부동산과 기계설비를 일괄 취득한 경우 감정가액으로 취득가액 안분 여부

[주문]

○○○세무서장이 2004.1.2 청구인에게 경정·고지한 2002년 과세연도 양도소득세 81,231,860원은, 이를 취소합니다. [이유]

청구인은 2002.2.25 경상북도 구미시 ○○동 298-2 소재 공장용지 6,617㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)와 위 쟁점토지상의 공장건물 4,638㎡(이하 "쟁점건물"이라 하고, 쟁점토지 및 건물을 "쟁점부동산"이라 한다) 및 위 쟁점부동산에 설치된 기계설비를 청궁외 주식회사***(이하 "양도법인"이라 한다)로부터 21억원(이하 "쟁점취득가액"이라 한다)에 일괄 취득하여, 2002.12.2 ○○정보통신주식회사(이하 "양수법인"이라 한다)에게 2,595,364,100원(쟁점토지 859,859,000원, 쟁점건물 725,338,100원, 기계설비 1,010,167,000원, 이하 "쟁점양도가액"이라 한다)에 양도하고, 2003.3.8 실거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 과세표준을 과세미달로 신고하였다. 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 취득후 1년 이내에 양도하였으므로 실지거래가액에 의한 부과대상에 해당한다고 보아 실지거래가액을 양도가액 1,585197,100원, 취득가액 1,281,473,714원으로 조사하여 양도차익을 산정하고, 2004.1.2 청구인에게 2002년 과세연도 양도소득세 81,231,860원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.3.24 이건 심사청구를 하였다.

청구인은 쟁점부동산과 기계설비를 양도법인으로부터 쟁점취득가액으로 취득하면서, 쟁점부동산은 16억원, 기계설비는 5억원으로 매매계약서를 작성하였으며, 이에 대해서는 매매대금을 정상적으로 지급하였고 세금계산서 및 계산서를 수수한 사실이 있어 쟁점부동산의 실제취득가액이 16억원으로 확인되는데도, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명하다 하여 감정법인의 감정가액을 기준으로 취득가액을 안분계산하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

청구인은 양도법인으로부터 쟁점부동산 등을 21억원에 일괄 취득하여 2002.2.25 중도금 12억원을 지급하고 부동산 소유권 이전등기를 완료하면서, 토지·건물·기계설비의 가액을 임의로 구분하여 세금계산서를 수취한 것으로 보이고 기계설비의 가액은 감정가액, 양도법인의 장부가액 등으로 보아 단기에 급등할 만한 이유가 없으며 정상적인 거래 등에 비추어 토지·건물·기계설비의 가액을 합리적인 방법에 의하여 구분하였다고 볼 수 없으므로, 양수시의 감정가액에 의하여 안분계산한 금액을 쟁점부동산의 취득가액으로 보아 양도차익을 산정하여 양도소득세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산과 기계설비를 일괄 취득하여 양도한 경우 취득가액을 감정가액으로 안분하여 양도소득세를 과세한 처분이 정당한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

1. 소득세법 제96조 [ 양도가액 ] ① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.<중략>

4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우<이하 생략> 제97조 [ 양도소득의 필요경비계산 ] ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.<생략> 제100조 [ 양도차익의 산정 ] ① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.<이하 생략>

2. 소득세법시행령 제166조 [ 양도차익의 산정 등 ] ④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. 3) 부가가치세법시행령 제48조의2 [ 과세표준의 안분계산 ] <중략>

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. <이하 생략>

• 다. 사실관계 및 판단

1. 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

• 가) 쟁점부동산에 대한 경우별 취득 및 양도당시의 가액은 다음과 같다. ┌───────┬─────────────┬──────────────┬──────┐ │ 구 분 │ 양도가액 │ 취득가액 │ │ │ ├──────┬──────┼──────┬───────┤ 양도차익 │ │ │ 토 지 │ 건 물 │ 토 지 │ 건 물 │ (토지+건물)│ ├───────┼──────┼──────┼──────┼───────┼──────┤ │ 매매계약서 │ 859,859,000│725,338,100 │ │1,600,000,000 │-14,802,900 │ ├───────┼──────┼──────┼──────┼───────┼──────┤ │ 감정평가액 │ 859,859,000│725,338,100 │859,859,000 │ 736,472,500 │-11,134,400 │ ├───────┼──────┼──────┼──────┼───────┼──────┤ │ 세금계산서 │ 859,859,000│725,338,100 │861,835,000 │ 738,165,000 │-14,802,900 │ ├───────┼──────┼──────┼──────┼───────┼──────┤ │양도소득세신고│ 859,859,000│725,338,100 │861,835,000 │ 738,165,000 │-14,802,900 │ ├───────┼──────┼──────┼──────┼───────┼──────┤ │양도소득세경정│ 859,859,000│725,338,100 │591,211,882 │ 690,261,832 │303,723,386 │ └───────┴──────┴──────┴──────┴───────┴──────┘
• 나) 청구인은 2002.2.25 양도법인으로부터 쟁점부동산 및 기계설비를 일괄하여 쟁점취득가액(쟁점부동산 16억원, 기계설비 5억원)에 취득하여 2002.11.20 양수법인에게 쟁점양도가액(쟁점토지 859,859,000원, 쟁점건물 725,338,100원, 기계장치 1,010,167,000원) 일괄 양도한 사실이 처분청의 조사서류 등에 의하여 확인되고 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.
• 다) 기계설비의 가액은, 취득시 감정가액 1,596,981,000원에는 청구인이 쟁점부동산을 취득하기 이전부터 청구인이 보유 중인 577,343,000원이 포함되어 있어 차감한 1,019,638,000원이 양도법인으로부터 취득한 기계설비에 대한 감정가액이고, 양도시 감정가액 1,010,167,000원에는 청구인인 쟁점부동산 취득 후 추가취득한 276,000,000원이 포함되어 있어 이를 차감한 734,167,000원이 양도법인으로부터 취득한 기계설비에 대한 양도시 감정가액임을 알 수 있다.
• 라) 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 취득 후 1년 이내 양도하였으므로 쟁점부동산에 대하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하면서, 양도가액은 감정가액대로 신고되었기에 실제양도가액으로 양도차익을 산정하면서, 양도가액은 감정가액대로 신고되었기에 실제양도가액으로 인정하고, 취득가액은 토지·건물가액이 불분명한 것으로 보아 쟁점취득가액을 감정평가액에 의하여 안분한 쟁점토지가액 591,211,882원, 쟁점건물가액 690,261,832원으로 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세를 부과하였음이 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

2. 판단

• 가) 청구인은 부동산매매계약서, 기계설비매매계약서와 청구인이 신고한 부가가치세 신고서 및 장부에 의하여 쟁점부동산의 실제취득가액은 16억원이고 기계설비의 취득가액은 5억원으로 확인되고, 부동산의 취득세 및 자본적지출을 취득가액에 포함하면 사실상 손해를 보고 쟁점부동산을 양도하였다고 주장하고 있어, 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구인이 제시한 쟁점부동산의 취득시 부동산매매계약서를 보면, 쟁점취득가액은 21억원이고 이 중 토지와 건물가액 16억원, 기계설비 5억원으로 기재되어 있고, 별도 설비 매매계약서는 매매대금이 5억원으로 기재되어 있으며, 이와 관련하여 청구인은 양도법인으로부터 토지가액 861,835,000원의 계산서를 수취하였으며, 건물가액 738,165,000원 및 기계설비가액 500,000,000원의 세금계산서를 수취하여 부가가치세를 신고한 사실이 있으며, 2002.3.25 과세표준을 16억원으로 하여 취득세 등 35,200,000원을 납부한 사실이 확인되어 청구주장은 사실로 인정된다고 할 것이다. 둘째, 실지거래가액이라 함은 양도자와 양수자간에 실제로 거래된 가액을 말하는 것이며, 토지와 건물 등을 함께 거래시 각각의 자산에 대한 실지거래가액은 구분 기장된 가액에 의하고, 당해 토지와 건물 등의 구분이 불분명한 경우에 한하여 감정가액, 기준시가, 장부가액 등을 기준으로 안분하여 각각의 실지거래가액을 계산하는 것으로, 청구인이 제시한 증빙서류를 보면, 부동산매매계약서에 토지 및 건물의 매매대금을 16억원으로 기재되어 있으나 검인용 부동산매매계약서상 토지 및 건물의 매매대금을 16억원으로 기재하여 취득세를 납부하였고, 양도법인이 공급가액을 16억원으로 세금계산서 및 계산서를 발행한 사실로 보아, 쟁점토지의 가액은 861,835,000원, 쟁점건물의 가액은 738,165,000원으로 쟁점부동산의 금액이 16억원이라는 청구주장은 이유가 있는 것으로 보인다.
• 나) 처분청은 청구인이 신고한 가액 중 양도가액은 감정가액으로 계약되어 실지거래가액으로 인정하였으며, 취득가액은 감정법인의 감정가액과 다르고 사후에 임의로 안분한 것으로 보아 총취득가액만 인정하고 자산별 가액을 감정가액으로 안분계산하였는바, 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구인이 쟁점부동산에 대하여 양도법인으로부터 계약체결 후 등기일 이전에 세금계산서를 수취한 사실로 보아 자산가액을 사후에 임의로 안분하였다고 보기는 어렵다 할 것이고, 취득가액과 감정가액이 일치하지 아니한다는 이유만으로 실지거래가액을 부인하는 것은 타당하지 아니하다 할 것이다. 둘째, 기계설비의 가액에 대하여 보면, 양도법인의 장부상 786,747,438원으로 등재되어 있으며 사실관계에서 본 바와 같이 취득한 기계설비의 감정가액이 1,019,638,000원이고 세금계산서 수취금액은 500,000,000원으로, 양도법인의 사정에 의하여 감정가액보다 저가로 매매한 사적행위에 대해서는 부당행위계산 부인 등 특수한 사정이 없는 한 인정되어야 할 것이라고 판단되며, 또한, 양도시 감정가액 1,010,167,000원에서 청구인이 추가 취득한 기계설비가액을 차감한 감정가액은 734,167,000원으로 양도시 감정가액이 취득시 감정가액보다 285,471,000원이 감소되었는바, 취득시 감정가액이 취득가액보다 높은가액으로 평가된 사실을 인정한다 할지라도 감정가액으로 안분계산하여 취득가액을 환산한 처분은 합리성이 없다할 것이다. 셋째, 처분청은 쟁점부동산과 기계설비의 총취득가액을 21억원으로 인정하고 있으며, 매매계약서와 검인용 부동산매매계약서에 양도소득세 과세대상 자산의 가액이 16억원으로 기재되어 있고 이 가액대로 세금계산서 및 계산서를 수수하여 장부에 기장하고 있는 사실로 보아 세금계산서의 수취내용을 부인하여 자산별 가액의 구분이 불분명하다고 볼 만한 이유는 없다 할 것이다.
• 다) 상기 사실관계 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구인이 신고한 쟁점부동산의 취득가액을 부인하고 감정가액으로 안분한 취득가액에 의하여 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 소득세법 제96조 / 소득세법 제97조 / 소득세법 제100조 / 소득세법시행령 제166조 / 부가가치세법시행령 제48조의2 /