토지 실지거래가액이 확인됨에도 토지・건물가액을 기준시가에 의해 결정함은 잘못임

[이유]

청구인은 1991. 1. 21. 취득한 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 562.0㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)와 쟁점토지에 1991. 5. 8. 신축한 건물 1,674㎡(이하 "쟁점건물"이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 "쟁점부동산"이라 한다)를 1999. 5. 8. 청구외 김○○에게 양도하고, 1999. 5. 8. 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도가액은 7억원으로, 취득가액은 653,899,320원으로 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하여 양도소득세 2,253,920원을 신고ㆍ납부하였다. 처분청은 이에 대한 실지조사에서 쟁점토지의 실지취득가액은 확인되나 쟁점토지의 실지양도가액 및 쟁점건물의 실지취득가액과 실지양도가액이 확인되지 않는다 하여 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 2002. 5. 10. 양도소득세 171,933,380원을 청구인에게 결정ㆍ고지하였다가, 2002. 11. 29. 청구인이 양도한 쟁점부동산의 실지거래가액을 재조사하여 실지거래가액이 확인되어 실지거래가액에 의한 양도차익을 산정할 수 있는 경우에는 그 산정된 양도차익의 범위내에서 기준시가에 의한 방법으로 양도소득세를 결정하라는 ○○지방국세청장의 이의신청결정서에 의해 쟁점부동산의 실지거래가액을 재조사한 결과, 쟁점토지의 실지거래가액은 양도가액이 521,861,336원으로, 취득가액이 459,000,000원으로, 필요경비가 6,512,740으로 확인되어 실지양도차익이 56,348,596원으로 확인되고, 쟁점건물의 실지거래가액은 확인되지 않는다 하여 쟁점토지에 대해서는 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위 내에서 기준시가에 의한 방법으로 양도소득세를 결정하고, 쟁점건물에 대해서는 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 양도소득세를 재결정하여 당초 결정ㆍ고지한 양도소득세 171,933,380원 중 92,973,094원을 감액결정하였다.(감액결정 후 양도소득세 78,960,280원) 청구인은 이에 불복하여 2003. 2. 26. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 다음과 같은 요지의 주장을 한다.

(1) 청구인이 1991. 1. 21. 취득한 쟁점토지의 실지취득가액은 459백만원이며, 쟁점토지를 취득한 후 청구인이 1991년에 5억원을 투입하여 쟁점건물을 신축하였으므로 쟁점부동산의 실지취득가액이 959백만원으로 확인되고 있고, 쟁점부동산의 실지양도가액은 청분청에서 조사ㆍ확인한 8억원이므로 실지양도차손이 발생하였음에도 불구하고 처분청에서 쟁점부동산의 양도에 대해 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(2) 설령, 쟁점건물의 신축가액에 대한 증빙이 없어 쟁점건물에 대해서는 기준시가에 의해 양도차익을 산정한다 할지라도, 쟁점토지의 실지취득가액 및 실지양도가액이 명백히 확인되므로 쟁점토지에 대해서는 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하여야 함에도 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위내에서 기준시가에 의한 방법으로 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

이에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다.

(1) 청구인이 당초 양도소득세 신고시 제출한 증빙자료로는 쟁점건물의 실지거래가액이 확인되지 아니하므로 쟁점건물의 양도에 대해 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구인이 당초 양도소득세 신고시 제출한 증빙서류에 의해 실지조사한 결과 쟁점토지의 실지거래가액을 확인할 수가 없었으므로 쟁점토지의 양도에 대해 ○○지방국세청장의 이의신청결정서에 의거 재조사한 결과에 의해 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위내에서 기준시가에 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 청구인의 쟁점부동산 양도에 대해 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다 할 것이다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구는 관련된 법령을 살펴본다. ㅇ 구 소득세법 제96조 [양도가액] (1999. 12. 28. 법률 제6051호로 개정되기전의 것)

① 양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호ㆍ제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

2. 제1호 외의 자산의 경우에는 당해 자산의 양도 당시의 실지거래가액. 다만, 양도 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 기준시가에 의한다. ㅇ 소득세법 제97조 [양도가액]

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호ㆍ제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. (1995. 12. 29. 개정) ㅇ 구 소득세법시행령 제166조 [양도차익의 산정] (1999. 12. 31. 대통령령 제1664호로 삭제되기 전의 것)

④ 법 제96조 제1항 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 각목에서 "당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 단기매매차익을 목적으로 다음의 자산을 양도하는 경우

• 가. 제157조 제3항 제2호의 자산
• 나. 취득 후 1년 이내의 부동산

2. 조세부담을 회피할 목적으로 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우 및 법 제104조 제3항에 규정된 자산을 양도하는 경우

3. 양도자가 양도소득세과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 ㅇ 구 소득세법시행규칙 제82조 [양도차익의 산정] (2000. 4. 3. 재정경제부령 제138호로 삭제되기 전의 것)

② 영 제166조 제4항 제3항의 규정에 의하여 실지거래가액으로 결정하는 경우에는 법 제105조 및 법 제110조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 경우에도 양도소득세과세표준 및 세액결정 전까지 양도자가 납세지 관할세무서장에게 취득 및 양도당시 실지거래가액에 의하여 신고한 경우를 포함한다. (1996. 3. 30. 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구인은 1991.1.21. 취득한 쟁점토지와 1991. 5. 8. 신축한 쟁점건물을 1999. 5. 8. 청구외 김○○에게 양도하고, 1999.5. 8. 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도가액은 7억원으로, 취득가액을 653,899,320원을 실지거래가액에 의행 양도차익을 산정하여 양도소득세 2,253,920원을 신고ㆍ납부하였음이 양도소득세 신고서 등에 의해 확인된다.

② 처분청은 이에 대한 실지조사에서 쟁점토지의 실지취득가액은 확인되나 쟁점토지의 실지양도가액 및 쟁점건물의 실지취득가액과 실지양도가액이 확인되지 않는다 하여 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 2002. 5. 10. 양도소득세 171,933,390원을 결정ㆍ고지하였다가, 2002. 11. 29. 청구인이 양도한 쟁점부동산의 실지거래가액을 제조사하여 실지거래가액이 확인되어 실지거래가액에 의한 양도차익을 산정할 수 있는 경우에는 그 산정된 양도차익의 범위내에서 기준시가에 의한 방법으로 양도소득세를 결정하라는 ○○지방국세청장의 이의신청결정서에 의해 쟁점부동산의 실지거래가액을 재조사한 결과, 쟁점토지의 실지거래가액은 양도가액이 521,861,336원으로, 취득가액이 459,000,000원으로, 필요경비가 6,512,740으로 확인되어 실지양도차익이 56,348,596원으로 확인되고, 쟁점건물의 실지거래가액은 확인되지 않는다 하여 쟁점토지에 대해서는 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위내에서 기준시가에 의한 방법으로 양도소득세를 결정하고, 쟁점건물에 대해서는 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 양도소득세를 결정하여 당초 결정ㆍ고지한 양도소득세 171,933,380원 중 92,973,094원을 감액결정하였음이 처분청의 조사복명서 및 양도소득세결정결의서, ○○지방국세청장의 이의신청결정서, 처분청의 양도소득세경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 구 소득세법 (1999. 12. 28 법률 제6051호로 개정되기 전의 것)제96조 제1호 및 제97조 제1항 제1호 가목에 의하면, 제94조 제1호 등의 규정에 의한 자산의 경우 양도가액 또는 취득가액은 당해 자산의 양도당시 기준시가에 의하되, 다만 대통령령이 정하는 경우에 실지거래가액에 의하도록 규정하여 양도소득세는 기준시기과세를 원칙으로 하면서 예외적으로 실지거래가액에 의하여 과세하고 있음을 알 수 있고, 이를 위임받은 구 소득세법시행령(1999. 12. 31 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항 제3호에서 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 계산할 수 있는 예외적 경우의 하나로서 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우를 규정하고 있음을 알 수 있다.

② 청구인이 양도한 쟁점부동산에 대해 위 ①의 요건을 갖추었다고 보아 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 결정할 수 있는지의 여부에 대하여 살펴본다. 첫재, 청구인은 1999. 5. 8. 당초 양도소득세 신고시 쟁점부동산의 실지양도가액을 7억원으로, 실지취득가액을 653,899,320원으로 신고하였고, 이에 대해 처분청은 쟁점부동산에 대한 실지조사 결과 쟁점토지의 실지취득가액은 459,000,000원으로 확인되나, 쟁점토지의 실지양도가액과 쟁점건물의 실지취득가액 및 실지양도가액이 확인되지 아니한다 하여 쟁점부동산의 양도에 대해 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한다는 내용의 세무조사결과를 2001. 12. 26. 청구인에게 통지하였음이 처분청의 세무조사결과통지서 등에 의해 확인되고 있다. 둘재, 청구인은 2002. 1. 28. 쟁점부동산 매매계약서 및 금융거래 내역, 호적등본, 소송관련 서류, 부가가치세 신고사, 인근부동산의 경매 낙찰내역 등의 증빙서류를 제시하면서 쟁점부동산의 실지양도가액을 800,000,000원으로, 실지취득가액을 959,000,000원으로 수정하여 실지양도차손이 발생하였으므로 쟁점부동산 양도에 대해 양도소득세를 과세함은 부당하다는 내용으로 처분청에 과세전적부심사청구를 하였고, 이에 대해 처분청은 2002. 4. 30. 청구인이 댱초 신고 및 조사시실지거래가액에 대한 증빙을 갖추어 신고하지 아니하였으므로 청구인이 제출한 실지양도가액 8억원의 부동산매매계약서를 인정할 수 없다 하여 청구인의 쟁점부동산 양도에 대해서는 기준시가에 의해 양도차익을 산정함이 타당하다고 보아 청구인의 과세전적부심사청구에 대해 불채택 결정함과 아울러 2002. 5. 10. 이 건 양도소득세를 결정ㆍ고지하였음이 청구인의 과세전적부심사청구서, 처분청의 과세전적부심사결정서 및 양도소득세결정결의서 등에 의하여 확인되고 있다. 셋쌔, 청구인은 2002. 1. 28. 청구인이 과세전적부심사청구시 제시한 증빙서류에 의해 쟁점부동산의 실지거래가액이 확인되므로 쟁점부동산 양도에 대해 실지거래가액에 의해 양도소득세를 결정하여 달라는 내용 및 설령 기준시가의 결정사유에 해당된다 할지라도 기준시가에 의해 산정한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 초과하는 경우에는 그 세액을 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위로 제한하여 달라는 내용으로 2002. 6. 17. ○○지방국세청장에게 이의신청을 하였고, 이에 대해 ○○지방국세청장은 2002. 11. 29. 청구인이 과세전적부심사청구 및 이의신청시 추가로 제시한 부동산매매계약서의 내용이 사실인지 여부를 재조사하여 그 결과 실지거래가액이 확인되어 실지거래가액에 의한 양도차익을 산정할 수 있는 경우에 해당되면, 그 실지거래가액으로 산정한 양도차익의 범위내에서 기준시가에 의한 방법으로 양도소득세를 결정함이 타당하다고 보아 청구인의 이의신청에 대해 재조사 결정을 하였고, 처분청은 쟁점부동산에 대한 재조사 결과 쟁점부동산의 실지양도가액을 청구인이 과세전적부심사청구시 제시한 800,000,000원으로, 쟁점토지의 실지취득가액을 청구인이 당초 신고한 459,000,000원으로 조사ㆍ확인되었으나, 쟁점건물의 실지취득가액 및 실지양도가액이 확인되지 않는다 하여 기준시가에 의한 환산방법으로 쟁점토지의 실지양도가액을 521,861,336원으로 확정하고 필요경비 6,512,740원을 공제하여 쟁점토지의 실지거래가액에 의한 양도차익을 56,348,596원으로 결정한 후, 동 금액에 쟁점건물에 대해 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 결정한 양도소득세 11,746,741원을 합한 68,095,337원을 쟁점부동산의 결정세액으로 산출한 다음 신고ㆍ납부불성실가산세를 가산하고 기납부세액을 공제하여 당초 결정ㆍ고지한 양도소득세 171,933,380원 중 92,973,094원을 감액하는 결정을 하였음이 청구인의 이의신청서, ○○지방국세청장의 이의신청결정서, 처분청의 재조사복명서 및 양도소득세 결정결의서 등에 의하여 확인되고 있다. 넷째, 청구인은 쟁점건물의 신축가액으로 평당 약 1백만원씩 총 5억원(쟁점건물 1,674㎡는 506.38평 × 1백만원)정도 투입되었다고 주장하면서 1994. 4. 25. 건설교통부 고시 제1994-132호에 의한 1994년도의 표준건축비 명세(1994년 ㎡당 표준건축비 839,000원)를 제시하고 있으나, 이는 청구인이 쟁점건물을 신축한 1991년도의 표준건축비에 대한 자료가 아니어서 이를 근거로 쟁점건물의 신축비용(실지취득가액)을 추정함은 무리가 있어 보이는 반면에, 청구인은 쟁점건물에 대한 신축비용을 확인할 수 있는 쟁점건물 신축에 대한 공사계약서 및 공사대금지급증빙 등의 구체적이고 객관적인 증빙서류를 제시하지 못하고 있어 쟁점건물의 실지취득가액은 확인되지 않는다고 봄이 타당하다고 판단되는 바, 청구인의 쟁점건물 양도에 대해서는 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세함이 타당하다 할 것이다. 다섯째, 한편, 위와 같이 청구인은 당초 양도소득세 신고시 쟁점토지의 취득가액을 459,000,000원으로 신고하였고, 처분청에서 이 건 양도소득세를 결정하기전 단계인 과세전적부심사청구시 쟁점부동산의 실지양도가액이 800,000,000원임을 입증할 수 있는 증빙서류를 갖추어 처분청에 제시하였으며, 처분청의 당초실지조사 결과 쟁점토지의 실지취득가액이 459,000,000원을 확인되었음이 나타나고 있고, 처분청의 재조사 결과 쟁점부동산의 실지양도가액이 800,000,000원으로 확인되었음이 나타나고 있어서 청구인은 이 건 양도소득세과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 쟁점토지에 대한 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 신고한 사실이 확인되고 있으므로 쟁점토지 양도에 대해서는 구 소득세법 시행령(1999. 12. 31 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항 제3호의 규정에 의하여 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세함이 타당하다고 판단된다.

(3) 위 사실관계 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구인의 쟁점건물 양도에 대하여 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이건 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이나, 청구인이 이 건 양도소득세과세표준 및 세액의 결정일 이내에 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류에 의해 신고한 쟁점토지에 대해서는 실지거래가액에 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세하여야 함에도 실지거래가액에 의해 산정한 양도차익의 범위내에서 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 관련법령을 오해하고 사실관계 조사를 소홀히 한 잘못이 있다 할 것이다. (국세청 재일46014-1493, 1999.8.6, 심사양도2001-2145, 2001.11.9. 같은 뜻)

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 소득세법 제96조 / 소득세법시행령 제162조의2 /