납세의무 성립 당시 세법을 적용하여 대주주 요건 등을 판정한 것은 납세의무성립 후에 새로운 세법의 규정을 적용한 것이 아니므로, 소급과세 금지원칙에 위배되지 않음
납세의무 성립 당시 세법을 적용하여 대주주 요건 등을 판정한 것은 납세의무성립 후에 새로운 세법의 규정을 적용한 것이 아니므로, 소급과세 금지원칙에 위배되지 않음
[주문] 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다. [이유]
청구인은 협희등록법인인 청구외 (주)○○메디칼(이하 “청구외법인”이라 한다)의 주식 18,334주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 협회중개시장 등을 통하여 2000년 7월에 양도하였으나 양도소득세 신고는 하지 아니하였다. 국세청장은 ○○지방국세청에 대한 업무 감사시, 청구인은 청구외법인의 1999.01.01.∼12.31. 사업연도(이하 “1999사업연도”라 한다) 종료일 현재 청구외 법인의 주식의 합계액의 3％이상을 소유(4.58％ 소유)하여 소득세법시행령 제157조 제5항 제2호 에 규정된 청구외법인의 대주주에 해당됨에도 쟁점주식의 양도로 인하여 발생된 소득을 양도소득세 신고하지 아니한 사실을 지적하였고, 처분청은 위 감사지적에 따라 쟁점주식의 양도차익을 실지거래가액으로 계산하여 2003.06.02. 청구인에게 2000년 귀속ㆍ양도소득세 124,954,820원을 결정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.08.29. 이 건 심사청구하였다.
쟁점주식의 양도일이 속하는 직전사업연도 종료일인 1999.12.31.에는 청구인의 주식 지분이 100분의 5이상이 되지 않았으므로, 그 당시 소득세법시행령 제157조 제4항 에 따라 양도소득세 과세 제외 대상임에도, 과세관청은 1999.12.31. 개정된 2000년 양도 당시 소득세법시행령 제157조 제4항 (3％ 이상 보유요건)을 적용한 것은 국세기본법 제18조 【소급과세의 금지】에 위배된 것이므로 이 건 부과처분은 부당하다.
양도자산이 과세요건에 해당되는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하는 것이므로 청구인의 주장과 같이 쟁점주식의 취득시점인 1999년도 시행중인 소득세법을 적용할 것은 아니며, 청구인의 쟁점주식 양도에 따른 납세의무 성립시기는 그 양도일이 속하는 2000년도이므로 납세의무 성립 당시 세법을 적용하여 대주주 요건 등을 판정한 것은 납세의무 성립 후에 새로운 세법의 규정을 적용한 것이 아니므로, 이 건 과세처분은 국세기본법 제18조 의 규정을 위배한 것이 아닌 정당한 과세처분이다.
3. 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득
4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득 ■ 1998.12.31. 대통령령 제15969호로 개정된 소득세법시행령 제157조 【토지등의 범위】
④ 법 제94조 제3호에서 “한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 증권거래법 제2조 제12항 의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 “유가증권시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 합계액 중 100분의 5 이상에 해당하는 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조 의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)가 합해 법인의 주식등의 합계액의 100분의 1 이상(유가증권시장을 통하지 아니하고 양도하는 주식등을 포함한다)을 양도하는 경우의 당해 주식 등을 말한다. 이 경우 제158조 제1항 제1호ㆍ제4호 또는 제5호에 해당하는 주식 등을 제외한다.
⑤ 법 제94조 제4호에서 “한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 제158조 제1항 제1호ㆍ제4호 또는 제5호에 해당하지 아니하는 주식등(신주인수권을 포함한다)으로서 유가증권시장에 상장되지 아니한 것 중 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 주권상장법인외의 법인의 주식 등을 양도하는 것. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외한다.
2. 제1호 각목의 1에 해당하는 것으로서 법인의 주식등의 합계액 중 100분의 5 이상에 해당하는 주식 등을 소유하고 있는 주주 1인 및 기타주주가 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 1 이상을 양도하는 경우의 당해 주식등
⑥ 제4항 및 제5항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 주주 1인 및 기타주주가 주식등을 수회에 걸쳐 양도하는 때에는 그들 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 3년내에 그들이 양도한 다음 각호의 주식 등을 합산한다. 이 경우 제4항 및 제5항 제2호의 규정에 해당하는지의 여부의 판정은 그들 중 1인이 주식 등을 양도하는 날 현재의 당해 법인의 주식 등의 합계액 및 주주 1인과 기타주주의 주식 등의 합계액(그 날 양도한 주식 등을 포함한다)을 기준으로 한다.
1. 주권상장법인의 주식 등을 유가증권시장을 통하여 양도하는 것
2. 주권상장법인의 주식 등을 유가증권시장을 통하지 아니하고 양도하는 것.
3. 협회등록법인의 주식 등을 제5항 제1호 가목 또는 다목에 의하여 양도하거나 협회중개시장을 통하지 아니하고 양도하는 것
4. 주권상장법인 및 협회등록법인외의 법인의 주식 등을 양도하는 것(제5항 제1호 가목 또는 나목에 의하여 양도하는 것을 포함한다) ■ 1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정된 소득세법시행령 제157조 【토지등의 범위】
④ 법 제94조 제3호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 증권거래법 제2조 제12항 의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 “유가증권시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주 등”이라 한다)가 양도하는 주식 등을 말한다. 다만, 제158조 제1항 제1호ㆍ제4호 또는 제5호에 해당하는 주식 등을 제외한다.
1. 주권상장법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조 의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 “기타 주주”라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타 주주를 포함한다.
⑤ 법 제94조 제4호에서 “한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 제158조 제1항 제1호ㆍ제4호 또는 제5호에 해당하지 아니하는 주식 등으로서 유가증권시장에 상장되지 아니한 것 중 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 주권상장법인외의 법인의 주식 등을 양도하는 것. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외한다.
2. 제1호 각목의 1에 해당하는 것으로서 주권상장법인외의 법인의 대주주 등이 양도하는 주식 등 ■ 소득세법시행령 부칙 (1999. 12. 31. 대통령령 제16664호) 제1조【시 행 일】 이 영은 2000.01.01.부터 시행한다. 다만, 제25조 제2항 다목 및 제109조 제4호의 개정규정은 2000.07.01.부터 시행하고, 제25조 제1항 제1호ㆍ제53조 제1항ㆍ제187조 및 제214조의 개정규정과 부칙 제8조의 규정은 2001.01.01.부터 시행한다. ■ 소득세법시행령 부칙 (1999. 12. 31. 대통령령 제16664호) 제7조【양도소득에 관한 적용례】
① 이 영 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. ■ 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】
① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
(1) ○○지방국세청장의 청구인에 대한 서면검토조서를 보면, 청구인은 1999.12.24. 청구외법인의 유상증자에 참여하여 15,000주를 주당 30,000원에 취득하였고, 2000.02.21. 청구외법인이 주식발행초과금을 재원으로 실시한 무상증자로 인하여 3,334주를 무상으로 취득하였으며, 2000.7월경 쟁점주식 전부를 양도하였으나, 양도소득세 신고는 하지 아니하였는바, 국세청장은, ○○지방국세청에 대한 업무감사시 청구인은 협회등록 법인인 청구외법인의 1999사업연도 종료일 현재 총발행주식의 4.58％를 소유하고 있는 대주주에 해당되므로 2000년도에 양도한 쟁점주식의 거래에 대하여는 양도소득세를 과세하여야 한다고 감사지적하였고, 처분청은 이 지적에 따라 이 건 양도소득세를 결정ㆍ고지하였음이 확인된다.
(2) 이에 대하여 청구인은, 쟁점주식의 취득시점은 1999.12.24.이고, 1999.12.31. 현재 청구인은 청구외법인의 주식지분이 5％이상이 되지 아니하므로 1999년도의 소득세법시행령 제157조 제4항 에 의하면 쟁점주식거래는 양도소득세 과세 제외대상임에도 처분청이 1999.12.31.에 개정된 소득세법시행령 제157조 에 제4항(3％ 이상 보유요건)의거 쟁점주식거래를 양도소득세가 과세되는 거래로 보는 것은 국세기본법 제18조 【소급과세의 금지】에 위배되는 처분이라고 주장하므로 이에 대하여 본다.
① 양도소득세는 자산의 양도에 의하여 과세요건이 성립하는 소득세의 일종으로서 양도자산이 과세요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하는 것으로(같은 뜻: 대법원99두8268, 2001.07.27. 등 다수) 청구인이 이 건 고지처분과 관련하여 처분청이 소급과세의 금지원칙을 위배하고 적용한 것이라고 주장하는 1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정된 소득세법시행령 제157조 제4항 은 이에 대한 부칙 제1조 및 제7조에서 이 영 시행일인 2000.01.01.부터 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 명시되어 있고, 청구인이 이 건 쟁점주식에 대한 양도거래에 대하여 적용하여야 한다고 주장하는 1998.12.31. 대통령령 제15969호로 개정된 소득세법시행령 제157조 제4항 은 향후 소득세법이 개정되더라도 그 개정 전까지의 상장주식의 양도차익에 대해서는 양도소득세를 특별히 개정 전 법령을 적용한다는 등의 내용을 부칙 및 경과조치에 명시적으로 규정한 바가 없으며,
② 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 효력발생 전에 완성된 과세요건 사실에 대하여 당해 법령을 적용할 수 없다는 의미일 뿐, 계속된 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에 대한 새로운 법령 적용까지를 제한하는 것은 아니라 하겠다.
③ 위의 사실관계 및 법령을 종합하여 보면, 쟁점주식 양도에 따른 납세의무 성립시기는 쟁점주식의 양도시기인 2000년 중이므로, 당연히 합세의무성립 당시의 소득세법인 1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정된 소득세법시행령 제157조 제4항 및 제5항을 적용하여 청구인에게 대주주 요건 등을 판정하여야 할 것이라고 판단되고, 처분청이 이에 근거하여 이 건 양도소득세 과세한 처분은 국세기본법 제18조 규정을 위배한 처분이 아닌 정당한 처분이라고 판단된다.
④ 설사, 청구주장 이유 있다고 하더라도, 쟁점주식의 취득시점인 1999년도에 청구인과 특수관계자에 해당하는 청구외 이♡♡가 청구외법인의 주식 10,000주를 소유한 사실이 있는 바, 청구외법인의 1999사업연도 종료일 현재 총발행주식 327,500주 중 청구인과 청구외 이♡♡의 소유주식이 25,000주에 이르러 그 소유비율이 7.63％에 달하여 취득시점에 적용되는 법률에 의하더라도 청구인은 대주주에 해당되어, 쟁점주식의 양도에 대하여 이 건 양도소득세를 부과한 당초처분은 정당하다고 판단된다.
결정내용은 붙임과 같습니다.