함께 양도한 자산이라도 기준시가 및 실지거래가액으로 다르게 신고할 수 있음

[주문]

○○세무서장이 2003.2.15. 청구인에게 결정고지한 2002년 귀속 양도소득세 81,932,760원(2003.2.28.자 68,286,790원으로 감액경정)의 부과처분은,

1. ○○시 ○○구 ○○동 108-27 대지 261㎡의 양도차익은 기준시가에 의하여 결정하고,

2. 같은곳 108-124 대지 11㎡의 양도차익은 실지거래가액(양도가액 39,058,388원, 취득가액 38,354,388원)으로 결정하며,

3. 같은곳 108-17 및 동 108-124 소재 지상건물 750.46㎡의 양도차익은 실지거래가액(양도가액 527,200,000원, 취득가액 527,200,000원)으로 결정하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다. [이유] ※ 양도 2003-130(김△△)와 양도 2003-131(이△△)은 동일한 사안이므로 병합 심리한다.

청구인(이하 "김△△, 처 이△△"을 말한다)은 2000.11.29. ○○시 ○○구 ○○동 108-27 대지 272㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)와 동 지상주택 324.51㎡를 부부공동소유로 478,000,000원에 취득하여 지상주택은 멸실하고, 대지를 정비하기 위해 쟁점토지 중 261㎡(이하 "쟁점토지①"이라 한다)를 제외한 11㎡와 연접한 108-24 대지 11㎡(이하 "쟁점토지②"라 한다)를 2001.3.23. 교환으로 취득한 후 쟁점토지①② 지상에 주택 및 근린생활시설 750.46㎡(이하 "쟁점건물"이라 한다)를 2001.9.11. 신축(공사비 527,200,000원)하여 보유하다 2002.2.8. 청구외 전△△에게 양도하고 2002.2.15. 실지거래가액(양도가액 1,040,000,000원, 취득가액 1,005,200,000원)으로 양도소득세 예정신고를 하였고, 이에 대해 처분청은 실지조사에서 쟁점토지①②와 쟁점건물의 실지양도가액을 1,493,000,000원으로 확인하고, 취득가액은 청구인이 신고한 가액 1,005,200,000원 그대로 인정하여 세무조사결과통지를 하자 청구인은 2002.12.28. 보유기간이 1년 이상인 쟁점토지①의 양도차익은 기준시가로 계산하고, 보유기간이 1년 미만인 쟁점토지②와 쟁점건물은 실지거래가액으로 계산한 후 당초 양도소득세 신고내용을 수정하여 신고하면서 과세전적부심사청구를 제기하였다. 처분청은 청구인이 변경신고한 양도차익 계산방법을 인정하지 아니하고 2002년 귀속 양도소득세 163,865,520원(김△△ 81,932,760원, 이△△ 81,932,760원)을 청구인에게 결정고지하였다가 2003.2.28. 자산별 보유기간 착오를 확인하고 청구인의 양도소득세를 136,573,580원(김△△ 68,286,790원, 이△△ 68,286,790원)으로 감액경정 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.5.15. 이 건 심사청구를 하였다.

현행 소득세법상 자산양도차익의 계산은 자산별로 산정할 수 있도록 규정되어 있고, 확정신고기한 이내에는 예정신고를 하였다고 하더라도 양도차익 계산방법을 변경하여 확정신고를 할 수 있는 것으로서 쟁점토지①은 그 보유기간이 1년 이상이므로 기준시가(양도가액 289,710,000원, 취득가액 279,270,000원)로 양도차익을 계산함이 타당하고(같은뜻: 재일 46014-1164, 1997.5.13.외), 쟁점토지②와 쟁점건물은 보유기간이 1년 미만이고 쟁점건물의 경우는 실지 취득가액과 양도가액이 확인되므로 실지거래가액으로 양도차익을 계산함이 타당하다.

청구인이 쟁점토지①②와 쟁점건물을 양도하고 실지거래가액으로 예정신고한 후 쟁점토지①의 양도차익을 기준시가로 계산하여야 한다는 청구인의 주장은 받아 들일수 없고, 실지거래가액으로 예정신고한 양도가액 1,040,000,000원은 사실과 달리 1,493,000,000원임이 확인되었고 취득가액은 실지거래가액으로 예정신고한 1,005,200,000원임이 인정되므로 이에 따라 과세표준과 세액을 경정고지함은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지①의 양도차익은 기준시가로 하고, 쟁점토지②와 쟁점건물은 실지거래가액으로 양도차익을 계산할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련한 법령을 살펴본다.

○ 소득세법(2001.12.31. 법률 제6557호 개정) 제96조 (양도가액)

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

○ 소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

○ 소득세법 제100조 (양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

○ 소득세법 제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지)

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제07조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득세 과세표준예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

○ 소득세법시행령 제176조의2 (추계결정 및 경정)

② 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 제1호 내지 제6호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 X {취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가(제164조 제7항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계 및 판단 [먼저 사실관계에 대하여 살펴본다.]

(1) 청구인은 2000.11.29. 쟁점토지와 동 지상주택 324.51㎡을 478,000,000원에 취득하여 지상주택은 멸실하고, 대지를 정비하기 위해 쟁점토지 11㎡와 연접한 쟁점토지②를 2001.3.28. 교환으로 취득한 후 2001.8.23. 쟁점토지①② 지상에 공사비 527,200,000원에 쟁점건물을 2001.8.23. 신축하였다가 2002.2.8. 양도하고 같은해 2.15. 실지양도가액은 1,040,000,000원, 실지취득가액은 1,005,200,000원으로 양도소득세 예정신고를 하였음이 2002년 귀속 양도소득세 예정신고서에서 확인된다.

(2) 처분청은 2002.12.9. 동 예정신고내용에 대한 조사결과 실지양도가액이 1,493,000,000원임을 확인하고 이를 기준으로 양도차익을 계산함이 타당하다고 세무조사 결과통지를 하였고, 청구인은 이에 대해 양도소득세는 자산별로 양도차익을 계산함이 타당하므로 보유기간이 1년이 초과되는 쟁점토지①의 양도차익은 기준시가로, 보유기간이 1년 미만인 쟁점토지②와 쟁점건물은 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여야 한다고 하면서 2002.12.28. 과세전적부심사청구를 제기함과 동시에 당초 양도소득세 신고한 내용을 수정하여 신고하였다.

(3) 이에 처분청은 2003.1.29. 과세전적부심사청구결정에서 예정신고시 실지거래가액으로 신고한 것을 쟁점토지①에 대해서만 기준시가로 양도차익을 계산할 수는 없다고 결정통지한 후 쟁점토지①②와 쟁점건물의 실지양도가액은 조사확인된 1,493,000,000원으로 하고, 취득가액은 청구인이 실지거래가액으로 예정신고한 1,005,200,000원을 그대로 인정하여 2003.2.15. 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 163,865,520원(김△△ 81,932,760원, 이△△ 81,932,760원)을 2003.2.15. 결정고지 하였다가 자산별 보유기간 착오를 확인하고 2003.2.25. 청구인에 대한 양도소득세를 136,573,580원(김△△ 68,286,790원, 이△△ 68,286,790원)으로 감액 경정하였음이 과세전적부심사청구서와 양도소득세 조사종결보고서 및 결정결의서 등에 의해 확인된다. [다음 쟁점에 대하여 살펴본다.]

(1) 쟁점토지①②와 쟁점건물의 양도당시 매매계약서에 대하여 보면,

① 청구인과 매수자인 청구외 전△△간에 2002.1.5. 체결된 쟁점토지①②와 쟁점건물에 대한 매매계약서에 의하면, 총 매매가액은 1,493,000,000원으로 기재되어 있는데 동 매매계약서가 실지계약서임에는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없고,

② 동 매매계약서에 기재되어 있는 특약사항 중 제4호의 기재내용을 보면, 청구인과 청구외 전△△은 건물가액은 527,200,000원, 토지가액은 965,800,000원으로 위 매매금액을 구분하여 매매하는 것으로 되어 있다.

③ 당심에서 청구외 전△△에게 동 매매계약서에 대하여 전화로 재확인한 바, 총 매매가액 1,493,000,000원은 사실과 상위 없고, 특약사항 제4호의 기재내용도 매매계약 체결당시 구분 기재한 사실을 인정하고 있을 뿐만 아니라 이 건 관련 중개인인 제일부동산 대표 윤△△도 매매계약서 특약사항 4호를 기재하게 된 이유는 거래당사자인 쌍방 모두가 성격이 상당히 까다로운 사람들이라 계약체결 당시 어려움이 많았고 매매금액도 토지와 건물을 명확히 구분하여 거래하자고 하여 토지와 건물을 구분하여 기재한 사실과 동 매매계약서를 보관하고 있는 것으로 진술하고 있다.

④ 또한, 청구외 전△△이 쟁점토지①②와 쟁점건물을 청구인으로부터 매수하였다가 양도하고 이에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여 반포세무서장에게 확인한 바, 청구외 전△△은 양도소득세 신고시 실지취득가액을 동 매매계약서를 첨부하여 1,493,000,000원으로 신고한 사실이 확인된다.

⑤ 위와 같은 사실관계와 소득세법 제100조 (양도차익의 산정)에 의한 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 토지, 건물을 구분하여 기장하도록 규정되어 있는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점토지①②와 쟁점건물의 실지매매가액 1,493,000,000원 중 쟁점토지①②의 실지거래가액은 동 매매계약서에 구분 기재된 965,800,000원, 쟁점건물의 실지거래가액은 527,200,000원으로 봄이 타당하다 하겠다.

(2) 쟁점토지와 쟁점건물의 취득가액에 대하여 살펴보면,

① 분할되기 전 토지인 쟁점토지와 동 지상건물 324.51㎥에 대하여 청구인과 청구외 강△△간에 작성된 매매계약서상 매매가액 478,000,000원은 실지거래가액임이 처분청 조사시 확인되었으나, 쟁점토지를 취득한 이후 동 쟁점 토지 중 11㎥와 교환으로 새로 취득하게 된 쟁점토지②의 취득가액은 취득사유가 교환이기 때문에 실지거래가액이 확인되지 아니한다.

② 또한, 쟁점건물 신축가액 527,200,000원은 처분청에서 신축업자인 청구외 이△△로부터 실지거래가액으로 확인하였음이 조사보고서에서 확인된다.

(3) 쟁점토지①②와 쟁점건물에 대한 보유기간에 대하여 살펴보면,

① 쟁점토지①은 2000.11.29.취득하여 2002.2.8. 양도한 사실이 토지등기부등본에 의하여 확인되고, 쟁점토지②는 2001.3.23. 취득하여 2002.2.8. 양도하였으며, 쟁점토지①② 지상에 신축된 쟁점건물은 2001.9.11. 신축하였다가 2002.2.8. 양도한 사실이 토지ㆍ건물 등기부등본 등에서 확인된다.

② 따라서, 쟁점토지①은 보유기간이 1년 이상이므로 기준시가로 양도차익을 계산함이 원칙이고, 쟁점토지②와 쟁점건물은 1년 미만 보유한 사실이 확인되므로 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하여야 할 것이다.

(4) 자산별로 양도차익 계산방법을 달리하여 결정할 수 있는지에 대하여 살펴보면, 소득세법 제96조 (양도가액)고 같은법 제97조(취득가액) 등 현행 소득세법에서 토지와 건물은 특별히 규정되어 있는 경우가 아닌 한 당해 자산별로 기준시가로 양도차익을 계산함이 원칙으로 되어 있고, 국세청 해석에서도 토지와 건물을 같이 양도한 경우 토지는 기준시가, 건물은 실지거래가액으로 산정할 수 있는 것으로 해석하고 있다. (같은뜻: 재일 46014-375, 1999.2.24 ; 재일 46014-1146, 1998.6.24 ; 재일 46014-1164, 1997.5.13외 다수)

(5) 청구인은 2002.2.8. 쟁점토지①②와 쟁점건물을 양도하고 2002.2.15. 토지ㆍ건물 전체에 대한 실지양도가액은 1,040,000,000원으로, 실지취득가액은 1,005,200,000원으로 예정신고를 하였다가 2002.10.28. 쟁점토지①은 기준시가로, 쟁점토지②와 쟁점건물은 실지거래가액에 의하여 양도차익을 재계산한 후 당초 신고한 내용을 수정하여 신고하였고, 2003.5.23. 확정신고기한 내에 2002.12.28. 수정하여 신고한 내용 그대로 다시 확정신고서를 작성하여 제출한 사실이 양도소득세 신고서 등에 의해 확인된다.

(6) 이 건의 경우, 쟁점토지①은 보유기간이 1년을 초과하므로 기준시가에 의해 양도차익을 계산함이 원칙이고, 보유기간이 1년 미만인 쟁점토지②의 경우 실지양도가액이 39,058,088원(965,800,000 X 11㎥/272㎥)인데 이에 대한 실지취득가액은 확인되지 아니하므로 양도당시 실지거래가액을 기준으로 소득세법시행령 제176조 의 2(추계결정 및 경정) 제2항의 규정에 의하여 환산한 가액을 취득가액으로 함이 타당하며,(같은뜻: 서일 46014-10263, 2001.10.4)역시 보유기간이 1년 미만인 쟁점건물의 경우도 확인되는 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액으로 양도차익을 계산함이 타당할 뿐만 아니라 실지거래가액으로 양도소득세 예정신고를 한 경우라도 양도소득세를 기준시가에 의해 자산별 양도차익을 다시 계산하여 확정신고한 이 건의 경우는 그 확정신고내용에 따라 경정함이 타당하다고 할 것이다.(같은뜻: 재일 46014-1301, 1997.5.26. ; 재일 46014-1164, 1997.5.13. 국심 1997서1230, 1997.10.21.외).

(7) 그러하다면, 청구인이 쟁점토지①②와 쟁점건물을 함께 양도하고 토지ㆍ건물 전부에 대한 양도 및 취득가액을 실지거래가액에 의해 예정신고하였다는 이유만으로 자산별로 양도차익 계산방법을 달리하여 신고한 확정신고내용을 인정하지 아니하고 쟁점토지①②와 쟁점건물 전체의 양도가액은 1,493,000,000원으로 하고 취득가액은 1,005,000,000원으로 하여 양도차익을 계산함을 잘못이라고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 소득세법 제96조 / 소득세법 제97조 / 소득세법 제100조 / 소득세법 제114조 / 소득세법시행령 제176조 /