리중에 제출), 임○○ 명의의 사업자등록증 사본 등을 제시하고 있어 이에 대하여 본다.

(1) 변경매수인들이 연명으로 작성한 2004.11.2자 경위서를 보면, 자신들은 쟁점토지 지상에 LPG 충전소 사업을 영위하기로 하고, 그 자금을 ○○정유로부터 지원 받아 2001.9.28 잔금을 지급하였으나, 쟁점토지 소재지가 그린벨트이므로 거주자에 한하여 충전소 허가가 가능하다고 하여 지역 거주자인 임○○의 명의로 허가를 취득하고, 2003.4.30 충전소 건물 및 시설설비를 완료하여 2003.5.3 사업을 개시하였으며, 2003.5.22 토지거래허가신청을 하였으나, 본인들 앞으로 건물의 명의 이전이 안되어 토지거래허가가 지연되었고 향후 언제라도 토지거래허가를 득하여 그 즉시 등기 이전을 하고자 매도용 인감증명서 재발급을 요청하자, 청구인이 양도소득세 문제를 거론하여 새로운 계약서를 작성하고 2,000,000원을 추가로 지급하였다라는 취지의 내용으로 작성되어 있다.

(2) 처분청이 제시하는 쟁점토지 지상의 건축허가 신청서를 보면, 건축주를 임○○으로 하고, 설계자를 (주)○○건축사사무소로 하여 연면적 438.17㎡의 충전소 용도의 건물을 신축하는 것으로 2002.9.24 건축허가신청서를 제출한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점토지 등기부등본을 보면, 1998.9.23자로 채무자를 청구인으로 하고, 근저당권자를 ○○화학주식회사로 하여 채권최고액 250,000,000원의 근저당권이 설정되었다가, 1998.10.14 동 근저당 계약을 ○○고무벨트주식회사가 인수하여 채무자가 ○○고무벨트주식회사로 변경되었으며, 2001.9.28자로 동 근저당권은 말소되었고, 같은날 당초매수인을 채무자로 하고, 근저당권자를 ○○정유주식회사로 하여 채권최고액 30억원의 공동담보 근저당권이 설정된 것으로 나타나며, 2003.8.23 채무자인 당초매수인 중 연○○의 근저당 계약을 은○○가 인수하여 채무자가 당초매수인들에서 변경매수인들로 변경된 것으로 나타난다.

(4) 쟁점토지 외 2필지 지상의 건물 등기부등본을 보면, 소유자를 임○○으로 하여 2003.6.21 소유권 보전등기 후 같은날 변경매수인을 채권자로 하여 매매․증여․전세권․저당권․임차권의 설정․기타일체의 처분행위를 금지하는 가처분 등기가 되었다가 2003.10.31 소유권이 변경매수인에게 이전된 것으로 나타나며, 변경매수인들이 2003.7월경 처분청에 임○○ 명의의 사업자등록 말소와 변경매수인들의 사업자등록을 요구하며 제출한 고충민원을 보면, 변경매수인들이 임○○에게 주유소 건물의 명의변경을 요구하자, 임○○이 이를 거절하고 신용카드 개설통장의 비밀번호를 변경하여 카드대금 인출이 불가능하는 등 실제 사업에 막대한 지장을 초래하고 있어 변경매수인들 명의로 사업자등록을 신청하였으나, 사업자등록이 이미 되어 있어 동일장소에 2이상 사업장등록이 불가능하다고 하여 고충청구를 하였으며, 이에 대해 처분청은 임○○은 명의사업자로 확인된다 하여 사업자등록을 직권말소하고, 변경매수인들에게 사업자등록증을 교부한 것으로 나타난다.

2. 판단

• 가) 먼저, 처분청이 토지거래 허가지역내의 토지를 토지거래 허가일 전에 양도한 것은 무효인 거래에 해당하므로, 쟁점토지의 양도일은 등기접수일이라고 주장하는데 대하여 판단컨대, 토지거래 허가지역내의 토지에 관하여 장차 토지거래허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 청산한 다음 토지거래허가를 받아 소유권 이전 등기를 한 경우에 비록 그 매매계약은 토지거래허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 효력이 발생하지 아니하지만, 나중에 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 양도소득 산정의 기준이 되는 토지의 양도시기는 그 대금청산일이라 할 것(대법97누12754, 1998.2.27 같은 뜻)이다.
• 나) 또한, 국토의계획및이용에관한법률상의 토지거래 허가를 받아야 하는 토지에 관하여 관할관청의 허가 없이 매매계약이 체결된 경우, 허가를 받는 것을 전제로 하는 계약인 때에는 그 매매계약은 유동적 무효상태에 있고, 이러한 유동적 무효상태에 있는 매매계약서상의 매수인의 지위에 관하여 매도인과 매수인 및 제3자 사이에 제3자가 매수인의 지위를 이전받기로 하는 합의를 하였다고 하더라도, 국토의계획및이용에관한법률상 토지거래계약허가제도의 입법취지에 비추어 동 합의는 매도인과 매수인 사이의 매매계약에 대한 관할관청의 허가가 있어야 비로서 효력이 발생한다고 보아야 하고, 동 허가없이 매도인과 매수인 및 제3자 사이의 합의만으로는 유동적 무효상태의 매매계약상의 매수인 지위가 매수인으로부터 제3자에게 이전한다고 할 수 없는 것(대법원96다7762, 1996.7.26 같은 뜻)이라 할 것이다.
• 다) 그러하다면, 이 건 당초계약서는 유동적으로 무효상태에 있던 것이 당초매수인들이 토지거래 허가를 신청한 사실이 없어 국토의계획및이용에관한법률에 따라 무효로 확정되었다고 할 것이고, 청구인과 변경매수인들간에 체결된 변경계약서가 작성되어 토지거래 허가가 날때까지 유동적인 무효상태에서 토지거래 허가가 남으로써 소급하여 유효한 계약이 되었다 할 것이므로, 이 건의 잔금청산일은 변경계약서에 의한 잔금을 수령한 2003.6.25이라 할 것인바, 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 등기접수일로 본 것은 잘못이라고 판단된다.
• 라) 다음, 처분청이 이 건의 잔금청산일을 청구주장과 같이 2003.6.25로 보더라도, 쟁점토지의 지목이 잔금청산일 보다 앞선 2003.5.7 당초 “답”에서 “주유소용지”로 변경되어 토지의 품위 또는 정황이 현저히 달라졌으므로, “주유소용지”로 기준시가를 평가하여 신고하였어야 한다고 주장하는데 대하여 판단컨대, 변경매수인의 경위서, 쟁점토지의 근저당권설정 등기내용 및 쟁점토지 지상의 건물 등기내용 등으로 볼 때, 쟁점토지를 주유소용지로 개발한 것은 청구인이 아닌 쟁점토지의 매수인이라는 청구인의 주장이 신빙성이 있는 것으로 보여지는 이 건에서, 처분청의 주장과 같이 쟁점토지의 양도당시의 기준시가를 주유소용지를 양도한 것으로 보아 개별공시지가를 적용하게 되면, 매수인에 의하여 창출된 토지개발이익을 양도인에게 귀속시키게 되는 불합리한 결과를 초래할 것(국심2001부3350, 2002.3.16 같은 뜻임)이고, 또한, 지목이 “답” 인 상태에서 체결된 당초계약서의 매매대금과 변경계약서의 매매대금에도 거의 차이가 없어, 청구인과 변경매수인간에는 당초계약 당시의 쟁점토지 지목인 “답”을 기준으로 계약을 체결하고 양도한 것으로 봄이 타당하다 할 것인바, 그렇다면, 쟁점토지의 양도일인 2003.6.25 당시에는 새로운 공시지가가 공시되기 전이므로, 청구인이 소득세법시행령 제164조 제3항 의 규정에 의거 양도당시 직전의 공시지가인 ㎡당 185,000원을 적용한 금액을 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
• 라) 따라서, 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 등기접수일 보고, 등기접수일 당시 공시된 공시지가를 적용하여 과세한 것은 잘못이라 할 것이므로 이 건 부과처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.