토지초과이득세 납부세액을 양도소득세의 기납부세액으로 공제할 수 있는지 여부

[이유]

청구인은 2000.1.10. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 492.6㎡, 위 지상 건물 1,823.517㎡, 이하 "쟁점부동산"라 한다)를 양도하고 이에 대한 양도소득세 신고시 기 납부한 토지초과이득세 140,292,480원(이하 "쟁점세액"이라 한다)을 필요경비로 계상하여 양도소득세를 자진 납부하였고, 청구인은 2003.5.30. 쟁점세액을 기 납부세액 공제로 경정 청구하여 양도소득세 71,198,462원을 환급 신청하였다. 처분청은 2003.8.21. 청구인이 신청한 경정청구에 대하여 환급이 불가하다는 통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.11.17. 이의신청을 거쳐 2004.3.29. 이 건 심사청구를 하였다.

헌법재판소의 위헌판결에 따라 1998.12.28 토지초과이득세법이 폐지되었음에도 폐지된 토지초과이득세법 부칙(1998.12.31. 법률 제5586)에서 규정한 토지초과이득세의 양도소득세 필요경비 산입조항을 계속 시행하는 것은 타당하지 아니하며, 기납부한 토지초과이득세의 차등공제는 부칙에 의한 위헌법률의 시행이므로 쟁점세액을 기납부세액으로 공제함이 타당하다.

토지초과이득세법 폐지법률 부칙 제2조의 규정에서 "이 법 시행 당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 또한 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다" 라고 되어 있는 바, 이 건의 경우 토지초과이득세 결정일로부터 6년을 초과하였으므로 종전의 토지초과이득세법 제26조 제4항 의 규정에 의하여 필요경비로 산입한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세액을 양도소득세의 기 납부세액으로 공제할 수 있는 지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 ο 토지초과이득세법 제26조 [양도소득세 등의 납부세액에서 공제되는 토지 초과이득세]

① 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세는 그 세액에 대하여 다음 각호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 토지초과이득세의 결정일로부터 3년 이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우 100 분의 100

2. 토지초과이득세의 결정일로부터 3년 후 6년 이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우 100 분의 60

④ 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 유휴토지 등의 소유자가 제16조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세를 소득세법 제105조 또는 제110조의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 법인세법 제59조 의 5 내지 제59조의 7의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 특별부가세의 양도차익에서 공제한 때에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지 초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비로 산입하거나 특별부가세의 양도차익에서 공제한다. ο 토지초과이득세법 부칙 제2조 [일반적 경과조치] 이 법 시행당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과되었거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 과하여는 종전의 규정에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단

① 청구인은 2000.1.10. 쟁점부동산의 양도소득세 사전 신고 시 쟁점세액을 필요경비로 공제하여 양도소득세 55,054,680원을 자진납부 하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인된다. 처분청은 2002.11.22. 청구인의 위 양도소득세 신고를 그대로 인정하여 예정결정 하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

② 처분청은 청구인이 2003. 5. 30. 쟁점세액을 기 납부세액으로 공제하여 달라는 청구인의 경정청구에 대하여 경정청구를 받아들일 수 없다는 거부통지를 한 사실이 처분청의 심리자료에 의하여 확인된다.

③ 토지초과이득세법이 위헌 결정된 이후에 제정된 토지초과이득세법 폐지법률 부칙(1998.12.31. 법률 제5586호) 제2조를 보면, 이 법 시행당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과되었거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 토지초과이득세 결정일(1993년)로부터 6년을 초과하여 쟁점부동산의 토지를 양도하였으므로 폐지법률 제26조 제4항의 규정에 의하여 쟁점세액을 필요경비로 공제함이 타당하다 할 것(국심2003서1338, 2003.7.18. 같은 뜻임)이어서 쟁점세액을 양도소득세의 기납부세액으로 공제하여 달라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령]