1세대1주택의 비과세 규정을 적용할 수 있는지 여부

[주문]

○○세무서장이 2003.07.14 청구인에게 결정 고지한 2002년 귀속 양도소득세 78,246,270원의 과세처분은 이를 취소합니다. [이유]

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 538 ○○아파트 6동 504호(이하 "쟁점주택"이라 한다)를 1984.10.10 취득하여 2002.09.30 양도하였으나, 이에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 청구인이 2002.09.30 ○○시 ○구 ○동 69-1 ○○○아파트 903호(이하 "취득주택1"이라 한다) 및 ○○시 ○○구 ○○동 1265 ○○아파트 109동 801호(이하 "취득주택2"라 한다)를 취득하여 쟁점주택 양도일 현재 1세대 3주택을 보유하고 있었다 하여 쟁점주택의 양도에 대해 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 2002년 귀속 양도소득세 78,246,270원을 2003.07.14 청구인에게 결정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.10.09 이 건 심사청구를 하였다.

처분청은 청구인이 쟁점주택을 2002.09.30 양도하고, 취득주택1, 2를 같은 날에 취득하였다 하여 쟁점주택 양도일 현재 1세대 3주택이어서 쟁점주택의 양도에 대해 양도소득세 과세대상이라 하나, 취득주택2의 취득일은 등기접수일인 2002.10.01로 등기부등본에 의해 확인되므로 청구인은 쟁점주택 양도일 현재 일시적 1세대 2주택에 해당되어 쟁점주택은 양도소득세 비과세대상이며, 설령, 취득주택2의 취득일을 2002.09.30로 본다 할지라도 쟁점주택 양도대금으로 취득주택2를 취득하였으므로 청구인은 쟁점주택 양도당시 일시적 1세대 2주택을 보유하고 있었던 바, 쟁점주택의 양도에 대해 양도소득세를 비과세하여야 한다는 주장이다.

당초 청구인이 처분청에 제시한 취득주택2의 잔금영수증에 의하면, 청구인은 취득주택2의 잔금을 2002.09.30 청산하였음이 확인되므로, 청구인은 쟁점주택 양도일 현재 취득주택1, 2를 보유한 1세대 3주택 보유자에 해당하는바, 쟁점주택은 양도소득세 과세대상이라는 의견이다.

• 가. 쟁점 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 1주택으로 보아 양도소득세를 비과세할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴보면 다음과 같다.

○ 소득세법 제89조 [비과세양도소득] 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 1.~2.(생략)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득(2002.12.18 법률 제6781호로 개정되기 전의 것)

○ 소득세법 시행령 제154조 [1세대 1주택의 범위]

① 법 제89조 제3호에서 "1세대 1주택" 이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것을 말한다.(1999.12.31 대통령령 제16664호로 개정되어 2002.10.01 대통령령이 제17751호로 개정되기 전의 것)

○ 소득세법 시행령 제155조 [1세대 1주택의 특례]

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.(이하생략) (2002.03.30 대통령령 제17555호로 개정되어 2002.12.30 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것)

○ 소득세법 시행령 제162조 [양도 또는 취득의 시기]

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부등록부 또는 명부 등에 기재된 등기등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 538 ○○아파트 6동 504호(쟁점주택)를 1984.10.10 취득하여 2002.09.30 양도하였는데, 이에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였음이 국세통합전산망에 의해 확인된다.

② 처분청은 청구인이 2002.09.30 ○○시 ○구 ○동 69-1 ○○아파트 903호(취득주택1) 및 ○○시 ○○구 ○○동 1265 ○○아파트 109동 801호(취득주택2)를 취득하여 쟁점주택 양도일 현재 1세대 3주택을 보유하고 있었다 하여 쟁점주택의 양도에 대해 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 2002년 귀속 양도소득세 78,246,270원을 2003.07.14 청구인에게 결정 고지하였음이 이 건 양도소득세결정결의서 및 납세고지서에 의해 확인된다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 관련법령에 의하면, 일시적 2주택인 경우에도 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 주택을 다른 주택 취득일부터 1년 이내에 양도하는 경우에는 양도주택에 대해 1세대 1주택으로 보아 양도소득세를 비과세하고 있음을 알 수 있으며, 쟁점주택은 청구인이 3년 이상 보유한 주택으로서 1세대 1주택 양도소득세 비과세 요건을 갖춘 주택으로 청구인이 쟁점주택 양도일 현재 취득주택1, 2 중 어느 하나의 주택을 보유한 사실이 없을 경우 쟁점주택의 양도에 대해 일시적 2주택으로 보아 양도소득세 비과세 대상이라는 점에 대해서는 처분청과 청구인간에 다툼이 없고, 다만, 쟁점주택 양도일 현재(2002.09.30) 청구인이 1세대 3주택 보유자에 해당하는가에 대해서만 다툼이 있으므로, 청구인이 쟁점주택 양도일 현재 1세대 3주택 보유자인지의 여부에 대해 살펴본다.

② 먼저, 취득주택2의 등기접수일이 2002.10.01이라는 청구주장에 대해 살펴보면, 등기부등본에 의하면, 쟁점주택과 취득주택1은 2002.09.30 각각 양도 또는 취득한 것으로, 취득주택2는 2002.10.01 취득한 것으로 나타나고 있으나, 국세청 전산자료 및 청구인이 당초 처분청에 제시한 취득주택2의 잔금영수증에 의하면, 청구인은 2002.09.30에 쟁점주택을 양도하고 취득주택12를 취득하였음이 확인되고 있는 바, 쟁점주택의 등기접수일인 2002.10.01을 취득주택2의 취득일로 보아야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

③ 다음, 청구인이 쟁점주택의 잔금으로 취득주택2의 잔금을 지급하였는지의 여부에 대해 ○○은행 ○○중앙지점 및 ○○은행 ○○지점에 대한 금융조회 결과에 의해 살펴보면, 청구인은 쟁점주택 매수인 청구외 유○○으로부터 2002.09.30 ○○은행 ○○지점 발행 수표 1억원권 1매를 잔금 중 일부로 수령하여 같은 날 같은 은행 같은 지점에서 1천만원권 수표로 교환하여 같은 날 취득주택2의 양도인 청구외 이○○에게 취득주택2의 매수잔금으로 지급하였고, 청구외 이○○은 이 중 1천만원권 수표 2매를 포함한 23백만원을 본인의 정기예금 계좌(○○은행 ○○중앙지점 000-000000-00-000)에 2002.10.01 입금한 사실이 나타나고 있는 바, 청구인은 쟁점주택의 양도대금으로 취득주택2의 취득대금을 지급하였음이 확인된다.

④ 위와 같이, 쟁점주택의 양도잔금으로 취득주택2의 취득잔금을 지급한 사실이 금융자료에 의해 명백히 확인되고 있는 이 건의 경우 설사, 취득주택1을 쟁점주택 보다 먼저 취득한 것으로 본다 할지라도 청구인은 쟁점주택 양도당시 일시적 1세대 2주택 보유자로서 쟁점주택 양도에 대해 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 규정에 의해 양도소득세를 비과세함이 타당하다고 판단된다.(국심2001서, 2001.06.12 같은 뜻임)

(3) 따라서, 처분청에서 청구인이 쟁점주택 양도당시 취득주택12를 보유하고 있었던 것으로 보아 쟁점주택 양도일 현재 1세대 3주택을 보유하고 있다 하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 규정을 적용하지 아니하고 청구인에게 쟁점주택 양도에 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 사실관계 조사를 소홀히 한 잘못이 있다 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 소득세법 제89조 / 소득세법시행령 제154조 / 소득세법시행령 제155조 / 소득세법시행령 제162조 /