1년 미만 보유 토지의 양도시 실지거래가액이 확인되면 실가로 양도차익 산정함

[이유]

청구인은 2001년 5월 21일 청구외 ○○공사로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 토지 589.3㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 장기할부 조건으로 388,350,000원에 용지 매입계약을 체결하고 토지대금을 분납하던 중, 2002년 9월 5일 토지대금 잔금을 납부 하고 소유권을 취득한 뒤 2002년 12월 24일 청구외 홍○○에게 양도하고, 2003년 2월 3일 양도소득세 과세표준 예정신고시 실지거래가인 양도가액 460,000,000원, 취득가액 등 필요경비 444,217,860원으로 계산하여 양도소득세 4,303,410원을 신고하였다.

○○지방국세청장은 쟁점토지에 대한 실지거래가액 조사를 실시하여, 쟁점토지의 양도가액은 865,000,000원임을 확인하고 보유기간은 1년미만인 것으로 보아 청구인의 2002년 귀속 양도소득 과세표준을 경정하여 2004년 3월 처분청에 통보하고, 이에 따라 처분청은 청구인에게 2004년 4월 1일 양도소득세 179,056,000원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004년 7월 2일 심사청구 하였다.

쟁점토지는 ○○공사의 일반적인 조성토지의 매각조건인 환매조건 및 리턴계약이 없는 일반 매각방식으로 계약된 토지로서, 매매계약서 상 1999년 6월 30일 이후 사용가능시기로 명시되어 있고, 할부금 불입시마다 취득세를 납부하였으며, 계약일 이후 제3자 명의변경이 가능한 것으로 볼 때 쟁점토지의 취득시기는 1차 중도금을 납부한 2001년 11월 21일로 보아야 한다. 처분청이 소득세법 제162조 제1항 제3호 의 규정을 적용하면서 쟁점토지의 취득시기를 소유권이전 등기일만으로 해석하여 투기목적 없이 미분양된 토지를 선의로 취득하여 1년 이상 보유하다가 양도하였음에도, 청구인이 이 건 심사청구에 앞서 처분청에 한 과세전적부심사청구에서도 기준시가에 의하여 과세해 달라는 청구에 대하여 불채택 결정을 하고, 쟁점토지의 양도를 단기거래로 보아 실지거래로 과세한 것은 부당하다.

1999년 12월 31일 개정된 소득세법시행령 제162조 제1항 제3호 에서 장기할부조건의 경우 첫 회 부불금의 지급일을 양도 또는 취득시기로 보도록 하는 규정은 2000년 1월 1일 이후 취득 또는 양도 분부터 소유권이전 등기접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날을 취득시기로 보게 되어 있는 바, 쟁점토지의 경우 2001년 5월 21일 청구외 ○○공사와 용지매입계약을 하였고, 소유권이전 등기접수일은 2002년 9월 5일이기 때문에 취득시기를 2002년 9월 5일로 본 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도가액을 기준시가로 산정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 1) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.(2002.12.18 개정)

1. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우(1999.12.28 개정)

2. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 2) 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.(1998.12.31 개정)

1. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날(1999.12.31 개정) 3) 소득세법시행령 부칙 (대통령령 제16664호) 제7조【양도소득에 관한 적용례】

① 제162조 제1항 제3호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이 도래하는 분부터 적용한다. 다만, 이 영 시행 당시 종전의 규정에 의하여 양도 또는 취득의 시기가 도래한 것에 대하여는 종전의 규정을 적용한다. 4) 소득세법 제114조 【양도소득 과세표준과 세액의 결정. 경정 및 통지】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.(2001.12.31 단서신설)

• 다. 사실관계

1. 청구인이 쟁점토지를 청구인 ○○공사로부터 매입하기 위하여 2001년 5월 21일 계약한 사실이 청구외 ○○공사의 토지매각원부에 의해 확인되며, 매매대금 지급약정일과 실시 매매대금 지급사항은 아래와 같다. ┌──────┬───────────────┬───────────────┐ │ │ 계약서상 대금 지급약정 내역 │ 실지 매매대금 지급 내역 │ │ 구 분 ├──────┬────────┼──────┬────────┤ │ │ 약 정 일 │ 금 액 │ 지 급 일 │ 금 액 │ ├──────┼──────┼────────┼──────┼────────┤ │ 계 │ │ 388,350,000 │ │ 388,350,000 │ ├──────┼──────┼────────┼──────┼────────┤ │ 계 약 금 │2001. 5. 21.│ 38,835,000 │2001. 5. 21.│ 38,835,000 │ ├──────┼──────┼────────┼──────┼────────┤ │ 1차 중도금 │2001.11. 21.│ 58,515,000 │2001. 11. 5.│ 58,515,000 │ ├──────┼──────┼────────┼──────┼────────┤ │ 2차 중도금 │2002. 5. 21.│ 58,200,000 │2002. 4. 23.│ 58,200,000 │ ├──────┼──────┼────────┼──────┼────────┤ │ 3차 중도금 │2002.11. 21.│ 58,200,000 │2001. 5. 10.│ 58,200,000 │ ├──────┼──────┼────────┼──────┼────────┤ │ 4차 중도금 │2003. 5. 21.│ 58,200,000 │2001. 9. 5.│ 58,200,000 │ ├──────┼──────┼────────┼──────┼────────┤ │ 5차 중도금 │2003.11. 21.│ 58,200,000 │2001. 9. 5.│ 58,200,000 │ ├──────┼──────┼────────┼──────┼────────┤ │ 잔 금 │2004. 5. 21.│ 58,200,000 │2001. 9. 5 │ 58,200,000 │ └──────┴──────┴────────┴──────┴────────┘

2. 쟁점토지를 2002년 9월 5일 청구외 ○○공사로부터 소유권 이전 받은 사실과 2002년 12월 24일 청구외 홍○○에게 865,000,000원에 양도한 사실이 청구외 ○○공사의 토지매각원부 및 등기부등본과 부동산매매계약서에 의하여 확인되며, 이에 대하여 청구인과 처분청간에 다툼은 없다.

3. 청구외 ○○공사와 체결한 용지매매계약서에, 쟁점토지의 사용가능시기는 1999년 6월 30일이며, 제3조(지정용도 사용의무) 제2항에는 청구인이 쟁점토지를 사용하고자 할 경우에는 매매대금을 완납하고 청구외 ○○공사의 사용승낙을 받아야 하며, 만약 담보를 제공한 경우에는 매매대금완납전이라도 사용을 승낙할 수 있도록 되어 있음이 나타나고 있다. 이 건 심리기간 중 청구인 및 청구외 ○○공사에게 확인한 바에 의하면, 청구인은 쟁점토지에 대하여 사용승낙을 요청한 사실이 없으며, 청구외 ○○공사도 이를 승낙한 사실이 없는 것으로 확인된다.

4. 청구인은 쟁점토지의 양도소득에 대한 과세표준을 신고함에 있어서, 실거래가 방식으로 신고하되 양도가액을 460,000,000원, 취득가액 등 필요경비 444,217,860원, 양도차익은 15,782,140원으로 하여 2003년 2월 3일 신고하였음이 국세통합전산망 조회에서 확인된다.

• 라. 판단 소득세법 시행령 제162조 제1항 제3호 (1999년 12월 31일 개정)의 규정에 의하면, 장기할부조건으로 토지를 취득하는 경우 당해 토지의 취득시기를 소유권이전등기 접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 하도록 규정하고 있는 바, 쟁점토지는 2001년 5월 21일 매매계약을 체결하고 중도금을 불입하던 중 사용수익을 요청하거나 승인을 받은 적 없이 2002년 9월 5일 청구외 ○○공사에 잔금을 청산하고 소유권이전 등기를 하였으므로 쟁점토지의 취득시기는 2002년 9월 5일로 보아야 할 것이며, 2002년 12월 24일 청구외 홍○○에게 양도하여 보유기간이 1년 미만인 거래이므로, 소득세법 제96조 제1항 제4호 의 규정에 의한 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액에 의해 산정하여야 할 것이다. 또한 소득세법 제114조 제4항 단서조항에서 양도소득 과세표준 예정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정하도록 규정하고 있어, 쟁점토지의 보유기간을 1년 미만으로 보고 양도가액은 실지 조사시 확인된 양도가액 865,000,000원으로 하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관계법령] 소득세법 제96조 / 소득세법시행령 제162조 / 소득세법 제114조 /