검인계약서 상 양도가액을 실제가액으로 인정할 수 있는지 여부

[주문]

○○세무서장이 2003.04.01. 청구법인에게 결정고지한 1999 사업연도 법인세 21,404,035원, 2000 사업연도 법인세 16,027,578원 및 2001 사업연도 법인세 27,919,681원은

1. 청구법인의 1999년도에 양도한 ○○시 ○○동 -30번지 소재 공장용지 375㎡와 건물 132㎡의 양도가액 및 취득가액을 153,600,000원과 80,975,547원으로 2000년도에 양도한 ○○시 ○○동 -33번지 소재 공장용지 314㎡의 양도가액 및 취득가액을 75,000,000원과 67,803,524원으로, 2001년 양도한 ○○시 ○○동 -29번지 소재 공장용지 267㎡의 양도가액 및 취득가액을 122,000,000원과 57,654,589원으로 하여 각 사업연도 소득금액 계산상 각각 익금과 손금에 산입하고, 2001.07.18. ○○시에 기부채납한 ○○시 ○○동 -31번지외 1필지 도로 241㎡의 장부가액 52,040,285원을 법정기부금으로 보아 이를 손금에 산입하여 이 건 법인세 과세표준 및 특별부가세 과세표준을 경정한다.

2. 1999 사업연도 및 2000 사업연도 법인세 계산 시 적용한 계산서 미교부 가산세 2,390,000원(1999 사업연도 1,300,000원, 2000 사업연도 1,090,000원)은 이를 취소한다.

3. 2001 사업연도 청구외 김○○에게 상여처분한 120,000,000원은 이를 재조사하여 소득 처분한다. [이유]

청구법인은 ○○시 ○○동 번지에서 1994.06.01. 사업을 개시하여 1999.01.01. 처분청에 의해 폐업 처리되었으며 2001.01.01. 같은 곳에서 다시 사업을 시작하여 2001.12.31.까지 원목제재업을 영위하였던 법인으로서, 1999.12.23. ○○시 ○○동 -30번지 소재 공장용지 375㎡(이하 “쟁점1부동산”이라 한다)를 심○○에게, 2000.06.07. ○○시 ○○동 -33번지 소계 공장용지 314㎡(이하 “쟁점2부동산”이라 한다)를 ☆☆☆에게, 2001.07.15. ○○시 ○○동 -29번지 소재 공장용지 267㎡(이하 “쟁점3부동산”이라 한다)를 이◎◎에게 각각 양도하고 이에 대한 법인세를 신고하지 아니하였다. 이에 대하여 처분청은 2003.04.01. 청구법인에 대한 1999 사업연도 법인세 21,404,035원과 2000 사업연도 법인세 16,027,578원 및 2001 사업연도 법인세 27,919,681원을 각각 결정 고지하였고, 청구법인의 실질 대표자(1994.06.01.∼1999.01.01., 2001.9.29.∼2001.12.31., 명의상 대표자는 김○○ 외 4명이었고 2001.01.01.∼2001.9.28. 명의상 대표자 이□□임)인 ○○○에게 359,000,000원(1999년 130,000,000원, 2000년 109,000,000원, 2001년 120,000,000원)을 상여처분하고 소득금액변동통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.8.12. 이 건 심사청구를 하였다.

(1) 쟁점1 내지 쟁점3부동산의 양도가액은 부동산매매계약서(검인계약서)에 의하여 확인된 금액 (쟁점1부동산 68,000,000원, 쟁점2부동산 75,000,000원)으로 산정함이 타당하다.

(2) 1999 및 2000 사업연도의 특별부가세를 산출함에 있어 쟁점1 및 쟁점2부동산의 경우 취득가액은 확인되나 양도가액이 불분명하므로 양도가액은 구 법인세법 제59조 의 2 제4항에 의하여 환산하여야 한다.

(3) 청구법인은 1999.01.01. 직권폐업된 사업자로 쟁점1 내지 쟁점2부동산의 양도일 현재 이미 사업자로의 지위가 상실되어 계산서 작성 교부의무가 해제되었으므로 계산서 미교부가산세 부과는 위법ㆍ부당한 처분이다.

(4) 2001년도 양도된 쟁점3부동산의 양도대금은 청구외 이□□가 수령하여 사용하였으므로 이□□에게 상여처분함이 타당하다.

(5) 2001.07.18. ○○시에 기부채납된 ○○시 ○○동 -31번지 소재 도로 117㎡와 같은 곳 -32번지 소계 도로 20.54㎡는 법정기부금이므로 동 토지의 장부가액 29,699,671원은 전액 손금산입함이 타당하다.

(1) 청구법인이 증거자료로 제출한 부동산매매계약서는 검인계약서로서 소유권이전등기를 위한 법원제출용으로 사용되는 것이 일반 관례인 바 실지거래가액을 나타내는 진실된 계약서로 보기 어려우며, 쟁점부동산과 연접된 ○○시 ○○동 ***번지 소재 공장용지 1,058㎡(쟁점1 및 쟁점2부동산은 본 지번에서 1999.06.05. 각각 분할된 토지로서 1999년 이후 공시지가 차이가 없는 토지임)에 대하여 1997.04.10. 청구외 이□□와 청구법인간의 매매계약 체결된 내용을 보면 매매대금은 320,000,000원으로 평당 1,000,000원에 계약된 사실을 알 수 있으며, 쟁점3부동산의 매수자인 이◎◎에게 확인한 바에 의하면 청구법인으로부터 1억2천만원에 취득한 사실이 나타나고 있는 등 위 확인된 가액에 의하여 쟁점1부동산의 양도가액을 1억3천만원, 쟁점2부동산의 양도가액을 1억9백만원, 쟁점3부동산의 양도가액을 1억2천만원으로 하여 결정한 당초 처분은 정당하다.

(2) 쟁점1 및 쟁점2부동산의 확인된 실지 양도가액에 의해 결정한 특별부가세 과세표준은 정당하다. (3) 소득세법시행령 제211조 제1항 의 규정에 의하면 사업자가 재화나 용역을 공급할 때에는 계산서를 작성ㆍ교부할 의무가 있으나 청구법인은 1999.01.01. 폐업된 상태에서 사업자의 지위가 상실하였으므로 계산서 작성ㆍ교부의무가 없다고 판단되므로 청구주장은 정당하다.

(4) 청구외 이□□의 확인에 의하면 청구법인의 실질적인 대표이사는 김○○로서 쟁점3부동산의 양도대금을 모두 김○○가 수취한 사실이 확인되고 있고, 매수자 이◎◎의 확인에 의해서도 토지대금을 ○○산업주식회사에 지급한 사실이 확인되므로 실질적 대표자인 김○○에게 상여처분한 당초 처분은 정당하다.

(5) 기부채납된 토지에 대하여는 기부채납된 사실을 조사하여 손금산입여부를 판단함이 타당하다.

• 가. 쟁 점 이 건 심사청구의 쟁점은,

(1) 쟁점1 내지 쟁점3부동산의 양도가액을 359,000,000원으로 결정한 처분의 적정여부

(2) 쟁점1 및 쟁점2부동산의 양도가액을 환산가액으로 결정할 수 있는 지 여부

(3) 쟁점1 내지 쟁점3부동산에 대하여 계산서 미교부가산세를 적용한 것이 적정한지 여부

(4) 쟁점3부동산 양도대금의 실질적인 귀속자가 청구외 김○○인지 여부

(5) 기부채납한 토지를 2001 사업연도의 손금에 산입할 수 있는지 여부

• 나. 관계법령 ■ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. ■ 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. ■ 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. ■ 법인세법시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액 ■ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ■ 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 ■ 법인세법 제99조 【특별부가세 과세표준】

① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.

2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용

④ 제3항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액이 분명하지 아니한 경우에는 제102조 제2항의 규정에 의한 가액을 취득가액으로 한다. ■ 법인세법시행령 제141조 【기준시가의 산정】

① 법 제99조 제4항에서 대통령령이 정하는 산식이라 함은 다음 각 호의 산식을 말한다.

2. 양도가액이 분명하지 아니한 경우 양도당시의 기준시가(소득세법시행령 제164조 제7항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가를 말한다) 취득가액 × ───────────────────────── 취득당시의 기준시가 ■ 법인세법 제76조 【가산세】

① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.

⑨ 납세지 관할세무서장은 법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.

1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 ■ 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】

① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다. ■ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. ■ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다. ■ 법인세법 제24조 【기부금의 손금불산입】

① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 지정기부금은 손금산입한도액을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

② 제1항 및 제29조의 규정은 다음 각호의 기부금에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

1. 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액 ■ 법인세법 제13조 【과세표준】 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1에 대한 사실관계 및 판단

① 처분청은 청구법인의 법인세 등을 결정함에 있어 쟁점1부동산의 경우 양도가액은 130,000,000원으로 취득가액은 장부가액인 92,899,466원으로, 쟁점2부동산의 경우 양도가액은 109,000,000원으로 취득가액은 장부가액인 78,220,219원으로, 쟁점3부동산의 경우 양도가액은 120,000,000원으로 취득가액은 장부가액인 57,654,589원으로 하였음이 법인세과세표준 및 세액결정결의서에 의해 확인된다.

② 처분청의 조사서에 의하면 쟁점1부동산과 쟁점2부동산은 청구외 이□□의 확인서에 의하여 평당 1,000,000원으로 산정한 130,000,000원 및 109,000,000원을 각각 양도가액으로 결정하였고, 쟁점3부동산은 매수인인 청구외 이◎◎의 확인서에 의해 양도가액을 120,000,000원으로 산정한 내용이 나타난다.

③ 이 건 심리기간 중 쟁점1부동산의 매수인 청구외 심○○가 2004.01.31. 동래세무서장에게 제출한 양도소득과세표준신고서에 의하면 청구외 심○○는 1999.08.20. 청구법인으로부터 쟁점1부동산을 153,600,000원(부속건물 132㎡ 포함)에 취득한 것으로 신고하였고 그 증거서류로 청구법인 대표이사 김◇◇의 대리인 김○○가 작성한 영수증을 제출하였다.

④ 또한 쟁점2부동산의 매수자인 오☆☆의 남편 정△△은 2004.3.12. 전화(055-*-**)통화에서 청구법인으로부터 쟁점2부동산을 75,000,000원에 매수하였다고 하면서 부동산매매계약서를 증거자료로 제출하였다.

⑤ 한편, 청구법인이 2004.02.13. 추가 제출한 자료에 의하면, 2001.01.01. 청구법인 대표이사로 취임한 청구외 이□□와 청구외 이◎◎은 쟁점3부동산을 2001.04.25. 매매계약을 체결하여 계약금으로 20,000,000원, 잔금 102,000,000원에 거래한 사실이 부동산매매계약서에 의해 확인된다.

⑥ 위 내용으로 볼 때 쟁점1부동산의 양도가액은 청구외 심○○가 양도소득세 신고 시 제시한 청구법인의 영수증서에 의하여 153,600,000으로 확인되고(부속건물 132㎡ 포함), 쟁점2 및 쟁점3부동산은 매수인이 제출한 부동산 매매계약서에 의하여 75,000,000원 및 122,000,000원임이 확인되고 있어 위 확인된 양도금액을 청구법인의 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 쟁점2에 대한 사실관계 및 판단

① 처분청이 심리자료로 제출한 법인세과세표준 및 세액결정결의서상 특별부가세를 결정한 내용에 의하면 쟁점1 내지 쟁점3부동산의 양도가액은 359,000,00원(쟁점1부동산 130,000,000원, 쟁점2부동산 109,000,000원, 쟁점3부동산 120,000,000원)으로, 취득가액은 장부가액을 분할된 면적으로 안분한 228,774,274원(쟁점1부동산 92,899,466원, 쟁점2부동산 78,220,219원, 쟁점 3부동산 57,654,589원)으로 하여 양도차익을 130,225,726원(쟁점1부동산 37,100,534원, 쟁점2부동산 30,779,781원, 쟁점3부동산 62,345,411원)으로 산정한 사실이 확인된다.

② 한편, 청구법인은 1995.02.18. 쟁점1 내지 쟁점3부동산의 모번지 토지인 ○○시 ○○동 ***번지 소재 공장용지 2,138㎡를 취득하였고, 청구법인의 장부상 취득가액은 461,668,587원임이 국세통합전산망에 의해 확인된다.

③ 처분청이 청구법인의 쟁점1 및 쟁점2부동산의 취득가액을 산정함에 있어 쟁점1부동산의 면적을 430.22㎡로, 쟁점2부동산의 면적을 362.24㎡로 하여 산정하였음이 법인세과세표준 및 세액결정결의서에 의해서 확인된다.

④ 위 내용을 종합하여 볼 때, 쟁점1 내지 쟁점3부동산에 대한 특별부가세 양도가액은 앞 선 쟁점1의 심리와 같다 할 것이다. 다만, 처분청이 산정한 취득가액을 살펴보면 취득면적에 있어 쟁점1부동산의 경우 공부상 면적이 375㎡임에도 이를 430.22㎡(차액 55.22㎡는 ○○시로 기부채납 됨)로, 쟁점2부동산의 경우 314㎡임에도 이를 362.24㎡(차액 48.24㎡는 ○○시로 기부채납 됨)로 잘못 적용하여 취득금액을 산정하였으므로 공부상 면적에 의하여 취득가액을 쟁점1부동산은 80,975,547원(461,668,587원×375㎡/2,138㎡)으로, 쟁점2부동산은 67,803,524원(461,668,587원×314㎡/2,138㎡)으로 하여 양도차익을 재 산정함이 타당하다고 판단된다.

(3) 쟁점3에 대한 사실관계 및 판단

① 국세통합전산망에 의하면 청구법인은 1994.06.01. 사업을 개시하여 1999.01.01. 처분청에 의해 직권폐업 되었다가 2001.01.01. 다시 사업을 시작하여 2001.12.31.까지 사업을 영위하였음이 확인된다.

② 법인세법 제121조 제1항 에 법인이 재화를 공급하는 때에는 계산서를 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 하나, 청구법인은 이 건 쟁점1 및 쟁점2부동산 양도일 현재 사업을 하지 않아 처분청이 폐업처리 한 상태이므로 계산서 교부의무가 없다 할 것이어서 처분청이 이 건에 대하여 계산서 미교부가산세를 부과한 것은 잘못된 처분으로 판단된다.

(4) 쟁점4에 대한 사실관계 및 판단

① 처분청은 쟁점3부동산의 양도대금 120,000,000원을 청구외 김○○에게 소득금액변동통지 하였음이 조사서 등 관련서류에 의하여 확인된다.

② 청구법인의 대표이사 변동 내역은 국세통합전산망에 의하면 다음과 같다. ┌────────────┬────┬───────┬────────┐ │ 기 간 │ 성 명 │ 주민등록번호 │ 비 고 │ ├────────────┼────┼───────┼────────┤ │1994.06.01.∼1994.10.17.│ 김▷▷ │591116-│ │ ├────────────┼────┼───────┼────────┤ │1994.10.18.∼1995.10.16.│ 강♤♤ │500304-│ │ ├────────────┼────┼───────┼────────┤ │1995.10.17.∼1996.10.04.│ 추♡♡ │680320-│ │ ├────────────┼────┼───────┼────────┤ │1996.10.05.∼1997.02.19.│ 김♧♧ │490721-│ │ ├────────────┼────┼───────┼────────┤ │1997.02.20.∼1999.01.01.│ 김◇◇ │550907-│ 등기부상 │ │ │ │ │ 2001.09.29.∼ │ ├────────────┼────┼───────┼────────┤ │1999.01.02.∼2000.12.31.│폐업기간│ - │쟁점 1·2부동산 │ │ │ │ │ 양도 │ ├────────────┼────┼───────┼────────┤ │2001.01.01.∼2001.12.31.│ 이□□ │470603-│쟁점 3부동산 │ │ │ │ │ 양도 │ └────────────┴────┴───────┴────────┘

③ 이 건 심리기간 중 확인한 바에 의하면 청구외 이◎◎은 2001.07.20. 쟁점3부동산의 매매대금을 ○○○수협에서 수표로 인출하여 청구외 이□□에게 지급한 사실과 2001.07.20. 동 수표의 입금자가 청구외 이□□인 사실이 ○○수협 ○○○지점의 회보내용 및 청구외 이◎◎의 확인서에 의해 확인된다.

④ 한편, 청구외 이□□는 위 입금된 날짜와 같은 날 50,000,000원을 ○○개발(주) 【612-81-*】로 입금하였음이 확인되며, ○○개발(주)는 청구법인과 관련되어 있음이 청구외 이□□ 및 청구법인의 대표인 김◇◇의 전화 진술에 의해 확인된다.

⑤ 위 내용을 종합하여 볼 때 쟁점3부동산의 양도대금은 청구외 이□□가 수령하였고 다시 일부 금액이 쟁점3부동산의 잔금 일에 청구법인 관련회사로 입금되는 등 쟁점3부동산의 처분은 그 귀속이 불분명하므로 재조사 처분하여야 할 것으로 판단된다.

(5) 쟁점5에 대한 사실관계 및 판단

① 청구법인은 2001.07.18. ○○시 ○○동 -31번지 소재 도로 117㎡와 같은 곳 -32번지 소재 도로 124㎡(이하 두 필지를 합하여 “쟁점도로”라 한다)를 ○○시에 기부채납한 사실이 등기부등본에 의하여 확인된다.

② 이 건 심리기간 중 ○○시가 위 도로의 기부채납에 대하여 회신한 내용에 의하면 기부채납과 관련하여 어떠한 사용수익허가도 없었음이 확인된다.

③ 청구법인은 기부채납한 ○○시 ○○동 -31번지 소계 도로 117㎡와 같은 곳 -32번지 소재 도로 20.54㎡ 등 137.54㎡가 도시계획도로로 구획되어 있어 사용수익 조건없이 ○○시에 기부채납 하였으므로 동 토지의 장부가액 29,699,671원(461,668,587원 × 137.54㎡/2,138㎡)은 법정기부금으로 전액 손금산입 하여야 한다고 주장한다.

④ 위 내용을 종합하여 볼 때 청구법인이 사용수익허가 없이 쟁점도로를 ○○시에 기부채납한 사실이 확인되고 있어 이를 법정기부금으로 손금산입함이 타당하다 하겠으나, 청구법인이 기부채납한 토지는 241㎡(쟁점도로)이므로 동 도로의 장부가액 52,040,285원(461,668,587원×241㎡/2,138㎡)을 2001 사업연도의 손금에 산입하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 국세기본법 제14조 / 국세기본법 제16조 / 법인세법 제15조 / 법인세법시행령 제11조 / 법인세법 제19조 / 법인세법시행령 제19조 / 법인세법 제99조 / 법인세법시행령 제141조 / 법인세법 제76조 / 법인세법 제121조 / 법인세법 제67조 / 법인세법시행령 제106조 / 법인세법 제24조 / 법인세법 제13조 /