피상속인의 취득일부터 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 2001.03.11. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 958㎡ 및 지상건물 163.08㎡(이하 "쟁점 부동산"이라 함)를 2003.03.28. ○○공사에 공공용지로 협의양도하고 2003.05.31. 장기보유특별공제(10%)를 적용하여 기준시가에 의하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였으나, 처분청은 청구인의 쟁점 부동산 보유기간은 상속개시일부터 양도일까지로 3년 미만이므로 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 2003.08.05. 청구인에게 2003년 귀속양도소득세 5,293,810원을 결정고지하였다.

쟁점 부동산은 당초 오○○(이하 "피상속인"이라 함)이 1997.04.03. 취득하여 청구인이 이를 상속받은 것이며, 소득세법 제104조 제2항 제1호 에 의하면 상속받은 자산은 피상속인이 당해 자산을 취득한 날을 그 취득일로 본다고 규정하고 있으므로 청구인의 경우 피상속인이 쟁점 부동산을 취득한 날인 1997.04.03.에 쟁점 부동산을 취득한 것으로 보아 장기보유특별공제액을 계산하여야 한다.

상속으로 취득한 부동산을 양도한 경우에는 그 보유기간을 상속개시일로부터 양도일까지로 하여 장기보유특별공제를 적용하는 것인바, 청구인의 쟁점 부동산 보유기간은 2년1개월로 3년 이상이 되지 아니하므로 장기보유특별공제를 배제하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산에 대한 양도소득금액 계산시 피상속인의 취득일부터 보유기간을 계산하여 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴본다.

○ 소득세법 (2002.12.18. 법률 제6781호 개정) 제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15(제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 "기준면적 미만 고가주택"이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25)

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30(기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50)

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다.

○ 소득세법 제98조 (양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법시행령 제162조 (양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

○ 소득세법 제104조 (양도소득세의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 중 다음 제2호 및 제3호에 규정된 것을 제외한 자산 제55조 제1항의 규정에 의한 세율

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 양도소득과세표준의 100분의 36

양도소득과세표준의 100분의 60

4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산

• 가. 대통령령이 정하는 중소기업(이하 이 장 및 제160조 제6항에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등 양도소득과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식 등 양도소득과세표준의 100분의 10
• 다. 가목 및 나목 외의 주식 등 양도소득과세표준의 100분의 20

② 제1항 제2호 및 제4호 가목의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 각각 그 정한 날을 당해 자산의 취득일로 본다.

1. 상속받은 자산은 피상속인이 당해 자산을 취득한 날

2. 제97조 제4항의 규정에 해당하는 자산은 증여자가 당해 자산을 취득한 날

3. 법인의 합병ㆍ분할(물적 분할을 제외한다)로 인하여 합병법인ㆍ분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인으로부터 새로이 주식 등을 취득한 경우에는 피합병법인ㆍ분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주식 등을 취득한 날

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 이건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구인은 2001.03.11. 피상속인의 사망으로 인하여 협의분할에 의한 상속을 원인으로 쟁점 부동산을 취득하여 보유하다가 2003.03.28. 이를 ○○공사에 공공용지로 협의양도하고 2003.05.31. 장기보유특별공제(10%)를 적용하여 기준시가에 의하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였음이 쟁점 부동산에 대한 등기부등본 및 양도소득세예정신고서 등에 의하여 확인된다.

② 처분청은 청구인이 쟁점 부동산을 보유한 기간은 상속개시일인 2001.03.11.부터 양도일인 2003.03.28.까지로 2년1개월에 불과하고 장기보유특별공제는 3년 이상 보유한 경우에만 적용되므로 청구인의 쟁점 부동산 보유기간은 3년 미만이라고 하여 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 청구인에게 이건 양도소득세를 과세한 사실이 처분청의 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

③ 이에 대하여 청구인은 청구인의 쟁점 부동산 보유기간은 피상속인이 취득한 날로부터 계산하여야 하므로 처분청이 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

(2) 이건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 쟁점 부동산은 당초 1997.04.03. 청구인의 남편인 피상속인이 취득한 것으로 피상속인이 2001.03.11. 사망함으로 인하여 청구인이 2001.03.11. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 2001.09.14. 청구인명의로 소유권이전등기를 하였다가 2003.03.28. ○○공사에 양도한 사실이 등기부등본에 의하여 확인되고, 이에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

② 소득세법 제98조 및 동법시행령 제162조 제1항 제5호에 의하면 상속으로 취득한 부동산은 상속이 개시된 날을 당해 부동산의 취득시기로 한다고 규정되어 있고, 동법 제95조 제2항 및 제4항에는 부동산의 보유기간이 3년 이상인 경우에 한하여 장기보유특별공제액을 공제하며, 이 경우 보유기간은 당해 부동산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정되어 있는바, 상속에 의하여 취득한 부동산을 양도하는 경우 당해 부동산에 대한 양도소득금액계산에 있어 장기보유특별공제를 적용받기 위해서는 상속인의 취득일인 상속개시일부터 양도한 날까지의 기간이 3년 이상이 되어야 할 것이다.

③ 그럼에도 불구하고 청구인은 소득세법 제104조 제2항 제1호 의 규정을 들어 쟁점 부동산의 취득시기를 피상속인이 쟁점 부동산을 취득한 날로 하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 동 규정은 세율적용에 있어서의 보유기간을 계산할 경우 적용되는 규정으로, 양도소득금액의 계산시 장기보유특별공제액의 공제 여부를 판정함에 있어서는 이를 적용할 수 없다고 할 것이므로 청구주장은 관련법령을 오해한 주장으로서 이를 받아들이기는 어렵다고 할 것이다.

④ 따라서 이건의 경우 쟁점 부동산은 청구인이 상속으로 인하여 취득한 부동산으로서 상속개시일부터 양도일까지의 기간이 3년 이상이 되지 아니하므로 쟁점 부동산의 양도에 대하여는 보유기간이 3년 이상인 경우에만 적용되는 장기보유특별공제를 적용할 수 없다고 할 것이다.

(3) 그러하다면, 처분청에서 청구인의 쟁점 부동산 양도에 대하여 그 보유기간이 3년 이상이 되지 않는다고 하여 장기보유특별공제를 배제하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.