주식을 교환하는 경우 양도가액은 교환에 의해 양도되는 주식의 기준시가에 의함

[주문]

○○세무서장이 2002. 7. 5 및 2002. 7. 11 청구인에게 결정고지 한 2000년 귀속 양도소득세 37,259,430원 및 증권거래세 2,927,280원은 청구인이 양도한 ○○○○○산업기술㈜ 주식의 교환당시 기준시가를 양도가액으로 하여 양도소득에 대한 소득세 및 증권거래세의 과세표준과 세액을 경정결정합니다. [이유]

청구인은 2000. 5. 15 ○○○○○산업기술㈜(이하 "산업기술"이라 한다)의 주식 122,701주(이하 "쟁점주식"이라 한다)를 협회등록법인인 청구외 ㈜×××의 주식 7,421주(이하 "쟁점외주식"이라 한다)와 교환하고 쟁점주식의 기준시가(1주당 512원)를 양도가액(62,822,912원)으로 산정한 후 그에 따른 양도차익을 계산하여 양도소득세를 신고하였다. 처분청은 ○○지방국세청의 조사통보 내용에 의하여 쟁점주식의 양도가액을 쟁점외주식의 교환일 이전 1개월간 한국증권업협회 매매기준가격평균액(44,266원)을 적용한 328,497,986원으로 산정하여 양도차익을 계산하고, 증권거래세의 과세표준은 교환일 당시 청구외주식의 한국증권협회 매매기준가에 의한 가액으로 하여 2002. 7. 11 양도소득세 37,259,430원 및 2002. 7. 5 증권거래세 2,927,280원을 각각 청구인에게 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002. 10. 4 이의신청을 거쳐 2003. 3. 4 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 교환에 의하여 양도하는 주식의 양도가액 및 증권거래세의 과세표준은 양도당시 양도주식의 기준시가에 의해 산정하는 것이므로, 이와 달리 교환에 의하여 새로이 취득하는 상대주식의 기준시가를 양도가액 및 증권거래세 과세표준의 산정기준으로 삼고 있는 처분청의 부과처분은 부당하다고 주장한다.

소득세법상 비상장 주식의 양도가액은 실지거래가액에 의하는 것이 원칙이고 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우(교환의 경우 포함)에는 기준시가에 의하도록 규정되어 있으나 주식교환의 경우, 특히 협회등록법인의 주식과 비상장주식간의 상호교환의 경우에는 비상장주식의 기준시가를 어느 주식의 기준시가로 하여야 하는지에 대하여 구체적이 해석사례가 없어, 양도당시 청구인이 교환에 의하여 새로이 취득한 청구외 ㈜×××가 협회등록 법인이므로 이를 쟁점 양도가액의 기준시가 산정기준으로 하는 것이 객관적이고 거래실질에 타당하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주식의 상호교환에 따라 양도가액을 결정할 경우 교환취득주식 기준으로 계산한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제88조 【양도의 정의】

① 제4조 제3호 및 이 장에서 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세 및 증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. (1996. 12. 30 개정 ; 상속세 및 증여세법 부칙)

② 생략

○ 소득세법 제94조【양도소득의 범위】 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 1.∼3. 생략

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득 (1994. 12. 22 개정)

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (1994. 12. 22 개정)

② 이하 생략

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 생략

② 제94조 제3호 내지 제5호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액에 의한다. (1999. 12. 28 개정)

③ 생략

○ 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다. (1999. 12. 28 개정)

2. 제94조 제2호 내지 제5호의 자산 (1994. 12. 22 개정) 양도자산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황과 상속재산의 평가가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액

② 이하 생략

○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하 가액 중 기준시가외의 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하 가액 중 기준시가외의 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. (1999. 12. 28 개정)

○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

① 생략

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 생략

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. (1999. 12. 28 개정)

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (1999. 12. 28 개정) (이하 생략)

○ 소득세법시행령 제176조 의 2【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (1999. 12. 31 신설)

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부 매매계약서 영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우 (1999. 12. 31 신설)

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우(1999. 12. 31 신설)

② 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다. (1999. 12. 31 신설)

1. 제157조 제4항 및 제5항의 규정에 의한 주식 등이나 제158조 제1항 각호의 규정에 의한 기타 자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가 제3항 제1호의 매매사례가액 × ──────────── 또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 다른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (1999. 12. 31 신설)

1. 양도일 또는 취득일 전후 각3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액 (1999. 12. 31 신설)

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액 (1999. 12. 31 신설)

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액 (1999. 12. 31 신설)

4. 기준시가 (1999. 12. 31 신설)

④ 이하 생략

○ 소득세법시행령 제165조 【토지 건물외의 자산의 기준시가 산정】

① 법 제99조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액"이라 함은 다음 각호의 가액을 말한다.

2. 법 제94조 제4호 규정에 의한 주식 등

○ 소득세법기본통칙 97-1【토지 등을 교환하는 경우의 양도가액 및 새로이 취득하는 자산의 취득가액계산】 토지 등을 교환하는 경우의 양도가액 및 새로이 취득하는 토지 등의 취득가액은 다음과 같이 계산하다.

1. 교환으로 인하여 양도하는 자산의 양도가액은 교환당시 그 양도자산의 기준시가 또는 실지거래가액 2 교환으로 인하여 새로이 취득하는 자산의 취득가액은 교환당시 그 취득자산의 기준시가 또는 실지거래가액

○ 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

• 가. 한국증권거래소에서 거래되는 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각2월간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액 (거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액 다만, 평균액계산에 있어서 평가기준일 이전ㆍ이후 각2월의 기간 중에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 당해 평균액에 의하는 것이 부적당한 경우에는 증자ㆍ합병 등이 있는 날의 다음날부터 평가기준일 이후 2월이 되는 날까지의 기간의 평균액에 의한다. (1999. 12. 28 개정)
• 나. 대통령령이 정하는 협회등록법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령이 정하는 주식 및 출자지분에 대하여는 가목의 규정을 준용한다. 이 경우 "한국증권거래소 최종시세가액"은 "증권업협회 기준가격"으로 본다. (1998. 12. 28 개정)
• 다. 이하 생략

○ 상속세 및 증여세법시행령 제53조 【협회등록법인의 주식 등의 평가 등】

① 법 제63조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령이 정하는 협회등록법인의 주식 및 출자지분"이라 함은 소득세법시행령 제22조 제2호 에 규정된 협회등록법인의 주식 및 출자지분을 말한다. (1998. 12. 31 개정)

② 법 제63조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령이 정하는 주식 및 출자지분"이라 함은 평가기준일이 속하는 월과 그 직전월중 증권거래법에 의한 대용증권으로 1회 이상 지정된 사실이 있는 것을 말한다. 다만, 평가기준일 전후 6월(증여세가 부과되는 주식 또는 출자지분의 경우에는 3월로 한다) 이내에 주식의 장외거래에 관하여 한국증권업협회가 정하는 기준에 의하여 매매거래가 정지되거나 투자유의종목으로 지정ㆍ고시된 경우(재정경제부령이 정하는 경우를 제외한다)에는 그러하지 아니하다. (1999. 12. 31 단서개정)

③ 이하 생략

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2002. 6. 21 ○○지방국세청 조사결과에 따른 자료통보 내용(세액산출 근거)은 다음과 같이 확인된다. 【양도소득과세】

① 양도가액

• 주식교환일자: 2000. 5. 15

• 양도대상주식: ○○○○○산업기술㈜ 주식 122,701주(액면 500원)

• 양도가액 산정: 328,497,986원 청구인이 교환대가로 받은 청구외 ㈜××× 주식 7,421주에 대하여 교환일 이전 1월간의 한국증권업협회 매매기준가격(코스닥시장 종가)의 평균액(44,266원)을 적용하여 양도당시 기준시가 산정 7,421주×44,266원＝328,497,986원

② 취득가액

• 취득현황 (단위: 주, 원) ┌─────┬────┬───┬─────┬────────────────┐ │ 일 자 │ 주식수 │ 단가 │ 금 액 │ 비 고 │ ├─────┼────┼───┼─────┼────────────────┤ │2000.02.15│ 3,340│25,000│83,500,000│5차 유상증자(발행가: 25,000원) │ ├─────┼────┼───┼─────┼────────────────┤ │2000.02.29│ 8,184│ │ │무상증자(재원: 주식발행초과금) │ ├─────┼────┼───┼─────┼────────────────┤ │ 소 계 │ 11,524│ │83,500,000│ │ ├─────┼────┼───┼─────┼────────────────┤ │2000.04.08│ 103,716│ │ │액면분할(1:10) │ ├─────┼────┼───┼─────┼────────────────┤ │ 소 계 │ 115,240│ │83,500,000│ │ ├─────┼────┼───┼─────┼────────────────┤ │2000.05.12│ 7,461│ 600│ 4,476,600│6차 유상증자(발행가: 600원) │ ├─────┼────┼───┼─────┼────────────────┤ │ 합 계 │ 122,701│ │87,976,600│ │ └─────┴────┴───┴─────┴────────────────┘

③ 취득당시 1주당 기준시가

• 2000년에 취득한 40,861주(3,340주×10＋7,461주): 941원 취득일이 속하는 사업연도의 직전사업연도(1999. 4. 23∼12. 31)의 1주당 순손익가치(0원) 및 순자산가치(941원)을 비교하여 큰 금액으로 산정 1주당가액＝99사업연도말 순자산가액(696,406,652원) ÷ 발행주식총수 696,406,652원 ÷ 74,000주 ＝ 9,410원 ⇒941원 (액면분할비율 1:10) ∴ 취득가액: 40,861주 × 941원 ＝ 38,450,201원

• 2000년 무상증자시 취득한 무상주 81,840주: 0원 주식발행초과금의 자본전입으로 취득한 무상주의 취득가액은 0원으로 산정

④ 필요경비

• 기준시가 결정에 따른 개산공제 38,450,201원(취득당시 기준시가) ×1/100 ＝ 384,502원 【증권거래세】

① 양도자료 내용

• 주식교환일자: 2000. 5. 15

• 양도대상주식: ○○○○○산업기술㈜ 주식 122,701주(액면 500원)

• 교환취득주식: ㈜××× 주식 7,421주(액면 5,000원)

• 양수자: ＃＃＃외 3명

② 과세표준

• ㈜××× 주식의 1주당 가액: 71,720원 교환의 대가로 취득한 ㈜××× 주식(협회등록법인 주식)의 1주당 가액을 기준으로 과세표준 산정(증권거래세법 제7조 제3호 단서 및 동법시행령 제4조 제2호 규정에 의함) ※ 교환일의 한국증권업협회 매매기준가격 － 가격제한폭 12％ 81,500원 － 9,780원 ＝ 71,720원 ∴ 과세표준: 71,720원 × 7,421주 ＝ 532,234,120원

(2) 한편, 청구인과 같은 날에 ㈜×××의 주식을 산업기술의 주식과 교환하고 그에 따른 양도가액을 교환대상인 산업기술주식의 기준시가를 적용하여 양도소득세를 신고한 청구외 ＆＆＆이 ㈜××× 주식의 기준시가를 적용하여 양도가액을 산정하여 과세한다는 ○○지방국세청의 과세예고통지에 대하여 2002. 3. 12 국세청에 과세전적부심사를 청구하였고, 국세청은 당해 과세전적부심사 청구에 대해 『교환에 의하여 양도하는 쟁점주식의 양도가액을 양도당시 쟁점주식의 기준시가에 의하여 산정한 이 건 과세예고통지는 타당하다고 판단되고, 이와 달리 교환에 의하여 양도하는 쟁점주식의 양도가액을 양도당시 다른 주식의 기준시가에 의해 산정하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다』며 이를 불채택 결정하였으며, 이러한 결정에 근거하여 청구인과 동일한 사안으로 ○○지방국세청에 이의시청을 제기한 ＠＠＠과 관할 세무서에 이의신청을 제기한 ▽▽▽ 등 4인이 교환하는 당해 주식이 기준시가를 양도가액으로 하여야 한다는 주장에 대해 처분청 등이 이를 인용 결정한 사실이 확인된다.

(3) 위 관련법령 및 사실관계를 종합하여 볼 때,

① 양도의 원인이 교환이라고 하더라도 양도한 것은 엄연히 교환에 의하여 양도되는 부동산이므로 그 양도가액은 위 양도되는 부동산의 기준시가에 의하여야 하며 교환에 의하여 양도받는 부동산의 기준시가에 의할 것은 아니라 할 것(대법 94누 4127, 1994. 6. 10)이고,

② 교환에 의한 토지의 양도에 대하여 기준시가에 의하여 양도가액을 산출하는 경우 그 기준시가는 교환에 의하여 양도되는 당해 부동산의 기준시가에 의하여야 하고 교환에 의하여 새로 취득하는 부동산의 기준시가에 의할 것이 아니므로(대법 96누 860, 1997. 2. 11), 이 건 교환에 의하여 새로이 취득하는 상대주식의 기준시가를 양도가액 및 증권거래세 과세표준의 산정기준으로 삼고 있는 처분청의 당초 부과처분은 부당하다고 판단된다.

앞에서 살펴본 바와 같이 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 소득세법 제88조 / 소득세법 제94조 / 소득세법 제95조 / 소득세법 제96조 / 소득세법 제99조 / 소득세법 제100조 / 소득세법 제114조 / 소득세법시행령 제176조 의 2/ 소득세법시행령 제165조 / 상속세 및 증여세법 제63조 / 상속세 및 증여세법시행령 제53조 /