양도소득세 감면신청을 거부한 처분이 정당한지 여부

○○세무서장이 2003.04.26 청구인의 양도소득세 감면신청을 거부한 처분은 구조세감면규제법 제65조 1제1항에 규정한 국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 감면을 50%를 적용하여 그 세액을 결정합니다.

청구인은 1997.04.30. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○ 소재 대지 586.6㎡(2,792.20㎡중 청구인 지분, 이하󰡒쟁점토지󰡓라 한다)를 청구외 (주)○○ 건설(이하 󰡒청구외법인󰡓이라 한다)에 양도하고, 기준시가로 양도차익을 계산하여 1997.05.02.양도소득세 신고하고 1997.06.30. 양도소득세 40,291,510원을 자진 납부하였다. 청구인은 2003.04.07. 처분청에 쟁점토지의 양도가 구 조세감면규제법상의 국민주택건설용지에 대한 감면대상에 해당된다고 하여 감면신청을 하였고, 처분청은 당초 양도소득세 신고시 감면신청서를 제출하지 아니하여 2003.04.26. 이를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 이 건 심사청구를 제기하였다.

국민주택건설용지에 대한 양도소득세 감면규정인 구 조세감면규제법 제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제9항에서 『과세표준신고기한 내에 감면신청서를 제출하지 못한 경우에도 과세표준 신고기한으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 제출할 수 있다』고 규정하고 있어, 청구인이 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 감면신청을 하였으므로 감면하야 한다.

1997년 귀속 양도소득세는 정부부과 과세제도로서 소득세법 제114조 제3항 의 규정에 결정내용을 매년 8월16일까지 서면 통지하도록 하고 있고, 그 기간이 경과하였으므로 당초 신고내용대로 결정한 것으로 보는 것이며, 따라서 과세표준과 세액 결정일 이후에 감면 신청한 것이므로 감면을 거부함은 적법하다.

• 가. 쟁점 양도소득세 감면신청을 거부한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 구 조세감면규제법 제66조【국민주택건설용지등에 대한 양도소득세등의 감면】 (1997.12.13. 법률 제5417호로 개정 전)

① 내국인이 다음 각 호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의50)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 “주택건설등록업자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지(이하 생략)

④ 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자·사원용 임대주택 건설자 또는 기숙사건설자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다. 같은 법시행령 제63조【국민주택건설용지등에 대한 양도소득세등의 감면】

⑨ 법 제66조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자·사원용 임대주택건설자 또는 기숙사건설자는 당해토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고 기한 내에 총리령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 양도자의주소지 소관세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 그 기한 내에 세액감면신청서 등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준신고기한으로 부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 이를 제출할 수 있다.

1. 주택건설등록업자등록증 사본 또는 사업자등록증 사본

4. 제5항 제3호에 해당하는 경우에는 총리령이 정하는 서류 같은 법 시행규칙 제31조 【국민주택건설용지등에 대한 감면세액의 계산】

① 영 제63조 제8항에 규정된 감면세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 국민주택건설용지등의 면적 산출세액 ×────────────────────× 감면율 양도토지면적

② 제1항의 산식에 규정된 국민주택건설용지 등의 면적은 다음 각 호에 의하여 계산한 면적으로 한다.

1. 아파트인 국민주택을 건설하는 경우에는 다음 각목의 면적을 합산한 면적

• 가. 당해 양도토지 면적에 아파트 총대지면적에 대한 공공시설용지면적의 비율 (이하 이 조에서 “공공시설용지비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 면적
• 나. 당해 양도토지면적 중 가목의 규정에 의한 면적을 제외한 잔여토지면적에 국민주택 및 그 외의 건물의 건물총면적에 대한 국민주택건물총면적의 비율(이하 이 조에서 “국민주택비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 면적

2. 아파트외의 국민주택을 건설하는 경우에는 당해 토지면적에 국민주택비율을 곱하여 계산한 면적 소득세법 제114조 【양도소득세 과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】 (1999.12.28 법률 제6051호로 개정 전)

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항의 규정에 의하여 결정한 과세표준과 세액 기타 필요한 사항을 매년 8월 1일부터 8월 16일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 거주자에게 서면으로 통지하여야 한다.(단서생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1991.06.22. 쟁점토지를 취득한 후 1997.04.30. 청구외 법인에게 양도하면서 기준시가로 양도차익을 산정하여 1997.05.02. 세액감면 신청 없이 사전 신고한 후, 1997.06.30. 양도소득세 40,291,510원을 납부하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 비록 쟁점토지 양도시는 감면신청서를 제출하지 아니하였으나 쟁점토지를 국민주택건설용지로 양도하였으므로 감면대상에 해당된다고 보고 2003.04.08. 청구외법인 명의로 처분청에 세액감면신청을 하였으나, 처분청에서는 당초신청이 없었다고 하여 양도소득세 감면결정하지 아니하였음이 세무서 세이 46830-10258(2003.04.26) 공문 등에 의하여 확인된다.

(3) 청구외법인은 주택건설업등록을 한 주택건설사업자로서 쟁점토지를 취득하여 국민주택규모이하의 주택건설용지로 사용하고1997.10.24. 사용승인을 받았음이 확인되며, 국민주택비율은 총 건물총면적 10,298.95㎡중 8,763.27㎡임대주택건설사업자등록증, 건축물 사용승인신청서 및 사용승인서, 등기부등본 등에 의하여 확인된다.

(4) 처분청에서는 이 건 심사청구일 현재까지 쟁점토지의 양도에 대하여 양도소득세를 결정한 사실이 없음이 국세청전산망에 의하여 확인된다.

(5) 처분청은 소득세법 제114조 제3항 의 규정에 의거 양도소득세 결정내용을 매년 8월16일까지 서면통지 하도록 규정하고 있으므로 당초 신고한 내용대로 결정되었다고 보고 결정일 이후 감면을 신청한 것이므로 이를 거부함은 적법하다고 함으로 이에 대하여 살펴보면,

① 부과납세방식의 국세에 있어서는 과세관청이 과세표준과 세액을 부과결정한 때에 납세의무가 구체적으로 확정되는 것이고 그 확정의 효력은 납세의무자에게 그 결정이 통지된 때에 발생한다고 할 것이며, 구 소득세법 제114조 제3항 에서 매년 8월 16일까지 결정하여 통지하여야 한다는 규정은 강행규정이 아닌 단순한 훈시규정이라고 해석함이 타당하므로,

② 처분청이 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세를 결정함이 없이 단순히 훈시 규정상의 결정기한이 경과하였으므로 결정한 것으로 간주하여야 한다는 것은 법 규정을 오해한 것이라 할 것이다.

(6) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 구 조세감면규제법시행령 제63조 제9항의 단서에서 과세표준 및 세액의결정일 이내에 이를 제출할 수 있다라고 규정한 것은 감면에 해당되면 과세표준 및 세액의 결정일 전까지만 감면신청서를 제출하면납세자에게 불이익이 없도록 감면을 해주겠다는 취지이고, 이 건 과세표준 및 세액이 결정된 사실이 없었으므로 이는 적법한 감면신청이라 할 것이다. 따라서, 쟁점토지는 양도일로부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지이므로 양도소득세 산출세액에 국민주택비율을 곱한 금액의 50%에 상당하는 세액을 감면함이 타당하다고 판단된다(심사 97양도4134, 1998.01.23. 같은 뜻). 다만, 감면세액에 대한농어촌특별세를 과세하는 것은 별론 으로 한다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.