합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속 또는 신설되는 법인으로부터 교부받은 주식을 양도하는 경우로서 당해 주식의 양도차익을 실지거래 가액에 의하여 산정하는 경우 취득가액은 합병당시 주주가 보유하던 피합병 법인의 주식을 취득하는데 소요된 총금액을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산함

이 건에 대한 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

1.처분내용 청구인은 2000. 06. 22. ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 소재 주식회사 ○○더스(변경전: 주식회사 ○○리콤, 이하 “합병법인”이라 한다)에 합병된 주식회사 ○○코리아(이하 “피합병법인” 이라 한다)의 주주로, 합병대가로 받은 합병법인 주식140,000주(총발생주식의 6,99%이며, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2001. 12. 11. 청구외 김○○에게 양도하고 양도소득세를 무신고하였다. 처분청은 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점주식의 양도가액은 471,940,000원, 취득가액은 70,000,000원으로 양도차익을 산정하여 2004. 04. 01. 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 56,981,023원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003. 07. 15. 심사청구하였다.

합병으로 취득한 쟁점주식을 양도하여 양도차익을 산정함에 있어 쟁점주식의 취득가액을 액면가액으로 산정하여 계산한 것은 부당하며, 합병법인이 평가한 피합병법인의 실질가치를 쟁점주식의 취득가액으로 인정하여 과세하는 것이 타당하다.

합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병후 존속 또는 신설되는 법인으로부터 교부받은 주식을 양도하는 경우로서 당해 주식의 양도차익을 실지거래 가액에 의하여 산정하는 경우 당해 주식의 1주당 양도가액에서 차감하는 취득가액은 합병당시 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는데 소요된 총금액을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산하는 것으로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 합병으로 교부받은 주식을 양도하여, 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 경우 취득가액을 얼마로 볼 것인지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

1. 소득세법 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해 발생한 다음 각호의 소득 으로 한다. <중략>

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 나. 증권거래법에 의한 협회등록법인(이하 “협회등록법인”이라 한다)의 주식 등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 “협회중개시장” 이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 다. 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식 등 <이하 생략> 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. <중략>

② 제94조 제3호 및 제4호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액에 의한다. <이하 생략> 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. <생략>
• 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액 <이하 생략>

2. 소득세법시행령 제157조【대주주의 범위 등】<중 략>

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령이 정하는 대주주”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식 등” 이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서는 “주주 1인” 이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조 의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는자(이하 이 장에서 “기타 주주” 라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 및 기타 주주 <이하 생략> 제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서 및 나목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.(1994.12.31 개정)

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액 <이하생략>

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 청구인은 피합병법인의 설립일인 1998. 02. 01. 발행주식의 49%에 해당하는 4,900주(액면가액 5,000원)를 발기설립으로 취득하여 소유하다가 협회등록법인인 합병법인과의 합병계약을 체결하고 2000. 06. 22. 합병법인의 주식140,000주(액면가액 500원, 총발행주식의 6.99%) 교부받은 후, 2001. 12. 11. 쟁점주식전체를 청구외 김○○에게 471,940,000원에 양도한 사실이 확인된다.
• 나) 처분청은 청구인이 양도소득세를 무신고하자 실지조사를 실시하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하면서, 실지거래가액인 471,940,000원을 양도가액으로 하고, 70,000,000원을 취득가액으로 계산하여 이 건 양도소득세를 부과하였으며, 실지거래가액을 양도가액으로 보아 계산하는 것에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

2. 판단

• 가) 청구인이 합병당시 합병법인이 평가한 피합병법인의 실질가치를 쟁점주식의 취득가액으로 인정하여야 한다는 청수주장에 대하여 본다. 협회등록법인의 대주주가 주식을 양도하는 경우에는 실시거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 것이고, 실지거래가액이라 함은 거래당시 양도자가 당해 자산을 양도함에 있어서 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이며(대법원 1997.02.11선고, 96누830판결), 청구인이 쟁점주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도에 협회등록법인인 합병법인의 대주주이므로 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 것임을 알 수 있다.
• 나) 사실이 그러하다면, 양도가액뿐만 아니라 취득가액도 실지거래가액에 의하여 계산하여야 하는바, 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병법인으로 부터 교부받은 주식을 양도하는 경우로서 당해 주식의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우 당해 주식의 1주당 양도가액에서 차감하는 1주당 취득가액은 합병당시 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는데 소요된 총 금액을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산하는 것이고, 다만 합병법인의 1주당 취득가액이 피합병법인의 1주당 취득가액에 미달하는 때에는 피합병법인이 발행한 주식의 1주당 취득가액을 1주당 양도가액에서 차감하여 1주당 양도차익을 산정하는 것(재일46014-1524, 1999. 08. 12)이라 할 것이다. 따라서 합병당시 피합병법인의 실질가치를 쟁점주식의 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.
• 라. 결론 이건 심사청구는 청구주장이 이유가 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.