대금청산 전에 소유권 이전등기한 경우 등기접수일이 양도시기임

○○세무서장이 2003. 11. 7. 청구인에게 결정고지 한 1998년 귀속 양도 소득세 57,300,000원의 부과처분은,

1. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 231-3 대지 984㎡ 및 동소 231-4 임야 231㎡ 합계 1,215㎡(쟁점부동산①)는 2년 이상 보유자산으로 기준시가로 양도차익을 산정하여 소득세법제104조제1항제1호에서 규정하고 있는 세율을 적용하고,

2. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 231-9 대지 712㎡(쟁점부동산②)와 동소 231-6 대지 412㎡(쟁점부동산③)의 양도시기는 1996.10.1.이므로 쟁점부동산②와③에 대한 1998년 귀속 양도소득세는 취소하며,

3. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 231-3 대지 1,696㎡, 동소 231-4 임야 231㎡, 동소 231-6 대지 412㎡등 합계 2,339㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 1995.7.18. 청구외 이○○로부터 385,000,000원에 취득하여, 1996.8.12. 청구외 송○○에게 양도대금 480,700,000원을 1997.5.30.까지 받기로 하는 부동산매매계약을 체결하였다. 청구인이 취득한 쟁점부동산중 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 231-3 대지 1,696㎡중 984㎡와 동소 231-4 임야 231㎡는 1996.10.1. 청구인 명의로, 동소 231-3 1,696㎡중 대지 712㎡는 231-9번지를 분할하여 청구외 이○○의 명의로, 동소 231-6 대지 412㎡는 청구외 송○○의 명의로 소유권이전등기를 하였으며, 쟁점부동산의 양도에 대하여는 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

○○세무서장은 쟁점부동산에 ○○빌라를 신축하여 분양한 수입금액 확인조사시 청구인이 쟁점부동산을 미등기 전매하였다는 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 청구인과 청구외 송○○이 약정한 잔금청산일인 1998.11.30.에 청구인이 쟁점부동산을 미등기 양도한 것으로 보아 2003.11.7. 청구인에게 1998년 귀속 양도소득세 57,300,000원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.11.26. 이의신청을 거쳐 2004.3.16. 심사청구를 제기하였다.

• 가. 처분청은 당초 매매계약서상의 양도금액(480,700천원)으로 양도소득세를 과세하였으나, 계약내용이나 조건은 수시로 변경이 가능한 것인데도 계약서상의 매매금액으로 대금수수가 이루어 졌는지 등에 대하여 조사한 바 없이 부당하게 과세하였다.
• 나. 당초 1996.8.12. 작성한 부동산매매계약서는 잔금을 1997.5.30.까지 지불하기로 하고 매매대금이 지연될 경우 월 2.5%의 이자를 받기로 약정하였으나, 1997.5.30.까지 1원도 대금수수를 한 사실이 없어 당초 계약은 파기된 것이며, 실제로는 1997.9.5. 30백만원, 1998.9.17. 200백만원, 1998.11.30. 96,341,450원을 받고 1998.7.6. 청구인 명의로 신축한 다세대주택 B동 102호, 비3호, 401호, 402호 등 4세대(이하 “쟁점다세대주택”이라 한다)를 대물변제를 받았으나 청구외 송○○의 이중대물변제로 인한 소유권이전등기 소송 등으로 결국 2003.10.20. 합의금 58,658,550원에 합의하였다.
• 다. 따라서, 수정된 부동산매매계약서 및 지불내역에 따라 양도가액을 385백만원으로 보던지 아니면 소득세법기본통칙에서 토지 등을 교환하는 경우 양도가액은 교환 당시 그 양도자산의 기준시가 또는 실거래가액으로 과세하도록 규정되어 있으므로 1998.7.6. 대물로 받은 쟁점다세대주택은 기준시가로 평가하여 양도가액을 결정하여야 함에도 당초 부동산매매계약서의 매매대금으로 과세한 처분은 부당하므로 이를 취소하여야 한다.

변경된 매매계약서는 미등기 양도차익에 대한 세무조사 결과 통지서를 수령한 후 매수인 등과 합의하여 매매대금을 취득가액과 동일하게 385백만원으로 계약서를 재작성한 것이므로 신빙성이 없어 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점부동산의 매매대금이 얼마인지

② 쟁점부동산의 양도시기가 언제인지를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 소득세법 제96조 【양도가액】(1995. 12. 29. 법률 제5031호 개정된 것) 양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호ㆍ제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

2. 제1호 외의 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액. 다만, 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 기준시가에 의한다.

○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】(1994. 12. 22. 법률 제4803호 개정 된 것) 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】(1995. 12. 30. 대통령령 제14860호 개정된 것)

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3. 총리령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 첫회 부불금의 지급일. 다만, 첫회 부불금의 지급일전에 소유권이전등기 등을 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축 허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】(1994. 12. 22. 법률 제4803호 개정된 것)

① 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】(1994. 12. 22. 법률 제4803호 개정된 것)

① 거주자의 양도소득에 대한 소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

1. 제94조에 규정하는 자산 중 다음 제2호 내지 제4호에 기재된 것을 제외한 자산(이하“누진세율의 적용대상자산”이라 한다) 〈양도소득과세표준〉 〈세 율〉 3천만원이하 과세표준의 100분의 30 3천만원초과 900만원＋3천만원을 초과하는 6천만원이하 금액의 100분의 40 6천만원초과 2천100만원＋6천만원을 초과하는 금액의 100분의 50

2. 제94조 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 2년 미만인 것 양도소득과세표준의 100분의 50

3. 미등기양도자산 양도소득과세표준의 100분의 75

4. 제94조 제4호의 규정에 의한 자산 양도소득과세표준의 100분의 20(대통령령이 정하는 중소기업의 주식 또는 출자지분의 경우에는 100분의 10)

③ 제1항 제3호에서 "미등기양도자산" 이라 함은 제94조 제1호 및 제2호에 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만 대통령령이 정하는 자산은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 1995.7.18. 청구외 이○○로부터 385백만원에 취득하여, 1998.11.30. 청구외 송○○ 외1인에게 양도대금 480,700,000원에 미등기 양도한 것으로 보아 2003.11.7. 청구인에게 1998년 귀속 양도소득세 57,300,000원을 결정고지 하였고, 취득시기 및 취득가액에 대하여는 청구인과 처분청 쌍방 간에 다툼은 없다.
• 나) 청구인은 심리자료로 2003.10.20. 새로 작성한 부동산매매계약서 및 합의각서를 제출하면서 양도대금을 385백만원으로 정정하여 양도소득이 전혀 없음에도 양도소득세를 부과함은 부당하다는 주장이다.
• 다) 청구인이 심리자료로 제출한 폐쇄등기부등본에 의하면, 청구인은 1996.9.13. 매매를 원인으로 1996.10.1. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 231-3 984㎡ 및 동소 231-4 임야 231㎡ 합계 1,215㎡(이하 “쟁점부동산①”이라 한다)를 청구인명의로 소유권이전등기를 하고, 동소 231-9 대지 712㎡(이하 “쟁점부동산②”이라 한다)는 청구외 송○○의 동업자 이○○의 형 청구외 이○○의 명의로, 동소 231-6 대지 412㎡(이하 “쟁점부동산③”이라 한다)는 청구외 송○○의 명의로 소유권이전등기를 한 것으로 확인된다.
• 라) 당초 작성한 매매계약서를 보면, 청구인이 1996.8.12. 쟁점부동산을 480,700,000원에 청구외 송○○에게 매도하기로 약정하고, ① 1997.5.30.까지 토지 대금 전액을 완불하기로 하고, 만약 지연될 경우 지연된 날로부터 토지대금에 대한 월 2.5%씩 이자를 갑에게 지불한다. ② 단, 융자를 받을 경우 융자 전액을 토지대금으로 우선지불하기로 하며 분양될 경우 을은 분양금에 1/2를 토지대금으로 갑에게 지불하기로 한다. ③ 토지 소유권이전등기는 토지 대금 및 제세공과금 완불정산시을 또는 을의 지정인에게 하며, 만약 융자로 대체할 경우는 융자신청과 동시에 처리한다. ④ 청구외 송○○은 쟁점부동산 위 지상 주택을 신축으로 인하여 발생되는 비용을 부담하고, 건축허가는 청구인 명의로 청구외 송○○이 득하고 건축허가 및 인허가를 득하는데 필요한 사용승락서 및 제반 서류를 청구외 송○○에게 제공하고, 청구인은 청구외 송○○에게 위 주택의 분양을 허용한다는 등으로 약정한 것으로 매매계약서에 의하여 확인된다.
• 마) 청구인이 쟁점부동산 매매대금을 1997.9.5. 30백만원, 1998.9.17. 200백만원, 1998.7.6. 쟁점다세대주택(4가구) 대물변제, 1998.11.30. 58,658,550원등 480,700,000원을 수령하였으나, 대물변제 받은 쟁점다세대주택에 대하여 청구외 송○○이 이중으로 대물변제를 청구외 송○○의 채권자 청구외 이○○ 등이 소유권이전등기 소송을 제기한 것으로 확인된다.
• 바) 청구인이 심리자료로 제출한 2003.10.20. 새로 작성한 매매계약서를 보면, 당초 계약한 토지매매대금 480,700,000원을 385,000,000원으로 한다고 하고, 청구외 송○○은 기 지불한 326,341,450원을 제외한 잔금 58,658,550원을 2003.10.25.까지 지급하기로 하고, 청구외 송○○은 본건과 관련된 소송을 원만히 취하되도록 한다는 내용으로 되어있다.
• 사) 청구외 송○○으로부터 대물변제 받은 쟁점다세대주택과 관련하여 작성한 합의각서를 보면, 청구인을 “갑”으로 청구외 이○○, 청구외 나○○, 청구외 송○○을 “을”로 하고, “갑”과 “을”은 ○○지방법원 2001나 4887호, ○○지방법원 2001나4894호, ○○지방법원 2001나8653호 사건과 관련하여 다음과 같이 합의한다고 하고, 청구인은 빌라 B동 지층 비3호는 이○○ 소유로, B동 401호, 402호는 나○○ 소유로, B동 102호는 송○○의 소유로 인정하고, 청구인은 을로부터 위 부동산 매매잔금 58,653,550원을 지급받음과 동시에 을에게 소유권이전등기를 이행하고, 청구인은 을과 청구외 이○○ 및 송○○에게 더 이상의 매매대금 및 손해배상 등 일체의 청구를 포기한다는 내용이다.
• 아) 처분청은 쟁점부동산을 1995.7.18. 청구외 이○○로부터 385,000,000원에 취득하여 1998.11.30. 양도대금 480,700,000원에 미등기 양도한 것으로 보아 세율 50%를 적용하여 2003.11.7. 청구인에게 1998년 귀속 양도소득세 57,300,000원을 결정고지 하였다가, 2004.6.1. 세율 75%를 적용하여 청구인에게 1998년 귀속 양도소득세 28,650,000원을 추가 경정고지 한 것으로 국세청 통합전산시스템에 의하여 확인된다.
• 자) 청구인명의로 신축한 B동 19세대의 분양내역은 아래 표와 같다. 구 분 접수일자 등기원인 권리자 구 분 접수일자 등기원인 권리자 비1호 98.10.12

98. 9.15.매매 정○○ 204호

98. 9.12.

98. 8. 1.매매 유○○ 비2호

98. 9.12.

98. 8. 1.매매 김○○ 301호

98. 9.12.

98. 8. 1.매매 최○○ 비3호 03.11.27 03.10.27.매매 이○○ 302호

98. 9.12.

98. 8. 1.매매 안○○ 101호

03. 7. 4.

03. 7. 4.경매 정○○ 303호

99. 6.21.

99. 6. 8.매매 이○○ 102호 03.11.27. 03.10.27.매매 선○○ 304호

98. 9.12.

98. 8. 1.매매 조○○ 103호

98. 9.28.

98. 8.20.매매 김○○ 401호

98. 7. 6. 보존등기 장○○ 104호

98. 9.12.

98. 8. 1.매매 조○○ 402호

98. 7. 6. 보존등기 장○○ 201호

99. 2.26.

99. 1.22.매매 이○○ 403호 98.10. 2.

98. 8.20.매매 김○○ 202호

98. 9.12.

98. 8. 1.매매 김○○ 404호

98. 9.12.

98. 8. 1.매매 김○○ 203호

98. 9.12.

98. 8. 1.매매 안○○

2. 판단

• 가) 쟁점①에 대하여

(1) 상기 사실관계 마)에서 보는 바와 같이 청구인은 청구외 송○○으로부터 1998.11.30. 쟁점부동산 매매대금 480,700,000원중 현금 326,341,450원과 쟁점다세대주택(4세대)을 대물변제 받음으로써 매매대금 전액을 수취한 것으로 이의신청 결정문 및 토지거래확인서 등에 의하여 확인되고, 청구인이 세무조사 결과통지를 받은 후 매매금액을 정정하여 매매계약서를 재작성하여 심리자료로 제출하였으나 제출한 증빙만으로는 그러한 사실이 구체적으로 입증되지 아니하여 신빙성이 인정되지 아니한다.

(2) 따라서, 처분청이 매매금액을 480,700,000원으로 보아 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 나) 쟁점②에 대하여

(1) 쟁점부동산①에 대하여 (가) 처분청은 청구인이 쟁점부동산 전체를 1998.11.30. 미등기 전매한 것으로 보아 과세하였으나, 청구인이 쟁점부동산①을 1995.7.18. 청구외 이○○로 부터 취득하여, 1996.10.1. 청구인명의로 소유권이전등기를 하였음이 폐쇄등기부등본에 확인되고, 위 지상에 청구외 송○○이 청구인명의로 다세대주택을 신축하여 1998.7.6. 청구인 명의로 보존등기를 한 후 분양받은 자에게 소유권이전등기를 한 것으로 상기 자)와 같이 집합건물 등기부등본에 의하여 확인된다. (나) 따라서, 청구인은 쟁점부동산①을 1995.7.18. 취득하여 1996.10.1. 청구인명의로 소유권 이전등기를 하였으며, 분양자들에게 1998.6.20. 이후 소유권이 이전되어 2년 이상 보유하였으므로 소득세법 제94조 제1항 제1호 에 의거 양도가액은 양도당시의 기준시가에 의하여 과세하여야 함에도 처분청은 청구인이 쟁점부동산①을 미등기 전매한 것으로 보아 실거래가액으로 양도소득세를 과세한 처분은 관계법령 및 사실관계조사를 소홀히 한 잘못이 있다할 것이다.

(2) 쟁점부동산 ② 및 ③에 대하여 (가) 청구인이 심리자료로 제출한 폐쇄등기부등본에 의하면, 청구인은 쟁점부동산을 1995.7.18. 청구외 이○○로부터 385백만원에 취득하여, 쟁점부동산중 쟁점부동산② 및 ③을 청구인 명의로 소유권이전등기를 하지 아니하고, 1996.9.13. 매매를 원인으로 하여 1996.10.1 쟁점부동산②(대지 712㎡)는 청구외 이○○의 명의로, 쟁점부동산③(대지 412㎡)는 청구외 송○○명의로 소유권이전등기를 한 것으로 확인된다. (나) 처분청은 쟁점부동산②와 ③의 양도시기를 잔금청산일이 속하는 1998년 귀속으로 보아 과세하였으나, 소득세법시행령 제162조 (1995. 12. 30. 대통령령 제14860호 개정된 것)제1항의 규정에 의하면, 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고, 제2호에 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 양도시기로 보도록 규정하고 있으므로 쟁점부동산②와 ③의 양도시기는 청구외 이○○ 및 청구외 송○○명의로 소유권이전등기한 1996.10.1.이라고 할 것인데도 처분청이 1998년을 양도시기로 보아 과세한 처분은 잘못되었다고 할 것이다. (라) 청구인에게 쟁점부동산②와 ③에 대하여 1996년 귀속 양도소득세를 과세하는 것은 별론으로 한다.

이 건 심사청구는 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.