임야상태로 양도한 것으로 보아 8년 이상 자경농지 감면을 배제한 처분

○○세무서장이 2004.04.01 청구인에게 고지한 2003년 과세연도분 양도소득세 19,294,310원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 토지 1,254㎡(1996.5.13 같은곳 ○○번지에서 분할되어 같은 곳 ○○번지로 등록전환되었다가, 2002.6.17 현재 지번으로 등록회복된 것으로서, 이 중 실제 대지인 24㎡를 제외한 나머지 1,230㎡를 이하 “쟁점토지”라 한다.)를 1977.05.14 취득하여 2003.11.04 청구외 ○○주택공사에 양도하고 2003.12.22 양도소득세 예정신고를 하면서 실제 대지인 24㎡는 과세대상으로 하여 양도소득세 550,897원을 신고 ․ 납부세액으로, 나머지인 쟁점토지는 조세특례제한법 제69조 규정의 8년 이상 자경농지에 해당하는 것으로 보아 감면신고하였다. 처분청은 2004.3월경 현지확인조사를 하여 양도소득세 감면을 배제하고 2004.04.01. 2003년 과세연도 양도소득세 19,294,310원을 경정 ․ 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.06.24 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점토지 인근에서 26년간 거주하면서 관내○○은행 조합원으로 성실히 농사를 경작하였음에도, 처분청에서 쟁점토지를 당초 취득시부터 농지로 사용한 것이 아니고 축산업을 폐업한 이후부터 고추, 마늘 등을 경작하였던 것으로 판단하여 8년 이상 자경농지에 해당되지 아니한다고 본 이 건 과세처분은 부당하다.

청구인은 쟁점토지와 인접한 같은 곳 ○○번지 일대에서 1982년부터 1998년까지 “○○목장”이라는 상호로 축산업을 영위한 사실이 있고, 쟁점토지와는 별도로 2003.06.28 1차로 ○○주택공사에 양도한 같은 곳 ○○번지 소재 전 490㎡ 등 5필지의 3,265㎡ 중 지목이 전으로 되어 있는 것은 같은 곳 ○○번지 및 ○○번지의 합계 1,051㎡뿐이고, 쟁점토지를 포함한 3,468㎡는 임야로 되어 있는 바, 이들 임야는 주위 정황으로 볼 때, 당초 취득시부터 농지로 사용되었던 것이 아니고 청구인이 축산업을 영위하는 기간 동안에는 젖소를 운동시키기 위한 장소로 사용한 것으로 보일 뿐, 양도 당시까지 실제 농지가 아닌 임야상태로 보유하다가 양도한 것으로 보아 쟁점토지를 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 배제하여 과세한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 감면신청한 쟁점토지를 조세특례제한법 제69조 규정의 8년 이상 자경농지로 보지 않고 감면배제한 처분이 정당한지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[ 농지법 제32조 의 규정에 의한 농업진흥지역 내의 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상] 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세 ․ 감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 ․ 상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 이하생략 조세특례제한법시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년(농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시․ 군 ․ 구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시 ․ 군 ․ 구 안의 지역

② 생략

③ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

④ 제3항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 단서 생략.

⑤ ～⑨ 생략

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인과 처분청이 제시하는 관련서류에 의하면, 청구인은 1977.5월경 쟁점토지를 포함하여 취득한 아래【표1】의 내용과 같이 2003.06.28. 1차로 ○○주택공사에 양도한 토지 중 대지 또는 목장지로 보상금을 수령한 같은 곳 ○○번지의 121㎡, ○○번지의 103㎡, ○○번지의 286㎡ 및 ○○번지의 55㎡는 양도소득세를 신고 납부하였고, 나머지 토지 2,700㎡에 대하여는 8년 이상 자경농지로 양도소득세를 감면신청하였으나, 처분청은 이에 대하여 현지확인조사를 실시하여 감면신청한 토지가 양도 당시 축산업을 위한 부수토지에 해당된다고 보아 양도소득세를 감면 배제한데 대하여, 청구인이 2004.01.20. 제기한 이의신청에서 같은 곳 ○○번지의 204㎡와 ○○번지의 506㎡는 8년 이상 자경농지에 해당한다고 보아 감액경정(2,700㎡ 중 추가감면한 면적 710㎡를 차감한 1,990㎡를 이하 “쟁점외토지”라 한다)한 것으로 나타난다. 【표1】 <1차양도토지와 2차양도토지의 내역> 구분 지번 면적(㎡) 공부상 지목 보상금 내역서상 지목 신고현황 등 1차 양도, 쟁점외 토지 (1,990㎡)

○○번지 422 임야 임야 농지로 감면신고 ⇒ 감면배제 121 임야 대지 대지로 자지신고 ․ 납부

○○번지 103 임야 대지 대지로 자지신고 ․ 납부 308 임야 임야 농지로 감면신고 ⇒ 감면배제

○○번지 1,260 임야 임야 농지로 감면신고 ⇒ 감면배제

○○번지 286 전 목장지 목장지로 자진신고 ․ 납부 204 전 전 농지로 감면신고 ⇒ 감면배제 ⇒ 이의신청 인용

○○번지 55 전 대지 대지로 자진신고 ․ 납부 506 전 전 농지로 감면신고 ⇒ 감면배제 ⇒ 이의신청 인용 소계 3,265 2차 양도, 쟁점토지 (1,230㎡)

○○번지 24 임야 대지 대지로 자진신고 ․ 납부 1,230 임야 임야 농지로 감면신고 ⇒ 감면배제 합계 4,519

2. 한편, 청구인이 쟁점외토지와 연접한 같은 곳 ○○번지 소재 1,230㎡를 2003.11.04. ○○주택공사에 2차로 양도하고, 그 중 대지로 보상받은 24㎡를 제외한 쟁점토지는 역시 8년 자경농지에 해당한다고 보아 2003.12.23. 양도소득세 감면을 신청한데 대하여, 처분청은 상기와 같은 이유로 감면을 배제하고 2004.04.01. 이 사건의 부과처분을 한 것으로 처분청의 현지확인복명서 및 양도소득세 결정결의서에 의거 확인된다.

3. 청구인이 1차로 양도한 토지에 대한 감면신청과 관련하여 처분청에서 2003.11.28. 작성한 현지확인복명서를 보면 “청구인이 1977년 토지를 취득이해 낙농 축산업을 영위하고 사업자등록도 1982년부터 1988년까지 축산업으로 영위한 사실이 확인되며 현재에도 축산업을 위한 시설이 그대로 보존되어 있기에 주변의 상기 토지는 축산업을 위한 부수토지로 보아야 하고, 실농보상이 지급된 것은 실지 농사를 지은 것이 아닌 축산업을 영위하고 있는 곳에 사료용 채소를 재배하고 있는 경우에도 보상이 지급된 것이므로 실지 농민이 농사를 위하여 자경한 농지와는 관련이 없다”라는 내용으로 처분청에서는 축산업을 위한 부수토지로 보아 감면을 배제하였음을 알 수 있다.

4. 청구인은 쟁점토지가 8년 이상 자경한 농지에 해당된다고 주장하므로, 이에 대하여 본다.

• 가) 청구인과 처분청간에 8년 이상 자경농지에 대한 감면요건의 하나인 농지소재지 거주요건에 대하여는 청구인이 1차로 양도한 토지중 ○○번지에서 1983.07.24.부터 2003.12.25.까지 거주하였음이 주민등록표상에 나타나며, 이 점은 다툼이 없다.
• 나) 청구인은 위 ○○번지에 1982.08.03.부터 1998.08.15.까지 “○○목장”이라는 상호로 축산업을 영위하였음이 국세통합시스템에 의거 확인된다.
• 다) 청구인이 1차로 양도한 토지에 대하여 과세한데 대한 처분청의 이의신청 결정문을 보면, 당초 처분청의 판단과는 달리 양도일 현재 농지에 해당된다고 보았으나, 1997.07.27. 및 1998.11.03. 촬영한 항공사진상 밭이랑이나 농작물을 경작한 흔적을 발견할 수 없으므로 청구인이 축산업을 영위한 1982.08.03.부터 1998.08.15.까지는 청구인의 축산업을 위하여 사용되었다고 판단하였고, 단지, 축산업이 폐업된 시점부터 양도시까지의 기간(약 4년 10개월간)은 고추, 마늘 등을 경작한 것으로 판단하고 같은 곳 ○○번지의 204㎡와 ○○번지의 506㎡은 공부상 지목이 전이므로 토지 취득시점인 1977.05월부터 축산업 개업시점인 1982.07월까지(약 5년 2개월) 자경한 농지로 보아 두 필지 710㎡만을 양도 당시 8년 이상(4년 10개월 + 5년 2개월) 자경농지에 해당된다고 판단하여 감액경정하였음을 알 수 있다.
• 라) 청구인은 쟁점토지가 8년 이상 자경한 농지라며 이에 대한 증빙으로 경작사실확인원, 농지원부, 조합원 증명서, 비료농약판매현황, 보상금 지급내역, 사실확인서를 제시하여 살펴보면,

(1) 청구외 최○○(농지관리위원)와 강○○(영농회장)이 2003년 8월 확인한 경작사실확인원은 청구인이 1창 및 2차로 양도한 토지에서 1977년부터 2003년까지 콩, 깨, 채소류, 고추를 재배하였다는 내용이고,

(2) 2003.08.08.자로 ○○시 ○○구청장이 발급한 농지원부는 1991.04.01. 최초 작성된 것으로, 쟁점토지는 실제 전으로서 청구인이 자경한 것으로 표기되어 있으며,

(3) ○○농업협동조합에서 2004.03.19. 발급한 조합원증명서 및 비료농약판매현황을 보면 청구인이 1977.06.15. 조합원으로 가입하여 1994년부터 2003년까지 비료, 농약을 ○○농업협동조합으로부터 구입하였다는 내용이고,

(4) 보상금 내역서는 ○○주택공사에서 1차 및 2차로 토지를 수용하면서 지급한 보상금 내역으로 공부상 지목과 실 지목이 상기 【표1】과 같이 구분되어 있고 보상금은 실 지목에 근거하여 산출되었음이 표기되어 있으며,

(5) 2004.08.11. ○○주택공사 인천지역본부에서 발급한 사실확인서는 청구인이 양도한 토지 4,519㎡ 중 4,118㎡에 대하여 아래 【표2】와 같이 실농보상금을 청구인에게 지급하였다는 내용임을 알 수 있다. 【표2】 재배작물 재배면적(㎡) 보상금액(원) 옥수수 2,158 4,156,300 고추 1,160 4,903,300 마늘 200 446,400 참깨 200 425,400 고구마 200 369,000 콩 200 220,800 합 계 4,118 10,521,200

• 마) 당심에서 2004.12.09. 쟁점토지의 양도일 현재 사용용도 등을 확인하기 위해 쟁점토지 및 쟁점외토지 소재지 및 대한주택공사 ○○지역본부, ○○시청 지적과를 현지출장하여 확인한 바,

(1) 이 사건 1차 및 2차로 양도한 토지는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○초등학교 정문앞의 대로 건너편에 위차한 토지로서 ○○주택공사에서 ○○택지개발지구로 지정되어 수용되었으나 아직 개발되지 아니한 상태였으며, 위 토지들 내에는 "ㄴ" 형태의 건물이 철거되지 아니한 채 부서진 상태로 남아있고, “ㄴ” 형태의 건물 부속토지는 콘크리트로 바닥이 포장된 상태였고, 건물과 건물 부속토지는 평평하나 나머지 토지는 건물을 기준하여 건물 왼쪽과 위쪽으로 낮은 산과 연결되어 경사가 있는 토지로 확인일 현재 수확되지 아니한 배추가 일부 남아있고 옥수수대 및 밭이랑이 있는 것으로 보아 1차 및 2차 양도토지에서 농작물이 경작되었던 것으로 보이고,

(2) 양도 당시의 쟁점토지의 사용 용도를 확인하기 위하여 대한주택공사 ○○지역본부 택지보상부 담당자 최○○ 대리로부터 쟁점토지의 보상과 관련된 서류를 열람하고 확인한 바, 1차 및 2차로 양도된 토지에 대하여 지급된 실농보상금은 공공용지의취득및손실보상에관한특별법 시행규칙 제29조 【실농보상】제1항 “공공사업시행지구에 편입되는 농경지에 대하여는 당해 지역이 공공사업시행지구 또는 그 예정지역으로 공고 또는 고시된 때에 실제로 재배하고 있는 작물을 기준으로 다음 각호의 산식에 의하여 산정한 금액을 영농손실액으로 지급한다”는 조항을 근거로 하여 청구인이 양도한 토지(4,519㎡) 중 4,118㎡에서 재배되고 있던 작물에 대하여 【표2】와 같이 실농보상금을 지급하였는데, 지급된 실농보상금은 공공용지의취득및손실보상에관한특별법 시행규칙 제29조 제4항 “제1항 내지 제3항의 규정에 의한 보상을 함에 있어서는 당해 토지의 지목에 불구하고 실제로 농작물을 경작하는 경우에는 이를 농경지로 본다”라는 규정에 따라 상기 보상법에 따른 토지 보상시 사용되는 보상법상의 실 지목과는 별개로 ○○주택공사 담당직원이 현지출장하여 수용할 토지상의 작물재배 현황을 파악한 후 실지 농작물이 재배되고 있는 경우에 지급한 것이므로, 청구인이 대한주택공사에 양도한 토지 중 4,118㎡에 대하여 실농보상금이 지급되었다면 양도일 현재 4,118㎡는 실지 농작물을 재배한 토지라고 설명하였다.

(3) ○○시청 지적과 항공사진 담당자인 장○○으로부터 쟁점토지에 대한 항공사진을 열람하고 이에 대한 판독을 의뢰한 바, 1991.06.14. 촬영한 항공사진상 청구인이 양도한 토지에는 “ㄴ” 형태의 건물이 있고 건물 부속의 토지는 아무것도 자라지 않는 토지로 보이나, 건물 왼쪽, 위쪽, 오른쪽의 토지는 밭이랑이 있고 작물이 재배되고 있는 것으로 보이며, 1994.05.28. 촬영한 항공사진상에는 건물이 일부 개축된 것으로 보이고 건물 부속의 토지에는 동물로 보이는 점 18개 정도가 있으나 이 점은 건물 부속에만 몰려 있고 건물 왼쪽, 위쪽, 오른쪽 토지에는 없으며 건물 및 건물 부속의 토지를 제외하고는 작물이 재배되는 토지로 보인다는 의견이며, 1997.07.27. 및 2002.11.15. 촬영한 항공사진상에는 건물이 보이고 건물 및 건물 부속의 토지를 제외한 나머지 토지는 밭이랑이 있고 작물을 재배하는 것으로 보인다는 의견으로 1차로 양도한 토지에 대하여 과세한 부과처분에 대한 당초 이의신청시 처분청의 심리담당자가 확인한 내용(1997.07.27. 촬영한 항공사진상 농작물을 경작한 흔적이 없고, 밭이랑 등을 발견할 수 없음)과는 상반된 내용으로 판독하였다.

5. 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여보면, 처분청에서는 당초 청구인이 양도한 토지가 양도 당시 농지가 아니고 실농보상도 축산업을 위한 사료용 채소를 재배한 것에 대한 보상이라고 하여 감면을 배제하였으나, 청구인은 축산업을 1998년에 폐업하였고 축산업을 위한 건물 및 부속토지에 대하여는 양도소득세를 자진 신고 ․ 납부한 점, ○○주택공사에서 1차 및 2차로 양수한 토지 중 청구인이 당초부터 감면신청한 면적(3,930㎡)보다 더 많은 면적(4,118㎡)에 대하여 작물이 재배되고 있는 것으로 하여 실농보상금이 지급되었고, 실농보상금이 지급된 작물 중 고추 등은 축산업을 위한 사료로 보기는 어려운 점, 당심에서 현지확인시 이들 토지는 농지상태였고, 1차로 양도한 토지에 대한 이의신청결정시에도 처분청이 양도 당시 농지인 것으로 판단한 점 등으로 보아 쟁점토지 등은 양도 당시 농지상태로 판단되고, 또한, 쟁점토지는 농지원부상 1991년부터 자경한 농지로 기재되어 있고, 청구인이 ○○은행의 조합원으로 1977년에 가입하여 ○○은행으로부터 1994년부터 2003년까지 비료 및 농약을 구입한 사실이 있는 점, 1차로 양도한 토지에 대한 이의신청결정에서 청구인이 축산업을 영위한 기간에는 농지로 사용되지 아니하였다고 근거로 삼은 1997.07.27. 촬영한 항공사진에 대한 재판독 결과가 당초와 다르게 판독되고, 추가로 확인한 1991.06.14.과 1994.05.28. 2002.11.15. 촬영한 항공사진상에는 쟁점토지들이 농지로 이용된 것으로 판독된 점 등으로 보아 쟁점토지와 쟁점외토지는 최소한 1994년 이후부터 양도시까지 농지로 사용되었다고 판단된다.)심사양도2004-0089, 2005.01.12 같은 뜻임) 따라서, 쟁점토지는 조제특례제한법상의 8년 이상 자경농지의 감면요건을 충족하고 있음에도 이를 감면배제하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 사실관계 조사를 소홀히 한 잘못이 있다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.