신고한 건물의 양도가액에 부가가치세액이 포함되어 있는지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지 대지 358.5㎡, 위 지상건물 970.68㎡(이하 “쟁점건물” 이라 하고, 토지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 2001.03.30. 청구외 김○○에게 양도하고, 양도가액은 750,000,000원, 취득가액은 576,328,000원으로 하여 2001.05.31. 실지거래가액에 의한 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였다.

○○지방국세청장이 처분청 감사시에 “쟁점부동산 취득가액에 정점건물 임대사업 개시할 당시 매입세액으로 공제받은 부가가치세 42,000,000원이 포함되었다”고 지적함에 따라, 처분청은 취득가액에서 부가가치세 상당액 42,000,000원을 차감하고 양도차익을 계산하여 2001년 귀속 양도소득세 18,889,940원을 2002.11.05. 청구인에게 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.12.06 이의신청을 거쳐 2003.03.17. 이 건 심사청구를 제기하였다.

양도소득세 과세표준 예정신고시 실지거래가액으로 신고한 쟁점건물의 취득가액 및 양도가액에는 각각 부가가치세를 포함하여 신고(부가가치세는 포괄적 양도양수로 신고)한 것이므로, 취득가액에만 부가가치세만 포함되어 있다하여 이를 차감하고 양도차익을 산정한 이 건 양도소득세 과세처분은 부당하므로 양도가액에서도 부가가치세를 차감하여 양도차익을 산정하여야 한다는 주장이다.

취득가액에 포함된 부가가치세는 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제받은 것이고, 양도가액의 경우에는 청구인이 2001.02.28. 부동산임대업을 폐업한 이후 2001.03.30. 쟁점건물을 양도한 것이므로 양도일 현재청구인은 거래상대방으로부터 부가가치세를 거래징수하지 못하는 비사업자의 위치에서 쟁점건물을 양도한 것이기 때문에 쟁점건물의 양도가액에는 부가가치세가 포함되었다고 볼 수가 없어 당초 과세한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 신고한 쟁점건물의 양도가액에 부가가치세액이 포함되어 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법(2000.12.29 법률 제6292호로 개정되기 전의 것) 제96조 【양도가액】제1항에서 『제94조 제1호 및 같은 조 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다. 1.~5 (생략)

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

7. (생략)』이라고 규정하고, 같은 법 제26조 【총수입금액 불산입】 제9항에서는 『부가가치세의 매출세액은 당해연도의 소득금액의 계산에 있어서 이를 총수입금액에 산입하지 아니한다』라고 규정하고 같은 법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】 제1항에서는 『거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호 및 동조 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. (생략) 2.~4. (생략)』이라고 규정하고 있다. 같은 법 제100조 【양도차익의 산정】 제1항에서 『양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 중 기준시가 외의 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다』라고 규정하고 있으며, 같은 법 제114조 【양도소득세과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】 제2항에서는 『납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105호의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다』라고 규정하고, 같은 조 제4항에서 『납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다』 라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점부동산을 2001.03.30. 양도하고 양도가액은 750,000,000원, 취득가액은 576,328,000원으로 하여 2001.05.31. 실지거래가액에 의한 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였음이 부동산양도신고서 등에 의해 확인된다. 처분청은 양도한 쟁점부동산 취득가액에 쟁점건물 임대사업 개시당시 매입세액으로 공제받은 부가가치세 42,000,000원이 포함되었다 하여 취득가액에서 부가가치세 상당액 42,000,000원을 차감하고 양도차익을 계산하여 2001년 귀속 양도소득세 18,889,940원을 2002.11.05. 청구인에게 경정ㆍ고지한 사실이 양도소득세결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 다음으로 이건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 청구인은 쟁점부동산을 토지와 건물의 가액을 구분하지 아니하고 일괄하여 750,000,000원에 양도하였으므로 양도가액 750,000,000중에는 쟁점건물에 대한 부가가치세가 포함되어 있어 양도가액에서 차감하여야 한다 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구인이 제시한 부동산매매계약서에 의하면, 쟁점부동산에 대하여 2001.02.24 계약금 70,000,000원, 중도금 330,000,000원(2001.03.15), 잔금 350,000,000원(2001.03.30)을 지급하기로 약정하고 부동산 매매계약을 체결하였으며, 쟁점부동산 매매계약을 체결한 일자는 청구인이 임대사업을 폐업(2001.02.28)하기 전 이었음이 확인된다. 둘째, 국세통합전산망에 의거 사업자등록사항을 조회한 바 청구인은 2001.04.09. 폐업신청(폐업일: 2002.02.28, 사업자등록번호: 000-00-00000)을 한 사실이 확인되고, 양수자 청구외 김○○은 2001.04.09. 신규 사업자등록신청(개업일: 2002.03.01, 사업자등록번호: 000-00-00000)을 한 사실이 확인된다. 셋째, 청구인과 쟁점부동산 양수자인 청구외 김○○은 부동산 포괄적 양도양수 계약서를 2001.02.28. 작성하였으며 이 계약서 제2조에서 “소유권 양도금액 750,000,000원(부가가치세 포함)전액을 지급하기로 한다”라고 되어 있으며, 청구외 김○○은 쟁점부동산 취득 후 201.04.09. ○○세무서에 신규 부동산 임대업 사업자등록신청시에 부동산 포괄적 양도양수 계약서를 첨부하여 제출한 사실이 확인된다. 이 건 계약 체결이후 청구인은 쟁점부동산 양도대금 750,000,000원 전체를 수령하였으나 거래 징수한 부가가치세 상당액을 양수자인 청구외 김○○에게 반환한 사실이 없는 것으로 확인된다.

(3) 위와 같이 관련법령 및 사실관계에 비추어 볼 때, 청구인은 사업자인 상태에서 쟁점부동산을 양도하였으며, 부동산 포괄적 양도양수 계약서에 부가가치세가 포함되어 있다 명시되어 있어 청구인이 수령한 쟁점부동산 양도가액 750,000,000원에는 쟁점건물관련 부가가치세가 포함되어 있는 것이 확인되나, 부동산임대업을 포괄적으로 양도ㆍ양수하는 경우에는 부가가치세법 제6조 제6항 의 규정에 의하여 부가가치세가 과세대상이 아니므로, 건물양도시 거래징수한 부가가치세는 이를 양수자에게 반환하는 때에는 양도가액에 산입하지 아니하는 것이나, 이를 반환하지 아니하고 양도가액의 일부로 전환시킨 경우에는 양도가액에 산입하는 것이다.(재재산 46070-269, 1998.09.19, 같은 뜻) 따라서, 처분청이 양도가액에서 부가가치세를 차감하지 않고 이 건 양도소득세를 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

따라서 이건 심사청구는 청구주장 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.