불가피하게 소유권이전등기를 못한 경우 미등기 양도자산으로 볼 수 있는지 여부

○○세무서장이 2003.8.12. 청구인에게 결정고지한 2000년 귀속 양도소득세 44,654,690원은, 과세표준 45,937,500원에 (구) 소득세법 제104조 제1항 제1호 (1999.12.28. 법률 제6051호로 개정되어 2002.12.18. 버률 제6781호로 개정되기 전의 것)의 세율(30%)을 적용한 금액을 양도소득 산출세액으로 하여, 그 세액을 경정합니다.

청구인은 1994.11.1. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 잡종지 1,964㎡ 및 가축시장옥(건물) 33㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○은행(이하 “청구외조합”이라 한다)으로부터 172,000,000원에 매수하기로 매매계약을 체결하고 계약금 15,000,000원을 지급하고, 1994.12.24. 잔금 157,000,000원을 지급하였으나, 이에 대한 소유권이전등기를 하지 아니하고 있다가 5년 8개월 후인 2000.4.24. 쟁점부동산을 청구인의 자 청구외 김○○ 명의로 소유권 이전등기하였다. 이에 처분청은 청구외 김○○이 2000.4.24. 청구인으로부터 쟁점부동산을 증여 받은 것으로 보아 기준시가로 쟁점부동산을 평가하여 2002.6.1. 청구외 김○○에게 2000년 귀속 증여세 45,943,560원을 결정고지하였으나, 청구외 김○○은 이에 불복하여 2002.7.26. 심사청구를 하였고, 이에 대한 심사결정(증여2002-109호, 2003.6.30.)에 의하여 쟁점부동산의 기준시가 256,706,000원과 청구외 김○○이 쟁점부동산의 양도대가로 지급한 140,000,000원과의 차액 116,706,000원을 증여로 의제하여 증여세를 11,271,780원으로 감액경정하고, 청구인이 쟁점부동산의 일부를 미등기 양도한 것으로 보아 쟁점부동산의 양도가액 140,000,000원, 취득가액 94,062,500원으로 하고, 미등기 양도자산의 세율을 65%로 하여 2000년 귀속 양도소득세 44,654,690원을 2003.8.12. 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.11.2. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 당초 쟁점부동산을 청구외조합으로부터 취득하고, 소유권이전등기를 하고자 하였으나, 청구외조합은 청구인의 축산관련 사료대금 및 기존대출금의 채권보전이 불투명하다 하여 청구인이 소유권이전등기를 못한 것인 바, 이는 투기목적이나 조세회피목적이 없었음에도 (구) 소득세법 제104조 제3호 미등기양도자산의 세율(65%)을 적용하여 양도소득세를 과세함은 가혹하다.

청구인은 쟁점부동산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 청구외 김○○에게 양도하였음이 확인되는 바, 이는 미등기자산의 양도에 해당하므로, 과세표준에 미등기전매세율(65%)을 적용한 당초 처분 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도소득세 계산시 과세표준에 적용한 세율(65%)이 적정한 지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴보면 다음과 같다.

○ 소득세법 제104조 『양도소득세의 세율』 (1999.12.28. 법률 제6051호로 개정되어 2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되지 전의 것)

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1호ㆍ제2호 및 제5호의 규정에 의한 자산 중 다음 제2호 및 제3호에 규정된 것을 제외한 자산 (1999.12.28 개정) <양도소득과세표준> <세율> 3천만원 이하 과세표준의 100분의 20 3천만원 초과 600만원+3천만원을 초과하는 금액의 100분의 30 6천만원 이하 6천만원 초과 1천500만원+6천만원을 초과하는 금액의 100분의 40

2. (생략)

양도소득과세표준의 100분의 65

③ 제1항 제3호에서 “미등기양도자산”이라 함은 제94조 제1호 및 제2호에 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만 대통령령이 정하는 자산은 제외한다.

○ 소득세법 시행령 제168조 【미등기양도제외 자산의 범위 등 】(1999.12.31. 대통령령 16664호로 개정되어 2000.12.29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것) 법 제104조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 장기할부조건으로 취득한 자산으로서 그 계약조건에 의하여 양도당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산

2. 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산

3. 법 제89조 제2호ㆍ제4호 및 조세특례제한법 제69조 제1항 에 규정하는 토지

4. 법 제89조 제3호에 규정하는 1세대 1주택으로서 건축법에 의한 건축허가를 받지 아니하여 등기가 불가능한 자산

5. 상속에 의한 소유권이전등기를 하지 아니한 자산으로서 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 제5조 의 규정에 의하여 사업시행자에게 양도하는 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구인은 1994.12.24. 쟁점부동산을 청구외조합으로부터 취득하였으나 청구인 명의로 소유권이전등기를 하지 아니하다가 2000.4.24. 쟁점부동산을 청구외 김○○ 명의로 소유권이전등기하였음이 청구인과 청구외조합간에 체결된 1994.11.1.자 쟁점부동산의 매매계약서 및 쟁점부동산의 등기부등본 등에 의해 확인되고, 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

② 처분청은 증여당시의 기준시가에 의해 쟁점부동산을 평가하여 2002.6.1. 청구인에게 2000년 귀속 증여세 45,943,540원을 결정고지하였다가 2003.7.15. 11,271,780원으로 감액경정하였음이 국세청전산자료 등에 의해 확인된다.

(2) 다음으로, 처분청에서 청구인의 쟁점부동산의 양도에 대한 양도소득세 산정시 소득세법 제1항 제3호 의 미등기양도자산의 세율(65%)을 적용한 것이 타당한 지에 대하여 살펴본다.

① 쟁점부동산을 양도한 청구외조합의 사실확인서 및 회신문(정축14811-22, 2004.1.20.)에 의하면, 청구인 명의로 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기가 지연된 사유는 청구인이 청구외조합에 잔금을 지급할 당시 청구인의 청구외조합에 대한 사료대금 및 대출금이 기존에 제공된 담보물이나, 기타 채권보전사항에 비해 과다한 관계로 양자간 협의하에 청구외법인이 청구인에게 소유권이전을 유보하였다고 하여, 청구인이 고의 혹인 자의로 소유권이전등기를 회피하지 아니한 것으로 나타나고 있다.

② 국세심사결정서(양도2002-109, 2003.6.30.)에 의하면, 청구외 김○○에 대한 증여세를 과세하되, 청구인이 청구외 김○○으로부터 지급받은 140,000,000원에 대하여는 청구인이 청구외 김○○에게 유상양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세함을 별론으로 하고 있으나, 미등기양도자산으로 보아 (구) 소득세법 제1항 제3호 의 미등기양도자산 세율(65%)를 적용하라는 내용은 나타나지 아니하고 있다.

③ 청구인은 쟁점부동산의 취득이전부터 처인 청구외 김○○과 쟁점부동산소재지에 거주하면서 영농회장직을 맡아 농업에 종사하고 있음이 확인되는 바, 청구인은 농업을 주업으로 하는 것으로 판단되고, 육우 목적으로 쟁점부동산을 취득한 것으로 보여지며, 청구외 김○○ 또한 쟁점농지소재지에서 거주하면서 쟁점부동산을 증여(2000.4.24.)받은 이후 이 건 심리일 현재까지 쟁점부동산에서 농업(축산업)을 영위하고 있음이 국세심사결정서(양도2002-109, 2003.6.30.)등에 의하여 확인된다.

④ 상기 내용을 종합하여 보면, 첫째, 청구인이 쟁점부동산의 취득에 관한 등기가 불가피하게 지연된 상태에서 청구인의 자 청구외 김○○에게 소유권이전등기된 점, 둘째, 청구인은 쟁점부동산 소재지에서 평생을 거주하면서 농업에 종사하였고, 쟁점부동산의 취득목적 또한 농업용으로 취득한 것으로 판단된다는 점, 셋째, 청구인의 쟁점부동산 보유기간(5년 4개월)동안 농업(축사용)에 계속 사용하였고, 매매차익을 목적으로 제3자 명의로 소유권을 이전하지 아니하였을 뿐만 아니라, 매매에 따른 실지양도차손이 발생하였고 이에 대한 처분청의 증여세 과세가 이루어진 점, 넷째, 청구외 김○○ 또한 현재까지 쟁점부동산을 농업에 계속 사용하면서 보유하고 있다는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점부동산의 거래가 투기목적이나 조세회피를 통한 전매차익에 목적이 있는 것으로 보여지지는 아니한다.

(3) 그러하다면, 미등기 양도자산에 대하여 양도소득세를 중과하는 취지는 자산을 취득한 자가 양도당시 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 이를 양도함으로써, 각종 조세를 포탈하거나 양도차익만을 노려 잔대금 등의 지급없이 전전매매하는 따위의 부동산투기 등을 억제, 방지하려는데 의의가 있다고 할 것이므로, 애당초 그 자산의 취득에 있어서 자산의 미등기양도를 통한 조세 회피ㆍ전매이득취득 등 투기목적이 없다고 인정되고, 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 소유권이전등기를 하지 아니한 책임을 양도자에게 추궁하는 것이 가혹하다고 판단되는 경우, 즉 특별한 사정이 인정되는 경우에는 양도소득세가 중과되는 미등기양도자산에서 제외함이 타당하다 할 것이다(같은 뜻: 대법원98두5842, 1998.9.25.외).

이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.