비상장법인의 출자지분의 양도차익을 기준시가로 계산하여 과세한 처분의 당부

[주문]

○○세무서장이 2004. 3. 2. 청구인에게 고지한 2000년 과세연도 양도소득세 67,649,530원의 부과처분은, 최대주주 소유주식에 대한 할증률 30%를 적용하지 아니한 가액을 그 양도가액으로 하여 과세표준과 세액을 경정합니다. [이유]

청구인은 운송주선업을 영위하는 비상장법인인 청구외 유한회사 ☆☆물류(이하 "청구외법인"이라 한다)의 출자지분 5,000주(이하 "쟁점지분"이라 한다)를 2000.5.23 청구외 최영○에게 양도한 후 양도소득세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 쟁점지분의 양도에 따른 양도차익을 기준시가로 계산하여 2004.3.2 청구인에게 2000년 과세연도 양도소득세 67,649,530원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.5.21 이 건 심사청구하였다.

쟁점지분의 양도에 따른 양도소득세 신고는 양도차익이 발생하지 아니하여 신고를 하지 아니한 것은 사실이나, 1999.1.29 설립된 청구외법인은 설립초기에는 주거래처와의 친분관계 등으로 비교적 소득률이 좋은 물류 주선수입이 많아 1999년에는 순이익이 발생하였는데, 2000년도 초부터는 대표자와의 친분관계의 변동, 주거래처의 물량감소, 경쟁거래처의 증가 등으로 물류 수입이 급속히 감소하는 등 청구외법인은 주거래처의 물량변화와 친분관계의 변동에 따라 일시에 매출액이 급감하는 특수성을 갖고 있는 법인으로, 이러한 사정으로 청구인은 다른 사업을 위해 대표이사직을 사임하고 당시 공동주주인 구○○과 상의하에 청구인 소유의 쟁점지분을 청구외 최영○에게 양도하기로 하고, 그 대가는 2000.3월말까지의 청구외법인의 재무제표를 가결산한 결과, 결손이 발생하므로 쟁점지분의 액면가액 50,000,000원에 설립시부터 2000.3월 가결산까지의 이익금에 대한 배당금 형식으로 16,404,000원을 지급 받은 조건으로 양도하였으며, 동 양도대금 66,404,000원(50,000,000원 + 16,404,000원) 중 청구외 법인에 대한 가불금 4,579,000원을 제외한 61,825,000원은 청구인의 ○○은행 자유저축계좌에 입금된 사실이 확인되는데도, 쟁점지분의 양도가액을 액면가액의 9.5배인 95,030원으로 평가하여 과세한 것은 위법하므로 취소되어야 한다.

청구인은 비상장법인인 청구외법인의 출자지분 50%를 소유한 자로서, 2000.5.23 쟁점지분을 양도하고 이에 따른 양도소득세를 무신고하였고, 이후에 취득가액과 양도가액이 동일한 금액으로 주식양도계약서 및 확인서를 제출하여 그 사실여부를 객관적으로 확인하기 어려우며, 청구외법인의 결산서를 바탕으로 평가한 기준시가와도 큰 차이가 있으므로, 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 과세한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점지분의 양도차익을 기준시가로 계산하여 결정한 것이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 이 건 부과처분의 납세의무성립일 현재 시행된 관련법령은 다음과 같다. 1) 소득세법 제94조 [양도소득의 범위] 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득 같은법 제96조 [양도가액]

② 제94조 제3호 내지 제5호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액에 의한다. 같은법 제97조 [양도소득의 필요경비계산]

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 나. 제94조 제3호 내지 제5호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 같은법 제99조 [기준시가의 산정]

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

2. 제94조 제2호 내지 제5호의 자산 양도자산의 종류. 규모. 거래상황과 상속재산의 평가가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액 같은법 시행령 제165조 [토지. 건물외의 자산의 기준시가 산정]

① 법 제99조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액"이라 함은 취득일 또는 양도일까지 불입한 금액과 취득일 또는 양도일 현재의 프레미엄에 상당하는 금액을 합한 금액을 말한다.(2000.12.29 개정)

2. 법 제94조 제4호의 규정에 의한 주식 등 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 (동목에서 준용하고 있는 가목의 규정 중 "평가기준일 이전. 이후 각 2월" 은 각각 "양도일. 취득일 이전 1월"로 한다) 및 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기나 평가액은 재정경제부령이 정하는 바에 의한다. 다만, 장부분실 등의 사유로 취득당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 적용한다. 같은법시행규칙 제81조 [토지. 건물외의 자산의 기준시가 산정]

② 영 제165조 제1항 제2호의 규정에 의한 평가기준시기나 평가액은 다음 각호에 정하는 바에 의한다.(1997.04.23 개정)

1. 영 제22조 제2호에 규정하는 협회등록법인의 주식등의 경우: 상속세및증여세법시행령 제53조 제2항 의 규정을 준용하되, 동항 단서의 규정중 "6월(증여세가 부과되는 주식 또는 출자지분의 경우에는 3월로 한다)"은 "1월"로 한다.(2000.04.03 개정)

2. 제1호외의 주식등의 경우: 다음 각목에 정하는 바에 의한다.(1997.04.23 개정)

• 가. 1주당 가액의 평가(2000.04.03 개정) 1주당 가액 = 1주당 순 손익액 / 상속세 및 증여세법시행규칙 제17조 제1항 의 규정에 의한 율
• 나. 가목의 규정에 의하여 평가한 비상장주식의 가액이 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 미달하는 경우에는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.(2000.04.03 개정) 1주당 가액 = 당해 법인의 순자산가액 / 발생주식총수
• 다. 가목의 산식에서 규정하는 1주당 순손익액은 양도일 또는 취득일(이하 이 항에서 "양도일 등"이라 한다)이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 순손익액에 의하여 평가한 가액에 의하고, 나목의 산식에서 규정하는 순자산가액은 양도일 등이 속하는 사업연도의 직전사업연도종료일 현재 당해 법인의 장부가액(토지의 경우에는 기준시가)에 의한다.(2000.04.03 신설) 2) 상속세및증여세법 제63조 [유가증권 등의 평가]

① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

• 다. 나목외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다. 상속세및증여세법시행규칙 제17조 [비상장주식의 평가 등]

① 영 제54조 제1항 산식에서 "재정경제부령이 정하는 율" 이라 함은 금융기관이 보증한 3년 만기 회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 고시하는 이자율을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인은 쟁점지분을 액면금액 50,000,000원에 이익금에 대한 배당금형식으로 16,404,000원을 수령하고 양도하였다고 주장하면서 보유주식양도. 양수합의서, 영수증, 거래사실확인원, 증권거래신고서사본, 거래내역조회서 등을 제시하고 있어 살펴본다.

• 가) 먼저, 청구인이 쟁점지분을 액면가액에 양도한 이유에 대하여 보면, 청구인은 2000년 초부터 청구인과 주요거래처의 친분관계 변동, 물량감소, 경쟁거래처의 증가 등으로 물류 수입이 급격히 감소하는 등의 사정으로 청구인은 다른 사업을 위해 대표이사직을 사임하고 청구외 최영○에게 쟁점지분을 양도하였다고 하면서, 쟁점지분 양도대가는 2000.3월말 기준으로 가결산한 결과 결손이므로 그 대가를 주식액면가액 50,000,000원에 설립시부터 2000.3월말 가결산까지의 이익금에 대한 배당금 16,404,000,000원을 가산한 66,404,000원에 양도하였다고 주장하나, 국세청 전산조회 자료에 의하면, 청구외법인은 설립후 3년간 부가가치세 제1기 예정분 매출액을 1999년 220백만원, 2000년 518백만원, 2001년 248백만원으로 신고하였으며, 연간매출액은 1999년 4,213백만원, 2000년 4,710백만원, 2001년 4,382백만원으로 나타나며, 청구외법인의 매출액의 대부분을 차지(1999년 총매출액의 75.3%, 2000년 총매출액의 85.6%)하는 청구외 (주)◎◎케이에스는 시멘트 도매업종을 영위하는 것으로 볼 때, 2000년 초의 매출액의 감소는 청구인의 주장과 같이 이유로 감소되었다기 보다는 계절적인 요인에 의한 감소로 보인다.
• 나) 청구인이 제시하는 2000.5.23자 청구인과 최영○간에 체결된 보유주식양도. 양수합의서를 보면, 청구외법인의 퐁 주식수 10,000주 중 청구인 소유분 5,000주를 50,000,000원에 최영◎에게 양도. 양수하기로 하는 취지의 내용으로 작성되어 있고, 배당금 형식으로 수령하는 그액에 대한 기재사항은 없으며, 청구인은 인감도장을, 최영◎은 일반도장을 날인한 것으로 되어 있고, 같은날 작성된 영수증은 쟁점지분의 액면가액에 해당하는 금액 50,000,000원과 배당금 명목으로 수령한 금액 16,404,000원으로 구분하여 2매로 작성되었는데, 청구인의 도장날인은 같은날 작성된 앞서 본 보유주식양도. 양수합의서의 경우와는 다르게 인감도장이 아닌 일반도장이 날인된 것으로 나타난다.
• 다) 청구인은 쟁점지분을 양도하고 수령한 66,404,000원 중 청구외법인에 대한 가불금을 제외한 61,825,000을 2000.5.24자로 청구인의 ○○은행 자유저축 예금계좌에 입금하였다고 하면서 제시하는 거래내역조회서에 의하면, 61,545,000원은 자기앞수표로, 280,000원은 현금으로 입금된 것으로 나타나는데, 쟁점지분 양도시점에 청구인이 청구외법인에게 4,579,000원의 가불금이 있었는지 확인되지 아니하며, 동 계좌에 입금된 금액의 자금원이 쟁점지분 양도대금으로 받은 것인지도 확인되지 아니한다.
• 라) 청구외법인의 2000.1.1 ~ 12.31 사업연도 이익잉여금처분계산서에 의하면, 동 사업연도 중 이익잉여금 중 배당으로 처분된 금액은 없는 것으로 나타나며, 청구인도 2000년 과세연도 종합소득세 신고시 위 배당금 명목으로 수령한 금액을 배당소득으로 신고한 사실은 없는 것으로 청구인의 2000년 과세연도 종합소득세 신고서에 나타나는 바, 그렇다면 설령 청구인의 주장과 같이 쟁점지분이 양도되었다면 그 대가는 66,404,000원이라 할 것인데도, 청구인이 제시하는 증권거래세 신고서를 보면, 쟁점지분은 50,000,000원에 양도된 것으로 나타난다.

2. 한편, 처분청의 쟁점지분에 대한 주식평가조서를 보면, 1주당 순자산가치에 의하여 평가한 가액 15,452원이 1주당 순손익가치에 의한 평가액 73,100원 보다 낮으므로 1주당 가액을 73,100원으로 하고, 여기에 최대주주의 소유주식에 대한 할증률 130/100을 적용하여 95,030원을 쟁점지분의 1주당 가액으로 평가하여 이 건 부과처분한 것으로 나타난다.

3. 판단컨대, 관련법령을 종합하여 보면, 비상장주식의 양도차익은 실거래 가액으로 결정하되, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 기준시가에 의하여 결정하며, 이 때 기준시가는 자산가치와 순손익가치 중 큰 금액으로 하는 것인바, 청구인이 제출한 예금계좌 거래내역조회서를 보면, 2000.5.24 61,825,000원이 입금된 사실은 확인되나, 동 금액이 쟁점지분의 양도와 관련된 금액인지 알 수 없으며, 증권거래세 신고서의 쟁점지분 양도금액도 청구주장과 그 금액이 일치하지 아니하고, 앞서 살펴 본 바와 같이 2000.1월 ~ 3월말까지의 매출액 감소는 청구외법인의 매출액의 대부분을 차지하는 (주)◎◎케이스가 시멘트 도매업을 영위하고 있어 계절적인 요인에 기인한 것으로 보이고, 청구외법인은 청구인이 쟁점지분을 양도한 이후에도 (주)◎◎케이스와 계속 거래한 것으로 볼 때, 청구인이 쟁점지분을 액면가액으로 양도한 이유로 내세우는 주장은 선뜻 받아들이기 어려울 뿐만 아니라 보유주식양도. 양수합의서 등 나머지 증거서류도 청구주장을 뒷받침하는 객관적인 증거자료로 보기 어렵다 할 것이므로 쟁점지분의 실지 양도가액은 확인할 수 없는 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.

4. 따라서, 처분청이 쟁점지분의 양도차익을 산정하면서 실지거래가액으로 하지 아니하고 기준시가를 적용한 것은 달리 잘못이 없다 할 것이다. 다만, 앞서 본 바와 같이 쟁점지분의 양도가액을 평가함에 있어서 최대주주 등의 할증률 30%를 적용하였으나, 비상장주식을 기준시가에 의하여 평가하는 경우 상속세및증여세법 제63조 제3항 의 규정에 의한 최대주주 등의 할증평가는 적용하지 아니하는 것(재산46014-1940, 1999.11.06)이므로 이 건 부과처분은 최대주주 등의 할증률 30%를 적용하지 아니한 양도가액으로 하여 경정되어야 함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으나 처분청의 결정에 잘못이 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 소득세법 제94조 / 소득세법 제96조 / 소득세법 제97조 / 소득세법 제99조 / 소득세법시행령 제165조 / 소득세법시행규칙 제81조 / 상속세및증여세법 제63조 / 상속세및증여세법시행규칙 제17조 /